摘要
目的明确中药高良姜转录组简单重复序列(simple sequence repeat,SSR)位点信息特征。方法以高良姜转录组测序所得的147652条unigene为数据,采用MISA软件检索其中的SSR位点,并通过Primer 5.0软件对符合标准的SSR位点进行引物设计并随机挑选10条引物进行PCR验证。结果在高良姜转录组共搜索到13346个SSR位点,分布于11140条unigene中,出现频率为9.04%。三、二核苷酸重复是高良姜主要的SSR类型,分别占比41.99%和39.97%。AAG/CTT、AG/CT分别是三、二核苷酸重复的优势重复基序。设计筛选出30348条引物,随机挑选的10对引物中有8对可扩增出与预期相符的产物。结论高良姜转录组SSR位点出现频率高、类型丰富、多态性潜能较高,可为高良姜种质鉴别、分子标记辅助育种及种质资源保护等研究提供科学依据。
出处
《时珍国医国药》
CAS
CSCD
北大核心
2022年第2期386-389,共4页
Lishizhen Medicine and Materia Medica Research
基金
广东省自然科学基金博士启动项目(2015A030310519)
广东省中医药局中医药科研项目(20211224)。
