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鹅源新型鸭呼肠孤病毒广西株G-NDRV-GX-2022全基因组分子特征的分析 被引量：1
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作者 谢守玉 魏园园 +10 位作者 熊陈勇 何梦薏 谢颖 郑敏 韦显凯 吕思明 赵子欣 苏文广 李军 黄张玲 熊毅 《中国预防兽医学报》 CAS CSCD 北大核心 2024年第1期92-98,共7页
为研究鹅源新型鸭呼肠孤病毒的全基因组分子特征及其广西流行株的进化特点,本研究采集广西地区3份发病鹅的肝脏、脾脏、肺脏及肾脏病料样品,采用多重荧光定量RT-PCR(RT-qPCR)检测番鸭呼肠孤病毒(MDRV)和新型鸭呼肠孤病毒(NDRV),并以NDR... 为研究鹅源新型鸭呼肠孤病毒的全基因组分子特征及其广西流行株的进化特点,本研究采集广西地区3份发病鹅的肝脏、脾脏、肺脏及肾脏病料样品,采用多重荧光定量RT-PCR(RT-qPCR)检测番鸭呼肠孤病毒(MDRV)和新型鸭呼肠孤病毒(NDRV),并以NDRV阳性样品的核酸为模板,采用RT-PCR分段扩增其全基因组并测序,采用BioEdit软件分析其全基因组序列的相似性;采用NetNGlyc 1.0软件预测NDRVσC蛋白N-糖基化位点;通过Mega 7.0软件绘制σ系列基因的系统发育树及RDP5和SimPlot软件分析NDRV全基因组的重组事件。RT-q PCR结果显示,检出1份NDRV阳性样品,经测序及序列拼接,获得一条鹅源NDRV广西流行株G-NDRV-GX-2022全基因组序列,全长23353 bp,分为L1~L3、M1~M3及S1~S4共10个基因;BlAST分析结果显示,G-NDRV-GX-2022株10个基因与GenBank中相应基因序列的相似性最高为91.2%~98.4%,对应的病毒株均源自中国广东、福建、山东、浙江及湖北等地的NDRV,宿主有野鸭、番鸭、绿头鸭等,表明G-NDRV-GX-2022株基因来源广泛且多样;σC蛋白N-糖基化位点预测结果显示,G-NDRV-GX-2022株与NDRV参考株均为^(121)NLTS^(124);σ系列基因遗传进化树显示,σB、σNS进化树中NDRV参考株均为连续不间断的进化分支,而σA、σC进化树中NDRV参考株为不连续间断的进化分支,且均未呈现流行时间与地域关联的进化特点,表现出生物遗传多样性的特征;全基因组重组分析结果显示,G-NDRV-GX-2022株的M3基因检测到重组信号,主要亲本为野鸭源NDRV SD-12株,二者相似性为95.4%,次要亲本为鹅呼肠孤病毒(GRV)GD2020株,二者相似性为94.3%,证实野鸟与水禽的呼肠孤病毒之间能够发生基因重组。本研究丰富了水禽呼肠孤病毒基因库信息,并为禽呼肠弧病毒分子遗传进化研究提供基础数据。 展开更多
关键词 鹅源 新型鸭呼肠孤病毒 遗传进化
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