目的:通过网络药理学方法探讨海桐皮治疗类风湿关节炎(rheumatoid arthritis,RA)的作用机制。方法:在中药系统药理学数据库与分析平台(traditional Chinese medicine systems pharmacology database and analysis platform,TCMSP)检索...目的:通过网络药理学方法探讨海桐皮治疗类风湿关节炎(rheumatoid arthritis,RA)的作用机制。方法:在中药系统药理学数据库与分析平台(traditional Chinese medicine systems pharmacology database and analysis platform,TCMSP)检索海桐皮有效成分及其相关靶点,并利用Perl脚本对海桐皮相关靶点进行基因注释后获取海桐皮的相关靶点基因。分别在人类基因数据库(the human gene database,GeneCards)、Disgenet数据库检索RA疾病基因,利用R×643.5.3软件对药物相关靶点基因和疾病基因进行交互,取得药物-疾病之间的交集基因;运用Cytoscape 3.7.1软件构建药物-有效成分-疾病-基因网络;利用String在线网站对交集基因进行蛋白互作网络构建;最后运用R×643.5.3软件及Perl脚本对交集基因进行基因本体论功能富集分析(gene ontology,GO)和KEGG富集分析(kyoto encyclopedia of genes and genomes,KEGG)。结果:在TCMSP数据库检索到海桐皮有效成分6个,相关靶点225个,海桐皮与RA交集基因14个;海桐皮治疗RA主要涉及的生物过程包括肾上腺素受体活性、G蛋白偶联的胺受体活性、儿茶酚胺结合、肾上腺素受体结合等过程;主要涉及的信号通路包括cGMP-PKG信号通路、神经活性配体-受体相互作用信号通路及cAMP等信号通路等。结论:海桐皮治疗RA通过多成分、多靶点、多通路发挥作用,但具体作用机制尚需要动物实验与临床试验的进一步验证。展开更多
目的基于网络药理学与分子对接方法,探讨桂枝附子汤治疗类风湿关节炎(RA)的作用机制,并阐述其科学原理。方法首先通过TCMSP数据库获取桂枝附子汤中5味药所含的有效成分,通过数据库预测其作用靶点,将其导入Cytoscape软件,生成药物-活性成...目的基于网络药理学与分子对接方法,探讨桂枝附子汤治疗类风湿关节炎(RA)的作用机制,并阐述其科学原理。方法首先通过TCMSP数据库获取桂枝附子汤中5味药所含的有效成分,通过数据库预测其作用靶点,将其导入Cytoscape软件,生成药物-活性成分-靶点网络图,进而构建类风湿关节炎相关的蛋白质-蛋白质相互作用信息图(PPI),再进行基于基于京都基因与基因组百科全书(Kyoto Encyclopedia of Genes and Genomes,KEGG)的生物通路富集分析以及基因本体(gene ontology,GO)功能富集分析,研究桂枝附子汤治疗类风湿关节炎的作用机制,并通过分子对接来模拟活性成分作用于靶蛋白的结合情况。结果TCMSP共获得有效成分82个,相关靶点205个。药物-疾病共同靶蛋白157种,通过PPI得出连线较多的有AKT1、ALB、IL-6、VEGFA、CASP3等。药物-活性成分-靶点网络图结果表明,作用较突出的活性成分包括槲皮素、7-甲氧基-2-甲基异黄酮、芒柄花黄素、苜蓿素、β-胡萝卜素等。而被影响最多的靶点为PTGS2、HSP90AA1、NOS2、PPARG、MAPK14等。GO功能分析发现,关键靶点基因在生物过程(BP)主要参与了对脂多糖的反应、细胞对药物的反应、细胞对化学应激的反应等;分子功能(MF)分析发现,关键靶点基因主要参与核受体活性、类固醇激素受体、配体激活转录因子的活性等;细胞组分(CC)分析发现,关键靶点基因主要作用于膜筏、膜微区、膜区等。据此推测,作用机制可能与信号转导蛋白以及活性酶调节、细胞凋亡的基因表达有关。KEGG通路富集分析表明,主要涉及AGE-RAGE信号通路、肿瘤坏死因子信号通路、白介素17信号通路。结论通过网络药理学的研究方法,发现桂枝附子汤治疗RA,不仅发挥了抗炎作用,还与调节机体免疫、保护细胞、抑制骨破坏等多个机制有关。展开更多
目的:通过生物信息学方法分析乳腺癌的关键代谢基因并进行生存预后分析。方法:通过癌症基因组图谱(the cancer genome atlas,TCGA)数据库获取乳腺癌转录组数据,利用GSEA数据库查找相关代谢基因,匹配TCGA数据库相关基因,明确最终代谢基因...目的:通过生物信息学方法分析乳腺癌的关键代谢基因并进行生存预后分析。方法:通过癌症基因组图谱(the cancer genome atlas,TCGA)数据库获取乳腺癌转录组数据,利用GSEA数据库查找相关代谢基因,匹配TCGA数据库相关基因,明确最终代谢基因;利用Lasso模型构建,得出生存预后分析结果。结果:得到了3个与乳腺癌相关的代谢基因,分别为POLR2K、NMNAT2、SUCLA2。生存分析结果显示高风险组和低风险组最长生存时间均为24年,年龄、状态、肿瘤分期这3个因素可作为单因素的独立预后。结论:POLR2K基因是最为明显的高表达基因,且初步显示该基因与乳腺癌的发生、发展及预后存在一定相关性,但需要通过实验验证来确认。展开更多
目的基于网络药理学方法,探讨桂枝芍药知母汤治疗痛风的作用机制,并阐述其科学原理。方法首先通过TCMSP数据库获取桂枝芍药知母汤中9味中药所含的有效成分,通过数据库预测其作用靶点,将其导入Cytoscape软件,生成药物-活性成分-靶点网络...目的基于网络药理学方法,探讨桂枝芍药知母汤治疗痛风的作用机制,并阐述其科学原理。方法首先通过TCMSP数据库获取桂枝芍药知母汤中9味中药所含的有效成分,通过数据库预测其作用靶点,将其导入Cytoscape软件,生成药物-活性成分-靶点网络图,进而构建痛风相关的蛋白质-蛋白质相互作用信息图(PPI),再进行基于京都基因与基因组百科全书(Kyoto Encyclopedia of Genes and Genomes,KEGG)的生物通路富集分析以及基因本体(gene ontology,GO)功能富集分析,研究桂枝芍药知母汤治疗痛风的作用机制。结果TCMSP共获得有效成分207个,相关靶点784个。药物-疾病共同靶蛋白65种,通过PPI得出连线较多的有CXCL2、CCL2、CAT、EGF、IL1B、IL6等。药物-活性成分-靶点网络图结果表明,度值较高的活性成分包括槲皮素、木樨草素、山柰酚等。而被影响最多的靶点为PTGS2、HSP90AA1、NOS2等。GO功能分析发现,关键靶点基因在生物学过程(BP)主要参与了对脂多糖的反应、对细菌起源分子的反应、对营养水平的反应等;对分子功能(MF)分析发现,关键靶点基因主要参与细胞因子活性、细胞因子受体结合、信号受体激活物的活性等;细胞成分(CC)分析发现,关键靶点基因主要作用于膜筏、膜微结构域、膜区等。据此推测,作用机制可能与信号转导蛋白以及活性酶调节、细胞凋亡的基因表达有关。KEGG通路富集分析表明,涉及IL-17信号通路、Toll样受体信号通路、NF-κB信号通路、NOD样受体信号通路。结论通过运用网络药理学的研究方法,发现桂枝芍药知母汤治疗痛风具有多靶点、多通路特点,从抗炎、调节机体免疫、保护细胞、抑制骨破坏等多个机制发挥治疗作用。展开更多
文摘目的:通过网络药理学方法探讨海桐皮治疗类风湿关节炎(rheumatoid arthritis,RA)的作用机制。方法:在中药系统药理学数据库与分析平台(traditional Chinese medicine systems pharmacology database and analysis platform,TCMSP)检索海桐皮有效成分及其相关靶点,并利用Perl脚本对海桐皮相关靶点进行基因注释后获取海桐皮的相关靶点基因。分别在人类基因数据库(the human gene database,GeneCards)、Disgenet数据库检索RA疾病基因,利用R×643.5.3软件对药物相关靶点基因和疾病基因进行交互,取得药物-疾病之间的交集基因;运用Cytoscape 3.7.1软件构建药物-有效成分-疾病-基因网络;利用String在线网站对交集基因进行蛋白互作网络构建;最后运用R×643.5.3软件及Perl脚本对交集基因进行基因本体论功能富集分析(gene ontology,GO)和KEGG富集分析(kyoto encyclopedia of genes and genomes,KEGG)。结果:在TCMSP数据库检索到海桐皮有效成分6个,相关靶点225个,海桐皮与RA交集基因14个;海桐皮治疗RA主要涉及的生物过程包括肾上腺素受体活性、G蛋白偶联的胺受体活性、儿茶酚胺结合、肾上腺素受体结合等过程;主要涉及的信号通路包括cGMP-PKG信号通路、神经活性配体-受体相互作用信号通路及cAMP等信号通路等。结论:海桐皮治疗RA通过多成分、多靶点、多通路发挥作用,但具体作用机制尚需要动物实验与临床试验的进一步验证。
文摘目的基于网络药理学与分子对接方法,探讨桂枝附子汤治疗类风湿关节炎(RA)的作用机制,并阐述其科学原理。方法首先通过TCMSP数据库获取桂枝附子汤中5味药所含的有效成分,通过数据库预测其作用靶点,将其导入Cytoscape软件,生成药物-活性成分-靶点网络图,进而构建类风湿关节炎相关的蛋白质-蛋白质相互作用信息图(PPI),再进行基于基于京都基因与基因组百科全书(Kyoto Encyclopedia of Genes and Genomes,KEGG)的生物通路富集分析以及基因本体(gene ontology,GO)功能富集分析,研究桂枝附子汤治疗类风湿关节炎的作用机制,并通过分子对接来模拟活性成分作用于靶蛋白的结合情况。结果TCMSP共获得有效成分82个,相关靶点205个。药物-疾病共同靶蛋白157种,通过PPI得出连线较多的有AKT1、ALB、IL-6、VEGFA、CASP3等。药物-活性成分-靶点网络图结果表明,作用较突出的活性成分包括槲皮素、7-甲氧基-2-甲基异黄酮、芒柄花黄素、苜蓿素、β-胡萝卜素等。而被影响最多的靶点为PTGS2、HSP90AA1、NOS2、PPARG、MAPK14等。GO功能分析发现,关键靶点基因在生物过程(BP)主要参与了对脂多糖的反应、细胞对药物的反应、细胞对化学应激的反应等;分子功能(MF)分析发现,关键靶点基因主要参与核受体活性、类固醇激素受体、配体激活转录因子的活性等;细胞组分(CC)分析发现,关键靶点基因主要作用于膜筏、膜微区、膜区等。据此推测,作用机制可能与信号转导蛋白以及活性酶调节、细胞凋亡的基因表达有关。KEGG通路富集分析表明,主要涉及AGE-RAGE信号通路、肿瘤坏死因子信号通路、白介素17信号通路。结论通过网络药理学的研究方法,发现桂枝附子汤治疗RA,不仅发挥了抗炎作用,还与调节机体免疫、保护细胞、抑制骨破坏等多个机制有关。
文摘目的:通过生物信息学方法分析乳腺癌的关键代谢基因并进行生存预后分析。方法:通过癌症基因组图谱(the cancer genome atlas,TCGA)数据库获取乳腺癌转录组数据,利用GSEA数据库查找相关代谢基因,匹配TCGA数据库相关基因,明确最终代谢基因;利用Lasso模型构建,得出生存预后分析结果。结果:得到了3个与乳腺癌相关的代谢基因,分别为POLR2K、NMNAT2、SUCLA2。生存分析结果显示高风险组和低风险组最长生存时间均为24年,年龄、状态、肿瘤分期这3个因素可作为单因素的独立预后。结论:POLR2K基因是最为明显的高表达基因,且初步显示该基因与乳腺癌的发生、发展及预后存在一定相关性,但需要通过实验验证来确认。
文摘目的基于网络药理学方法,探讨桂枝芍药知母汤治疗痛风的作用机制,并阐述其科学原理。方法首先通过TCMSP数据库获取桂枝芍药知母汤中9味中药所含的有效成分,通过数据库预测其作用靶点,将其导入Cytoscape软件,生成药物-活性成分-靶点网络图,进而构建痛风相关的蛋白质-蛋白质相互作用信息图(PPI),再进行基于京都基因与基因组百科全书(Kyoto Encyclopedia of Genes and Genomes,KEGG)的生物通路富集分析以及基因本体(gene ontology,GO)功能富集分析,研究桂枝芍药知母汤治疗痛风的作用机制。结果TCMSP共获得有效成分207个,相关靶点784个。药物-疾病共同靶蛋白65种,通过PPI得出连线较多的有CXCL2、CCL2、CAT、EGF、IL1B、IL6等。药物-活性成分-靶点网络图结果表明,度值较高的活性成分包括槲皮素、木樨草素、山柰酚等。而被影响最多的靶点为PTGS2、HSP90AA1、NOS2等。GO功能分析发现,关键靶点基因在生物学过程(BP)主要参与了对脂多糖的反应、对细菌起源分子的反应、对营养水平的反应等;对分子功能(MF)分析发现,关键靶点基因主要参与细胞因子活性、细胞因子受体结合、信号受体激活物的活性等;细胞成分(CC)分析发现,关键靶点基因主要作用于膜筏、膜微结构域、膜区等。据此推测,作用机制可能与信号转导蛋白以及活性酶调节、细胞凋亡的基因表达有关。KEGG通路富集分析表明,涉及IL-17信号通路、Toll样受体信号通路、NF-κB信号通路、NOD样受体信号通路。结论通过运用网络药理学的研究方法,发现桂枝芍药知母汤治疗痛风具有多靶点、多通路特点,从抗炎、调节机体免疫、保护细胞、抑制骨破坏等多个机制发挥治疗作用。
