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题名五家渠尖缘螺线粒体基因组测序分析
被引量：4
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作者
阿尔祖古丽·买买提吐尔逊
张子俊
张卫红
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机构
新疆大学生命科学与技术学院
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出处
《华北农学报》
CSCD
北大核心
2021年第3期230-238,共9页
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基金
新疆维吾尔自治区科技计划项目(2020D01C043)。
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文摘
为了获得五家渠尖缘螺线粒体基因组全序列,分析其组成特征,探讨其与同科的腐败琥珀螺以及肺螺亚纲相关类群之间的系统发育关系,运用Illumina Hiseq 2000高通量和Sanger测序技术以及MITOS在线注释及Genious R11.0等软件,对五家渠尖缘螺线粒体基因组序列进行了测序与分析。结果表明,五家渠尖缘螺线粒体全基因组序列长度为14086 bp(GenBank登录号:MT670402),AT含量为75.64%,GC含量为24.36%。全基因组序列由13个蛋白质编码基因,22个tRNA基因,2个rRNA基因及1个非编码区组成。13个蛋白质编码基因使用ATN、TTN等为起始密码子,使用TAN、CAT、T等为终止密码子。22个tRNA基因中tRNA^(Ser1)和tRNA^(Ser2)缺失DHU臂。A+T富集区位于COX1与tRNAVal之间,长度为42 bp。五家渠尖缘螺和同科的腐败琥珀螺线粒体基因组基因排列顺序和结构基本相似。从GenBank上下载有关肺螺亚纲及后鳃亚纲的部分种类线粒体全基因序列,构建基于线粒体基因组序列的系统进化树,并对琥珀螺科种类进行系统发育分析。结果显示,五家渠尖缘螺与腐败琥珀螺聚在一起,有较近的亲缘关系。目前,在GenBank有关琥珀螺科线粒体全基因组序列的信息非常少,本研究丰富琥珀螺科种类的基因序列信息,为将来的琥珀螺种类的系统发育分析、资源保护及遗传多样性等研究提供基础数据。
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关键词
五家渠尖缘螺
高通量测序
线粒体基因组
序列分析
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Keywords
Oxyloma wujiqaquensis Li,Guo&Zhang,2017
High-throughput sequencing
Mitochondrial genome
Sequence analysis
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分类号
Q78
[生物学—分子生物学]
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题名新疆一种琥珀螺线粒体基因组测序分析
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作者
马蕊
阿尔祖古丽·买买提吐尔逊
张卫红
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机构
新疆大学生命科学与技术学院新疆生物资源基因工程重点实验室
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出处
《海洋科学》
CAS
CSCD
北大核心
2022年第10期159-166,共8页
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基金
新疆维吾尔自治区自然科学基金项目(2020D01C043)。
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文摘
本研究利用高通量测序技术获得采自新疆昭苏琥珀螺科一未知种的线粒体全基因组序列。该种琥珀螺线粒体基因组全长14219 bp,由13个蛋白质编码基因,22个tRNA基因,2个rRNA基因及1个控制区组成。基因组中AT含量为76.43%,GC含量为23.57%,表现出明显的AT偏好性。13个PCGs多使用ATG为起始密码子,TAA为终止密码子。tRNA基因中tRNA-Ser1和tRNA-Ser2缺少DHU臂,其中tRNA-Ser1在缺失的DHU臂处有一个小的茎环结构。非编码区位于COX3与tRNA-Ile之间,长度为58 bp。琥珀螺科中现有腐败琥珀螺Succinea putris、五家渠尖缘螺Oxyloma wujiaquensis和Omalonyx unguis的线粒体基因组被报道。三者的基因排列顺序和结构基本相似。昭苏琥珀螺未知种的基因排列顺序与它们有所不同。昭苏琥珀螺未知种的tRNA-Tyr和tRNA-Trp基因位于COX2和tRNA-Gly之间,上述三种tRNA-Tyr和tRNA-Trp基因位于tRNA-Ser2和tRNA-Ser1之间。系统发育树结果显示,琥珀螺科的四种聚为一支,为单系群,其中腐败琥珀螺和Omalonyx unguis亲缘关系更近。本研究结果支持昭苏琥珀螺未知种为中国一未报道的属种,但要确定其是否为一新属新种尚需更多的分子和形态数据。
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关键词
新疆
琥珀螺科
高通量测序
线粒体基因组
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Keywords
Xinjiang
Succineidae
high-throughput sequencing
mitochondrial genome
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分类号
Q959.212
[生物学—动物学]
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