目的通过生物信息学分析核受体亚家族6 A组成员1(nuclear receptor subfamily 6 group A member 1,NR6A1)在胃癌中的作用,旨在阐明NR6A1在胃癌中诊断和预后价值,也包括其与免疫细胞浸润的关系。方法肿瘤基因组图谱(the cancer genome at...目的通过生物信息学分析核受体亚家族6 A组成员1(nuclear receptor subfamily 6 group A member 1,NR6A1)在胃癌中的作用,旨在阐明NR6A1在胃癌中诊断和预后价值,也包括其与免疫细胞浸润的关系。方法肿瘤基因组图谱(the cancer genome atlas,TCGA)数据库用于分析NR6A1在胃癌组织与癌旁组织中的表达差异。利用Kaplan-Meier数据库分析NR6A1表达与胃癌患者生存预后的关系,使用R包建立诊断的受试者工作特征(receiver operating characteristic curve,ROC)曲线和列线图(nomogram)模型。cBioPortal和MethSurv数据库用于分析NR6A1基因突变和DNA甲基化,以及对胃癌患者生存预后的影响。仙桃学术用于分析NR6A1表达与免疫细胞浸润丰度的关系。STRING数据库分析与NR6A1蛋白质相互作用网络信息。基因本体论(gene ontology,GO)和京都基因和基因组百科全书(kyoto encyclopedia of genes and genomes,KEGG)富集分析NR6A1相关基因的功能。使用JASPAR和GRNdb数据库预测基因NR6A1上游的转录因子。NR6A1具有转录因子的功能,通过GRNdb数据库预测其下游靶基因,并富集分析相关靶基因的功能。结果TCGA数据库结果表明,NR6A1在胃癌中高表达;Kaplan-Meier数据库提示高表达NR6A1的胃癌患者预后差。ROC曲线分析表明,NR6A1可作为胃癌组织的诊断标志物(AUC=0.851)。基因突变分析,NR6A1基因突变率为2.70%,且发生基因突变的患者预后差。甲基化分析表明,在13个DNA甲基化CpG位点中,cg13409170的低甲基化与患者预后不良有关。免疫浸润分析表明,NR6A1高表达与多种免疫细胞浸润呈负相关。GO和KEGG分析主要富集在RNA转运和降解通路中。利用JASPAR和GRNdb数据库预测基因NR6A1的上游转录因子为KLF5和E2F6。GRNdb数据库预测出转录因子NR6A1的7个下游靶基因(PLEKHG5、GTF2IRD1、CEL、SPRY2、MSL1、HNF4A-AS1、ADNP-AS1),靶基因富集分析功能主要包括突触前易化、Ras蛋白信号转导调控、小GTP酶介导的信号导调控等通路。结论NR6A1在胃癌组织中高表达,其高表达、基因突变、低甲基化与患者预后差有关,且NR6A1和免疫细胞浸润丰度相关,可作为胃癌预后可靠的标志物。展开更多
目的探讨全血C-反应蛋白(C-reactive protein,CRP)联合白细胞参数对支原体感染上呼吸道感染患儿伴发脓毒症的预测价值。方法选取2018年5月至2022年1月皖西卫生职业学院附属医院收治的124例急性上呼吸道感染且支原体IgM抗体检测阳性患儿...目的探讨全血C-反应蛋白(C-reactive protein,CRP)联合白细胞参数对支原体感染上呼吸道感染患儿伴发脓毒症的预测价值。方法选取2018年5月至2022年1月皖西卫生职业学院附属医院收治的124例急性上呼吸道感染且支原体IgM抗体检测阳性患儿作为研究对象,依据是否伴发脓毒症分为两组,其中伴发脓毒症患儿作为观察组(n=35),未伴发脓毒症患儿作为对照组(n=89),检测并分析各组患儿白细胞(white blood cell,WBC)、单核细胞(monocyte,Mon)、淋巴细胞(lymphocyte,Lym)、中性粒细胞(neutrophil,Neu)、嗜酸性粒细胞(eosinophils,Eos)、嗜碱性粒细胞(basophil,Bas)、中性粒细胞与淋巴细胞比值(neutrophil to lymphocyte ratio,NLR)、单核细胞与淋巴细胞比值(monocyte to lymphocyte ratio,MLR)和CRP水平,二元Logistic回归分析伴发脓毒症的危险因素,受试者工作特征(receiver operating characteristics,ROC)曲线分析单一指标和联合指标的预测价值。结果观察组的Lym、Eos和CRP明显高于对照组,MLR明显低于对照组(P<0.05);两组在年龄、性别、WBC、Neu、Mon、Bas和NLR上差异无统计学意义(P>0.05)。二元Logistic回归分析显示,Eos(OR=17.364,95%CI:1.113~270.845)、CRP(OR=1.128,95%CI:1.055~1.206)和MLR(OR=0.005,95%CI:0.000~0.362)均是支原体感染的上呼吸道感染患儿伴发脓毒症的危险因素。ROC曲线分析显示Eos、CRP和MLR预测支原体感染的上呼吸道感染患儿伴发脓毒症的ROC曲线下面积(area under curve,AUC)分别为0.677、0.700和0.647;Eos+CRP+MLR联合预测的AUC=0.843,明显高于单独预测的AUC(P<0.05),联合预测的灵敏度和特异度分别为77.10%和75.30%。结论Eos、CRP和MLR均是支原体感染的上呼吸道感染患儿伴发脓毒症的危险因素,三者联合检测可以提高急性上呼吸道支原体感染进展为脓毒症的预测价值。展开更多
文摘目的通过生物信息学分析核受体亚家族6 A组成员1(nuclear receptor subfamily 6 group A member 1,NR6A1)在胃癌中的作用,旨在阐明NR6A1在胃癌中诊断和预后价值,也包括其与免疫细胞浸润的关系。方法肿瘤基因组图谱(the cancer genome atlas,TCGA)数据库用于分析NR6A1在胃癌组织与癌旁组织中的表达差异。利用Kaplan-Meier数据库分析NR6A1表达与胃癌患者生存预后的关系,使用R包建立诊断的受试者工作特征(receiver operating characteristic curve,ROC)曲线和列线图(nomogram)模型。cBioPortal和MethSurv数据库用于分析NR6A1基因突变和DNA甲基化,以及对胃癌患者生存预后的影响。仙桃学术用于分析NR6A1表达与免疫细胞浸润丰度的关系。STRING数据库分析与NR6A1蛋白质相互作用网络信息。基因本体论(gene ontology,GO)和京都基因和基因组百科全书(kyoto encyclopedia of genes and genomes,KEGG)富集分析NR6A1相关基因的功能。使用JASPAR和GRNdb数据库预测基因NR6A1上游的转录因子。NR6A1具有转录因子的功能,通过GRNdb数据库预测其下游靶基因,并富集分析相关靶基因的功能。结果TCGA数据库结果表明,NR6A1在胃癌中高表达;Kaplan-Meier数据库提示高表达NR6A1的胃癌患者预后差。ROC曲线分析表明,NR6A1可作为胃癌组织的诊断标志物(AUC=0.851)。基因突变分析,NR6A1基因突变率为2.70%,且发生基因突变的患者预后差。甲基化分析表明,在13个DNA甲基化CpG位点中,cg13409170的低甲基化与患者预后不良有关。免疫浸润分析表明,NR6A1高表达与多种免疫细胞浸润呈负相关。GO和KEGG分析主要富集在RNA转运和降解通路中。利用JASPAR和GRNdb数据库预测基因NR6A1的上游转录因子为KLF5和E2F6。GRNdb数据库预测出转录因子NR6A1的7个下游靶基因(PLEKHG5、GTF2IRD1、CEL、SPRY2、MSL1、HNF4A-AS1、ADNP-AS1),靶基因富集分析功能主要包括突触前易化、Ras蛋白信号转导调控、小GTP酶介导的信号导调控等通路。结论NR6A1在胃癌组织中高表达,其高表达、基因突变、低甲基化与患者预后差有关,且NR6A1和免疫细胞浸润丰度相关,可作为胃癌预后可靠的标志物。
文摘目的探讨全血C-反应蛋白(C-reactive protein,CRP)联合白细胞参数对支原体感染上呼吸道感染患儿伴发脓毒症的预测价值。方法选取2018年5月至2022年1月皖西卫生职业学院附属医院收治的124例急性上呼吸道感染且支原体IgM抗体检测阳性患儿作为研究对象,依据是否伴发脓毒症分为两组,其中伴发脓毒症患儿作为观察组(n=35),未伴发脓毒症患儿作为对照组(n=89),检测并分析各组患儿白细胞(white blood cell,WBC)、单核细胞(monocyte,Mon)、淋巴细胞(lymphocyte,Lym)、中性粒细胞(neutrophil,Neu)、嗜酸性粒细胞(eosinophils,Eos)、嗜碱性粒细胞(basophil,Bas)、中性粒细胞与淋巴细胞比值(neutrophil to lymphocyte ratio,NLR)、单核细胞与淋巴细胞比值(monocyte to lymphocyte ratio,MLR)和CRP水平,二元Logistic回归分析伴发脓毒症的危险因素,受试者工作特征(receiver operating characteristics,ROC)曲线分析单一指标和联合指标的预测价值。结果观察组的Lym、Eos和CRP明显高于对照组,MLR明显低于对照组(P<0.05);两组在年龄、性别、WBC、Neu、Mon、Bas和NLR上差异无统计学意义(P>0.05)。二元Logistic回归分析显示,Eos(OR=17.364,95%CI:1.113~270.845)、CRP(OR=1.128,95%CI:1.055~1.206)和MLR(OR=0.005,95%CI:0.000~0.362)均是支原体感染的上呼吸道感染患儿伴发脓毒症的危险因素。ROC曲线分析显示Eos、CRP和MLR预测支原体感染的上呼吸道感染患儿伴发脓毒症的ROC曲线下面积(area under curve,AUC)分别为0.677、0.700和0.647;Eos+CRP+MLR联合预测的AUC=0.843,明显高于单独预测的AUC(P<0.05),联合预测的灵敏度和特异度分别为77.10%和75.30%。结论Eos、CRP和MLR均是支原体感染的上呼吸道感染患儿伴发脓毒症的危险因素,三者联合检测可以提高急性上呼吸道支原体感染进展为脓毒症的预测价值。
