二代高通量测序仪在大规模地中海贫血基因检测的应用价值 被引量：5

1

作者 宋春林 刘正平 +2 位作者 陈淑芬 刘鼎 周成 《中国医疗设备》 2016年第S1期15-15,共1页

目的探讨二代高通量测序仪在大规模地中海贫血基因检测的应用价值。方法随机选取我院收治的疑为地中海贫血患者1368例作为研究对象,采用二代高通量测序仪检测地中海贫血基因,同时以GAP-PCR和RDB-PCR方法检测常见地贫突变,以Sanger测序验... 目的探讨二代高通量测序仪在大规模地中海贫血基因检测的应用价值。方法随机选取我院收治的疑为地中海贫血患者1368例作为研究对象,采用二代高通量测序仪检测地中海贫血基因,同时以GAP-PCR和RDB-PCR方法检测常见地贫突变,以Sanger测序验证,并对检测结果进一步分析。结果 1368例样本中一共检出了523例(38.2%)共25种地中海贫血基因突变。常规基因检测阴性而NGS测序阳性结果经Sanger测序结果一致。结论二代高通量测序仪对疑为地中海贫血患者进行地中海贫血基因大规模筛查的应用具有通量高的特点,值得在临床上推广应用。 展开更多

关键词 二代高通量测序仪 地中海贫血 基因检测

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二代高通量测序肺癌驱动基因突变诊断sMPLC的价值

2

作者 蔡成杰 叶敏 林志潮 《中外医学研究》 2022年第20期77-80,共4页

目的:分析二代高通量测序肺癌驱动基因突变诊断同时性多原发肺癌(synchronous multiple primary lung cancer,sMPLC)的价值。方法:选取2020年6月-2021年6月江门市中心医院30例sMPLC患者手术标本作为试验组,同时收集30例经病理证实的肺... 目的:分析二代高通量测序肺癌驱动基因突变诊断同时性多原发肺癌(synchronous multiple primary lung cancer,sMPLC)的价值。方法:选取2020年6月-2021年6月江门市中心医院30例sMPLC患者手术标本作为试验组,同时收集30例经病理证实的肺内转移癌患者手术标本作为对照组。两组均采用二代高通量测序技术检测30例sMPLC患者肺癌组织手术标本及肺内转移癌患者手术标本11个肺癌驱动基因突变。统计突变类型,对比两组11个肺癌驱动基因(EGFR、ALK、HER2、BRAF、MET、KRAS、NRAS、PIK3CA、RET、ROS1、TP53)突变情况。分析试验组及对照组基因突变阳性率。结果:试验组中EGFR突变者共有6例,其中1例患者的两对基因具有双位点突变,试验组EGFR基因突变有7对,对照组EGFR基因突变有2例。两组EGFR基因突变率比较差异无统计学意义(P>0.05)。试验组KRAS基因突变有6例,对照组KRAS基因突变有1例,试验组KRAS基因突变率高于对照组(P<0.05)。试验组TP53突变者共有9例,其中3例患者具有双位点突变,因此TP53共有12对突变位点。对照组均为单位点突变有2例,试验组TP53基因突变率高于对照组。两组RET、MET、ALK基因突变均为1例,两组RET、MET、ALK基因突变率比较差异均无统计学意义(P>0.05)。试验组基因突变阳性率为80.00%(24/30),对照组基因突变阳性率为26.67%(8/30)。结论:采用二代高通量测序技术,可以更加全面地检测出肺癌患者11个驱动基因中具有显著临床意义的突变位点,并且能提供可能的良性变异信息,提高预防和诊断肺癌基因突变的准确性和效率,从而让患者从靶向治疗中获益,值得临床推广。 展开更多

关键词 二代高通量测序 多驱动基因突变 同时性多原发肺癌

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基于二代高通量测序技术的新型冠状肺炎病毒S朊突变点分析 被引量：3

3

作者 徐朋朋 李爽 +1 位作者 金德才 万云洋 《微生物学杂志》 CAS CSCD 2021年第1期52-57,共6页

通过对美国华盛顿洲在2020年3至4月底爆发的新冠肺炎病人二代高通量测序数据分析,找出新冠病毒刺突糖蛋白(简称S朊)中存在的所有突变类型,为研究病毒在体内复制的突变规律及研究疫苗提供基础资料。利用NCBI中公布的130例美国华盛顿区报... 通过对美国华盛顿洲在2020年3至4月底爆发的新冠肺炎病人二代高通量测序数据分析,找出新冠病毒刺突糖蛋白(简称S朊)中存在的所有突变类型,为研究病毒在体内复制的突变规律及研究疫苗提供基础资料。利用NCBI中公布的130例美国华盛顿区报道的新冠肺炎病人二代高通量测序数据,进行序列组装,并对其朊编码基因进行深度突变分析,找出其潜在的疑似抗原变异位点(antigen variation,以下简称突变点)。排除30条未获全长的数据,共获得100份病人完整的SARS CoV 2序列,其S朊编码基因,主要突变点集中在S1区的SP区及受体结合区(RBD)之前的间隔区(突变区基本呈连续分布:126aa~153aa,194aa~204aa)和S2区的1250aa~1270aa区。100份样本的数据研究结果显示,新冠病毒S基因在病人体内复制过程中较为稳定,编码氨基酸的突变点(突变频率>15%)呈单样本散在分布,且S2区较S1区更为稳定。未在新冠病毒的RBD区找到突变率>20%的点,而S区散在零星突变区域主要集中在S1区间隔区(126aa~153aa,194aa~204aa处,且基本呈连续分布)和S2末端约20aa处。 展开更多

关键词 二代高通量测序 新型冠状肺炎病毒 新型冠状病毒肺炎 刺突糖朊 突变点

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感染病原二代高通量基因测序技术诊断肾移植术后非HIV型肺孢子菌肺炎一例 被引量：9

4

作者 周燕琳 陈亚娟 《临床内科杂志》 CAS 2020年第1期43-44,共2页

患者,女,27岁,因“咳嗽咳痰伴活动后气促半月,加重1周,发热3天”于2018年11月13日入院。患者入院半月前因受凉后出现咳嗽,干咳为主,偶咳白色黏痰,伴活动后气促,于门诊行胸部X线片检查结果示双肺中下野斑片状模糊影,考虑肺炎,予莫西沙星4... 患者,女,27岁,因“咳嗽咳痰伴活动后气促半月,加重1周,发热3天”于2018年11月13日入院。患者入院半月前因受凉后出现咳嗽,干咳为主,偶咳白色黏痰,伴活动后气促,于门诊行胸部X线片检查结果示双肺中下野斑片状模糊影,考虑肺炎,予莫西沙星400 mg每日1次,治疗7天后复查胸部X线片,结果提示病变吸收不明显,予法罗培南0.2 mg每日3次治疗。 展开更多

关键词 感染病原二代高通量基因测序技术 感染 肺孢子菌肺炎 肾移植

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应用新一代高通量测序技术探讨含氟涂料对患龋乳前牙菌斑微生物的影响 被引量：1

5

作者 杨琳 张璐 李延平 《口腔材料器械杂志》 2017年第4期178-183,共6页

目的应用新一代高通量测序技术,了解含氟涂料处理患龋乳前牙前后菌斑微生物的变化。方法选取20名乳前牙患龋的学龄前儿童,菌斑生物膜样本采自含氟涂料处理前和处理后3天、7天和30天的乳前牙患龋牙面;抽提全基因组DNA后,用16S r RNA基因V... 目的应用新一代高通量测序技术,了解含氟涂料处理患龋乳前牙前后菌斑微生物的变化。方法选取20名乳前牙患龋的学龄前儿童,菌斑生物膜样本采自含氟涂料处理前和处理后3天、7天和30天的乳前牙患龋牙面;抽提全基因组DNA后,用16S r RNA基因V4-V5高变区为引物扩增后,运用Mi Seq测序平台测序并分析。结果 4个时间点菌斑生物膜微生物多样性Shannon指数的比较表明,涂氟后3天、后7天比涂氟前的Shannon指数更低(P=0.011;P=0.016),提示菌斑生物膜的微生物多样性降低;涂氟后30天和涂氟前的Shannon指数持平(P>0.05),提示涂氟后菌斑生物膜的微生物多样性恢复至涂氟前的状态;PCA分析也进一步表明和Shannon指数一致;4个时间点优势菌属的比较表明涂氟后3天、后7天、后30天和涂氟前优势菌属的种类和相对丰度均没有差异,说明含氟涂料对菌斑生物膜的多样性的抑制作用没有特异性。结论含氟涂料对患龋乳前牙牙面菌斑微生物在一定时间内有明显的抑制作用,抑制作用无特异性,微生物多样性经过一段时间还能恢复至原有状态。 展开更多

关键词 含氟涂料 龋齿 菌斑生物膜 微生物多样性 二代高通量测序技术

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高通量测序技术检测髓系肿瘤基因突变情况及其临床预后意义分析

6

作者 欧阳敏 江滨 +8 位作者 张梅香 胡文青 史琳 刘建新 张亚运 王春键 王芳 张瑶 任汉云 《中国实验血液学杂志》 CAS CSCD 北大核心 2023年第4期992-998,共7页

目的:利用高通量测序技术检测髓系肿瘤患者的基因突变情况,并探讨其与预后的相关性。方法:回顾性分析2020年1月至2021年5月期间在北大国际医院血液科住院的56例髓系肿瘤患者,应用二代测序技术检测患者的基因突变情况,并分析不同髓系肿... 目的:利用高通量测序技术检测髓系肿瘤患者的基因突变情况,并探讨其与预后的相关性。方法:回顾性分析2020年1月至2021年5月期间在北大国际医院血液科住院的56例髓系肿瘤患者,应用二代测序技术检测患者的基因突变情况,并分析不同髓系肿瘤基因突变的异同以及与疾病预后的相关性。结果:56例患者中,单例患者检出突变基因数目为0-9个,中位值为3个,最常见的突变基因为RUNX1(21.4%)、TET2(17.9%)、DNMT3A(17.9%)、TP53(14.3%)、ASXL1(14.3%)等,其中信号通路相关基因突变最多(23.3%),其次为转录因子相关基因突变(18.3%)。84%的患者携带多个突变基因(≥2),WT1与FLT3、NPM1与FLT3-ITD、MYC与FLT3等均存在明显共突变的情况。TP53突变在MDS患者中显著多见。NRAS突变患者生存期明显缩短(P=0.049);TP53突变患者与未突变患者相比预后较差,但差异未达统计学意义(P=0.08)。结论:利用二代测序技术可以更深入地了解髓系肿瘤的发病机制,对判断预后和寻找可能的治疗靶点有重要意义。 展开更多

关键词 高通量测序/二代测序 髓系肿瘤 基因突变 预后

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高通量二代测序在预防出生缺陷产前诊断中的作用 被引量：11

7

作者 王彦林 程蔚蔚 《中国计划生育和妇产科》 2016年第1期1-5,13,共6页

随着基因组检测技术的迅猛发展,高通量二代测序在预防出生缺陷中发挥越来越重要的作用,尤其在出生缺陷的二级预防中举足轻重,并使有创的产前检测更加精准,无创的产前检测更加深入人心。本文将对其在预防出生缺陷产前诊断中的作用作一述评。

关键词 高通量二代测序 出生缺陷

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贵州兴义美花石斛基因组特征研究

8

作者 王维泽 周舒婷 +3 位作者 杜致辉 晋宇轩 张朝君 陈之林 《种子》 北大核心 2025年第1期66-71,共6页

本研究以贵州兴义浓香型美花石斛(Dendrobium loddigesii)为材料,通过染色体制片、流式细胞术和二代高通量技术相互验证,分析贵州兴义浓香型美花石斛群体染色体数量、大小、倍性等特征。结果表明,染色体制片观察到贵州兴义美花石斛染色... 本研究以贵州兴义浓香型美花石斛(Dendrobium loddigesii)为材料,通过染色体制片、流式细胞术和二代高通量技术相互验证,分析贵州兴义浓香型美花石斛群体染色体数量、大小、倍性等特征。结果表明,染色体制片观察到贵州兴义美花石斛染色体数量为2 n=2 x=38,流式细胞术估算贵州兴义美花石斛基因组大小为1.79 Gb,根据高通量测序估算贵州美花石斛的基因组大小为1.70 Gb,重复序列比例为62.99%,杂合度为0.65%,GC含量为33.41%,贵州兴义美花石斛属于微杂合高重复基因组,是目前已知二倍体石斛中基因组最大的石斛,可作为探究石斛属物种演化及芳香型石斛育种研究的重要参考物种。 展开更多

关键词 美花石斛 基因组 染色体制片 流式细胞术 二代高通量测序

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寒旱区柠条根际细菌群落结构与多样性研究 被引量：5

9

作者 张春林 尚晓蕊 +3 位作者 赵鑫 孙震 王瑞刚 李龙梅 《北方园艺》 CAS 北大核心 2021年第17期97-103,共7页

以柠条为试材,采用Illumina MiSeq二代高通量测序技术对16S rDNA基因进行测序,研究了不同地区和同一地区不同取样点的柠条根际土壤细菌微生物群落结构及多样性,以期为认识和利用柠条根际细菌微生物及对柠条抗寒抗旱性的深入研究提供参... 以柠条为试材,采用Illumina MiSeq二代高通量测序技术对16S rDNA基因进行测序,研究了不同地区和同一地区不同取样点的柠条根际土壤细菌微生物群落结构及多样性,以期为认识和利用柠条根际细菌微生物及对柠条抗寒抗旱性的深入研究提供参考依据。结果表明:同地区不同取样点的9个样品共检测出11个相对丰度较高的类群,相对丰度高的共有优势门是Actinobacteria(22.40%~36.41%)、Proteobacteria (18.46%~35.61%)、Acidobacteria(6.67%~25.73%)、Chloroflexi(5.04%~15.26%)和Bacteroidetes(2.85%~6.83%)。在属水平,未知属norankc_Subgroup6是其共有优势属,每个样品中物种分布广泛但相对丰度较低。巴彦淖尔盟地区主要类群为Sphingomonas、Arthrobacter、Streptomyces、Nocardioides、Mycobacterium和Aeromicrobium。赤峰3个样品的细菌组成具有较大差异,主要的类群为Arthrobacter、Bacillus、Streptomyces和Sphingomonas。乌兰察布3个样品的物种组成也具有一定差异,主要类群为Arthrobacter、Bacillus和Streptomyces。柠条根际土壤细菌种类繁多,同一地区不同取样点细菌群落结构和多样性相近,不同地区间赤峰和乌兰察布样品的细菌微生物丰富性高于巴彦淖尔盟样品。 展开更多

关键词 柠条 根际细菌 多样性 二代高通量测序

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阴道微生物多样性与高危型HPV感染的相关性研究 被引量：19

10

作者 邱兴堤 吴安玥 +3 位作者 李栋 洪祖蓓 顾李颖 邱丽华 《现代妇产科进展》 CSCD 北大核心 2018年第6期421-425,共5页

目的:探讨阴道微生物多样性与宫颈高危型HPV(hr HPV)感染的相关性。方法:选取于上海交通大学医学院附属仁济医院体检中心体检或社区募集的68例HPV阴性妇女(正常组)和75例hr HPV感染妇女(感染组)。采用16S rRNA基因扩增技术和二代高通量... 目的:探讨阴道微生物多样性与宫颈高危型HPV(hr HPV)感染的相关性。方法:选取于上海交通大学医学院附属仁济医院体检中心体检或社区募集的68例HPV阴性妇女(正常组)和75例hr HPV感染妇女(感染组)。采用16S rRNA基因扩增技术和二代高通量测序技术分析其阴道微生物组成。结果:两组妇女阴道微生物在门水平,均以厚壁菌门为主要物种,但与正常组(73.23%)相比,感染组(68.77%)所占比例下降。与正常组相比,感染组放线菌门所占比例亦下降,而变形菌门和无壁菌门所占比例明显升高。在种水平,两组均以乳杆菌为主要菌群,其中惰性乳杆菌为优势菌群,在正常组、感染组的比例分别为41.41%、28.03%,其次为阴道加德纳菌。与正常组相比,感染组惰性乳杆菌和阴道加德纳菌所占比例呈下降趋势;而芽孢杆菌、普氏菌、巨球菌、纤毛球菌、链球菌所占比例呈上升趋势。与正常组相比,感染组物种丰富度指数Sobs指数、Ace指数均升高,物种多样性指数Shannon指数升高,Simpson指数降低,差异有统计学意义。利用LEf Se及LDA判别分析两组特征意义的物种,芽孢杆菌、志贺杆菌、海洋杆菌可作为感染组的生物标记物种,乳杆菌、加德纳菌、阴道奇异菌为正常组的生物标记物种。结论:上海地区高危HPV感染女性具有阴道微生物菌群多样性和丰富度增加,乳杆菌水平减少的特点,芽孢杆菌、志贺杆菌和海洋杆菌可作为其生物标记物种,为临床今后从调节阴道微生态角度治疗高危HPV感染提供理论依据。 展开更多

关键词 阴道微生态 高危型HPV感染 16S rRNA、二代高通量测序 生物标记物

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中国非小细胞肺癌BRAF V600、EGFR 基因突变患者的临床病理特征分析 被引量：13

11

作者 张海艳 胡春生 +1 位作者 刘斌 戴助 《临床肿瘤学杂志》 CAS 北大核心 2019年第6期559-562,共4页

目的 探讨中国非小细胞肺癌(NSCLC)患者BRAFV600E、EGFR基因突变与临床病理特性之间的关系。方法 回顾性分析225例NSCLC患者的临床病历资料,采用二代高通量测序法检测BRAFV600和EGFR基因突变情况,特定突变患者采用ddPCR进行验证。比较E... 目的 探讨中国非小细胞肺癌(NSCLC)患者BRAFV600E、EGFR基因突变与临床病理特性之间的关系。方法 回顾性分析225例NSCLC患者的临床病历资料,采用二代高通量测序法检测BRAFV600和EGFR基因突变情况,特定突变患者采用ddPCR进行验证。比较EGFR、BRAF基因突变情况与NSCLC临床病理特征(吸烟史、性别、病理类型、临床分期)的关系。结果 BRAFV600E突变率为4.44%(10/225),多见于女性患者(P=0.015),与吸烟史、临床分期及病理类型无关。EGFR突变率为44.4%(100/225),多见于女性不吸烟患者(P<0.05)。3例原发BRAFV600E和EGFR双突变患者服用EGFR-TKI后无进展生存时间(PFS)分别为4、7和5个月。结论 BRAFV600E在中国NSCLC患者中的突变率较低。BRAFV600E突变在女性患者中的突变率显著高于男性患者。原发EGFR与BRAFV600E基因双突变患者很可能从EGFR-TKI中获益。 展开更多

关键词 非小细胞肺癌 BRAF突变 EGFR突变 二代高通量测序

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Graves病患者外周血单个核细胞中环状RNA表达谱分析

12

作者 王雪华 彭辉勇 +2 位作者 朱樟伟 邹君丽 柳迎昭 《江苏大学学报（医学版）》 CAS 2021年第6期467-472,500,共7页

目的:探讨Graves病患者外周血单个核细胞(PBMCs)中环状RNA(circRNA)的表达谱及其潜在的诊断价值。方法:选取5例Graves病患者和5例健康对照者,采用二代高通量测序技术分析PBMCs中circRNA表达谱。另选取40例Graves病患者和40例健康对照者... 目的:探讨Graves病患者外周血单个核细胞(PBMCs)中环状RNA(circRNA)的表达谱及其潜在的诊断价值。方法:选取5例Graves病患者和5例健康对照者,采用二代高通量测序技术分析PBMCs中circRNA表达谱。另选取40例Graves病患者和40例健康对照者验证差异表达的circRNA;根据CircInteractome数据库预测可能与差异表达的circRNA相结合的微小RNA(miRNA);运用生物信息学分析差异表达的circRNA潜在的生物学功能;ROC曲线分析差异表达的circRNA对Graves病的诊断价值。结果:二代高通量测序数据显示,与健康对照相比,Graves病患者PBMCs中circRNA有23215个表达上调,13695个表达下调,其中显著差异表达(差异倍数≥2,P≤0.05)的有669个,包括360个上调和309个下调的circRNA。实时荧光定量PCR验证显示hsa_circ_0114427、hsa_circ_0007470、hsa_circ_0048232、hsa_circ_0002672表达水平与高通量测序结果一致,且两组间差异具有统计学意义(P<0.01和P<0.05),hsa_circ_0039161和hsa_circ_0002600表达两组间无明显差异。GO富集分析显示,上调的circRNA与高分子代谢、细胞内膜结合细胞器、转移酶激活等过程关系密切。KEGG分析显示,差异表达的circRNA可能参与甲状腺激素信号、磷脂酰肌醇信号系统、非小细胞肺癌等相关信号通路。ROC曲线显示hsa_circ_0114427具有较大的曲线下面积。结论:Graves病患者PBMCs中存在明确差异表达的circRNA,hsa_circ_0114427可能与Graves病的发生发展有关。 展开更多

关键词 GRAVES病 环状RNA 二代高通量测序 生物标志物 外周血单个核细胞

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目标区域捕获测序检测到一视网膜色素变性家系ABCA4基因新突变 被引量：1

13

作者 丁思加 陈雪 +2 位作者 赵堪兴 盛迅伦 赵晨 《中华眼视光学与视觉科学杂志》 CAS CSCD 2016年第3期142-147,共6页

目的研究我国一个常染色体隐性遗传的视网膜色素变性（RP）家系患者的临床表型及致病基因突变，并分析表型与基因型间的关系。方法实验研究。收集了宁夏人民医院眼科诊治的一个RP家系的临床资料，共有7名家庭成员参与研究，其中包括2名... 目的研究我国一个常染色体隐性遗传的视网膜色素变性（RP）家系患者的临床表型及致病基因突变，并分析表型与基因型间的关系。方法实验研究。收集了宁夏人民医院眼科诊治的一个RP家系的临床资料，共有7名家庭成员参与研究，其中包括2名患者和5名正常成员。完善家系内所有参与成员的眼科检查，包括最佳矫正视力（BCVA）、视野、眼底照相、光学相干断层扫描（OCT）及全视野视网膜电流图（ERG）等。针对180个已知的遗传性视网膜疾病致病基因及9个高度可疑的候选基因设计目标区域捕获芯片，利用该捕获芯片对先证者（Ⅳ-4）进行目标区域内的高通量二代测序，借助优化的生物信息学分析对捕获的遗传变异进行筛查过滤，最终通过家系内共分离验证确认致病突变，进一步分析该突变与患者表型间的关系。结果临床检查结果表明该家系内的2名患者的临床表现均符合典型的RP改变，遗传学分析结果证实了ABCA4基因c．419G〉A突变是该家系的致病突变。该突变导致了ABCA4基因所编码的蛋白第140号氨基酸由精氨酸变为谷氨酰胺（p．Arg140Gln），保守性分析显示该突变位点在各物种中高度保守，PloyPhen-2软件预测结果表明该突变具有较高的致病性。结论本研究借助基于高通量二代测序平台的目标区域捕获测序，首次发现了ABCA4基因新突变p．Argl40Gln是一个常染色体隐性遗传RP家系的致病突变，进一步扩充了ABCA4基因的遗传突变谱及表型谱。 展开更多

关键词 视网膜炎 色素性 ABCA4基因 高通量二代测序 基因突变

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急性髓系白血病克隆演化与微小残留病的检测 被引量：1

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作者 李蔚 邱林 《中华转移性肿瘤杂志》 2022年第1期83-87,共5页

急性髓系白血病(AML)是具有高度异质性的血液系统恶性肿瘤,其表现为髓系肿瘤细胞在外周血、骨髓、髓外组织的克隆性扩增,导致患者贫血、出血、发热,直至死亡。微小残留病(MRD)是检测AML肿瘤负荷最有效的手段,常用的方法包括多参数流式... 急性髓系白血病(AML)是具有高度异质性的血液系统恶性肿瘤,其表现为髓系肿瘤细胞在外周血、骨髓、髓外组织的克隆性扩增,导致患者贫血、出血、发热,直至死亡。微小残留病(MRD)是检测AML肿瘤负荷最有效的手段,常用的方法包括多参数流式细胞术和RT-PCR。但二代高通量测序(NGS)技术更适合检测AML患者克隆演化过程,因为其可以同时检测高通量的突变基因。本文就AML克隆演化及NGS检测AML的MRD的最新进展做一综述。 展开更多

关键词 急性髓系白血病 微小残留病 二代高通量测序检测

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甲型肝炎病毒疫苗株H2株的连续传代及其基因稳定性 被引量：1

15

作者 王东宝 曹晗 +5 位作者 郑勇 史小军 马忠飞 段颖融 邓燕 孙明波 《中华实验和临床病毒学杂志》 CAS CSCD 2018年第1期80-84,共5页

目的 分析甲型肝炎减毒活疫苗H2株（hepatitis A virus H2 live attenuated vaccine strain）毒种H2M20K7（K7）经连续传代后病毒基因的遗传稳定性.方法 将H2株毒种K7用细胞工厂在人二倍体细胞KMB17中进行连续传代后,收获不同代次的病毒... 目的 分析甲型肝炎减毒活疫苗H2株（hepatitis A virus H2 live attenuated vaccine strain）毒种H2M20K7（K7）经连续传代后病毒基因的遗传稳定性.方法 将H2株毒种K7用细胞工厂在人二倍体细胞KMB17中进行连续传代后,收获不同代次的病毒,提取病毒RNA,用二代高通量深度测序方法,测定不同代次病毒（K7,K10,Kll,K13,K15,K18）的全基因序列,对比分析病毒的基因变异率,同时对病毒的感染性滴度进行检测和对比.结果 H2M20K7主代毒种经连续传代后,不同代次病毒的全基因序列总体变异率较低,非同义突变率小于0.58％,基因结构稳定;在5＇NCR非编码区域的基因突变率＜0.1％;在VP1/2 A、2C毒力位点区域突变率小于0.01％;不同代次病毒的感染性滴度维持在7.76～ 8.50 lgCCID50/ml之间,P值为0.981差异无统计学意义.结论 H2M20K7主代毒种、工作毒种、疫苗批病毒及经过连续传代后的各代次病毒基因结构稳定;在5＇NCR非编码区未发生明显突变,毒力相关位点VP1/2 A、2B、2C等关键位点的基因均为减毒特征,变异率极低,未引起病毒毒力特征改变.病毒感染性稳定且符合要求,具有较好的遗传稳定性. 展开更多

关键词 甲肝病毒H2株 基因稳定性 二代高通量全基因测序 核苷酸序列

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狒狒巴拉姆希阿米巴脑炎患儿1例

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作者 刘厚兴 钟小明 《赣南医科大学学报》 2025年第3期255-256,300,共3页

狒狒巴拉姆希阿米巴脑炎(Balamuthia amoebic encephalitis,BAE)是一种人兽共患疾病,全球散发,目前国内陆续报道37例,全球仅200余例^([1-2])。由于BAE临床症状不典型,脑脊液常规检查缺乏特异性,且临床罕见,很多医师缺乏认识,警惕性不高... 狒狒巴拉姆希阿米巴脑炎(Balamuthia amoebic encephalitis,BAE)是一种人兽共患疾病,全球散发,目前国内陆续报道37例,全球仅200余例^([1-2])。由于BAE临床症状不典型,脑脊液常规检查缺乏特异性,且临床罕见,很多医师缺乏认识,警惕性不高,易误诊。赣南医科大学第一附属医院儿童重症监护室(Pediatric intensive care unit,PICU)通过脑脊液高通量二代测序(Next-generation sequencing,NGS)诊断BAE患儿1例。 展开更多

关键词 脑炎 狒狒巴拉姆希阿米巴 高通量二代测序 儿童

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MYH7基因Glu931del突变导致恶性肥厚型心肌病 被引量：3

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作者 王越夫 王怡璐 +4 位作者 王东 邹玉宝 惠汝太 宋雷 王继征 《中国分子心脏病学杂志》 CAS 2014年第5期1094-1097,共4页

目的本研究拟查明1个中国汉族肥厚型心肌病(HCM)家系的致病突变,并探讨基因型-表型关联。方法利用二代测序技术,全面筛查家系先证者的28个HCM相关致病基因。通过Sanger测序,在家系中验证和筛查发现的可能致病突变,并对突变携带者进行表... 目的本研究拟查明1个中国汉族肥厚型心肌病(HCM)家系的致病突变,并探讨基因型-表型关联。方法利用二代测序技术,全面筛查家系先证者的28个HCM相关致病基因。通过Sanger测序,在家系中验证和筛查发现的可能致病突变,并对突变携带者进行表型分析。结果二代测序发现先证者携带MYH7基因Glu931del杂合突变。家系筛查发现4名患者均携带该突变,突变与疾病共分离,该突变为此HCM家系的致病突变,常染色体显性遗传。Glu931del突变位于MYH7基因第23外显子,三个核苷酸缺失(c.2791_2793del GAG),导致其所编码的心脏β-肌球蛋白重链的第931位谷氨酸缺失。MYH7基因第931位谷氨酸残基在不同物种间高度保守。临床表型分析发现,家系中4例患者的左心室最厚厚度在19mm-30mm之间,静息状态均无明显左室流出道梗阻,表现为胸痛、心悸和呼吸困难,并伴黑曚或有晕厥史。该家系另有两例患者在家系筛查前发生猝死,确诊年龄分别为5岁和6岁,死亡年龄均为16岁。该家系随访12年,HCM临床症状进展较快,1例患者左心室最大厚度由7mm发展为30mm,两例患者心功能进展为NYHA分级Ⅲ/Ⅳ级。结论 MYH7基因Glu931del突变导致的HCM表型较严重,易发生猝死和心衰,但也存在较大的表型异质性。二代高通量测序可以用于HCM致病基因的全面筛查。 展开更多

关键词 肥厚型心肌病 MYH7基因 突变 二代高通量测序 基因型-表型分析

原文传递

SEC23B基因突变诊断先天性红细胞生成异常性贫血Ⅱ型1例并文献复习

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作者 孙慧敏 姜中兴 王卫敏 《重庆医学》 CAS 2019年第9期1513-1515,1519,共4页

目的探讨分子生物学基因突变检测对于复杂、罕见遗传性疾病诊断的重要性,以提高对先天性红细胞生成异常性贫血(CDA)的认识。方法运用高通量二代测序技术对申请人进行血液系统疾病相关基因全外显子编码区及剪切区序列测定,在确定致病基因... 目的探讨分子生物学基因突变检测对于复杂、罕见遗传性疾病诊断的重要性,以提高对先天性红细胞生成异常性贫血(CDA)的认识。方法运用高通量二代测序技术对申请人进行血液系统疾病相关基因全外显子编码区及剪切区序列测定,在确定致病基因后,应用Sanger测序法进行验证,同时检测申请人父母的基因型。通过分析此病例资料并复习相关文献。结果申请人为年轻女性,成年后发现贫血、黄疸,脾大,胆囊结石,血象呈正细胞轻度贫血;血片可见6%球形红细胞;光镜下骨髓形态存在双核幼红细胞,以哑铃核、花核多见,偶见点彩,占有核红细胞的12%;申请人及其父母血液系统疾病基因筛查(高通量二代测序):申请人存在SEC23B基因c.74C>A(p.Pro25His)和c.1588C>T(p.Arg530Trp)复合杂合变异;其母存在SEC23B基因c.74C>A(p.Pro25His)杂合变异;其父存在SEC23B基因c.1588C>T(p.Arg530Trp)杂合变异。未行骨髓电镜、十二烷基硫酸钠聚丙烯酰胺凝胶电泳(SDS-PAGE)检查。诊断为CDAⅡ型(CDAⅡ),因其未出现严重的铁过载等并发症,观察随访。结论 SEC23B基因c.74C>A(p.Pro25His)和c.1588C>T(p.Arg530Trp)复合杂合变异是本例CDAⅡ患者的可能分子发病机制,积极开展与该病相关的CDAN1、C150RF41、SEC23B、KIF23、KLF1和GATA1基因检测极为重要。 展开更多

关键词 贫血 红细胞生成障碍性 先天性 高通量二代测序 SEC23B基因

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