目的:分析上海市人类免疫缺陷病毒(human immunodeficiency virus,HIV)1型(HIV-1)感染者的分子流行特征及影响因素,为制定有效干预措施提供科学依据。方法:收集2015年至2018年新报告的HIV-1感染者血清样本1322例,通过巢式PCR扩增HIV-1po...目的:分析上海市人类免疫缺陷病毒(human immunodeficiency virus,HIV)1型(HIV-1)感染者的分子流行特征及影响因素,为制定有效干预措施提供科学依据。方法:收集2015年至2018年新报告的HIV-1感染者血清样本1322例,通过巢式PCR扩增HIV-1pol区基因序列,根据pol基因序列进行病毒亚型分析,基于最适基因距离构建分子网络,分析分子网络特征及其影响因素。结果:1322例血清样本共获得1241条HIV-1pol区基因序列,发现12种HIV基因型,以CRF01_AE和CRF07_BC亚型为主,分别占50.93%和34.00%。有530条序列进入分子网络,入网率为42.71%(530/1241),共形成95个传播簇,簇内节点数为2~219个,其中有一个大簇,节点数为219个(41.32%,219/530)。入网率最高的亚型是CRF07_BC(59.48%,251/422),其次是01B(52.46%,32/61)和CRF01_AE(34.55%,218/631)。男男性行为传播相较于异性性传播更容易形成网络。结论:2015年至2018年上海市HIV-1基因亚型多样,以CRF01_AE和CRF07_BC亚型为主要优势毒株,分子网络呈聚集性分布,男男性接触者(men who have sex with men,MSM)HIV-1感染者具有更快的病毒传播能力,导致更高的感染率,更易进入网络成为高风险传播者。加强HIV-1分子监测可及时了解毒株在不同人群中的传播动态,可帮助公共卫生部门采取有效的干预措施。展开更多
目的 了解哈尔滨市男男性行为(men who have sex with men, MSM)人群中新确诊HIV-1感染者体内CRF01-AE亚型毒株成簇性特征,为制定科学有效的防控措施提供依据。方法 收集哈尔滨市2017年新确诊MSM人群中HIV-1感染者流行病学及人口学信息...目的 了解哈尔滨市男男性行为(men who have sex with men, MSM)人群中新确诊HIV-1感染者体内CRF01-AE亚型毒株成簇性特征,为制定科学有效的防控措施提供依据。方法 收集哈尔滨市2017年新确诊MSM人群中HIV-1感染者流行病学及人口学信息,通过DNA测序和基因分型,对CRF01-AE亚型的序列进行成簇性分析。结果 本研究共获得108条CRF01-AE亚型序列,以簇内基因距离≤0.045和Bootstrap≥90%为界定簇标准,产生传播簇15个,其中由10条序列构成的传播簇1个;患者年龄、常住地、性伴数、性取向、婚姻状况、性病史在未成簇与成簇2组中差异均具有统计学意义(P均<0.05)。结论 CRF01-AE亚型毒株是哈尔滨市MSM HIV-1感染者中的优势传播株,具有较强的成簇性,在艾滋病防控中对于未婚、性行为活跃的青壮年人群及与该人群关系密切的人群须高度关注。展开更多
聚类分析针对不同的数据特点采用不同的相似性度量,现实世界中数据分布复杂,存在分布无规律、密度不均匀等现象,单独考虑实例属性相似性或分布结构连通性会影响聚类效果。为此,提出了一种基于属性相似性和分布结构连通性的聚类算法(A Cl...聚类分析针对不同的数据特点采用不同的相似性度量,现实世界中数据分布复杂,存在分布无规律、密度不均匀等现象,单独考虑实例属性相似性或分布结构连通性会影响聚类效果。为此,提出了一种基于属性相似性和分布结构连通性的聚类算法(A Clustering Algorithm Based on Attribute Similarity and Distributed Structure Connectivity, ASDSC)。首先,利用待聚类数据集中的所有数据实例构建完全无向图,定义了一种兼顾属性相似和分布结构连通的新颖相似性度量方式,用于计算节点相似性,并构造邻接矩阵更新边的权重;其次,借助邻接矩阵执行递增步长的随机游走,依据顶点的连通中心性来识别簇中心并给定簇编号,同时获取其他顶点的连通性;然后,利用连通性计算顶点间的依赖关系,并据此进行簇编号的传播,直至完成聚类。最后,为了验证该方法的聚类性能,在16个合成数据集和10个真实数据集上与5种先进聚类算法进行了对比实验,ASDSC算法取得了优异性能。展开更多
文摘目的:分析上海市人类免疫缺陷病毒(human immunodeficiency virus,HIV)1型(HIV-1)感染者的分子流行特征及影响因素,为制定有效干预措施提供科学依据。方法:收集2015年至2018年新报告的HIV-1感染者血清样本1322例,通过巢式PCR扩增HIV-1pol区基因序列,根据pol基因序列进行病毒亚型分析,基于最适基因距离构建分子网络,分析分子网络特征及其影响因素。结果:1322例血清样本共获得1241条HIV-1pol区基因序列,发现12种HIV基因型,以CRF01_AE和CRF07_BC亚型为主,分别占50.93%和34.00%。有530条序列进入分子网络,入网率为42.71%(530/1241),共形成95个传播簇,簇内节点数为2~219个,其中有一个大簇,节点数为219个(41.32%,219/530)。入网率最高的亚型是CRF07_BC(59.48%,251/422),其次是01B(52.46%,32/61)和CRF01_AE(34.55%,218/631)。男男性行为传播相较于异性性传播更容易形成网络。结论:2015年至2018年上海市HIV-1基因亚型多样,以CRF01_AE和CRF07_BC亚型为主要优势毒株,分子网络呈聚集性分布,男男性接触者(men who have sex with men,MSM)HIV-1感染者具有更快的病毒传播能力,导致更高的感染率,更易进入网络成为高风险传播者。加强HIV-1分子监测可及时了解毒株在不同人群中的传播动态,可帮助公共卫生部门采取有效的干预措施。
文摘目的 了解哈尔滨市男男性行为(men who have sex with men, MSM)人群中新确诊HIV-1感染者体内CRF01-AE亚型毒株成簇性特征,为制定科学有效的防控措施提供依据。方法 收集哈尔滨市2017年新确诊MSM人群中HIV-1感染者流行病学及人口学信息,通过DNA测序和基因分型,对CRF01-AE亚型的序列进行成簇性分析。结果 本研究共获得108条CRF01-AE亚型序列,以簇内基因距离≤0.045和Bootstrap≥90%为界定簇标准,产生传播簇15个,其中由10条序列构成的传播簇1个;患者年龄、常住地、性伴数、性取向、婚姻状况、性病史在未成簇与成簇2组中差异均具有统计学意义(P均<0.05)。结论 CRF01-AE亚型毒株是哈尔滨市MSM HIV-1感染者中的优势传播株,具有较强的成簇性,在艾滋病防控中对于未婚、性行为活跃的青壮年人群及与该人群关系密切的人群须高度关注。
文摘聚类分析针对不同的数据特点采用不同的相似性度量,现实世界中数据分布复杂,存在分布无规律、密度不均匀等现象,单独考虑实例属性相似性或分布结构连通性会影响聚类效果。为此,提出了一种基于属性相似性和分布结构连通性的聚类算法(A Clustering Algorithm Based on Attribute Similarity and Distributed Structure Connectivity, ASDSC)。首先,利用待聚类数据集中的所有数据实例构建完全无向图,定义了一种兼顾属性相似和分布结构连通的新颖相似性度量方式,用于计算节点相似性,并构造邻接矩阵更新边的权重;其次,借助邻接矩阵执行递增步长的随机游走,依据顶点的连通中心性来识别簇中心并给定簇编号,同时获取其他顶点的连通性;然后,利用连通性计算顶点间的依赖关系,并据此进行簇编号的传播,直至完成聚类。最后,为了验证该方法的聚类性能,在16个合成数据集和10个真实数据集上与5种先进聚类算法进行了对比实验,ASDSC算法取得了优异性能。
