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低深度全基因组测序和染色体微阵列分析检测在颈部透明层增厚胎儿产前诊断中的价值
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作者 孔凤琳 詹秀云 +3 位作者 洪玉霞 廖平英 孙曼 周丽英 《当代医学》 2024年第6期106-110,共5页
目的对比分析低深度全基因组测序(CNV-seq)和染色体微阵列分析(CMA)检测在颈部透明层(NT)增厚胎儿产前诊断中的价值。方法回顾性分析2019年1月至2020年12月九江市妇幼保健院接受早孕期产前检查的120例胎儿NT厚度≥2.5mm孕妇的临床资料,... 目的对比分析低深度全基因组测序(CNV-seq)和染色体微阵列分析(CMA)检测在颈部透明层(NT)增厚胎儿产前诊断中的价值。方法回顾性分析2019年1月至2020年12月九江市妇幼保健院接受早孕期产前检查的120例胎儿NT厚度≥2.5mm孕妇的临床资料,以随访确诊结果为金标准,比较CNV-seq和CMA检测结合染色体核型分析对出生缺陷的检测效能。结果随访确诊结果显示,120例胎儿NT厚度≥2.5mm孕妇中,致病性染色体异常22例,非致病性98例。CNV-seq检测结合染色体核型分析检出致病性染色体异常21例,非致病性99例;CMA检测结合染色体核型分析检出致病性染色体异常14例,非致病性106例。CNV-seq检测结合染色体核型分析的灵敏度、准确率均高于CMA检测,差异有统计学意义(P<0.05);两种方法特异度比较差异无统计学意义。CNV-seq检测、CMA检测的ROC曲线下面积分别为0.858、0.792,CNV-seq检测的诊断效能较高。结论CNV-seq检测结合染色体核型分析较CMA检测结合染色体核型分析在NT增厚胎儿产前诊断中的灵敏度和准确率更高,价格相对低廉,应用价值更高。 展开更多
关键词 低深度全基因组测序 染色体微阵列分析 染色体核型分析 颈部透明层增厚 产前诊断 准确性
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低深度全基因组测序在复发性流产患者中的临床应用 被引量:2
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作者 郑小蔚 黄小兰 陈小青 《中国当代医药》 CAS 2022年第14期5-9,共5页
目的探讨低深度全基因组测序(CNV-seq)在复发性流产(RSA)患者中的临床应用。方法选取2018年1月至2021年10月在福建医科大学附属第二医院就诊的420对RSA患者夫妇进行外周血染色体检查、胚胎流产物染色体培养,利用CNV-seq检测胚胎流产物... 目的探讨低深度全基因组测序(CNV-seq)在复发性流产(RSA)患者中的临床应用。方法选取2018年1月至2021年10月在福建医科大学附属第二医院就诊的420对RSA患者夫妇进行外周血染色体检查、胚胎流产物染色体培养,利用CNV-seq检测胚胎流产物染色体,探求染色体检测在RSA患者中的临床应用。结果420例RSA患者外周血染色体有42对异常核型,阳性率10.0%;420对RSA胚胎组织染色体,成功383对,有113例异常核型,阳性率29.5%;利用CNV-seq检测420对胚胎染色体,异常结果362对,占86.2%,阴性结果58对,占13.8%;420例RSA孕妇中,年龄≥40岁组染色体异常核型发生率34.2%;根据流产次数,流产3次的异常核型比率最高,为37.8%。结论外周血染色体和胚胎染色体异常是RSA的重要原因,随着年龄的增加,RSA的发生率也在递增,采取有效的遗传咨询及干预措施对婚育指导和提高下一代质量有重要意义。 展开更多
关键词 低深度全基因组测序 复发性流产 临床应用 染色体异常
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低深度全基因组测序技术诊断先天性心脏病胎儿染色体变异病因价值 被引量:2
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作者 陈晓 张愉萍 《中国计划生育学杂志》 2022年第5期1167-1170,共4页
目的:观察低深度全基因组测序(CNV-Seq)技术诊断先天性心脏病胎儿染色体变异病因价值.方法:经2位超声医师行胎儿超声心动图检查确诊胎儿患有先天性心脏病(CHD)孕妇80例,超声引导下经腹抽取羊水(孕16~24周)或脐带血(孕周>24周),分别... 目的:观察低深度全基因组测序(CNV-Seq)技术诊断先天性心脏病胎儿染色体变异病因价值.方法:经2位超声医师行胎儿超声心动图检查确诊胎儿患有先天性心脏病(CHD)孕妇80例,超声引导下经腹抽取羊水(孕16~24周)或脐带血(孕周>24周),分别行G-显带染色体核型分析及CNV-Seq检测.统计两种技术的检出阳性率.结果:80例CHD胎儿染色体核型分析检出8例异常核型,检出率为10.0%,分别是21-三体综合征4例、18-三体综合征3例,46,XX,der(6)(q16q22)1例,该结果与CNV-Seq检测结果一致.染色体核型分析结果72例胎儿中,CNV-Seq检出10例致病性拷贝数变异,检出率13.8%,1例临床意义未明的拷贝数变异,检出率为1.4%.结论:CNV-Seq能检测出CHD胎儿常规的染色体数目和结构异常,还可以检测到染色体片段微缺失微重复信息,提高诊断价值,为遗传学咨询提供依据. 展开更多
关键词 先天性心脏病 胎儿染色体 低深度全基因组测序技术 G-显带染色体核型分析 染色体片段微缺失微重复
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低深度全基因组测序技术联合核型分析在无创产前检测高风险孕妇产前诊断中的应用 被引量:8
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作者 徐晶晶 胡月 +5 位作者 刘文 宋雅娴 彭亚琴 何国平 吴丽敏 汪菁 《安徽医科大学学报》 CAS 北大核心 2021年第4期619-623,共5页
目的探索低深度全基因组测序技术联合核型分析在无创产前检测高风险孕妇产前诊断中的应用。方法对165例无创产前高风险孕妇行羊膜腔穿刺术,在对胎儿羊水样本进行G显带染色体核型分析的同时采用低深度全基因组测序技术检测胎儿羊水细胞... 目的探索低深度全基因组测序技术联合核型分析在无创产前检测高风险孕妇产前诊断中的应用。方法对165例无创产前高风险孕妇行羊膜腔穿刺术,在对胎儿羊水样本进行G显带染色体核型分析的同时采用低深度全基因组测序技术检测胎儿羊水细胞基因组DNA,测序结果与人类参考基因组(GRCh37,UCSC release hg19)进行比对分析,然后通过ISCA、Decipher、ClinVar等数据库评估检测到的CNV致病性,进而比较G显带染色体核型分析与低深度全基因组测序结果间的差异。结果送检的165例羊水样本中低深度全基因组测序检测出21三体44例,18三体10例,13三体1例,与G显带染色体核型分析结果一致;性染色体异常2例,比G显带染色体核型分析多检出1例;其他类型染色体异常10例,比G显带染色体核型分析多检出4例。低深度全基因组测序技术对染色体异常的总检出率为53.33%,与染色体G显带核型分析比较,致病性异常检出率提高了3%。结论低深度全基因组测序技术在无创产前检测高风险孕妇产前诊断中有良好的应用价值,该技术与G显带染色体核型分析联合应用能有效提高染色体异常检出率,降低出生缺陷,提高人口素质。 展开更多
关键词 无创产前检高风险 低深度全基因组测序 核型分析 产前诊断
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基于低深度全基因组测序分析内江猪群体结构和遗传多样性 被引量:6
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作者 赵真坚 王书杰 +7 位作者 陈栋 姬祥 申琦 余杨 崔晟頔 王俊戈 陈子旸 唐国庆 《畜牧兽医学报》 CAS CSCD 北大核心 2023年第6期2297-2307,共11页
旨在更好的了解内江猪群体结构和遗传多样性,更好的保护和利用内江猪遗传资源。本研究基于低深度全基因组测序,检测了133头(12头公猪,121头母猪)内江猪的SNP,按照SNP检出率大于90%和95%获得两组SNP数据,分别编号为NJ90和NJ95。针对两组... 旨在更好的了解内江猪群体结构和遗传多样性,更好的保护和利用内江猪遗传资源。本研究基于低深度全基因组测序,检测了133头(12头公猪,121头母猪)内江猪的SNP,按照SNP检出率大于90%和95%获得两组SNP数据,分别编号为NJ90和NJ95。针对两组数据,通过群体分层、遗传距离、亲缘关系、家系划分等方法分析了内江猪群体结构,通过等位基因频率、有效等位基因数、多态性标记比、杂合度等指标估计了群体遗传多样性,最后利用不同方法评估了群体近交系数。结果显示:(1)NJ90共包含135760个SNPs位点,其等位基因频率为0.87,有效等位基因数为1.27,多态性标记比为0.76,观测杂合度为0.15,期望杂合度为0.21;NJ95包含32266个SNPs位点,其等位基因频率为0.79,有效等位基因数为1.44,多态性标记比为0.74,观测杂合度为0.30,期望杂合度为0.31。(2)NJ90结果显示群体平均遗传距离为0.20,平均亲缘系数为0.9%;NJ95结果显示群体平均遗传距离为0.25,平均亲缘系数为0.7%。(3)根据NJ90公猪和群体聚类以及亲缘关系,可将群体分为6个家系。(4)根据SNP纯合性评估群体近交系数,NJ90和NJ95平均近交系数分别为0.27和0.01;根据连续性纯合片段估计群体近交系数,NJ90和NJ95平均近交系数分别为6.65%和0.02%。综上所述,内江猪群体具有较为丰富的遗传多样性,群体遗传距离和亲缘关系较远,近交程度较低,根据公猪聚类和亲缘关系可以分为6个家系,具有较好的遗传资源保护和开发利用的基础。同时低深度重测序对比SNP芯片能够更大范围覆盖基因组信息,对群体遗传多样性分析和遗传结构分析更具参考价值。 展开更多
关键词 低深度全基因组测序 内江猪 群体结构 遗传多样性
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低深度全基因组测序技术在产前诊断中的研究进展 被引量:5
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作者 李奉瑾 姚欣雨 张玉萍(审校) 《国际妇产科学杂志》 CAS 2021年第1期75-78,83,共5页
先天性心脏病、多指(趾)、唇裂、先天性脑积水及马蹄内翻足在出生缺陷患儿疾病中位居前5位,有报告指出上述疾病的发生与染色体的微缺失、微重复异常有关。产前诊断是预防出生缺陷的主要手段,是在胎儿出生前利用先进技术对胎儿的先天性... 先天性心脏病、多指(趾)、唇裂、先天性脑积水及马蹄内翻足在出生缺陷患儿疾病中位居前5位,有报告指出上述疾病的发生与染色体的微缺失、微重复异常有关。产前诊断是预防出生缺陷的主要手段,是在胎儿出生前利用先进技术对胎儿的先天性疾病进行诊断。研究表明低深度全基因组测序技术(copy number variation sequencing,CNV-seq)可对产前染色体微缺失、微重复异常进行诊断,将染色体异常的检出率增加至2.8%。CNV-seq技术是在高通量测序基础上发展的全基因组测序技术,其检测范围广、分辨率高,可检测全基因组水平的微缺失、微重复异常,已逐步应用于胎儿先天性疾病及流产组织遗传学病因的检测,还可用于明确未知来源的染色体畸变。综述CNV-seq技术在产前诊断中的研究进展。 展开更多
关键词 低深度全基因组测序技术 产前诊断 染色体缺失 染色体重复 DNA拷贝数变异
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低深度全基因组测序在大庆地区产前诊断的应用价值探讨
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作者 王淑莉 邵静 +3 位作者 宋一丽 徐志文 刘明媚 佟香艳 《中国产前诊断杂志(电子版)》 2022年第1期59-61,共3页
目的分析低深度全基因组测序在大庆地区产前诊断的应用价值。方法选择大庆油田总医院于2021年1月1日至2020年12月31日的200例行羊膜腔穿刺产前诊断的妊娠孕妇作为本次研究对象,均实施染色体核型分析联合低深度全基因组测序(copy number ... 目的分析低深度全基因组测序在大庆地区产前诊断的应用价值。方法选择大庆油田总医院于2021年1月1日至2020年12月31日的200例行羊膜腔穿刺产前诊断的妊娠孕妇作为本次研究对象,均实施染色体核型分析联合低深度全基因组测序(copy number variation sequencing,CNV-seq)技术诊断,观察其诊断结果。同时对50例孕早期流产患者进行流产病因学检测。结果对200例妊娠孕妇进行染色体核型分析联合CNV-seq技术检测,其中CNV-seq相比于核型分析多检出21例微缺失微重复综合征胎儿,其中7例为明确致病性拷贝数变异(copy number variation,CNV),14例为致病性未知CNV。50例流产物样本中,14例致病性CNV。结论CNV-seq能够有效弥补核型分析分辨率低的缺陷,可提高异常染色体检出率,同时可以明确流产的遗传学病因,为再次妊娠提供指导意义,值得大力推广于临床中。 展开更多
关键词 低深度全基因组测序 产前诊断 应用价值
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低深度全基因组测序技术联合细胞学检测在高龄产妇产前诊断中的应用 被引量:2
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作者 曾美 万晓盼 王晨辉 《分子诊断与治疗杂志》 2023年第4期656-659,664,共5页
目的 探讨低深度全基因组测序技术(CNV-seq)联合细胞学检测在高龄产妇产前诊断中的应用。方法 选取2020年1月至2021年12月濮阳妇幼保健院进行产前检查且经重复无创筛查无效的196例的高龄产妇作为研究对象,所有产妇先行羊膜腔穿刺术,对... 目的 探讨低深度全基因组测序技术(CNV-seq)联合细胞学检测在高龄产妇产前诊断中的应用。方法 选取2020年1月至2021年12月濮阳妇幼保健院进行产前检查且经重复无创筛查无效的196例的高龄产妇作为研究对象,所有产妇先行羊膜腔穿刺术,对胎儿羊水样本进行细胞学检测及CNV-seq检测,分析比较两种技术检出胎儿染色体异常结果,并随访其妊娠结局。结果 细胞学检测检出异常40例,异常率20.40%;CNV-seq技术检出异常52例,异常率26.53%;两者单独检出异常率比较,差异无统计学意义(χ^(2)=2.045,P>0.05);细胞学检测+CNV-seq检测检出异常65例,异常率33.16%,细胞学检测、CNV-seq检测与细胞学检测+CNV-seq检测比较,差异有统计学意义(χ^(2)=8.151,P<0.05)。结论 低深度全基因组测序技术联合细胞学检测在高龄产妇产前诊断中有良好的应用价值,且具有较高的检出率。 展开更多
关键词 低深度全基因组测序技术 细胞学 高龄产妇 产前诊断
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低深度全基因组测序在胎儿遗传学诊断中的研究进展
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作者 陆光铤 欧超 《中文科技期刊数据库(引文版)医药卫生》 2023年第5期158-160,共3页
低深度全基因组测序技术是基于下一代测序技术,对样本DNA进行全基因组水平的检测,将测序结果与人类参考基因组碱基序列进行比对,通过生物信息分析以发行受检样本存在的致病性基因组拷贝数变异(CNVs)。孕期对胎儿是否患染色体疾病进行检... 低深度全基因组测序技术是基于下一代测序技术,对样本DNA进行全基因组水平的检测,将测序结果与人类参考基因组碱基序列进行比对,通过生物信息分析以发行受检样本存在的致病性基因组拷贝数变异(CNVs)。孕期对胎儿是否患染色体疾病进行检查是确保胎儿健康的重要措施。孕11~13周+6天的B超检查和孕15~20周的唐氏血清学筛查以及无创DNA检测都是筛查胎儿染色体疾病的重要方法。本文对近年来胎儿遗传学诊断中应用低深度全基因组测序技术的发展进行综述、分类介绍。 展开更多
关键词 产前诊断 胎儿遗传学 低深度全基因组测序 CNVs
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自然流产绒毛低深度全基因组测序的遗传学病因分析 被引量:1
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作者 崔凤姬 张志强 +2 位作者 张明杰 焦泽华 蒙景艳 《智慧健康》 2021年第19期73-75,共3页
目的应用低深度全基因组测序技术,探讨绒毛染色体异常与胚胎停育的关系。方法收集我院285例胚胎停育患者绒毛组织,用高通量测序方法进行低深度全基因组测序分析。结果285例胚胎停育患者中,染色体异常150例,占52.6%。其中数目异常132例(4... 目的应用低深度全基因组测序技术,探讨绒毛染色体异常与胚胎停育的关系。方法收集我院285例胚胎停育患者绒毛组织,用高通量测序方法进行低深度全基因组测序分析。结果285例胚胎停育患者中,染色体异常150例,占52.6%。其中数目异常132例(46.3%),染色体结构异常18例(6.3%)。高龄患者染色体异常60.7%,而低龄患者染色体异常49%,两者比较差异有统计学意义(P<0.05)。低龄患者染色体结构异常7.1%,而高龄患者染色体结构异常4.9%,两者比较差异没有统计学意义(P>0.05)。结论胚胎早期停育的主要原因是染色体异常,且染色体数目异常是最多的,染色体数目异常的主要因素是高龄,染色体结构异常与年龄无关。 展开更多
关键词 绒毛 低深度全基因组测序 遗传学病因分析
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低深度全基因组测序检测以甲状腺功能减退起病的Williams-Beuren综合征一例 被引量:4
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作者 杨幼波 胡文沐 +3 位作者 莫朝晖 戴红梅 张勤 金萍 《中华内分泌代谢杂志》 CAS CSCD 北大核心 2020年第1期31-35,共5页
目的探讨1例不明原因智力低下、生长发育迟缓、具有特殊面容及甲状腺功能减退的5岁男性患儿的临床表型和遗传学病因。方法用常规G显带技术分析患儿及其父母染色体核型,应用全外显子组测序及低深度全基因组测序技术(low-coverage massive... 目的探讨1例不明原因智力低下、生长发育迟缓、具有特殊面容及甲状腺功能减退的5岁男性患儿的临床表型和遗传学病因。方法用常规G显带技术分析患儿及其父母染色体核型,应用全外显子组测序及低深度全基因组测序技术(low-coverage massively parallel CNV sequencing,CNV-seq)对患儿进行可能致病突变及染色体拷贝数变异的分析。结果患儿染色体核型为46,XY,其父母未见明显的染色体异常。CNV-seq分析显示患儿在染色体7q11.23区域存在大小为1.56 Mb的杂合性缺失,缺失区域包含24个编码蛋白质的基因,其缺失与Williams-Beuren综合征相关。通过对其父母检测CNV-seq,发现该缺失为一新发缺失。结论本研究用CNV-seq技术确诊了1例以甲状腺功能减退起病的Williams-Beuren综合征患儿,有助于提高临床医师对Williams-Beuren综合征表型与发病机制的认识。 展开更多
关键词 甲状腺功能减退症 低深度全基因组测序技术 Williams-Beuren综合征 拷贝数变异
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低深度全基因组测序技术在儿童智力障碍/全面发育迟缓诊断中的应用
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作者 左娜宁敏夏梁夏菲侯伟玲覃运荣 《中文科技期刊数据库(全文版)医药卫生》 2024年第7期0181-0185,共5页
评估低深度全基因组拷贝数变异测序技术(Copy Number Variation Sequencing, CNV-Seq )在儿童智力障碍/全面发育迟缓诊断中的作用。方法 选择2020年1月-2023年10月,在玉林市妇幼保健院就诊或检测的200例智力障碍/全面发育迟缓儿童作为... 评估低深度全基因组拷贝数变异测序技术(Copy Number Variation Sequencing, CNV-Seq )在儿童智力障碍/全面发育迟缓诊断中的作用。方法 选择2020年1月-2023年10月,在玉林市妇幼保健院就诊或检测的200例智力障碍/全面发育迟缓儿童作为研究对象,采集外周血样本进行CNV-Seq检测,部分患儿同时接受染色体核型分析检测。对检测结果进行统计分析。结果 CNV-Seq共检出阳性拷贝数变异(CNVs)62例,阳性率31%,致病相关CNVs共43例,致病相关CNVs检出率21.5%。致病性CNVs分布广泛,以5Mb以下为主(8%)。43例CNV-Seq检出致病相关CNVs的病例中,14例同时接受核型分析检测,核型分析漏检率为35.71%。结论 基因组拷贝数变异是导致儿童智力障碍/全面发育迟缓的重要遗传学因素,CNV-Seq可为其提供有效的诊断依据。 展开更多
关键词 深度基因组拷贝数变异 智力障碍 面发育迟缓 拷贝数变异 儿童
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应用低深度全基因组测序技术分析不明原因智力低下/发育迟缓患者基因组拷贝数变异 被引量:7
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作者 宋辉 时盼来 +3 位作者 肖艳华 侯雅勤 陈铎 孔祥东 《中华医学遗传学杂志》 CAS CSCD 2020年第9期953-957,共5页
目的评估低深度全基因组拷贝数变异测序技术(copy number variation sequencing,CNV-seq)在不明原因智力低下/发育迟缓(mental retardation/developmental delay,MR/DD)患者遗传病因中的诊断作用。方法选择2017年11月至2018年12月在郑... 目的评估低深度全基因组拷贝数变异测序技术(copy number variation sequencing,CNV-seq)在不明原因智力低下/发育迟缓(mental retardation/developmental delay,MR/DD)患者遗传病因中的诊断作用。方法选择2017年11月至2018年12月在郑州大学第一附属医院遗传与产前诊断中心就诊的145例MR/DD患者作为研究对象,采集外周血样本进行全基因组测序,联合生物信息学手段分析MR/DD患者所携带的拷贝数变异(copy number variations,CNVs)相关信息。结果145例MR/DD患者中检出49例有基因组CNVs,共发现67个CNVs,CNVs平均长度为5.27 Mb。通过评估,22例患者携带与MR/DD相关的CNVs,涉及21种综合征,涵盖174个智力低下相关基因,分布于10条染色体的18个不同区段。CNV-seq在不明原因MR/DD患者中发现携带与疾病相关的CNVs的诊断率为15.17%(22/145例)。结论基因组CNVs相关的微缺失/重复是不明原因MR/DD患者的遗传学病因之一,全基因组CNV-seq技术可为MR/DD患者提供准确的遗传学病因的诊断。 展开更多
关键词 低深度全基因组测序 智力下/发育迟缓 基因组拷贝数变异 微缺失/重复综合征
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低深度全基因组测序拷贝数变异分析技术在性发育异常患儿诊断中的应用价值 被引量:2
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作者 夏俊珂 侯雅勤 +3 位作者 代鹏 赵振华 陈晨 孔祥东 《中华医学遗传学杂志》 CAS CSCD 2023年第2期195-201,共7页
目的探讨低深度全基因组测序拷贝数变异分析(CNV-seq)技术在性发育异常(DSD)患儿诊断中的应用价值。方法纳入2019年10月至2020年10月至郑州大学第一附属医院就诊的5例身材矮小或外阴发育异常的DSD患儿。在外周血染色体核型分析、全外显... 目的探讨低深度全基因组测序拷贝数变异分析(CNV-seq)技术在性发育异常(DSD)患儿诊断中的应用价值。方法纳入2019年10月至2020年10月至郑州大学第一附属医院就诊的5例身材矮小或外阴发育异常的DSD患儿。在外周血染色体核型分析、全外显子组测序(WES)、SRY基因检测的基础上,进行CNV-seq检测以明确病因。结果患儿1和2的社会性别为女性,染色体核型均为46,XY,WES结果为阴性,CNV-seq结果分别为46,XY,+Y(1.4)和46,XY,-Y(0.75)。其余3例患儿均携带可疑的Y染色体,综合分析发现其核型分别为45,X[60]/46,X,del(Y)(q11.221)[40]、45,X,16qh+[76]/46,X,del(Y)(q11.222),16qh+[24]和45,X[75]/46,XY[25]。结论联合运用CNV-seq等分子遗传学技术明确了46,XY DSD患儿的Y染色体拷贝数变异及45,X/46,XY DSD患儿可疑Y染色体的性质,为其临床诊疗提供了重要的依据。 展开更多
关键词 性发育异常 拷贝数变异 45 X/46 XY 低深度全基因组测序拷贝数变异分析
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低深度全基因组测序技术在产前诊断中的应用专家共识 被引量:215
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作者 中华医学会医学遗传学分会临床遗传学组 中国医师协会医学遗传医师分会遗传病产前诊断专业委员会 +4 位作者 中华预防医学会出生缺陷预防与控制专业委员会遗传病防控学组 刘洪倩 刘俊涛 耶玲仟 邬玲仟 《中华医学遗传学杂志》 CAS CSCD 2019年第4期293-296,共4页
包括染色体数目异常、大片段缺失/重复及致病性基因组拷贝数变异(pathogenic copy number variations,pCNVs)在内的基因组异常是导致出生缺陷的重要原因。基于下一代测序(next generation sequencing,NGS)技术的基因组拷贝数变异测序(co... 包括染色体数目异常、大片段缺失/重复及致病性基因组拷贝数变异(pathogenic copy number variations,pCNVs)在内的基因组异常是导致出生缺陷的重要原因。基于下一代测序(next generation sequencing,NGS)技术的基因组拷贝数变异测序(copy number variation sequencing,CNV-seq)为这类异常的产前诊断提供了新的手段。与核型分析、染色体微阵列分析等其他技术相比,CNV-seq技术具有检测范围广、通量高、操作简便、兼容性好、所需DNA样本量低等优点。中华医学会医学遗传学分会临床遗传学组、中国医师协会医学遗传医师分会遗传病产前诊断专业委员会、中华预防医学会出生缺陷预防与控制专业委员会遗传病防控学组共同成立专家组,讨论并提出了将CNV-seq技术应用于产前诊断的专家共识,以期规范其临床应用,更好地为患者服务。 展开更多
关键词 低深度全基因组测序 产前诊断 专家共识
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染色体微阵列分析和低深度高通量全基因组测序技术在流产遗传学诊断中的应用 被引量:9
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作者 沈晔 尹婷婷 +1 位作者 袁文博 钱芳波 《生殖医学杂志》 CAS 2021年第3期313-318,共6页
目的探讨染色体微阵列分析(CMA)和低深度全基因组测序(CNV-seq)技术在流产遗传学病因诊断中的应用价值。方法收集2018年5月至2019年10月在无锡妇幼保健院计划生育门诊就诊并确诊稽留流产患者的流产样本89例,对所有流产样本分别进行CMA和... 目的探讨染色体微阵列分析(CMA)和低深度全基因组测序(CNV-seq)技术在流产遗传学病因诊断中的应用价值。方法收集2018年5月至2019年10月在无锡妇幼保健院计划生育门诊就诊并确诊稽留流产患者的流产样本89例,对所有流产样本分别进行CMA和CNV-seq检测,比较两种方法整体检出率以及各种染色体异常情况的检测结果。结果89例样本采用两种技术全部检测成功,其中两种技术对于染色体非整倍体异常检出一致,共检出28例常染色体三体和5例特纳综合征;CMA检出了8例三倍体和3例杂合性缺失,而CNV-seq由于技术局限性只能提示男性三倍体,不能检出杂合性缺失;对于染色体缺失重复和嵌合体,CMA与CNV-seq在检测范围内各有检出。结论CMA对于三倍体和单亲二倍体的检测优势更为突出,对于染色体非整倍体异常和拷贝数异常的检测与CNV-seq技术相当;但CNV-seq在高通量、扩展性、经济方面等具有优势。两种技术均可用于流产遗传学分析,能为临床诊断提供更多选择。 展开更多
关键词 染色体微阵列分析 低深度全基因组测序 拷贝数异常 嵌合体 三倍体
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低深度全基因组拷贝数变异测序在复发性流产遗传学诊断中的应用 被引量:1
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作者 张少芬 王霄霜 +1 位作者 林桂丽 徐晓园 《汕头大学医学院学报》 2023年第2期100-105,共6页
目的:探讨基于高通量测序技术的低深度全基因组测序技术在复发性流产胚胎或绒毛组织染色体异常的应用价值。方法:选择2019年3月—2021年8月就诊于汕头大学医学院第一附属医院妇产科门诊并确诊为自然流产的患者,孕周为5~16周,留取流产组... 目的:探讨基于高通量测序技术的低深度全基因组测序技术在复发性流产胚胎或绒毛组织染色体异常的应用价值。方法:选择2019年3月—2021年8月就诊于汕头大学医学院第一附属医院妇产科门诊并确诊为自然流产的患者,孕周为5~16周,留取流产组织,提取DNA,制备文库,进行流产物染色体低深度全基因组拷贝数变异测序,分析胚胎染色体数目和结构变异结果。结果:197例样本检测全部成功,检出染色体异常样本135例,染色体异常检出率为68.5%,其中检出染色体数目异常104例(77.0%),染色体部分重复/缺失26例(19.3%),染色体数目异常合并部分重复/缺失5例(3.7%),嵌合体10例(7.4%);染色体数目异常以16 (11.85%)、X (9.63%)、22 (96.67%)、21 (5.93%)染色体高发。≥35岁患者的染色体数目异常率比<35岁患者的高(分别为70.0%和51.6%,P<0.05)。共检出26例染色体部分重复/缺失,最短序列长度为0.12 Mb,最大片段94.54 Mb。在26例CNVs中,9例CNVs有明确致病性,2例CNVs提示可能致病。其中4个包含微缺失/微重复综合征。结论:低深度全基因组拷贝数变异测序技术能有效检测出流产胚胎绒毛组织染色体的非整倍体和部分重复/缺失情况,有助于明确复发性流产的病因,指导患者优生优育。 展开更多
关键词 高通量技术 低深度全基因组测序技术 复发性流产 拷贝数变异
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低深度全基因组测序和染色体微阵列技术在产前诊断中的应用价值
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作者 周航 廖灿 《中国妇幼保健》 CAS 2022年第11期2129-2131,F0004,共4页
据报道,全球大约790万儿童具有遗传所致或部分遗传原因所致的出生缺陷[1],我国出生缺陷儿童占总出生人口的比例为5.6%[2]。目前,出生缺陷尚无有效根治手段,产前诊断是防止出生缺陷的重要方法。拷贝数变异(CNVs)与出生缺陷有密切关系。大... 据报道,全球大约790万儿童具有遗传所致或部分遗传原因所致的出生缺陷[1],我国出生缺陷儿童占总出生人口的比例为5.6%[2]。目前,出生缺陷尚无有效根治手段,产前诊断是防止出生缺陷的重要方法。拷贝数变异(CNVs)与出生缺陷有密切关系。大于1000个碱基的片段缺失或重复称为CNVs,目前逐渐发现CNVs与许多综合征有关,如22q11综合征、1p36综合征及Prader-Willi综合征等300多种疾病。因此,产前诊断CNVs对出生缺陷防治尤为重要[3]。染色体核型分析技术被视为诊断胎儿染色体异常的金标准[4],但该技术诊断染色体异常的分辨率低,且无法确定衍生染色体等来源[5]。 展开更多
关键词 低深度全基因组测序 染色体微阵列 拷贝数变异 产前诊断 超声结构异常
原文传递
全基因组低深度测序技术检测胎儿单纯性法洛四联症染色体变异 被引量:1
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作者 黄慧 杨颖 +5 位作者 王卫云 陈芳 杨帆 成晨 陈欣林 郭健 《中国产前诊断杂志(电子版)》 2019年第4期25-30,共6页
目的采用全基因组低深度测序技术检测单纯性法洛四联症胎儿中染色体异常,包含染色体非整倍体和拷贝数变异(CNVs),探讨胎儿期单纯性法洛四联症的遗传学特征。方法收集2014年1月至2017年12月在湖北省妇幼保健院经产前超声会诊及引产后病... 目的采用全基因组低深度测序技术检测单纯性法洛四联症胎儿中染色体异常,包含染色体非整倍体和拷贝数变异(CNVs),探讨胎儿期单纯性法洛四联症的遗传学特征。方法收集2014年1月至2017年12月在湖北省妇幼保健院经产前超声会诊及引产后病理检查确诊为单纯性法洛四联症的胎儿24例,利用低深度全基因组测序的方法检测染色体变异,采用生物信息学方法对测序结果进行分析,最终根据美国医学遗传学会的解读流程对检出的CNVs进行解读。结果在24例确诊为单纯性法洛四联症胎儿中,无染色体非整倍体的检出,5例检出有拷贝数变异,其中4例发现有致病性CNVs(16.7%,4/24)。检出有致病性CNVs的4例胎儿中,3例为DiGeorge综合征,1例为疑似8p倒位重复伴末端缺失(8p inverted duplication/deletion)综合征。结论胎儿期单纯性法洛四联症与CNVs关系密切,全基因组低覆盖度测序技术可用于发现与单纯性法洛四联症相关的CNVs。 展开更多
关键词 基因组深度技术 单纯性法洛四联症 胎儿
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低深度全基因组拷贝数变异测序产前诊断发现DMD基因变异胎儿的遗传学分析
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作者 刘莉娜 焦智慧 +1 位作者 任化楠 孔祥东 《中华围产医学杂志》 CAS CSCD 北大核心 2024年第10期836-841,共6页
目的探讨低深度全基因组拷贝数变异测序(copy number variation sequencing,CNV-seq)在产前诊断中发现的无遗传病家族史胎儿DMD基因变异及家系检测结果,探索CNV-seq在DMD基因变异检测中的意义和结果解读。方法回顾性收集2019年12月至202... 目的探讨低深度全基因组拷贝数变异测序(copy number variation sequencing,CNV-seq)在产前诊断中发现的无遗传病家族史胎儿DMD基因变异及家系检测结果,探索CNV-seq在DMD基因变异检测中的意义和结果解读。方法回顾性收集2019年12月至2023年8月就诊于郑州大学第一附属医院经低深度全基因组CNV-seq检测出的16例胎儿DMD基因缺失或重复的病例资料。16例抽取羊水或绒毛样本及家系成员外周血,提取基因组DNA。在应用CNV-seq技术检测胎儿染色体拷贝数变异情况同时通过多重连接探针扩增(multiplex ligation dependent probe amplification,MLPA)技术验证DMD基因缺失或重复情况,并经家系验证追溯变异来源。参考在线人类孟德尔遗传数据库等数据库以及家系验证结果分析DMD基因缺失或重复片段的致病性。结果16例均否认单基因遗传病家族史,CNV-seq产前诊断指征分别为唐氏综合征筛查高风险9例、高龄2例、胎儿超声检查异常3例、无创DNA产前检测提示X染色体异常2例。CNV-seq结果提示9例胎儿为DMD基因重复变异,7例为DMD基因缺失变异;通过MLPA方法验证,结果与CNV-seq结果一致。经家系分析,其中3例为新发变异,12例遗传自母亲,1例母亲外周血检测正常,但有一携带相同变异的姐姐,推测母亲为生殖腺嵌合体的可能性大。7例缺失变异为致病性变异的可能性大;9例为重复变异,其中4例变异位于DMD基因内部,可能导致DMD基因被打断,从而导致疾病的发生,另5例变异位于DMD基因5’端非编码区或3’端非编码区,为良性变异。结论低深度全基因组CNV-seq可检测出无DMD家族史胎儿DMD基因大片段缺失重复变异,避免新发变异患儿的出生。但对于检测出DMD基因大片段重复变异的胎儿应根据家系验证结果评估其致病性;重复区域包含DMD基因5’端非编码区或3’端非编码区时,为多态性变异的可能性大。 展开更多
关键词 杜氏型肌营养不良 产前诊断 低深度全基因组测序 DMD基因
原文传递
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