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基于标签单核苷酸多态性单倍型和单倍域的构建及其在关联研究中的应用 被引量:2
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作者 顾明亮 褚嘉祐 《中华医学遗传学杂志》 CAS CSCD 北大核心 2007年第6期660-665,共6页
人类基因组中单倍型(haplotype)和单倍域(haplotype block)的结构提供了人类进化的宝贵信息,并成为发现人类复杂疾病易感基因的有效策略。一个单倍域可分割成多个具有有限单倍型多样性的离散的区域,代表每个区域结构特征的少量标签... 人类基因组中单倍型(haplotype)和单倍域(haplotype block)的结构提供了人类进化的宝贵信息,并成为发现人类复杂疾病易感基因的有效策略。一个单倍域可分割成多个具有有限单倍型多样性的离散的区域,代表每个区域结构特征的少量标签单核苷酸多态性(tag single nucleotide polymorphism,tSNP)可使绝大部分单倍型相互区分开来。因此,标签SNP在单倍型和单倍域的构建和关联研究中具有重要地位。构建单倍型和单倍域的方法分为两类,分别是基于大家系中基因分型数据和基于统计学的算法。通过系统回顾几种单倍型和单倍域的构建方法,了解它们在不同的疾病模型或根据不同的分割标准,进行关联研究的检验效能,客观评价每种方法的优、缺点、应用前景及其在关联研究中的应用。随着国际人类基因组单倍型图的完成和单倍型构建统计学运算规则的完善,融合数学、物理学、计算机科学等学科的单倍型构建方法将对人类遗传学、复杂疾病易感基因的定位和克隆鉴定等生命科学的相关领域产生深远的影响。 展开更多
关键词 标签核苷酸多态性 单倍域 关联研究
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利用生物信息学技术挑选TLR2基因标签单核苷酸多态性位点 被引量:5
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作者 陈客宏 曾灵 +3 位作者 顾玮 黄苏娜 刘庆 蒋建新 《基础医学与临床》 CSCD 北大核心 2010年第3期242-245,共4页
目的利用生物信息学技术挑选中国人群中的TLR2基因标签单核苷酸多态性(SNP)位点。方法利用NCBI数据库,确定TLR2基因研究范围,并利用Hapmap数据库下载中国人群的TLR2基因的SNPs数据;使用Haploview4.0软件对TLR2基因进行了连锁不平衡分析... 目的利用生物信息学技术挑选中国人群中的TLR2基因标签单核苷酸多态性(SNP)位点。方法利用NCBI数据库,确定TLR2基因研究范围,并利用Hapmap数据库下载中国人群的TLR2基因的SNPs数据;使用Haploview4.0软件对TLR2基因进行了连锁不平衡分析;通过对D值95%可信区间上下限的分析,在整个TLR2基因范围内构建单倍域(haplotype block);然后根据单倍域内SNPs之间的r2值和LOD值,挑选标签SNP;最后根据单倍域内的单倍型所占比例,挑选出标签SNP代表的单倍型。结果在中国人群中,TLR2全基因范围内共构建2个单倍域,挑选出3个标签SNPs(3013A/G、19216T/C、22215G/T)。同时,确定了单倍域内的标签SNPs分别代表的单倍型。结论中国人群的TLR2基因的3个SNPs位点(3013A/G、19216T/C、22215G/T)是最有代表性的标志性位点,可被选为标签SNPs,并指导中国人群TLR2基因与脓毒症关联研究。 展开更多
关键词 TLR2 单倍域 标签SNP
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单核苷酸多态性与连锁不平衡研究进展 被引量:16
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作者 何云刚 金力 黄薇 《基础医学与临床》 CSCD 北大核心 2004年第5期487-490,共4页
单核苷酸多态性 (singlenucleotidepolymorphism ,SNP)是人类基因组中最广泛的多态性现象 ,也是造成个体差异的最主要的遗传原因 ,发现和研究SNP的工作在目前人类基因组研究中倍受关注。连锁不平衡是不同遗传标记间存在着的非随机组合现... 单核苷酸多态性 (singlenucleotidepolymorphism ,SNP)是人类基因组中最广泛的多态性现象 ,也是造成个体差异的最主要的遗传原因 ,发现和研究SNP的工作在目前人类基因组研究中倍受关注。连锁不平衡是不同遗传标记间存在着的非随机组合现象 ,SNP作为极具优势的遗传标记为深入研究连锁不平衡、以及利用连锁不平衡进行群体遗传学的参数估计、基因精细定位、关联分析等提供了良好的先决条件。最近 。 展开更多
关键词 核苷酸多态性 连锁不平衡 研究进展 单倍域 关联分析
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利用生物信息学方法挑选MCPH1基因标签单核苷酸多态性(tag-SNPs)位点
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作者 刘跃亮 曾照芳 《激光杂志》 CAS CSCD 北大核心 2011年第6期77-79,共3页
目的:为考察汉族人群MCPH1基因与原发性小头畸形病的关系,利用生物信息学方法挑选汉族人群中的MCPH1基因标签单核苷酸多态性(tag-SNPs)位点。方法:利用NCBI数据库,确定MCPHl基因研究范围:利用Hapmap数据库获取汉族人群的MCPHl基因SNPs数... 目的:为考察汉族人群MCPH1基因与原发性小头畸形病的关系,利用生物信息学方法挑选汉族人群中的MCPH1基因标签单核苷酸多态性(tag-SNPs)位点。方法:利用NCBI数据库,确定MCPHl基因研究范围:利用Hapmap数据库获取汉族人群的MCPHl基因SNPs数据;应用Haploview4.2对MCPH1基因进行连锁不平衡分析;在D′值95%可信区间内构建单倍域(haplotype block):根据单倍域内SNPs之间的r2值和LOD值,挑选标签SNP。结果:在汉族人群中,MCPH1全基因范围内共构建35个单倍域,挑选出122个标签SNPs,确定了各个单倍域内的代表单倍型。结论:汉族人群MCPH1基因的122个SNPs位点是较具代表性的标志性位点,可被选为标签SNPs,并作为汉族人群MCPHl基因与原发性小头畸形病的关联研究。 展开更多
关键词 MCPH1基因 原发性小头畸形(MCPH) 标签SNP 单倍域
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中国汉族人群15号染色体中心粒区域5个基因的高精度单倍型及单倍型域构建 被引量:2
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作者 黄玮俊 李彩霞 +4 位作者 陈素琴 孙健冬 周雁 方积乾 王一鸣 《科学通报》 EI CAS CSCD 北大核心 2004年第7期649-656,共8页
以100例中国汉族个体为样本,对15号染色体中心粒区域的7个基因及它们的侧翼序列进行了测序,发现了34个新SNPs(single nucleotide polymorphisms),并利用高密度SNPs构建了5个基因的高精度单倍型及单倍型域结构.结果显示,单倍型及单倍型... 以100例中国汉族个体为样本,对15号染色体中心粒区域的7个基因及它们的侧翼序列进行了测序,发现了34个新SNPs(single nucleotide polymorphisms),并利用高密度SNPs构建了5个基因的高精度单倍型及单倍型域结构.结果显示,单倍型及单倍型域结构在这5个物理距离很近的基因之间及各个基因内部存在很大的差异,这为以这些基因或这一节段作为候选基因/候选节段进行疾病基因鉴定的研究提供了有用的资料及方法. 展开更多
关键词 中国 汉族人群 15号染色体中心粒区 核苷酸多态性 基因组
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