目的评价多位点可变数目串联重复序列分析（multiple locus variable number tandem repeat assay，MLVA）方法对副溶血弧菌（Vibrio parahaemolyticus，VP）的分型能力，初步了解中国深圳地区VP分离菌株可变数目串联重复序列（variable...目的评价多位点可变数目串联重复序列分析（multiple locus variable number tandem repeat assay，MLVA）方法对副溶血弧菌（Vibrio parahaemolyticus，VP）的分型能力，初步了解中国深圳地区VP分离菌株可变数目串联重复序列（variablen umber tandemrepeat，VNTR）的基因分布特征。方法依据血清型和脉冲场凝胶电泳分析型别选择2006年一2011年分离自临床和食品中的108株VP菌株。采用MLVA方法对其进行基因分型，评价该方法对VP菌株8个VNTR位点的分型能力。结果MLVA8个位点将108株VP菌株分为101个型别，分辨系数为99．86％；将主流血清型03：K6共46株菌分为44个型别，分辨系数为99．71％。MLvA8个位点的多态性都较好（DI均〉0．60），各位点多态性指数由高到低，依次为TR7，TR4，TR10，TR2，TR1，TR8，TR5，TR9。结论MLVA8个位点的联合应用适合于对VP菌株的分型。MLVA对VP的分型研究具有很好的应用前景。展开更多
目的:初步了解江苏省结核分枝杆菌临床分离菌株的数目可变串联重复序列(Variable number of tandem repeats,VNTR)的基因型及VNTR基因分布特征。方法:在苏南、苏中、苏北三个地区13个结核病定点诊疗单位收集临床分离菌株。选取结核分枝...目的:初步了解江苏省结核分枝杆菌临床分离菌株的数目可变串联重复序列(Variable number of tandem repeats,VNTR)的基因型及VNTR基因分布特征。方法:在苏南、苏中、苏北三个地区13个结核病定点诊疗单位收集临床分离菌株。选取结核分枝杆菌基因组中11个具有明显多态性特征的VNTR位点,通过PCR扩增,2%琼脂糖凝胶电泳和Bio Numerics(Version 3.0)软件进行结核菌株VNTR的多态性和聚类分析。结果:共收集到168株结核分枝杆菌。不同的菌株在同一位点上具有多态性。共分为10个基因型(Ⅰ,Ⅱ～Ⅹ型),其中以Ⅷ型为主要基因型,占75.0%、其次为Ⅱ型5.4%、Ⅳ型4.2%、Ⅶ型9.5%。不同地区之间,苏南、苏中、苏北三个地区也都以Ⅷ型为主要基因型,分别占各地区的83.5%,57.1%,76.6%;但是苏南、苏中、苏北三地的Ⅱ、Ⅲ、Ⅳ、Ⅶ型菌株分布在各地菌株中的比例有差异显著性((2=54.710,P<0.0001),Ⅱ型以苏中为主(11.9%)、Ⅲ型以苏南为主(3.8%)、Ⅳ型以苏南、苏北为主(5.1%与6.4%)、Ⅶ型以苏中为主(31.0%)。结论:江苏省的结核分枝杆菌具有明显的多态性,以Ⅷ型为主要流行型,不同地区间同样以Ⅷ型为主要流行型,但菌型分布存在一定的差异。展开更多
目的对于北京家族菌株占绝大多数的感染人群,评价多位点可变数量串联重复序列(variable number tandem repeats,VNTR)分析(multiple loci VNTR analysis,MLVA)中不同位点组合在结核分枝杆菌(Mycobacterium tuberculosis,MTB)基因分型研...目的对于北京家族菌株占绝大多数的感染人群,评价多位点可变数量串联重复序列(variable number tandem repeats,VNTR)分析(multiple loci VNTR analysis,MLVA)中不同位点组合在结核分枝杆菌(Mycobacterium tuberculosis,MTB)基因分型研究中的应用。并以IS6110限制性片段长度多态性(restriction fragment length polymorphism,RFLP)为参照,筛选有效位点。方法分别采用IS6110-RFLP、间隔区寡核苷酸分型(Spoligotyping)及MLVA不同位点组合对北京海淀区收集的MTB临床分离株进行基因分型研究,比较3种方法及MLVA不同位点组合的分型效果。结果 45株MTB分离株中86.7%为北京家族菌株,Spoligotyping和结核分枝杆菌散在分布重复单位(mycobacterial interpersed repetitive units,MIRU)-12系列的HGI(Hunter-Gaston Index)值分别为0.4313和0.8700,将45株MTB菌株分为10个和23个基因型。VNTR-9系列和IS6110-RFLP的分型结果一致,HGI值较高,为0.9980,将45株MTB菌株分为43个基因型。结论北京家族结核分枝杆菌在北京海淀区呈高水平流行。对于北京地区北京家族菌株占绝大多数的感染人群,VNTR-9系列MLVA是较为简便和高分辨率的分型方法 ,其分辨率能够达到MTB基因分型"金标准"IS6110-RFLP水平。展开更多
文摘目的评价多位点可变数目串联重复序列分析（multiple locus variable number tandem repeat assay，MLVA）方法对副溶血弧菌（Vibrio parahaemolyticus，VP）的分型能力，初步了解中国深圳地区VP分离菌株可变数目串联重复序列（variablen umber tandemrepeat，VNTR）的基因分布特征。方法依据血清型和脉冲场凝胶电泳分析型别选择2006年一2011年分离自临床和食品中的108株VP菌株。采用MLVA方法对其进行基因分型，评价该方法对VP菌株8个VNTR位点的分型能力。结果MLVA8个位点将108株VP菌株分为101个型别，分辨系数为99．86％；将主流血清型03：K6共46株菌分为44个型别，分辨系数为99．71％。MLvA8个位点的多态性都较好（DI均〉0．60），各位点多态性指数由高到低，依次为TR7，TR4，TR10，TR2，TR1，TR8，TR5，TR9。结论MLVA8个位点的联合应用适合于对VP菌株的分型。MLVA对VP的分型研究具有很好的应用前景。
文摘目的:初步了解江苏省结核分枝杆菌临床分离菌株的数目可变串联重复序列(Variable number of tandem repeats,VNTR)的基因型及VNTR基因分布特征。方法:在苏南、苏中、苏北三个地区13个结核病定点诊疗单位收集临床分离菌株。选取结核分枝杆菌基因组中11个具有明显多态性特征的VNTR位点,通过PCR扩增,2%琼脂糖凝胶电泳和Bio Numerics(Version 3.0)软件进行结核菌株VNTR的多态性和聚类分析。结果:共收集到168株结核分枝杆菌。不同的菌株在同一位点上具有多态性。共分为10个基因型(Ⅰ,Ⅱ～Ⅹ型),其中以Ⅷ型为主要基因型,占75.0%、其次为Ⅱ型5.4%、Ⅳ型4.2%、Ⅶ型9.5%。不同地区之间,苏南、苏中、苏北三个地区也都以Ⅷ型为主要基因型,分别占各地区的83.5%,57.1%,76.6%;但是苏南、苏中、苏北三地的Ⅱ、Ⅲ、Ⅳ、Ⅶ型菌株分布在各地菌株中的比例有差异显著性((2=54.710,P<0.0001),Ⅱ型以苏中为主(11.9%)、Ⅲ型以苏南为主(3.8%)、Ⅳ型以苏南、苏北为主(5.1%与6.4%)、Ⅶ型以苏中为主(31.0%)。结论:江苏省的结核分枝杆菌具有明显的多态性,以Ⅷ型为主要流行型,不同地区间同样以Ⅷ型为主要流行型,但菌型分布存在一定的差异。
文摘目的对于北京家族菌株占绝大多数的感染人群,评价多位点可变数量串联重复序列(variable number tandem repeats,VNTR)分析(multiple loci VNTR analysis,MLVA)中不同位点组合在结核分枝杆菌(Mycobacterium tuberculosis,MTB)基因分型研究中的应用。并以IS6110限制性片段长度多态性(restriction fragment length polymorphism,RFLP)为参照,筛选有效位点。方法分别采用IS6110-RFLP、间隔区寡核苷酸分型(Spoligotyping)及MLVA不同位点组合对北京海淀区收集的MTB临床分离株进行基因分型研究,比较3种方法及MLVA不同位点组合的分型效果。结果 45株MTB分离株中86.7%为北京家族菌株,Spoligotyping和结核分枝杆菌散在分布重复单位(mycobacterial interpersed repetitive units,MIRU)-12系列的HGI(Hunter-Gaston Index)值分别为0.4313和0.8700,将45株MTB菌株分为10个和23个基因型。VNTR-9系列和IS6110-RFLP的分型结果一致,HGI值较高,为0.9980,将45株MTB菌株分为43个基因型。结论北京家族结核分枝杆菌在北京海淀区呈高水平流行。对于北京地区北京家族菌株占绝大多数的感染人群,VNTR-9系列MLVA是较为简便和高分辨率的分型方法 ,其分辨率能够达到MTB基因分型"金标准"IS6110-RFLP水平。
