基于3种不同培养基的食品中真菌培养组学方法研究

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作者 岳苑 周梦诗 +4 位作者 冯秀娟 何淑桢 苏洋 何微 李睿 《食品安全质量检测学报》 2025年第2期302-308,共7页

目的 通过对比3种真菌培养基的性能,优化真菌培养组学技术,建立食品中真菌培养组学解决方案。方法 利用食品检测常用的真菌培养基马铃薯葡萄糖琼脂(potato dextrose agar, PDA)、孟加拉红琼脂(rose Bengal agar)和1种新型Pan-Fungal真... 目的 通过对比3种真菌培养基的性能,优化真菌培养组学技术,建立食品中真菌培养组学解决方案。方法 利用食品检测常用的真菌培养基马铃薯葡萄糖琼脂(potato dextrose agar, PDA)、孟加拉红琼脂(rose Bengal agar)和1种新型Pan-Fungal真菌培养基(Pan-Fungal medium, PF)检测24份食品样本和2份能力验证样品。采用基质辅助激光解吸电离-飞行时间质谱法(matrix-assisted laser desorption/ionization time-of-flight mass spectrometry, MALDI-TOF MS)对培养出的真菌进行分离鉴定。结果 酵母相真菌在3种培养基上均能良好生长,菌落生长速度、菌落形态、大小及菌落数基本一致。丝状真菌在3种培养基上能正常生长,但生长的速度和菌落形态均有明显的差异。24个样品共鉴定出12种真菌,其中酵母相真菌2种,丝状真菌10种。结论 PF真菌培养基具有良好的准确性和稳定性,且培养出的菌落呈自限性生长,有利于单菌落的分离鉴定,可作为食品中常用真菌培养基的补充,用于食品中真菌的培养组学研究。 展开更多

关键词 真菌 培养组学 分离培养

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反刍动物瘤胃微生物培养组学研究进展 被引量：1

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作者 范定坤 张吉贤 +3 位作者 付域泽 马涛 毕研亮 张乃锋 《畜牧兽医学报》 CAS CSCD 北大核心 2024年第1期51-58,共8页

瘤胃微生物被称为反刍动物的“隐藏器官”,与宿主营养物质的获取和生理健康的维持密切相关;目前宏基因组测序发现瘤胃中超过5800个基因组,然而超过90%的微生物尚未被培养,处于“生物信息黑箱”[1]中。培养组学是一种采用多种培养条件,... 瘤胃微生物被称为反刍动物的“隐藏器官”,与宿主营养物质的获取和生理健康的维持密切相关;目前宏基因组测序发现瘤胃中超过5800个基因组,然而超过90%的微生物尚未被培养,处于“生物信息黑箱”[1]中。培养组学是一种采用多种培养条件,结合高通量测序技术鉴定菌种的培养方法。高通量、并行化的培养组学技术在瘤胃微生物中的应用,为在菌株水平上研究重点菌株功能及其与宿主互作关系提供了新的视角。然而,目前培养组学运用于瘤胃微生物的研究仍然较少,尚处于起步阶段。本文从瘤胃微生物特点、培养组学技术及其在瘤胃微生物培养中的应用现状、面临挑战等方面进行综述,为不断优化、规范化培养组学研究方案、拓展瘤胃可培养菌株资源、加快瘤胃生物信息黑箱的破解提供思考。 展开更多

关键词 反刍动物 瘤胃 微生物 培养组学

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培养组学的临床应用进展

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作者 孙光辉 周义正 《医药前沿》 2024年第15期62-65,共4页

随着经济的发展,物质生活水平的提高,当前的医疗水平已不能满足大众的需求,越来越多的研究表明,微生物对生命健康所起的作用被人类极大地低估了,其与人体的免疫功能、营养代谢甚至各种疾病都存在着强关联。宏基因测序技术的出现虽已初... 随着经济的发展,物质生活水平的提高,当前的医疗水平已不能满足大众的需求,越来越多的研究表明,微生物对生命健康所起的作用被人类极大地低估了,其与人体的免疫功能、营养代谢甚至各种疾病都存在着强关联。宏基因测序技术的出现虽已初步阐明微生物与人类多种疾病之间存在关系,但由于无法获取微生物分离株,因此无法在菌株水平上研究微生物在疾病中所起的作用。培养组学的出现则填补了宏基因组技术的缺陷,其通过多种培养方法和细菌快速鉴定技术相结合,体外培养出大量目的菌株,为研究者们提供了大量样本,从而为疾病的治疗提供了新视角。本文就近年来培养组学的发展状况及其临床应用进展进行综述,并探讨培养组学在临床应用的可行性。 展开更多

关键词 培养组学 人体微生物 宏基因组学 临床应用

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基于培养组学的肠道菌群培养及鉴定方法研究 被引量：4

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作者 刘莹 谭寅凤 +5 位作者 张迎 孙菲 许潆月 何抒阳 周艳秋 于苗 《北华大学学报（自然科学版）》 CAS 2021年第6期762-768,共7页

目的探索一种适宜临床应用的肠道菌群培养及鉴定的简便、实用方法,为临床诊断肠道菌群失调、制定个性化微生态调节方案、指导抗菌药物应用提供参考.方法应用GAM培养49种厌氧菌标准菌株,应用哥伦比亚培养基培养20种需氧菌标准菌株,监测... 目的探索一种适宜临床应用的肠道菌群培养及鉴定的简便、实用方法,为临床诊断肠道菌群失调、制定个性化微生态调节方案、指导抗菌药物应用提供参考.方法应用GAM培养49种厌氧菌标准菌株,应用哥伦比亚培养基培养20种需氧菌标准菌株,监测各菌种的生长趋势;通过检测粪便标本OD_(600)值,确定接种细菌的数量和体积;分别检测不同时间接种生长的粪便标本菌落数和种类,并对健康人和应用抗菌药物患者的肠道菌群进行对比分析;采用MADLI-TOF MS对生长的菌落进行鉴定.结果厌氧菌培养36 h、需氧菌培养18 h后90%以上的菌种达到生长平台期;接种5μL菌种,OD_(600)值为0.045时,厌氧培养生长的菌落数最佳;接种50μL菌种,OD_(600)值为0.050时,需氧培养生长的菌落数最佳;留样后0、1、2 h培养的菌落数和种类均多于3 h培养的菌落数和种类,差异具有统计学意义(P<0.05);对照组总菌数、厌氧菌数/需氧菌数、G^(-)菌/G^(+)菌、杆菌/球菌、益生菌占比均高于抗菌药物组,真菌数低于抗菌药物组,差异具有统计学意义(P<0.001).结论此方法可培养鉴定出人体肠道中的优势菌,获得评估肠道菌群的相关量化指标,并且成本低,操作简便,可为诊治肠道菌群失调、指导抗菌药物应用提供参考. 展开更多

关键词 肠道菌群 培养组学 质谱鉴定

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哺乳仔猪断奶前后肠道微生物培养组学研究 被引量：5

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作者 董博 王志林 +7 位作者 魏文康 井晓欢 刘石 鄢秋龙 蒋宗勇 刘文华 胡译尹 陈庄 《动物营养学报》 CAS CSCD 北大核心 2021年第1期175-189,共15页

近年来国内外研究人员通过下一代测序和分离培养技术,结合宏基因组学相关的生物信息学手段证实了猪肠道微生物的组成及其代谢物活性对宿主的健康具有重要作用。受限于传统培养方法,猪肠道中大多数细菌仍无法培养,因此,为了突破研究人员... 近年来国内外研究人员通过下一代测序和分离培养技术,结合宏基因组学相关的生物信息学手段证实了猪肠道微生物的组成及其代谢物活性对宿主的健康具有重要作用。受限于传统培养方法,猪肠道中大多数细菌仍无法培养,因此,为了突破研究人员研究宿主-菌株相互关系及益生菌株开发应用的限制,本研究对仔猪断奶前后回肠和结肠内容物微生物进行高通量培养组学研究。结合需氧和厌氧条件、不同培养时间以及25种不同培养基,共筛选获得1385株厌氧、好氧和兼性厌氧菌株,并全部进行了16S rRNA全长测序鉴定和菌株保存,共计获得5个门、29个属和86个种菌,其中包含梭杆菌、拟杆菌等在以前的研究中较难分离获得的菌株,以及一些如乳酸菌等具有潜在应用价值的益生菌,更为重要的是其中包含116株疑似新菌种。本研究获得的菌株信息可以进一步完善猪肠道微生物物种数据库,为后续宿主-菌株相互关系研究垫定了基础,对猪饲用益生菌相关产品开发研究具有重要意义。 展开更多

关键词 培养组学 仔猪断奶 肠道 菌株 鉴定

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基于高通量测序和培养组学的血小板中细菌检测方法的建立 被引量：3

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作者 王少礼 高瞻 +2 位作者 黄梅 黄杨 何苗 《中国输血杂志》 CAS 2020年第4期321-327,共7页

目的建立1种基于高通量测序培养组学的细菌检测体系,以此来提高血小板中细菌的检出率。方法利用微生物高通量培养组细菌检测体系,配置培养组中的8种液体培养基,即血培养瓶(37℃)、含5 mL羊血的血培养瓶(37℃)、100 mL海生菌肉汤(37℃)... 目的建立1种基于高通量测序培养组学的细菌检测体系,以此来提高血小板中细菌的检出率。方法利用微生物高通量培养组细菌检测体系,配置培养组中的8种液体培养基,即血培养瓶(37℃)、含5 mL羊血的血培养瓶(37℃)、100 mL海生菌肉汤(37℃)、含瘤胃液和羊血各5 mL的血培养瓶(37℃)、100 mL胰蛋白大豆肉汤(37℃)、100 mL5%羊血肉汤(28、37℃)、含5 mL胃液血培养瓶(37℃)和替代传统的1种培养基-血培养瓶(37℃),取血小板标本9份(5 mL/份)做预培养:在恒温有氧条件下的液体培养基中培养60 d,将液体培养基中的培养液9份,在培养24 h后第1次用无菌注射器吸取100μL菌到血琼脂平板上,并用涂布棒涂布均匀;此后每2—3 d重复同样操作1次。血琼脂平板与预培养在温度相同的条件下培养1—2 d,用挑菌环挑取血平板上的单个菌株,用DNA Blood Mini Kit提取DNA后,采用通用引物27F/1429R扩增该细菌的16S rRNA基因片段并采用Sanger测序鉴定菌种,同时将各血小板标本混匀后分别取40 mL以96800 g离心4 h,弃上清;采用DNA Blood Mini Kit提取沉淀总DNA,构建DNA文库后在Illumina Illumina HiSeq 4500上深度测序,所得数据用自有分析软件KrakenPy 1.0分析其中的微生物组并鉴定细菌种类。将宏基因组高通量测序方法得到的结果和培养组的结果相互验证,确认致血小板污染的细菌种类。结果经过细菌培养组培养后分离单个菌落,用Sanger测序鉴定出的细菌有:赖氨酸芽孢杆菌(Lysinibacillus sp.)、芽孢杆菌(Bacillus sp.)、郭霍氏芽孢杆菌(B.kochii)、蜡样芽孢杆菌(B.cereus)、类芽孢杆菌(Paenibacillus sp.)、黄原胶降解菌(P.lautus)、葡萄球菌(Staphylococcus sp.)、马葡萄球菌(S.equorum)、红球菌(Rhodococcus sp.)。宏基因组测序产出Raw data共72.22 G,显示丰度较高的主要为厚壁菌门(Firmicutes)、放线菌门(Actinobacteria)、变形菌门(Proteobacteria),其中鉴定出细菌种类最多的厚壁菌门(Firmicutes)细菌种类:苏云金芽孢杆菌(B.thuringiensis)、蜡状芽孢杆菌(B.cereus)、类芽孢杆菌(Paenibacillus sp.)、胶质类芽孢杆菌(P.mucilaginosus);其次为变形菌门(Proteobacteria)的细菌主要包括:赭黄嗜盐囊菌(Haliangiumochraceum)、嗜麦芽寡养单胞菌(S.maltophilia);还有放线菌门(Actinobacteria),主要包括红球菌(Rhodococcus sp.)、红平红球菌(R.erythropolis)、银色棒杆菌(Corynebacteriumargentoratense)。培养组学方法与宏基因组测序2种方法都检测出的细菌:蜡样芽孢杆菌(B.cereus)、类芽胞杆菌(Paenibacillus sp.)、红球菌(Rhodococcus sp.)。结论高通量微生物培养组学方法培养出了高丰度的蜡样芽孢杆菌(B.cereus)、类芽孢杆菌(Paenibacillus sp.)和红球菌(Rhodococcus sp.)等最可能污染血小板标本的细菌,但未培养出变形菌门(Proteobacteria)、放线菌门(Actinobacteria)等血小板中可能存在的细菌。高通量培养组学方法与宏基因组测序方法相结合为高灵敏地检测血小板中的细菌提供了新的思路。 展开更多

关键词 血小板 细菌检测 微生物培养组学 宏基因组学 Illumina Illumina HiSeq 4500高通量测序

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基于培养组学和宏基因组学的血小板细菌检测方法研究 被引量：1

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作者 赵梦伊 刘安庆 +5 位作者 赵玉伟 戎霞 单振刚 高瞻 黄杨 何苗 《中国输血杂志》 CAS 2023年第11期978-986,共9页

目的通过微生物细菌培养组学探究血小板中的可培养细菌组成,将培养组学结果与宏基因组学结果相互验证,以提高血小板中的细菌检出率。方法收集6份健康人血小板标本,采用8种培养基于需氧条件和12种培养基于厌氧条件中对血小板中细菌进行... 目的通过微生物细菌培养组学探究血小板中的可培养细菌组成,将培养组学结果与宏基因组学结果相互验证,以提高血小板中的细菌检出率。方法收集6份健康人血小板标本,采用8种培养基于需氧条件和12种培养基于厌氧条件中对血小板中细菌进行大规模培养和分离,并对筛选获得的单菌落进行16S rRNA基因测序鉴定。采用宏基因组测序技术分析健康人血小板微生物组细菌丰度。结合宏基因组测序和培养组结果,确认血小板中存在的的细菌种类。结果6份血小板标本经培养组学共分离获得90株细菌,隶属于3个门,5个纲,5个目,7个科,9个属,23个种,其中在种水平上得到的单克隆较多的菌株为aurantiaca短波单胞菌(Brevundimonas aurantiaca)(16.7%),Bacillus sp.Y1(15.6%),痤疮丙酸杆菌(Cutibacterium acnes)(14.4%)和短短芽孢杆菌(Brevibacillus brevis)(13.3%);血小板标本经mNGS测序发现变形菌门(Proteobacteria),厚壁菌门(Firmicutes)和放线菌门(Actinobacteria)丰度值较高。培养组学方法与宏基因组测序都检测出的细菌为:厚壁菌门细菌种类:Bacillus sp.Y1、苏云金芽孢杆菌(B.thuringiensis)、蜡样芽孢杆菌(B.cereus)、运动芽孢杆菌(B.mobilis)、贝莱斯芽孢杆菌(B.velezensis)、短短芽孢杆菌(Brevibacillus brevis)和表皮葡萄球菌(Staphylococcus epidermidis);放线菌门细菌种类:痤疮丙酸杆菌(Cutibacterium acnes);变形菌门细菌种类:大肠埃希菌(Escherichia coli)和戴尔福特菌(Delftia tsuruhatensis)。结论培养组学和宏基因组学方法相互验证鉴定出了一些细菌,证明血小板中存在细菌。 展开更多

关键词 血小板 宏基因组学 培养组学 细菌检测

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猪肠道细菌培养组学研究进展 被引量：4

8

作者 周梦情 陈从英 《畜牧兽医学报》 CAS CSCD 北大核心 2021年第5期1186-1194,共9页

猪肠道菌群是由所有定殖在猪肠道里的大量细菌、病毒、真菌和古菌等构成的集合。已有研究表明,很多疾病以及猪重要经济性状都与肠道菌群有关。目前,肠道菌群研究使用较多的技术是16S rRNA基因测序和宏基因组测序,但这些技术并不能了解... 猪肠道菌群是由所有定殖在猪肠道里的大量细菌、病毒、真菌和古菌等构成的集合。已有研究表明,很多疾病以及猪重要经济性状都与肠道菌群有关。目前,肠道菌群研究使用较多的技术是16S rRNA基因测序和宏基因组测序,但这些技术并不能了解具体菌株的实际功能和生理特性。肠道细菌的分离培养具有特殊重要的意义。近几年来,肠道细菌的培养取得了重要进展,基于培养条件的多样性分离培养出了更多的肠道细菌类别,这对促进肠道菌群在菌株水平的研究以及推广应用有重要意义。本文主要从猪肠道菌群组成结构、培养组学发展、猪肠道细菌培养组学的研究现状等方面进行论述和展望,为后续猪肠道菌群菌株的功能和影响表型的机制研究提供参考借鉴。 展开更多

关键词 猪 肠道细菌 培养组学 进展

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微生物菌群培养组学在动物医学中的应用 被引量：4

9

作者 彭娜 彭先启 乐敏 《畜牧兽医学报》 CAS CSCD 北大核心 2020年第12期2942-2953,共12页

实验室条件下可培养的微生物约占自然界中微生物总数的1%,这限制了人们对99%未知微生物的认识和利用,而研究表明,那些“不可培养的微生物”是可以被开发和利用的,未能被纯培养的微生物才是未知微生物的主体。微生物培养组学探索利用多... 实验室条件下可培养的微生物约占自然界中微生物总数的1%,这限制了人们对99%未知微生物的认识和利用,而研究表明,那些“不可培养的微生物”是可以被开发和利用的,未能被纯培养的微生物才是未知微生物的主体。微生物培养组学探索利用多种培养条件和长时间的培养,结合基质辅助激光解吸电离飞行时间质谱法(MALDI-TOF-MS)和16S核糖体RNA(rRNA)测序可以大规模鉴定各种微生物,同时利用全基因组测序和宏基因组测序手段对未知微生物进行深入分析。本文综述了国内外近年来微生物菌群培养组学在反刍动物胃肠道、禽类盲肠及家畜鼻腔微生物菌群研究中的最新进展,探讨将动物体内菌群培养组学方法应用于动物疾病防治领域的可行性。作为一个新兴的研究方法,尽管该培养组学还存在一些不够成熟的方面,但它的发展前景十分广阔,微生物菌群培养组学方法和其他研究方法的互补已经逐渐成为发展兽医微生物学新的突破口。 展开更多

关键词 培养组学 MALDI-TOF-MS 16S rRNA 基因组测序 瘤胃微生物区系 盲肠微生物群 鼻腔微生物区系

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培养组学在人体肠道微生物研究中的应用 被引量：3

10

作者 姚彩青 鄂晶晶 王俊国 《中国食品学报》 EI CAS CSCD 北大核心 2021年第7期371-377,共7页

肠道微生物是人体重要的“器官”,与免疫、营养、代谢等诸多生理功能紧密相关。利用宏基因组测序技术已经阐明肠道微生物与人类健康之间的复杂关系,然而仍无法获得细菌分离株,不能明确特定细菌在肠道中发挥作用的内在机制,进而不利于肠... 肠道微生物是人体重要的“器官”,与免疫、营养、代谢等诸多生理功能紧密相关。利用宏基因组测序技术已经阐明肠道微生物与人类健康之间的复杂关系,然而仍无法获得细菌分离株,不能明确特定细菌在肠道中发挥作用的内在机制,进而不利于肠道“暗物质”的进一步发现。采用由多种培养方法与细菌的快速鉴定技术相结合的培养组学方法,培养出数百种与人类相关的新细菌,为深入研究细菌表型及基因功能提供了菌体样本,也为筛选肠道中的新型益生菌提供了数据支持。本文综述近几年培养组学的发展状况及其应用于人体肠道微生物区系研究的优势。 展开更多

关键词 培养组学 肠道微生物 培养方法 宏基因组学

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动物消化道微生物培养组学研究进展 被引量：2

11

作者 米兰 王佳堃 《中国畜牧杂志》 CAS 北大核心 2022年第5期39-45,共7页

自然环境中绝大部分微生物仍“尚未被培养”,这极大限制了人们对微生物功能的研究,以及微生物资源的开发和利用。培养组学基于微生物基因组信息获得目标微生物的最佳生存环境,利用膜扩散型培养技术、微流控型培养技术和细胞分选培养技... 自然环境中绝大部分微生物仍“尚未被培养”,这极大限制了人们对微生物功能的研究,以及微生物资源的开发和利用。培养组学基于微生物基因组信息获得目标微生物的最佳生存环境,利用膜扩散型培养技术、微流控型培养技术和细胞分选培养技术等从自然环境中分离、培养“尚未被培养”的微生物,并通过高通量组学技术加以鉴定。已成功应用于小鼠、白蚁、鸡、猪和牛消化道微生物的培养,极大地丰富了动物消化道微生物资源库,为深入探究微生物间及其与宿主间的互作关系提供了保障。本文综述了影响微生物培养的因素、培养组学的分选和鉴定技术、培养组学在动物消化道微生物研究中的应用情况,探讨了培养组学的发展前景和面临的挑战。 展开更多

关键词 动物消化道 高通量测序 培养组学 微生物 未培养

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肠道中有益菌培养组学的研究进展 被引量：1

12

作者 玉霞 赵飞燕 孙志宏 《食品科学》 EI CAS CSCD 北大核心 2023年第23期365-371,共7页

肠道微生物在维持人体健康中起着重要作用,特别是肠道中的有益菌。目前肠道微生物的研究手段仍以宏基因组等非培养技术为主,利用宏基因组测序技术可发现肠道微生物与机体健康之间的关系。研究者发现肠道中大多数细菌是未被培养的,其发... 肠道微生物在维持人体健康中起着重要作用,特别是肠道中的有益菌。目前肠道微生物的研究手段仍以宏基因组等非培养技术为主,利用宏基因组测序技术可发现肠道微生物与机体健康之间的关系。研究者发现肠道中大多数细菌是未被培养的,其发挥作用的分子机制尚不明确,而培养组学可通过改良培养基中成分,优化培养条件,使得肠道中一些难培养的微生物被成功分离培养。培养组学在肠道微生物中的应用为研究宿主与肠道微生物的相关功能和进一步筛选肠道中的有益菌提供了技术支持。因此,利用培养组学技术培养出更多的肠道有益菌,并对其进行细菌表型和基因功能研究是今后的研究重点。本文对肠道微生物培养组学及肠道有益菌的培养方法进行综述,为其应用于对人体健康有益的肠道微生物的培养提供参考。 展开更多

关键词 培养组学 肠道微生物 培养方法 乳酸菌 双歧杆菌

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应用培养组学分离鉴定牛源芽孢杆菌及其系统发育性分析 被引量：1

13

作者 王浩先 陈宇 +3 位作者 马宁 黄培鑫 张晓轩 倪宏波 《黑龙江八一农垦大学学报》 2022年第4期37-45,共9页

在对动物肠道微生物领域的研究中,应用培养组学进行研究逐渐被人们所熟知。同时,应用其对肠道内益生菌的研究应用也越发广泛。实验基于培养组学对荷斯坦奶牛直肠粪便样品分进行分离纯化,得到芽孢杆菌菌株。实验使用6种培养方法分离培养... 在对动物肠道微生物领域的研究中,应用培养组学进行研究逐渐被人们所熟知。同时,应用其对肠道内益生菌的研究应用也越发广泛。实验基于培养组学对荷斯坦奶牛直肠粪便样品分进行分离纯化,得到芽孢杆菌菌株。实验使用6种培养方法分离培养荷斯坦奶牛肠道内的芽孢杆菌,并在纯化扩繁后对其进行形态特征、培养特性、扩增16S rRNA测序鉴定细菌菌属。结果表明:利用BLAST软件将14株(L1-L14)菌株测序后得到的16S r RNA序列与NCBI上Gen Bank中发布的已知芽孢杆菌参考株进行序列同源性分析,初步鉴定为14株芽孢杆菌。14个分离株与参考菌株的同源性为99.93%~100%。经MEGA-X软件操作系统发育树分析,得到的分离菌株分别为:2株蜡样芽孢杆菌,2株沙福芽孢杆菌,5株地衣芽孢杆菌,2株短小芽孢杆菌,1株海洋沉积物芽孢杆菌,1株高山芽孢杆菌,1株同温层芽孢杆菌;其中地衣芽孢杆菌和短小芽孢杆菌属于可添加饲喂功能益生菌。实验为未来对奶牛肠道内益生菌相关研究,奶牛肠道健康防控,开发有关益生菌类的微生态制剂等提供有效的实验支持。 展开更多

关键词 荷斯坦奶牛 芽孢杆菌 培养组学 16S rRNA测序

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人体肠道细菌的培养组学研究进展 被引量：7

14

作者 牛尚博 蔡嘉裕 +4 位作者 韦金涛 黄嘉伟 方舒婷 吴继国 张国霞 《生态科学》 CSCD 2020年第2期227-232,共6页

人体微生物组学研究显示肠道细菌与健康关系极为密切。人体肠道丰富多样的细菌构成了肠道细菌组,是人体微生物组数量最多的部分。研究肠道细菌时使用较多的是宏基因组学方法,但技术本身存在“深度偏差”等缺点亟待解决。肠道细菌的培养... 人体微生物组学研究显示肠道细菌与健康关系极为密切。人体肠道丰富多样的细菌构成了肠道细菌组,是人体微生物组数量最多的部分。研究肠道细菌时使用较多的是宏基因组学方法,但技术本身存在“深度偏差”等缺点亟待解决。肠道细菌的培养组学是近年来的一个研究热点,该方法可以在一定程度上减小宏基因组学带来的误差,培养条件的多样化亦可帮助研究者找到目标菌种相对适宜的生长条件,极大提高培养效率等。还综述了近些年国内外人体肠道细菌培养组研究的最新进展,分别从人体肠道细菌的组成特征、肠道细菌培养组学的研究成果,培养组学的不足等方面进行了论述,探讨了肠道细菌的培养组学在人体疾病防治领域应用的可行性。虽然作为一个新兴的研究思路,培养组学还存在很多不够成熟的方面,但不可否认的是它的发展前景十分可观。培养组学和其他研究方法的互补或许会成为下一个研究微生物的突破口。 展开更多

关键词 人体肠道细菌 培养组学 进展

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培养组学在动物肠道微生物应用的研究进展 被引量：3

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作者 邱菲 韩依辛 +5 位作者 魏琦麟 唐兴刚 袁明贵 董博 向蓉 徐志宏 《中国畜牧兽医》 CAS CSCD 北大核心 2023年第2期598-605,共8页

肠道微生物被称为动物的“隐藏免疫器官”,不仅能参与宿主代谢还能影响宿主的免疫系统,对维持机体健康至关重要。作者主要介绍了培养组学的发展历程及其对动物肠道微生物研究的重要意义、传统微生物培养方法和分子生物学方法在研究微生... 肠道微生物被称为动物的“隐藏免疫器官”,不仅能参与宿主代谢还能影响宿主的免疫系统,对维持机体健康至关重要。作者主要介绍了培养组学的发展历程及其对动物肠道微生物研究的重要意义、传统微生物培养方法和分子生物学方法在研究微生物时各自的优、缺点。培养组学是基于传统微生物培养方法同时采用多种培养条件进行微生物培养,再辅以基质辅助激光解吸电离飞行时间质谱(MALDI-TOF MS)和16S rRNA基因测序技术建立的一种新型微生物分离、鉴定方法,该方法将传统微生物培养技术与分子生物学技术的优点融为一体。该方法在挖掘“新微生物”的研究中,具有发现、找到并获得的优势;在微生物的研究中可定制分离目标菌株进行验证,并能通过丰富注释清楚地了解肠道微生物组。此外,分析了培养组学分别在家禽肠道、猪肠道、反刍动物肠道等动物肠道的研究应用现状,提出了环境条件对肠道微生物的影响,如人类接触对肠道菌群的影响、同物种不同性别肠道菌群的差异,以期为培养组学在动物肠道微生物的研究运用中提供参考。 展开更多

关键词 动物肠道微生物 培养组学 消化道 分子生物学

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瘤胃微生物培养组学研究及Hungate1000计划项目进展 被引量：1

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作者 綦世金 桂干北 +2 位作者 曾泽 钱玺丞 张华琦 《农技服务》 2019年第12期36-38,共3页

瘤胃微生物培养组学是为研究复杂、多样、未知的瘤胃微生物,以微生物培养技术、rDNA分析技术、MALDI-TOF-MS分析技术为基础而构建的研究方法。微生物培养组学的诞生,为Hungate项目的启动创造了有利条件,与此同时,Hungate1000计划项目促... 瘤胃微生物培养组学是为研究复杂、多样、未知的瘤胃微生物,以微生物培养技术、rDNA分析技术、MALDI-TOF-MS分析技术为基础而构建的研究方法。微生物培养组学的诞生,为Hungate项目的启动创造了有利条件,与此同时,Hungate1000计划项目促进了瘤胃微生物培养组学技术的应用及创新。为了解瘤胃微生物培养组学及Hungate1000计划项目,对两者近年来的研究及进展进行了综述。 展开更多

关键词 瘤胃微生物培养组学 Hungate1000 RDNA MALDI-TOF-MS

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菌群培养组学及其在皮肤病研究中的应用进展

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作者 郁天泽 裘卓琼 李巍 《复旦学报（医学版）》 CAS CSCD 北大核心 2022年第4期582-587,共6页

皮肤菌群在维持皮肤稳态中发挥重要作用并参与多种皮肤疾病的发生发展。既往研究主要通过高通量测序技术揭示人体皮肤菌群的组成和特征,但这一技术存在偏倚和局限,且难以深入开展单个菌株的功能研究。培养组学通过高通量培养技术分离菌... 皮肤菌群在维持皮肤稳态中发挥重要作用并参与多种皮肤疾病的发生发展。既往研究主要通过高通量测序技术揭示人体皮肤菌群的组成和特征,但这一技术存在偏倚和局限,且难以深入开展单个菌株的功能研究。培养组学通过高通量培养技术分离菌株,结合质谱技术和16S rRNA测序鉴定菌种,进而深入分析菌株功能,可以挖掘生理状态下皮肤菌群多样性,同时推动疾病状态下皮肤共生细菌物种和菌株水平的研究。健康人皮肤菌群培养组学增加了可培养的皮肤细菌数量,并揭示了皮肤菌群碳源利用模式的多样性和皮肤菌群的个体特异性。培养组学可以动态观察皮肤病治疗过程中皮肤菌群的变化,揭示维持皮肤菌群多样性对皮肤稳态的重要意义,并筛选得到在银屑病、皮肤慢性创伤等皮肤病治疗中有益的特定菌株。随着培养组学方法的完善及多组学联合运用的发展,菌群培养组学将成为皮肤病学研究不可或缺的重要方法。 展开更多

关键词 培养组学 皮肤菌群 皮肤病 细菌培养 高通量测序

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微生物菌群培养组学在动物医学中的应用分析

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作者 牛玉丰 《中文科技期刊数据库（全文版）自然科学》 2023年第4期43-46,共4页

我国当前社会经济发展速度较快,促进动物医学行业也在快速发展,国家相关部门和人员重点针对动物疾病方面内容全面分析。但由于动物体内和体表定制中包含大量微生物,在长期运行阶段,逐渐形成动态和稳定性的微生态平衡效果。传统时期相关... 我国当前社会经济发展速度较快,促进动物医学行业也在快速发展,国家相关部门和人员重点针对动物疾病方面内容全面分析。但由于动物体内和体表定制中包含大量微生物,在长期运行阶段,逐渐形成动态和稳定性的微生态平衡效果。传统时期相关人员在研究的过程中,主要是通过纯培养技术针对微生物分析和研究,但由于自然环境发展阶段,其中微生物的种类非常复杂,在这样的情况下,会影响人们研究微生物多样性的效果,而在微生物学和现代信息技术产生交叉现象的情况下,能够引导人们站在新时期的发展角度,针对卫生特点和性能全面分析与研究,通过这样的方式,能够保证动物样本的准确性,体现宏基因组测序技术的重要性。当前通过DNA信息分析解读的方式,虽然能够掌握微生物组成结构,但会阻碍微生物制药行业的健康发展。所以,当前微生物培养组学针对活培养物分离和鉴定以及开发技术中占据重要位置。因此,本文主要针对微生物菌群培养组学在动物医学中的应用状况进行分析和研究,并提出科学合理的建议。 展开更多

关键词 微生物菌群 培养组学 动物医学 应用状况 分析研究

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利用培养组学技术分离培养肺部微生物群研究 被引量：5

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作者 刘月姣 李俭杰 +12 位作者 孙一凡 黄自然 李军峰 安彤同 卓明磊 迟雨佳 李生 杨晓丹 颊博 潘志远 杨瑞馥 王子平 毕玉晶 《微生物学报》 CAS CSCD 北大核心 2022年第3期1110-1118,共9页

【目的】使用培养组学技术分离培养肺部微生物群,初步了解人体肺部可培养细菌的组成特点,建立呼吸道微生物菌库,为以后进行重点菌株的功能研究提供菌株条件。【方法】针对6个临床肺泡灌洗液样本,使用补充不同添加剂的血培养瓶对样本进... 【目的】使用培养组学技术分离培养肺部微生物群,初步了解人体肺部可培养细菌的组成特点,建立呼吸道微生物菌库,为以后进行重点菌株的功能研究提供菌株条件。【方法】针对6个临床肺泡灌洗液样本,使用补充不同添加剂的血培养瓶对样本进行预增菌,在预增菌不同的时间点对血培养瓶内细菌进行分离培养和保藏,使用MALDI-TOF质谱和16SrRNA基因测序鉴定分离菌株。【结果】共获得101种已鉴定细菌,6株潜在新菌,2株真菌。其中细菌包括5个门、14个纲、24个目、35个科和45个属。预增菌前期的时间点分离菌种数较多,厌氧环境分离菌种多于需氧条件,在预增菌时添加羊血和瘤胃液起到良好的分离效果,本实验分离的肺部微生物群与人体其他部位(尤其是肠道)有很大的交叉。【结论】利用培养组学技术可以实现对肺部微生物群的分离培养,继续探索对肺部微生物群培养的优化方法具有现实意义。 展开更多

关键词 培养组学 肺部微生物群 肺泡灌洗液 方法优化

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基于培养组学的健康人口腔细菌分离鉴定初探 被引量：5

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作者 王冰 孙媛媛 +1 位作者 马郁芳 鄢秋龙 《中国微生态学杂志》 CAS CSCD 2022年第2期175-178,共4页

目的 通过对口腔的不同部位进行细菌分离,扩展对口腔微生物多样性的认识,以期为后续的口腔菌群研究提供参考。方法 通过培养组学方法分离口腔不同部位的细菌,采集2个健康人扁桃体、唾液、牙菌斑3个部位的样本,使用13种培养基并于需氧和... 目的 通过对口腔的不同部位进行细菌分离,扩展对口腔微生物多样性的认识,以期为后续的口腔菌群研究提供参考。方法 通过培养组学方法分离口腔不同部位的细菌,采集2个健康人扁桃体、唾液、牙菌斑3个部位的样本,使用13种培养基并于需氧和厌氧条件下进行培养,采用16S rRNA基因全长测序分析。结果 总计获得144株菌,分属36个种,10个科,3个门。其中,链球菌属细菌种类最多。基于16S rRNA基因全长相似度98.65%的阈值判定,获得5种潜在全新细菌。3个部位中,扁桃体分离的细菌种类多样性最丰富。结论 13种培养基中,BHI培养基获得的口腔细菌多样性最好;BAB培养基与TSA培养基更适合口腔链球菌生长,链球菌的比例更高;LBB培养基上只有较单一的口腔细菌生长,不适于广谱分离口腔细菌。 展开更多

关键词 口腔菌群 培养组学 细菌分离

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