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GridMol:基于网格的分子可视化建模应用系统
1
作者 孙衍华 刘继凤 +3 位作者 汪文英 金钟 陆忠华 迟学斌 《微电子学与计算机》 CSCD 北大核心 2007年第9期52-55,共4页
基于网格计算思想,提出集成远程高性能计算硬件、软件资源和计算前、后处理功能的高性能计算化学应用模型,并基于此模型开发了GridMol系统。GridMol采用Browser/Server结构设计,服务器端通过网格中间件提交高性能计算作业高效利用网格... 基于网格计算思想,提出集成远程高性能计算硬件、软件资源和计算前、后处理功能的高性能计算化学应用模型,并基于此模型开发了GridMol系统。GridMol采用Browser/Server结构设计,服务器端通过网格中间件提交高性能计算作业高效利用网格中的各种硬件、软件资源,浏览器端GridMol提供图形化的计算化学前、后处理功能,如蛋白质可视化和分子建模处理。GridMol基于Java和Java3DAPI设计实现,系统具有跨平台和网络运行等优点,目前GridMol已集成在中国国家网格(CNGrid)平台上。 展开更多
关键词 网格计算 分子可视化 蛋白质二级结构 分子建模 JAVA 3D API
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GridMol系统中蛋白质可视化与建模的性能优化 被引量：3
2
作者 欧阳刘彬 孙衍华 +3 位作者 刘继凤 金钟 陆忠华 迟学斌 《计算机工程》 CAS CSCD 北大核心 2009年第20期242-245,共4页
基于网格计算思想开发一个具有计算化学前、后处理功能的系统GridMol,其主要功能包括分子可视化、分子建模和计算作业提交。针对GridMol系统中蛋白质大分子显示和建模遇到的性能问题,给出调整Java 3D场景图进行性能优化的方法,通过Grid... 基于网格计算思想开发一个具有计算化学前、后处理功能的系统GridMol,其主要功能包括分子可视化、分子建模和计算作业提交。针对GridMol系统中蛋白质大分子显示和建模遇到的性能问题,给出调整Java 3D场景图进行性能优化的方法,通过GridMol和其他分子可视化软件的性能比较以及自身优化前后的性能比较,证明优化方法取得了良好的效果。 展开更多
关键词 分子可视化 分子建模 性能分析 gridmol系统
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借助SGI可视化技术建立虚拟现实中心 加拿大多伦多大学加速药物研发和生产
3
《宽带世界》 2003年第6期101-102,共2页
关键词 SGI公司 可视化技术 虚拟现实中心 加拿大 药物研发 药物生产 分子建模技术 软件系统
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eChem——分子结构教与学的辅助工具 被引量：3
4
作者 沈理明 章建东 田军 《化学教学》 CAS 2005年第10期42-44,共3页
eChem是由美国密西根大学的高级交互计算机教育中心(Centerfor Highly Interactive Computing in Education)研制和开发的、专门用于中学化学教学的计算机分子建模(CMM)软件包.它是以简便为原则以学生为中心而设计的专业可视化三维分子... eChem是由美国密西根大学的高级交互计算机教育中心(Centerfor Highly Interactive Computing in Education)研制和开发的、专门用于中学化学教学的计算机分子建模(CMM)软件包.它是以简便为原则以学生为中心而设计的专业可视化三维分子模型软件,是中学化学教师和学生进行分子结构教与学的良好助手. 展开更多
关键词 分子结构 辅助工具 计算机教育 密西根大学 模型软件 分子建模 化学教学 化学教师 可视化
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GridMol:一款为计算化学家设计的高效能应用系统
5
作者 孙衍华 刘继凤 金钟 《科研信息化技术与应用》 2008年第3期62-70,共9页
随着化学计算和计算机技术发展,越来越多的软件被开发出来应用于化学计算、分子可视化、分子建模及化学数据库检索等领域,如何有效整合不同的化学软件为用户提供一个既可用于化学计算前后端处理又可与远程计算软件交互的平台,成为计算... 随着化学计算和计算机技术发展,越来越多的软件被开发出来应用于化学计算、分子可视化、分子建模及化学数据库检索等领域,如何有效整合不同的化学软件为用户提供一个既可用于化学计算前后端处理又可与远程计算软件交互的平台,成为计算化学应用研究的一个热点领域。基于网格计算思想,本文提出集成远程高性能计算硬件、软件资源和计算前、后处理功能的高性能计算化学应用模型,并基于此模型开发了GridMol系统,为计算化学家提供分子建模、科学计算及分子信息可视化一站式服务。在分子可视化方面GridMo1提供多种模式显示多种类分子三维结构,查看分子参数信息及分子计算结果信息;在分子建模方面,GridMo1提供修改分子参数数据、添加原子/基团构建新分子的功能;GridMol同时被设计为网格计算的一个应用前端,为用户提供计算作业提交功能。目前GridMol已经成功部署在中国国家网格中,作为一个完整的计算平台提供分子建模、分子可视化软件及计算作业提交服务。GridMo1采用Java和Java 3D编码实现,具有高度的可扩展性和跨平台性。同时GridMol既可作为一般的单机应用程序使用,也可作为applet部署在web服务器上,然后用户通过浏览器访问使用。 展开更多
关键词 计算化学 网格计算 分子可视化 分子建模
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基于网络的新型虚拟研究组织——计算化学虚拟实验室
6
作者 陆忠华 金钟 +1 位作者 孙衍华 迟学斌 《科研信息化技术与应用》 2008年第3期46-54,共9页
2004年,一批来自国内外20多个单位的化学家和计算数学、信息技术科研工作者,在中国科学院计算机网络信息中心联合组建了一个新型的基于网络协同工作的虚拟研究组织——计算化学虚拟实验室。本文介绍了它的发展历程及长期发展目标,并总... 2004年,一批来自国内外20多个单位的化学家和计算数学、信息技术科研工作者,在中国科学院计算机网络信息中心联合组建了一个新型的基于网络协同工作的虚拟研究组织——计算化学虚拟实验室。本文介绍了它的发展历程及长期发展目标,并总结了自成立以来在科学研究、自主软件开发和国内外学术交流等方面取得的突出成果。文章最后展望了实验室在‘十一五'期间的工作和任务。 展开更多
关键词 计算化学虚拟实验室 基于网格的分子可视化建模软件gridmol 高性能计算化学应用系统SCChem
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