改进的非负矩阵因子分解算法在基因数据分析中的应用

1

作者 张瑾 王加俊 《苏州大学学报（自然科学版）》 CAS 2008年第4期45-48,共4页

提出一种改进的非负矩阵因子分解算法.在非负矩阵因子分解的迭代计算过程中加入了数据平滑处理来解决抖动问题,并用于一组白血病微阵列数据分析.实验结果表明,改进过的非负矩阵分解算法提高了分类的准确率,同时这个方法避免了NMF算法的&... 提出一种改进的非负矩阵因子分解算法.在非负矩阵因子分解的迭代计算过程中加入了数据平滑处理来解决抖动问题,并用于一组白血病微阵列数据分析.实验结果表明,改进过的非负矩阵分解算法提高了分类的准确率,同时这个方法避免了NMF算法的"零值"问题. 展开更多

关键词 非负矩阵因子分解 平滑处理 白血病微阵列 基因数据分析

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聚类分析技术与基因数据知识发现 被引量：2

2

作者 李存华 潘祝山 《淮海工学院学报（自然科学版）》 CAS 2002年第3期20-23,共4页

聚类方法是面向基因数据库知识发现的主要手段之一。随着后基因时代的到来 ,巨量的基因数据向现有的聚类分析方法提出了严峻的挑战。就基因数据库知识发现的内容、聚类方法在基因数据分析中的应用和基因数据库的特征进行了分析与探讨 ,... 聚类方法是面向基因数据库知识发现的主要手段之一。随着后基因时代的到来 ,巨量的基因数据向现有的聚类分析方法提出了严峻的挑战。就基因数据库知识发现的内容、聚类方法在基因数据分析中的应用和基因数据库的特征进行了分析与探讨 ,指出面向基因数据分析的聚类方法必须解决基因数据集巨量性、异构性、高维性等 展开更多

关键词 基因数据库 知识发现 聚类分析 人类基因组计划 基因数据分析 知识挖掘

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基因数据分析的主流软件简介

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作者 陈丽媛 《生物技术世界》 2005年第06M期39-41,共3页

在过去的几年中，人们完成了许多生物的基因组测序工作，然而如何对如此庞大的原始序列信息进行分析和应用，正是现在最为棘手的问题。大量的基因预测软件和在线工具应运而生。如何广泛而深人的了解并能有的放矢的利用这些工具，已经成... 在过去的几年中，人们完成了许多生物的基因组测序工作，然而如何对如此庞大的原始序列信息进行分析和应用，正是现在最为棘手的问题。大量的基因预测软件和在线工具应运而生。如何广泛而深人的了解并能有的放矢的利用这些工具，已经成为21世纪分子生物学家的必修课。 展开更多

关键词 基因数据分析 软件 基因数目预测 基因序列分析

原文传递

免疫聚类算法在基因表达数据分析中的应用 被引量：9

4

作者 朱思峰 刘芳 柴争义 《北京邮电大学学报》 EI CAS CSCD 北大核心 2010年第2期54-57,共4页

提出了基于免疫聚类算法的基因表达数据分析方法.根据基因表达数据矩阵的特点,设计了改进的Consine系数来度量基因相似度;借鉴生物免疫学的有关免疫理论,利用基因表达数据分析的先验知识自适应地改变抗体本身及其与抗原亲合度的关系,构... 提出了基于免疫聚类算法的基因表达数据分析方法.根据基因表达数据矩阵的特点,设计了改进的Consine系数来度量基因相似度;借鉴生物免疫学的有关免疫理论,利用基因表达数据分析的先验知识自适应地改变抗体本身及其与抗原亲合度的关系,构造了基于免疫优势克隆的聚类算法.与K-均值算法和遗传算法的对比实验表明,该算法能够获得较大的类内紧制度、较小的类间分离度,具有较好的工程应用价值. 展开更多

关键词 聚类算法 免疫优势克隆算法 基因表达数据分析 Consine系数

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主分量分析方法和二次判别分析方法应用于基因芯片数据分析 被引量：3

5

作者 胡煜 《广东技术师范学院学报》 2007年第10期25-27,24,共4页

本文主要采用主分量分析方法和二次判别分析(QDA)有监督分类的方法来对基因芯片(微阵列)数据进行分析。PCA是一种提取海量的数据有效特征的有效方法。可以获得与原来基因芯片数据更为接近的成分的提取特征的效果。实验表明采用PCA方法... 本文主要采用主分量分析方法和二次判别分析(QDA)有监督分类的方法来对基因芯片(微阵列)数据进行分析。PCA是一种提取海量的数据有效特征的有效方法。可以获得与原来基因芯片数据更为接近的成分的提取特征的效果。实验表明采用PCA方法事先对数据处理不可以提高基因芯片数据分析的准确性。得出结论可为工业应用提供科学依据。 展开更多

关键词 基因芯片数据分析 主分量分析 二次判别分析(QDA)

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偏最小二乘方法和二次判别分析方法应用于基因芯片数据分析 被引量：1

6

作者 胡煜 《鞍山师范学院学报》 2007年第4期20-24,共5页

主要用偏最小二乘(PLS)方法和二次判别分析(QDA)有监督分类的方法来对基因芯片(微阵列)数据进行分析.PLS是一种提取海量的数据有效特征的有效方法,可以获得与原来基因芯片数据更为接近的成分的提取特征的效果.结果表明用PLS方法事先对... 主要用偏最小二乘(PLS)方法和二次判别分析(QDA)有监督分类的方法来对基因芯片(微阵列)数据进行分析.PLS是一种提取海量的数据有效特征的有效方法,可以获得与原来基因芯片数据更为接近的成分的提取特征的效果.结果表明用PLS方法事先对数据处理可以提高基因芯片数据分析的准确性. 展开更多

关键词 基因芯片数据分析 偏最小二乘 二次判别分析

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线性判别分析和降维方法应用于基因芯片数据分析 被引量：4

7

作者 胡煜 《甘肃联合大学学报（自然科学版）》 2008年第1期29-33,共5页

主要采用偏最小二乘法和线性判别分析(LDA)有监督分类的方法来对基因芯片(微阵列)数据进行分析.PCA,PLS是一种提取海量数据有效特征的有效方法,而且可以获得与原来基因芯片数据更为接近的成分的提取特征的效果.比较PCA降维和PLS降维对LD... 主要采用偏最小二乘法和线性判别分析(LDA)有监督分类的方法来对基因芯片(微阵列)数据进行分析.PCA,PLS是一种提取海量数据有效特征的有效方法,而且可以获得与原来基因芯片数据更为接近的成分的提取特征的效果.比较PCA降维和PLS降维对LDA统计判别分类的效果.得出的结论可为工业应用提供科学依据. 展开更多

关键词 基因芯片数据分析 偏最小二乘法(PLS) 主分量分析(PCA) 线性判别分析(LDA)

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线性判别分析和主分量分析法应用于基因芯片数据分析

8

作者 胡煜 《海南广播电视大学学报》 2007年第4期96-98,共3页

文章主要采用主分量分析法和线性判别分析(LDA)有监督分类的方法来对基因芯片(微阵列)数据进行分析。PCA是一种提取海量的数据有效特征的有效方法。仅可以获得与原来基因芯片数据更为接近的成分的提取特征的效果。结果表明采用PCA方法... 文章主要采用主分量分析法和线性判别分析(LDA)有监督分类的方法来对基因芯片(微阵列)数据进行分析。PCA是一种提取海量的数据有效特征的有效方法。仅可以获得与原来基因芯片数据更为接近的成分的提取特征的效果。结果表明采用PCA方法事先对数据处理不可以提高基因芯片数据分析的准确性。 展开更多

关键词 基因芯片数据分析 主分量分析法 线性判别分析(LDA)

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生物信息分析与精准医疗的融合应用以及未来的机遇与挑战

9

作者 杜秉岳 陶军 《世界复合医学(中英文)》 2025年第1期119-122,共4页

本文探讨了生物信息分析在精准医疗领域的应用,包括其背景、作用、创新点、面临的挑战与机遇。生物信息分析通过深度学习、机器学习、数据挖掘等手段分析患者基因组数据,为个性化药物治疗、疾病早期诊断和风险评估提供了强有力的策略。... 本文探讨了生物信息分析在精准医疗领域的应用,包括其背景、作用、创新点、面临的挑战与机遇。生物信息分析通过深度学习、机器学习、数据挖掘等手段分析患者基因组数据,为个性化药物治疗、疾病早期诊断和风险评估提供了强有力的策略。生物信息分析技术可早期诊断疾病,提高治疗效果,降低疾病风险。生物信息分析在癌症治疗中作用最为明显,如通过基因组测序识别药物敏感性,为患者定制治疗方案。随着技术的进步,精准医疗将推动医疗领域向更个性化、高效的方向发展,提升患者的生活质量。 展开更多

关键词 生物信息分析 精准医疗 个性化治疗 基因组数据分析

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基于TCGA和GEPIA数据库分析CENPK基因在前列腺癌中的表达及临床意义 被引量：3

10

作者 陆璐 谢光宇 +3 位作者 冯耀宁 谢正飞 丁启健 谢智彬 《检验医学与临床》 CAS 2023年第4期455-459,共5页

目的探讨着丝粒蛋白K基因(CENPK基因)在前列腺癌中的表达及其临床意义。方法通过下载癌症基因组图谱(TCGA)和基因表达谱数据交互分析(GEPIA)数据库相关数据,获得498例前列腺癌患者的mRNA表达水平及临床信息,其中52例患者有配对的癌组织... 目的探讨着丝粒蛋白K基因(CENPK基因)在前列腺癌中的表达及其临床意义。方法通过下载癌症基因组图谱(TCGA)和基因表达谱数据交互分析(GEPIA)数据库相关数据,获得498例前列腺癌患者的mRNA表达水平及临床信息,其中52例患者有配对的癌组织与癌旁组织。分析前列腺癌组织中CENPK基因mRNA表达水平,分析不同特征前列腺癌患者CENPK基因mRNA表达水平,比较CENPK基因高表达组与CENPK基因低表达组总体生存时间(OS)及无进展生存期(DFS),基因富集分析明确CENPK基因调控的相关信号通路。结果498例前列腺癌患者的癌组织和癌旁组织中CENPK基因mRNA的表达水平分别为3.9247±1.0929和3.4066±1.1545,差异有统计学意义(t=3.235,P=0.001)。52例配对的前列腺癌组织和癌旁组织中CENPK基因mRNA的表达水平分别为8.2071±0.2952和3.4066±1.1545,差异有统计学意义(t=28.309,P<0.001)。受试者工作特征(ROC)曲线分析显示CENPK基因可作为一个灵敏度和特异度较高的前列腺癌诊断指标(灵敏度为60.8%,特异度为63.5%,曲线下面积为0.625,95%CI为0.785~0.852)。有生化复发、PSA>4 ng/mL、Gleason评分>7分、有肿瘤残留、T分期为T3~T4期、有淋巴结转移的前列腺癌患者CENPK基因mRNA高表达率明显高于无生化复发、PSA≤4 ng/mL、Gleason评分≤7分、无肿瘤残留、T分期为T1~T2b期、无淋巴结转移的前列腺癌患者,差异有统计学意义(P<0.05)。CENPK基因高表达组OS及DFS明显短于CENPK基因低表达组,差异有统计学意义(P=0.045、0.003)。基因富集分析显示,CENPK基因可能通过碱基切除修复、核苷酸切除修复、基因复制、剪接体、错配修复等通路影响前列腺癌的发生、发展。结论CENPK基因在前列腺癌组织中呈高表达,且与临床特征及预后关系密切,可作为前列腺癌较好的诊断标志物。 展开更多

关键词 前列腺癌 着丝粒蛋白K基因 癌症基因组图谱 基因表达谱数据交互分析 生物信息学

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基于药理学分析巴戟天治疗阿尔茨海默病的机制 被引量：1

11

作者 丁其莹 刘鑫源 +4 位作者 覃佳运 吴永雷 肖连臣 周兰庭 李珍珍 《食品工业科技》 CAS 北大核心 2024年第16期36-46,共11页

目的:基于网络药理学、分子对接和GEO数据分析巴戟天治疗阿尔茨海默病(Alzheimer's disease,AD)的潜在靶点和作用机制。方法:利用中药系统药理学数据库与分析平台(TCMSP),获取巴戟天的主要活性成分,用SwissTargetPrediction获取巴... 目的:基于网络药理学、分子对接和GEO数据分析巴戟天治疗阿尔茨海默病(Alzheimer's disease,AD)的潜在靶点和作用机制。方法:利用中药系统药理学数据库与分析平台(TCMSP),获取巴戟天的主要活性成分,用SwissTargetPrediction获取巴戟天全部作用靶点。从DrugBank、PathCard、Chemogenomic Database和PubChem数据库获得AD相关靶点。使用韦恩图取交集,得到巴戟天治疗AD的共同作用靶点。利用Cytoscape3.8.0构建靶点的“成分-靶点”网络图,并分析靶点的相互作用PPI网络图、基因本体论(GO)和KEGG信号通路等。使用Autodock对关键成分和靶点进行分子对接,并用Pymol和Discovery Studio展示对接结果。最后利用GEO数据库Alzdata分析关键靶点基因在AD中的表达。结果:预测得到巴戟天的50种主要活性成分,636个作用靶点,674个AD相关靶点,其中巴戟天治疗AD共同靶点124个。GO富集分析得到蛋白质磷酸化、磷酸化的正调控、细胞对氮化合物的反应、水解酶活性的调节、细胞对化学刺激的反应。KEGG富集分析显示阿尔茨海默病为最显著的通路。分子对接显示,巴戟天的5个核心成分2-羟基-1,5-二甲氧基-6-(甲氧基甲基)-9,10-蒽醌、1-羟基-3-甲氧基-9,10-蒽醌、大黄素-A、甲基异茜草素、甲基异茜草素-1-甲醚和3个核心靶点EGFR、PARP1、FTO的结合较好,并且Egfr在AD病人中显著(P<0.05)上调表达,Parp1和Fto在AD病人中显著(P<0.05)下调表达。结论:巴戟天可能通过多个成分、多个靶点、多个通路,参与调控AD疾病进程。 展开更多

关键词 巴戟天 阿尔茨海默病 整合药理学 分子对接 基因表达数据分析

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基于生物信息学分析筛选骨关节炎差异表达基因 被引量：1

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作者 何熠 熊海风 +3 位作者 李毅成 方德鹏 余雪 杨渊 《广西医学》 CAS 2019年第18期2321-2325,共5页

目的基于生物信息学分析筛选骨关节炎相关的差异表达基因(DEGs),并分析其生物学功能。方法从GEO数据库下载微阵列数据集GSE1919,其包括5个骨关节炎样品和5个匹配的对照样品。利用R语言的Limma工具包进行数据分析,筛选DEGs。利用DAVID数... 目的基于生物信息学分析筛选骨关节炎相关的差异表达基因(DEGs),并分析其生物学功能。方法从GEO数据库下载微阵列数据集GSE1919,其包括5个骨关节炎样品和5个匹配的对照样品。利用R语言的Limma工具包进行数据分析,筛选DEGs。利用DAVID数据库对DEGs进行基因本体富集分析,利用京都基因与基因组百科全书数据库对上调DEGs进行信号通路分析。基于STRING数据库的信息识别蛋白质-蛋白质互相作用(PPI),使用Cytoscape软件3.4.0进行PPI网络构建。结果共获得1145个DEGs,包括483个上调的DEGs和662个下调的DEGs。上调的DEGs主要涉及受体活性、细胞黏附分子活性,主要集中于细胞外组分、细胞膜、细胞外间隙等,主要与细胞通信、信号转导有关。上调的DEGs显著富集于肿瘤坏死因子、细胞黏附分子、丝裂原活化蛋白激酶、黏着斑、细胞因子受体相互作用以及磷脂酰肌醇-3-羟激酶-蛋白激酶B等信号通路。白细胞介素(IL)-6、IL-8、胰岛素样生长因子(IGF)和血管紧张素原(AGT)等基因为PPI网络的核心基因。结论IL-6、IL-8、IGF和AGT基因可能是参与骨关节炎发展的重要基因。 展开更多

关键词 骨关节炎 差异表达基因 生物信息学 基因本体富集分析 京都基因与基因组百科全书数据库通路分析 蛋白质-蛋白质互相作用网络

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AIF1在急性髓系白血病中的表达及生物信息学分析

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作者 高娅娅 李妙雨 +6 位作者 孙文瑞 贾双双 田彪 肖婉婷 张春燕 冯娟 高广勋 《海南医学院学报》 CAS 北大核心 2024年第7期515-525,共11页

目的:探讨同种异体移植炎症因子-1 (allograft inflammatory factor 1, AIF1)在急性髓系白血病(AML)免疫和预后中的价值。方法:利用生物信息学方法分析AIF1在AML中的表达及其与AML患者生存预后的关系。利用癌症基因组图谱(TCGA)和基因型... 目的:探讨同种异体移植炎症因子-1 (allograft inflammatory factor 1, AIF1)在急性髓系白血病(AML)免疫和预后中的价值。方法:利用生物信息学方法分析AIF1在AML中的表达及其与AML患者生存预后的关系。利用癌症基因组图谱(TCGA)和基因型-组织表达(GTEx)数据分析发现AIF1可能是AML的潜在癌基因,进一步通过功能富集分析、基因集富集分析(GSEA)、蛋白质互作网络(PPI)分析对AIF1进行功能分析。通过Wilcoxon符号秩检验和Logistic回归分析确定AIF1和AML患者临床病理特征之间的关系。通过Cox回归和Kaplan-Meier生存曲线评估AIF1的表达与AML患者总生存期(OS)之间的关系。最后通过qRT-PCR和免疫印迹在AML患者的骨髓样本中验证AIF1的表达。结果:AIF1在AML中高表达,且与不良预后相关。AIF1高表达组总生存期比AIF1低表达组缩短。结论:AIF1在AML中的高表达,其表达与AML患者总体生存相关。提示AIF1可能作为AML患者的潜在不良预后标志物。 展开更多

关键词 AIF1 急性髓系白血病 京都基因与基因组数据库富集分析 疾病本体富集分析

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识别表达不稳定的基因

14

作者 杨昆 李建中 +1 位作者 徐德昌 戴国骏 《软件学报》 EI CSCD 北大核心 2010年第9期2148-2160,共13页

提出集成分析来自相同研究问题的不同数据集来识别表达不稳定的基因.把这一问题形式化为一个非线性整数规划问题,三个启发式的算法被提出来求解这一优化问题;进一步地设计了一个统计量来度量基因的不稳定表达程度.提出的方法应用于两个... 提出集成分析来自相同研究问题的不同数据集来识别表达不稳定的基因.把这一问题形式化为一个非线性整数规划问题,三个启发式的算法被提出来求解这一优化问题;进一步地设计了一个统计量来度量基因的不稳定表达程度.提出的方法应用于两个真实数据,实验结果显示:所识别的不稳定基因在两个数据中的表达不一致;利用表达不稳定基因可以提高差异表达基因的筛选结果,而去除表达不稳定基因可以有效地提高微阵列数据分类.实验结果表明,提出的方法是有效的,并且表达不稳定基因可以为微阵列数据分析提供有价值的信息. 展开更多

关键词 微阵列 基因表达数据分析 整数规划 差异表达基因

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基于生物信息学探讨类风湿关节炎与骨关节炎相关分子机制及免疫细胞浸润分析 被引量：1

15

作者 许博 郑福增 刘畅 《中国医科大学学报》 CAS 北大核心 2023年第8期718-723,735,共7页

目的探寻能有效区分类风湿关节炎(RA)和骨关节炎(OA)的潜在生物标志物,并探讨二者在生物信息学方面差异的意义。方法从基因表达综合(GEO)数据库下载2份RA和OA作为相互对照样品的公开可用基因表达谱(GSE55235、GSE55457数据集),并筛选OA... 目的探寻能有效区分类风湿关节炎(RA)和骨关节炎(OA)的潜在生物标志物,并探讨二者在生物信息学方面差异的意义。方法从基因表达综合(GEO)数据库下载2份RA和OA作为相互对照样品的公开可用基因表达谱(GSE55235、GSE55457数据集),并筛选OA与RA的差异表达基因(DEG)。采用LASSO回归模型和SVM-RFE算法识别并筛选生物标志物,在验证组(GSE55584数据集)中进行受试者操作特征(ROC)曲线验证,利用ROC曲线下面积(AUC)值评估辨别能力。利用CIBERSORT算法与筛选出的生物标志物预估RA与OA的生物信息学关联。结果共鉴定出410个DEG,涉及多种信号通路、细胞组分、分子功能和疾病。特征基因有COPZ2、FAH、IL15RA、LTC4S、SCRG1、SFRP1和SLAMF8共7个,且ROC曲线验证结果符合预期。免疫细胞浸润分析显示,巨噬细胞M1、CD8+T细胞、静息肥大细胞、浆细胞、静息树突状细胞等与特征基因相关。结论基于免疫细胞浸润的模型可用于预测RA与OA的鉴别诊断,为RA与OA的治疗靶点提供了新的视角。 展开更多

关键词 类风湿关节炎 骨关节炎 基因本体富集分析 京都基因与基因组数据库富集分析 疾病本体富集分析 免疫细胞浸润分析

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基于免疫基因集的软组织肉瘤分类研究

16

作者 庄胜 花奇凯 赵劲民 《现代肿瘤医学》 CAS 北大核心 2021年第9期1559-1565,共7页

目的:基于免疫基因集的生物信息学方法,鉴定和识别软组织肉瘤的免疫特征亚型。方法:从TCGA数据库和GEO数据库下载软组织肉瘤基因表达谱数据,分别对两个数据集进行单样本基因集富集分析及层次聚类分析,鉴定软组织肉瘤的免疫分型。使用EST... 目的:基于免疫基因集的生物信息学方法,鉴定和识别软组织肉瘤的免疫特征亚型。方法:从TCGA数据库和GEO数据库下载软组织肉瘤基因表达谱数据,分别对两个数据集进行单样本基因集富集分析及层次聚类分析,鉴定软组织肉瘤的免疫分型。使用ESTIMITE方法评估和定量软组织肉瘤的肿瘤微环境评分。CIBERSOFT反卷积算法计算软组织肉瘤免疫细胞亚群占比。对高和低免疫亚型进行生存分析。最后,通过GSEA算法,对高免疫亚型和低免疫亚型进行京都基因与基因组百科全书数据库通路富集分析。结果:基于单样本基因集富集分析及层次聚类分析,鉴别了两种新的软组织肉瘤免疫亚型。肿瘤微环境分析结果显示高和低免疫亚型具有不同的免疫微环境。CIBERSORT反卷积算法证实了高和低免疫亚型具有不同的免疫细胞亚群比例。生存分析曲线能较好的区分两种不同免疫亚型的患者。京都基因与基因组百科全书数据库通路富集分析结果显示,高免疫亚型富集了大量与免疫相关的通路。结论:本研究鉴定的两种免疫亚型可指导软组织肉瘤患者进行分型,并帮助识别对免疫治疗有反应的患者,具有一定的临床应用价值。 展开更多

关键词 软组织肉瘤 免疫亚型 肿瘤免疫微环境 生物信息学 京都基因和基因组百科全书数据库通路富集分析

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基于公共数据库分析肿瘤坏死因子受体超家族成员-4在喉鳞状细胞癌中的表达及临床意义

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作者 饶兴旺 朱凯铨 +3 位作者 陈帅男 施丽彩 李贺 林刃舆 《中国临床研究》 CAS 2024年第1期100-104,共5页

目的 通过多个数据库资料结合临床样本分析喉鳞状细胞癌(鳞癌)患者中肿瘤坏死因子受体超家族成员(TNFRSF)4表达水平的变化,研究TNFRSF4在喉鳞癌发生发展中的作用。方法 根据高通量基因表达(GEO)数据库和癌症基因组图谱(TCGA)数据库转录... 目的 通过多个数据库资料结合临床样本分析喉鳞状细胞癌(鳞癌)患者中肿瘤坏死因子受体超家族成员(TNFRSF)4表达水平的变化,研究TNFRSF4在喉鳞癌发生发展中的作用。方法 根据高通量基因表达(GEO)数据库和癌症基因组图谱(TCGA)数据库转录组表达谱数据筛选出差异表达的基因,结合基因表达谱数据动态分析(GEPIA)数据库对差异基因TNFRSF4进行表达水平预测和生存分析;同时通过3例患者的喉鳞癌组织与癌旁组织标本进行qRT-PCR和Western blot验证,基于TCGA的临床数据绘制K-M生存曲线图并进行Cox回归分析。采用基因集富集分析探究与TNFRSF4在喉鳞癌中作用有关的信号通路。结果 数据库和临床样本中,喉鳞癌组中TNFRSF4的表达高于正常组(P<0.05),且TNFRSF4高表达组的生存率高于TNFRSF4低表达组(P<0.01)。多因素的Cox回归分析显示,TNFRSF4表达水平(HR:0.430,95%CI:0.229~0.806,P=0.009)、性别(HR:0.424,95%CI:0.204~0.882,P=0.022)、淋巴结分期(HR:2.010, 95%CI:1.055~3.831,P=0.034)和远处转移(HR:3.706, 95%CI:1.152~11.922,P=0.028)四个因素共同对患者的总生存时间产生影响。基因集富集分析的结果显示,与TNFRSF4表达最显著相关的信号通路有细胞黏附分子、JAK-STAT信号通路、T细胞受体信号通路、B细胞受体信号通路、原发性免疫缺陷和自身免疫性甲状腺疾病。结论 TNFRSF4高表达可能是喉鳞癌患者预后良好的生物标志物。 展开更多

关键词 喉鳞状细胞癌 肿瘤坏死因子受体超家族成员-4 癌症基因组图谱数据库 高通量基因表达数据库 基因表达谱数据动态分析数据库 预后

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生物统计的研究进展与挑战 被引量：6

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作者 李扬 赵青 马双鸽 《统计研究》 CSSCI 北大核心 2016年第6期3-12,共10页

生物统计学是以解决生物学、医学、公共卫生学、农学等领域科学问题为目标的应用型学科,近年来在精准医疗的背景下得以快速发展。另一方面,生物统计研究面对的数据存在海量化、复杂化和异质化的大数据特征,对理论与应用研究者都提出了... 生物统计学是以解决生物学、医学、公共卫生学、农学等领域科学问题为目标的应用型学科,近年来在精准医疗的背景下得以快速发展。另一方面,生物统计研究面对的数据存在海量化、复杂化和异质化的大数据特征,对理论与应用研究者都提出了新的挑战。本文围绕生物统计研究中的流行病学研究、临床试验设计、生存数据分析和基因数据分析展开讨论,在介绍基本思路的基础上对最新挑战及前沿发展方向进行展望。 展开更多

关键词 流行病学 试验设计 生存分析 基因数据分析

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基于K-近邻法的两种降维方法应用研究 被引量：1

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作者 胡煜 《广东技术师范学院学报》 2008年第6期36-39,35,共5页

本文主要采用两种降维的方法和k-近邻法(KNN)有监督分类的方法来对基因芯片(微阵列)数据进行分析。PCA,PLS是一种提取海量的数据有效特征的有效方法,可以获得与原来基因芯片数据更为接近的成分的提取特征的效果。比较PCA降维方法和PLS... 本文主要采用两种降维的方法和k-近邻法(KNN)有监督分类的方法来对基因芯片(微阵列)数据进行分析。PCA,PLS是一种提取海量的数据有效特征的有效方法,可以获得与原来基因芯片数据更为接近的成分的提取特征的效果。比较PCA降维方法和PLS降维方法对KNN统计判别分类的效果。 展开更多

关键词 基因芯片数据分析 主分量分析 偏最小二乘 K-近邻法

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产电微生物基因调控网络的构建和特异性通路分析 被引量：1

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作者 徐军 刘翠翠 +2 位作者 丁德武 孙啸 谢建明 《中国生物工程杂志》 CAS CSCD 北大核心 2014年第11期42-46,共5页

研究产电微生物胞外电子传递过程和机制,发现与产电效率相关的关键基因、通路和代谢物,是微生物燃料电池研究中的关键技术。为了发现在胞外电子传递过程中起到关键作用的基因以及通路,首先利用比较基因组学的方法,以模式微生物大肠杆菌... 研究产电微生物胞外电子传递过程和机制,发现与产电效率相关的关键基因、通路和代谢物,是微生物燃料电池研究中的关键技术。为了发现在胞外电子传递过程中起到关键作用的基因以及通路,首先利用比较基因组学的方法,以模式微生物大肠杆菌和同属希瓦氏菌的其他菌株为参考,构建了Shewanella.onedensis MR-1的全基因组基因转录调控网络,大大扩展了目前已知的基因调控关系。然后以此网络为基础,结合基于蛋白质相互作用分析得到的胞外电子传递通路,构建了与胞外电子传递直接传递密切相关的细胞色素C编码基因及其相关调控基因构成的子网络,结合全基因组基因表达数据,研究了特异性条件下胞外电子传递的可能通路和基因调控过程。 展开更多

关键词 产电微生物 胞外电子传递 基因转录调控网络 基因表达数据分析

原文传递