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雅鲁藏布江拉萨裂腹鱼、异齿裂腹鱼及其自然杂交种的形态与COI基因条形码分析 被引量:7
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作者 马波 李雷 +4 位作者 王继隆 龚君华 张驰 纪锋 李宝海 《中国水产科学》 CAS CSCD 北大核心 2018年第4期753-761,共9页
2015年5月,在西藏雅鲁藏布江中游的桑日、朗县段水域开展鱼类调查,发现了1种疑似为拉萨裂腹鱼(Schizothorax waltoni)和异齿裂腹鱼(Schizothorax o’connori)的自然杂交种群体。形态学研究显示,该种的吻、口部、下颌、须等头部上的形态... 2015年5月,在西藏雅鲁藏布江中游的桑日、朗县段水域开展鱼类调查,发现了1种疑似为拉萨裂腹鱼(Schizothorax waltoni)和异齿裂腹鱼(Schizothorax o’connori)的自然杂交种群体。形态学研究显示,该种的吻、口部、下颌、须等头部上的形态特征居于拉萨裂腹鱼和异齿裂腹鱼之间,并明显区别于双亲,且群体中个体的头部形态稳定一致,均具有典型的中间型特征,个体间没有明显差异。基于线粒体COI基因条形码分析显示,在杂交种群体共15个样本中,有4个与拉萨裂腹鱼为同源,其余11个与异齿裂腹鱼为同源,各自间的亲缘关系很近,即杂交种群体中既有属于拉萨裂腹鱼遗传基因的个体,也有属于异齿裂腹的遗传基因的个体。综合以上研究表明,拉萨裂腹鱼和异齿裂腹鱼在雅鲁藏布江中游的桑日等自然水域中能够自由杂交而产生后代,且两者都可以互为父母本,但以异齿裂腹鱼为母本产生的杂交种在群体中占多数,推测特殊的生态环境可能促使拉萨裂腹鱼和异齿裂腹鱼在自然水域中容易杂交。 展开更多
关键词 拉萨裂腹鱼 异齿裂腹鱼 自然杂交种 形态学 COI基因条形码 雅鲁藏布江
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不同种类白条天牛基因条形码特征与系统发育初探 被引量:7
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作者 禹海鑫 安榆林 +5 位作者 郭骁驹 孙民琴 徐宁 杨晓军 徐梅 冉俊祥 《江苏农业科学》 北大核心 2017年第13期90-94,共5页
白条天牛属的天牛是一类严重危害多种林木的蛀干害虫。为了丰富白条天牛属线粒体COⅠ基因数据库,探索该属各种类的系统发育关系,以利于用COⅠ基因作DNA条形码快速准确地鉴定白条天牛种类。应用PCR技术扩增3种白条天牛标本的COⅠ序列,并... 白条天牛属的天牛是一类严重危害多种林木的蛀干害虫。为了丰富白条天牛属线粒体COⅠ基因数据库,探索该属各种类的系统发育关系,以利于用COⅠ基因作DNA条形码快速准确地鉴定白条天牛种类。应用PCR技术扩增3种白条天牛标本的COⅠ序列,并与GenBank记录的4种白条天牛COⅠ序列进行比对,以分析其序列组成变异及碱基替换规律,最后利用MEGA 5.0构建系统进化树。结果显示,白条天牛的亲缘关系与地理分布有关,同一国家的白条天牛之间的亲缘关系较近,不同国家的白条天牛之间的亲缘关系较远。 展开更多
关键词 白条天牛 COⅠ基因 基因条形码 系统发育关系
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高通量二代测序基因条形码技术在动物源性制品物种鉴定中的应用 被引量:6
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作者 蔡一村 林颖峥 +5 位作者 刘群秀 王强 张强 熊炜 袁耀华 潘良文 《现代食品科技》 EI CAS 北大核心 2020年第3期252-259,共8页
该研究利用二代测序和DNA条形码技术对生物制品中动物源性成分鉴定方法进行探索性研究。首先对常见的哺乳动物、禽类、鱼类物种以及多种混合样本进行了核酸提取,并利用PCR技术对其线粒体基因16S rRNA区域354 bp的检测位点进行扩增。使用... 该研究利用二代测序和DNA条形码技术对生物制品中动物源性成分鉴定方法进行探索性研究。首先对常见的哺乳动物、禽类、鱼类物种以及多种混合样本进行了核酸提取,并利用PCR技术对其线粒体基因16S rRNA区域354 bp的检测位点进行扩增。使用Illumina Miseq二代测序技术获取所有序列信息,并与Gen Bank数据库比对分析样本中的物种组成。结果显示,混合样品中所有动物源性成分均得到正确鉴定;鹅和鸭核酸的最低检测下限为0.5ng/μL;市售商业化动物源性制品经检测发现2起标签不符问题。该检测方法在一个高通量测序和结果比对分析实验周期内,实现了混合DNA片段序列信息的一次性获取。检测结果准确,适用范围广,有望为动物制品标识符合性检查、打击走私等方面提供技术保障。 展开更多
关键词 高通量测序 基因条形码 物种鉴定 动物源性制品
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基于16S rRNA作为基因条形码对生鲜肉品物种检测方法的建立及应用
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作者 蔡其刚 李秀萍 马利青 《畜牧与兽医》 北大核心 2015年第7期60-63,共4页
采用并合成了1对16S rRNA基因通用引物,通过PCR方法扩增了牛、羊、鸡、猪4种动物生鲜肌肉组织的16S rRNA基因,建立了PCR检测生鲜肌肉组织样品物种来源的检测方法。利用该方法,对采自青海西宁及海西州餐饮市场的30份所谓牛羊生鲜肉样品进... 采用并合成了1对16S rRNA基因通用引物,通过PCR方法扩增了牛、羊、鸡、猪4种动物生鲜肌肉组织的16S rRNA基因,建立了PCR检测生鲜肌肉组织样品物种来源的检测方法。利用该方法,对采自青海西宁及海西州餐饮市场的30份所谓牛羊生鲜肉样品进行PCR检测,均扩增出约422 bp长度的DNA条带,纯化测序后进行序列分析,发现其中检测出11份鲜肉样品为赝品,实为斑嘴鸭(Anas Poecilorhyncha)肉。16S rRNA作为条形码基因对生鲜肉品物种的检测具有快速、特异、敏感、准确等优点,可以作为临床上检测生鲜肉品物种的方法进行市场检测。 展开更多
关键词 16S RRNA 基因条形码 生鲜肉品物种鉴定
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基于线粒体细胞色素B(cyt b)基因条形码的中药海蛇品种鉴定 被引量:3
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作者 廖理曦 曾克武 屠鹏飞 《中国中药杂志》 CAS CSCD 北大核心 2015年第16期3179-3182,共4页
海蛇是名贵中药材之一,新鲜海蛇易腐败,因而海蛇一般晒干保存,由于在晒干后的形状改变,传统的外观鉴定不再适用,而基因条形码作为一种较新的分子鉴定方法不受形状改变影响,适用于海蛇晒干制品的品种鉴定。该文以平颌海蛇、环纹海蛇和兰... 海蛇是名贵中药材之一,新鲜海蛇易腐败,因而海蛇一般晒干保存,由于在晒干后的形状改变,传统的外观鉴定不再适用,而基因条形码作为一种较新的分子鉴定方法不受形状改变影响,适用于海蛇晒干制品的品种鉴定。该文以平颌海蛇、环纹海蛇和兰伯特海蛇等6种海蛇为研究对象,通过提取实验和基因测序技术测定了这6种海蛇的cyt b基因序列,对这些序列进行互相比对并用相似性搜索算法评价5条序列的鉴定成功率。研究显示,cyt b基因的获取不受样品状态的影响,种内种间差异明显,鉴定成功率高。结果表明cyt b序列可以作为海蛇晒干制品的品种鉴定方法。 展开更多
关键词 海蛇 品种鉴定 基因条形码 CYT b BLAST
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DNA条形码技术融入普通昆虫学实验教学
6
作者 康泽辉 孙丽娟 +1 位作者 郑桂玲 张晓 《实验室研究与探索》 CAS 北大核心 2024年第3期184-187,212,共5页
为了提升普通昆虫学实验教学质量,以DNA条形码技术为例,尝试将最新科研成果和技术与普通昆虫学实验教学进行融合。介绍了植物保护专业学生掌握DNA条形码技术的必要性,分析了在普通昆虫学实验教学中开展DNA条形码实验的可行性,在样品保存... 为了提升普通昆虫学实验教学质量,以DNA条形码技术为例,尝试将最新科研成果和技术与普通昆虫学实验教学进行融合。介绍了植物保护专业学生掌握DNA条形码技术的必要性,分析了在普通昆虫学实验教学中开展DNA条形码实验的可行性,在样品保存、DNA提取、PCR扩增、电泳检测、测序和分析等方面优化了以COI基因序列作为DNA条形码开展分子鉴定的具体流程,设计了开展DNA条形码专题实验或者将其与传统分类实验结合的实施和考核方案。DNA条形码技术的融入改变了普通昆虫学实验传统教学模式,也为探索创新性实验教学提供了思路。 展开更多
关键词 普通昆虫学 实验设计 课程改革 基因条形码
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多基因DNA条形码鉴定6个鳗鱼物种 被引量:6
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作者 陈文炳 邵碧英 +4 位作者 缪婷玉 彭娟 陈彬 张志灯 江树勋 《食品科学》 EI CAS CSCD 北大核心 2018年第2期163-169,共7页
建立6种鳗鱼的物种多基因DNA条形码精准鉴定方法。以鳗鱼DNA为模板,采用3对通用引物对6种鳗鱼的3个基因(16S rRNA、Cyt b、COⅠ)部分DNA片段进行聚合酶链式反应扩增、测序,结果6种鳗鱼各获得3条16S r DNA(638~643 bp)、Cyt b(464~466 bp... 建立6种鳗鱼的物种多基因DNA条形码精准鉴定方法。以鳗鱼DNA为模板,采用3对通用引物对6种鳗鱼的3个基因(16S rRNA、Cyt b、COⅠ)部分DNA片段进行聚合酶链式反应扩增、测序,结果6种鳗鱼各获得3条16S r DNA(638~643 bp)、Cyt b(464~466 bp)、COⅠ(705~707 bp)基因部分DNA序列,从中选取各物种序列同源的片段设计3对新引物对6种鳗鱼的16S rRNA、Cyt b、COⅠ基因部分DNA片段进行PCR扩增,其产物大小分别为504~507、400、609 bp,再从各片段中筛选出具有6种鳗鱼物种特异性强的、碱基数分别为262、280、300 bp的3条DNA片段序列,作为6种鳗鱼物种的3个基因的标准DNA条形码,应用DNAMAN V6软件进行同源性分析,并通过Gen Bank数据库的比对验证,制定了供检测实践用的同源率判别指标,建立鳗鱼物种的多基因条形码检测方法。应用该方法对30个待检鳗鱼样品进行检测,结果表明,各样品基于3个基因DNA条形码的比对,符合同源率指标,物种判别结果互相吻合,从而精准判别样品的所属物种。该方法稳定、精准、易于操作,可应用于6种鳗鱼的物种鉴定,值得推广。 展开更多
关键词 16S RRNA基因 CYT B基因 COⅠ基因 基因DNA条形码 鳗鱼物种鉴定
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COⅠ基因微条形码技术在毛发种属鉴定中的应用 被引量:4
8
作者 夏皙 丁梅 《法医学杂志》 CAS CSCD 2016年第6期441-443,454,共4页
目的利用COⅠ基因微条形码技术对哺乳动物毛发进行种属鉴定。方法设计一对哺乳动物COⅠ基因微条形码通用引物,利用共同区PCR技术对来自于哺乳纲5个目11个种属的实验动物毛发DNA进行扩增,并对扩增产物进行双向引物测序,将测序结果进行拼... 目的利用COⅠ基因微条形码技术对哺乳动物毛发进行种属鉴定。方法设计一对哺乳动物COⅠ基因微条形码通用引物,利用共同区PCR技术对来自于哺乳纲5个目11个种属的实验动物毛发DNA进行扩增,并对扩增产物进行双向引物测序,将测序结果进行拼接后所得的基因序列输入BOLD数据库进行同源性比对。结果本研究设计的微条形码通用引物能够对所有种属实验动物毛发DNA进行扩增,扩增片段长度147 bp。数据库同源比对结果显示最匹配物种与实验动物种属相符,除狮同源匹配度为98.99%外,其他实验动物同源匹配度均为100%,且狮种内遗传距离1%,种间遗传距离大于种内遗传距离十倍,可以进行种属判定。结论建立的COⅠ基因微条形码技术能够快速准确地对哺乳动物毛发检材进行种属鉴定。 展开更多
关键词 法医遗传学 毛发 种属鉴定 COⅠ基因条形码
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核基因条形码鉴定技术在植物中的研究进展 被引量:3
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作者 毕毓芳 蔡函江 +2 位作者 潘雁红 温星 王安可 《分子植物育种》 CAS CSCD 北大核心 2019年第23期7840-7848,共9页
DNA条形码是利用一个或几个短的标准DNA片段,对物种进行快速准确鉴定的一种分子标记技术。核基因条形码序列具有进化速率快,长度保守,进化一致等优点,被广泛应用于植物分类、进化及亲缘关系分析等方面研究。单拷贝核基因序列进化速率中... DNA条形码是利用一个或几个短的标准DNA片段,对物种进行快速准确鉴定的一种分子标记技术。核基因条形码序列具有进化速率快,长度保守,进化一致等优点,被广泛应用于植物分类、进化及亲缘关系分析等方面研究。单拷贝核基因序列进化速率中等,可以直接区分直系同源和旁系同源,没有内部重复,也没有明显的核苷酸偏向性,在研究植物分类和进化方面表现出较大优势,主要被用于物种间的亲缘关系及演变史、多倍体植物物种形成及系统关系分析、多倍体物种基因谱系的来源分析、多倍体物种的基因渗入现象等;多拷贝核基因序列在一些植物物种中可能与物种的早期分化联系更为紧密,较叶绿体DNA条形码更便于区分近缘物种,被广泛应用于被子植物科内、属内、属间关系系统发育研究,并用于药用植物及混伪品的鉴别分析。本综述主要概括总结了单拷贝核基因、多拷贝核基因ITS和ITS2序列在植物中的研究进展,探讨了核基因条形码目前研究存在的问题,并对今后的发展前景进行了展望。 展开更多
关键词 基因条形码 物种鉴定 单拷贝核基因 ITS
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鹅线粒体COⅠ条形码及上游tRNA序列测定分析 被引量:2
10
作者 张扬 王美青 +4 位作者 穆春宇 姚文成 杨耀宗 卞友庆 陈国宏 《浙江农业学报》 CSCD 北大核心 2017年第1期51-57,共7页
为探索有效识别家禽(鹅)品种的线粒体DNA条形码,以对家禽品种或禽源产品进行鉴别,文章以鸿雁、灰雁、6个地方鹅种(中国、欧洲各3个)为试验群体,利用直接测序技术对所有个体的线粒体细胞色素C氧化酶亚基Ⅰ基因(COⅠ)进行测序,并分析多态... 为探索有效识别家禽(鹅)品种的线粒体DNA条形码,以对家禽品种或禽源产品进行鉴别,文章以鸿雁、灰雁、6个地方鹅种(中国、欧洲各3个)为试验群体,利用直接测序技术对所有个体的线粒体细胞色素C氧化酶亚基Ⅰ基因(COⅠ)进行测序,并分析多态性以及分子系统进化关系,同时对该区域上游tRNA的序列进行分析。结果表明,COⅠ该段序列(1 551 bp)共存在17个突变位点,形成20种单倍型,其中18种为各群体特有,可以作为群体鉴定的依据;除卡洛斯鹅外,其余7个群体中均发现有特异变异位点。基于Kiumura双参数距离所构建的单倍型NJ树能够充分反映不同群体的进化的亲缘关系。进一步分析发现了鸿雁线粒体序列有22种tRNA基因,均为标准4个恒定臂三叶草结构,其中tRNA-Ser和tRNA-Leu各有2个,其余仅有1个。选取的COⅠ该段序列可以作为部分鹅品种鉴定的依据。 展开更多
关键词 基因条形码 TRNA 序列分析
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海洋生物DNA条形码研究现状与展望 被引量:38
11
作者 林森杰 王路 +6 位作者 郑连明 董云伟 柳淑芳 丁少雄 叶乃好 曹文清 庄志猛 《海洋学报》 CAS CSCD 北大核心 2014年第12期1-17,共17页
海洋生物种类多样,分布广泛,具有复杂性、多样性和趋同性等特点,为了对物种进行更快速、准确地鉴定,急需在传统形态分类学基础上,建立并结合便捷准确的分子鉴定手段。DNA条形码提供了可信息化的分类标准和有效的分类学手段,已成为近年... 海洋生物种类多样,分布广泛,具有复杂性、多样性和趋同性等特点,为了对物种进行更快速、准确地鉴定,急需在传统形态分类学基础上,建立并结合便捷准确的分子鉴定手段。DNA条形码提供了可信息化的分类标准和有效的分类学手段,已成为近年来分类学与生物多样性研究中重要的技术依托。本文概述了DNA条形码当前的发展现状与趋势,并介绍了DNA条形码技术在主要海洋浮游植物(红藻、褐藻、绿藻、硅藻、甲藻)、无脊椎动物(海绵动物、刺胞动物、甲壳动物和软体动物等)和鱼类中的研究进展,以及不同条形码基因针对于不同生物类群的有效性和适用性,指出了目前条形码技术在各海洋类群中存在的主要问题,并对未来的相关工作做了展望,希望为今后我国的海洋生物DNA条形码研究提供理论基础。 展开更多
关键词 DNA条形码 海洋生物 形态分类 分子分类进化 条形码基因
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四种主要肉源动物肌肉组织16S rRNA基因的扩增及序列分析 被引量:1
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作者 蔡其刚 王戈平 马利青 《黑龙江畜牧兽医》 CAS 北大核心 2015年第3期19-21,共3页
为了研究牛、羊、鸡、猪四种主要肉类物种16S rRNA基因序列之间的差异及进化关系,进而为餐饮市场肉类的鉴定建立方法基础,试验合成了1对16S rRNA基因通用引物,通过PCR方法扩增了牛、羊、鸡、猪四种动物肌肉组织的16S rRNA基因并进行了... 为了研究牛、羊、鸡、猪四种主要肉类物种16S rRNA基因序列之间的差异及进化关系,进而为餐饮市场肉类的鉴定建立方法基础,试验合成了1对16S rRNA基因通用引物,通过PCR方法扩增了牛、羊、鸡、猪四种动物肌肉组织的16S rRNA基因并进行了序列和进化树分析。结果表明:所采用的PCR扩增体系和条件均能很好地扩增出四种动物的16S rRNA基因;与Gen Bank中各自对应物种的标准序列均具有99%以上的同源性,同源性较高;序列间富含174个位点的差异或插入缺失,同源性较低。在物种进化关系上牛、羊最近,其次是猪,最后是鸡。表明16S rRNA基因种属特异性显著,可以作为基因条形码的候选基因,可利用该基因建立相应的分子诊断方法,用于对肌肉组织进行物种的鉴定。 展开更多
关键词 16S RRNA 基因条形码 通用引物 序列分析 物种鉴定
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基于细胞色素C氧化酶基因(COI)和核糖体16S rDNA条形码的中药海蛇品种鉴定 被引量:5
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作者 廖理曦 曾克武 屠鹏飞 《中国中药杂志》 CAS CSCD 北大核心 2016年第10期1792-1796,共5页
海蛇是我国名贵药材之一,新鲜捕捞的海蛇不易保存,一般立刻晒制保存,晒干后海蛇外观变化大,不宜再用外观鉴定,而基因条形码作为一种较新的分子鉴定方法则不再受外观变化困扰,适用于海蛇晒干制品的品种鉴定。该以平颌海蛇Lapemis hardwic... 海蛇是我国名贵药材之一,新鲜捕捞的海蛇不易保存,一般立刻晒制保存,晒干后海蛇外观变化大,不宜再用外观鉴定,而基因条形码作为一种较新的分子鉴定方法则不再受外观变化困扰,适用于海蛇晒干制品的品种鉴定。该以平颌海蛇Lapemis hardwickii、环纹海蛇Hydrophis fasciatus、尖尾海蛇Aipysurus eydouxii、贝尔切海蛇H.belcheri和兰伯特海蛇H.lamberti等5种海蛇为研究对象,通过提取实验和基因测序技术测定了这5种海蛇的COI和16S r DNA基因序列,对这些序列进行互相比对并用相似性搜索算法评价5条序列的鉴定成功率。研究显示,16S r DNA基因条形码能初步区分海蛇种属,COI基因条形码序列种内种间差异明显,能进一步区分海蛇品种。因此表明COI序列可以作为海蛇晒干制品的品种鉴定方法。 展开更多
关键词 海蛇 品种鉴定 基因条形码 COI 16S rDNA
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宏基因组中可移动序列的精确检测问题研究
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作者 彭超 王普 +1 位作者 葛瑞泉 周丰丰 《集成技术》 2016年第2期85-96,共12页
基因组组装是宏基因组分析的主要挑战之一。通常假设所有测序序列均来源于同一个基因组,微生物中非常活跃的可移动元件给这个前提假设提出了重大质疑。文章将该质疑抽象为可移动元件与宿主染色体之间的二分类问题,准确的二分类性能将进... 基因组组装是宏基因组分析的主要挑战之一。通常假设所有测序序列均来源于同一个基因组,微生物中非常活跃的可移动元件给这个前提假设提出了重大质疑。文章将该质疑抽象为可移动元件与宿主染色体之间的二分类问题,准确的二分类性能将进一步促进宏基因组学方面的研究。基于宏基因组测序数据的数值化特征,详细考察特征选择算法Relief F、卡方检验和Fisher判别t检验,并结合分类模型逻辑回归、极限学习机、支持向量机和随机森林,验证最优可移动元件检测模型的性能。实验结果表明,Relief F特征选择算法和随机森林分类算法的融合模型,使用100个特征即可正确分类95%以上的宏基因组测序数据,优于使用全部的690个特征。 展开更多
关键词 基因分类 数据挖掘 特征选择 基因条形码
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用基因技术为物种分类
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《财经》 2003年第2期14-14,共1页
关键词 基因技术 物种分类 基因条形码 DNA序列
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菌物DNA条形码技术原理与操作 被引量:7
16
作者 刘淑艳 张傲 李玉 《菌物研究》 CAS 2012年第3期205-209,共5页
DNA条形码技术是通过对1个较短目的基因的DNA序列进行分析从而进行物种鉴定的方法,它通过对1个或多个相关基因进行大范围的扫描,进而鉴定未知物种或者发现新种。当传统的分类学受到阻碍时,这种技术可以发挥其优势。相对于其他生物,菌物... DNA条形码技术是通过对1个较短目的基因的DNA序列进行分析从而进行物种鉴定的方法,它通过对1个或多个相关基因进行大范围的扫描,进而鉴定未知物种或者发现新种。当传统的分类学受到阻碍时,这种技术可以发挥其优势。相对于其他生物,菌物的生活史独特而复杂,这就使得对其进行的形态学鉴定要受到菌物自身生长发育时期的限制。国内外科学家对寻找适合于大多数菌物的标准DNA条码进行过探索,但还没有找到满足全部特征的基因片段。文中对DNA条形码技术的概念、原理依据、操作步骤和优缺点方面进行了介绍,并对DNA条形码技术在我国菌物研究方面的应用前景进行了展望。 展开更多
关键词 菌物 基因条形码 操作步骤 应用前景
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浙江道地延胡索优质品种性状及其生物碱含量研究
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作者 董枥爻 李群 +7 位作者 李嘉诚 赵欣芸 邹鸿伶 马焕艳 陈琳 李明乾 祝永强 汪淑芳 《四川师范大学学报(自然科学版)》 CAS 2024年第6期779-785,共7页
延胡索是我国传统中药材中的常用大宗药材之一,产地多且适应性强,其中浙江省为其主要的道地产区之一.延胡索生产中多采用自繁自种的无性繁殖,易产生种质退化等问题,导致其产量和品质良莠不齐.采用基因条形码ITS2序列检测技术、田间延胡... 延胡索是我国传统中药材中的常用大宗药材之一,产地多且适应性强,其中浙江省为其主要的道地产区之一.延胡索生产中多采用自繁自种的无性繁殖,易产生种质退化等问题,导致其产量和品质良莠不齐.采用基因条形码ITS2序列检测技术、田间延胡索性状记录及高效液相色谱分析等技术,对浙江省3个主要品种来源的延胡索浙胡1号(YHS-1)、浙胡2号(YHS-2)和延胡索3号(农户自保种,YHS-3)进行延胡索的基源鉴定、田间性状分析和主要苄基异喹啉型生物碱的含量分析,以筛选浙江地区延胡索的优良品种.基源鉴定数据结果显示,YHS-2与延胡索Corydalis Yanhusuo W. T. Wang(NCBI编号MH260617.1和MH260618.1)的亲缘关系较近,YHS-3次之,而YHS-1亲缘关系较远.田间数据结果显示,与另外2个品种相比,YHS-2具有花多且密,花期短以及块茎产量高的优良生产性状.建立6种苄基异喹啉型生物碱的快速检测方法分析3个品种中生物碱的含量.结果显示,YHS-2中各生物碱的含量显著优于YHS-1和YHS-3(p<0.05).表明3个品种中YHS-2更为适合浙江地区的生存环境,可作为目前延胡索浙江栽培的优质品种推广种植和使用. 展开更多
关键词 延胡索 基因条形码 田间性状 生物碱含量
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DNA条形码参考数据集构建和序列分析相关的新兴技术 被引量:12
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作者 刘山林 《生物多样性》 CAS CSCD 北大核心 2019年第5期526-533,共8页
近年来DNA条形码技术迅速发展,产生的条形码的数量及其应用范围都呈指数性增长,现已广泛用于物种鉴定、食性分析、生物多样性评估等方面。本文重点总结并讨论了构建条形码参考数据库和序列聚类相关的信息分析的技术和方法,包括:基于高... 近年来DNA条形码技术迅速发展,产生的条形码的数量及其应用范围都呈指数性增长,现已广泛用于物种鉴定、食性分析、生物多样性评估等方面。本文重点总结并讨论了构建条形码参考数据库和序列聚类相关的信息分析的技术和方法,包括:基于高通量测序(high throughput sequencing, HTS)平台以高效并较低的成本获取条形码序列的方法;同时还介绍了从原始测序序列到分类操作单元(operational taxonomic units, OTUs)过程中的一些计算逻辑以及被广泛采用的软件和技术。这是一个较新并快速发展的领域,我们希望本文能为读者提供一个梗概,了解DNA条形码技术在生物多样性研究应用中的方法和手段。 展开更多
关键词 DNA条形码 可操作物种单元 聚类 基因条形码 高通量测序
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进展中的纤毛虫学研究:新格局、新窗口与新拓展 被引量:5
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作者 胡晓钟 赵研 +4 位作者 黄洁 高凤 高珊 邵晨 宋微波 《中国海洋大学学报(自然科学版)》 CAS CSCD 北大核心 2019年第10期28-42,共15页
本文综述了作者及所在团队近30年来在海洋纤毛虫领域所取得的系列创新型研究成果。主要概括如下:(1)开拓了中国沿海自由生活类群的区系分类、生态学以及养殖动物病原学等研究,覆盖了温带、热带海区各生境中纤毛门内40余目级阶元,构建了... 本文综述了作者及所在团队近30年来在海洋纤毛虫领域所取得的系列创新型研究成果。主要概括如下:(1)开拓了中国沿海自由生活类群的区系分类、生态学以及养殖动物病原学等研究,覆盖了温带、热带海区各生境中纤毛门内40余目级阶元,构建了我国长期缺失的海洋类群的物种与基因多样性资料,阐述了特定时空格局下的区系构成与群落演替规律以及主要海水养殖动物的危害性病原等,建立了包括新纲、新目、新科、新属和新种等在内的大量新阶元,系统地描述了近千种的形态分类学信息;(2)完成了1 700余种/种群DNA库、1 400余条标记基因库等纤毛虫遗传资料库的构建;在标记基因序列分析基础上,对纤毛门13个纲、55个目级阶元的系统发育进行了深层次的梳理和探讨,解答了纤毛虫系统演化、阶元定位等方面的诸多科学问题;(3)在细胞发生学研究方面,以腹毛类纤毛虫为材料,围绕无性生殖期间的个体发育,研究刻画了100余种-属的细胞分化与模式构建过程,揭示了大量发生学新现象并形成了领域内首部全视角专著《腹毛类纤毛虫的细胞发生模式》;(4)在基因组学与基因进化研究方面,针对进化地位特殊、环境依赖以及类群代表性种类,阶段性地完成了近百种单细胞基因组的常规测序和6个种的深度分析,研究揭示了钩刺斜管虫大小核基因重组模式等进化生物学新现象;(5)在基因条形码研究方面,以重要模式生物游仆虫属、草履虫属等类群为材料,开展了DNA条形码的筛选和技术优化探索,提出了COI基因和28S rRNA基因D1~D2区可有效刻画近缘种或隐存种这一新观点;(6)在表观遗传学研究方面,探讨了四膜虫组蛋白单甲基化酶TXR1对复制延伸的影响、N6-腺嘌呤甲基化的全基因组分布模式及决定因素、反式和顺式作用元件对核小体分布的协同作用以及RNAi和Polycomb通路关键蛋白对转座子沉默与激活的调控作用与机制。上述研究成果历史性地改变了纤毛虫学研究格局,极大地提升了我国原生动物学研究的国际地位。 展开更多
关键词 纤毛门原生动物 生物多样性与系统学 表观遗传学 基因条形码 组学 基因进化
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苍术白术的脱氧核糖核酸的鉴别 被引量:1
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作者 崔晨 王裴芳 《时珍国医国药》 CAS CSCD 北大核心 2018年第10期2412-2413,共2页
目的通过基因条形码技术建立一种适用于苍术和白术种子鉴别的方法。方法在查阅文献、整理已有资料的基础上,对苍术、白术种子进行DNA提取、目的性扩增、测序、DNA条形码比对及分析。结果苍术与白术种子在Trnh片段中有2个变异位点,在rbc... 目的通过基因条形码技术建立一种适用于苍术和白术种子鉴别的方法。方法在查阅文献、整理已有资料的基础上,对苍术、白术种子进行DNA提取、目的性扩增、测序、DNA条形码比对及分析。结果苍术与白术种子在Trnh片段中有2个变异位点,在rbcl片段有1个变异位点(均P <0. 05)。结论应用基因条形码技术可以快速、有效地鉴别白术与苍术种子。 展开更多
关键词 苍术 白术 基因条形码 鉴别
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