为了解信阳水牛的种质资源现状,本研究利用全基因组重测序技术,对30头信阳水牛基因组遗传多样性、群体遗传结构和连续纯合片段(Runs of Homozygosity,ROH)等指标进行分析,评估其保种效果。结果如下:信阳水牛遗传多样性丰富,最小等位基...为了解信阳水牛的种质资源现状,本研究利用全基因组重测序技术,对30头信阳水牛基因组遗传多样性、群体遗传结构和连续纯合片段(Runs of Homozygosity,ROH)等指标进行分析,评估其保种效果。结果如下:信阳水牛遗传多样性丰富,最小等位基因频率为0.195,平均多态信息含量为0.277,平均期望杂合度为0.280,平均观察杂合度为0.269,平均核苷酸多样性为2.586。家系分析将30头信阳水牛分为6个家系;30头信阳水牛个体共检测到3578个ROH,长度在0~0.5Mb的ROH片段占比最多,基于ROH值计算的群体近交系数范围介于0.000 4~0.091 9,平均近交系数为0.020 1。综上,信阳水牛群体遗传多样性较为丰富,整体上保持了较低的近交水平,保种效果良好,建议后续适当引入新血缘与少数高近交水平个体交配。展开更多
旨在对西门塔尔牛群体遗传多样性和遗传结构进行分析,为配种方案和遗传改良提供理论依据。本研究对149头西门塔尔牛的全基因组进行了重测序,并利用这些基因组数据获取的高质量单核苷酸多态性(single-nucleotide polymorphisms,SNPs)位点...旨在对西门塔尔牛群体遗传多样性和遗传结构进行分析,为配种方案和遗传改良提供理论依据。本研究对149头西门塔尔牛的全基因组进行了重测序,并利用这些基因组数据获取的高质量单核苷酸多态性(single-nucleotide polymorphisms,SNPs)位点,对其遗传结构、连续纯合片段(runs of homozygosity,ROH)以及其亲缘关系和家系构建等方面进行了深入的分析。结果显示,149头西门塔尔牛平均测序深度为5×,质控后共鉴定到1265356个SNPs位点,平均最小等位基因频率为0.067,平均多态信息含量为0.083,平均观察杂合度为0.121,平均期望杂合度为0.157。亲缘关系G矩阵与状态同源(identical by state,IBS)遗传距离矩阵具有相似的结果,大部分个体间的亲缘关系呈中等水平。在149头西门塔尔牛个体中,共检测到70个基因组ROH,且ROH总长度为127627.935 kb,其中有98.57%的ROH是长度介于在1~5 Mb之间。基于ROH计算得到的近交系数为0.0003,提示近亲繁殖程度不高。此外,进化树分析将这149头西门塔尔牛划分成为22个不同的家系分支。综上所述,西门塔尔牛群体表现出相对丰富的多样性和适度的亲缘关系。在少数个体中观察到近亲繁殖,但种群的整体近亲繁殖水平仍然很低。展开更多
本研究旨在通过全基因组重测序技术分析坝上长尾鸡群体遗传多样性,评估其保种效果,以更好地保护和利用该遗传资源。研究采用基因组全测序技术检测37只坝上长尾鸡和40只巴布考克B380的基因组变异,通过群体遗传多样性、连续纯合子片段(Run...本研究旨在通过全基因组重测序技术分析坝上长尾鸡群体遗传多样性,评估其保种效果,以更好地保护和利用该遗传资源。研究采用基因组全测序技术检测37只坝上长尾鸡和40只巴布考克B380的基因组变异,通过群体遗传多样性、连续纯合子片段(Runs of Homozygosity,ROH)分布特征及连续不平衡衰减分析,对坝上长尾鸡保种效果进行综合评估。结果显示,37只坝上长尾鸡个体共检测到11 382 746个高质量SNPs位点,平均观察杂合度为0.410±0.208,平均期望杂合度为0.344±0.130,与巴布考克B380相比,坝上长尾鸡群体基因组内连锁不平衡(Linkage Disequilibrium,LD)程度较低且遗传多样性较为丰富(P<0.001)。坝上长尾鸡群体平均状态同源(Identity by State,IBS)遗传距离为0.755,亲缘关系G矩阵结果与IBS距离矩阵结果一致,均显示坝上长尾鸡部分个体间亲缘关系较近(P<0.001);与巴布考克B380相比,坝上长尾鸡个体间平均遗传距离较大(P<0.001)。37只坝上长尾鸡个体共检测到7 002个基因组ROH,ROH平均长度为0.47 Mb,基于ROH的平均近交系数为0.458,表明坝上长尾鸡个体间存在一定程度的近交积累。本研究表明,与巴布考克B380相比,坝上长尾鸡群体遗传多样性较为丰富,但个体间存在近交风险,应加强选配以确保坝上长尾鸡品种资源的可持续性发展。展开更多
为提高一株海洋来源的韩国普李斯特氏菌(Priestia koreensis FS-1)产淀粉酶的能力,对该株菌采用常压室温等离子体(atmospheric and room temperature plasma, ARTP)技术进行了诱变选育。结果显示:经过诱变选育后得到一株产淀粉酶活力较...为提高一株海洋来源的韩国普李斯特氏菌(Priestia koreensis FS-1)产淀粉酶的能力,对该株菌采用常压室温等离子体(atmospheric and room temperature plasma, ARTP)技术进行了诱变选育。结果显示:经过诱变选育后得到一株产淀粉酶活力较原始菌株提高了90%且稳定遗传的突变菌株P.koreensis FS-103。为解析该突变菌株酶活力增加的分子机制,对突变菌株P.koreensis FS-103进行了全基因组重测序及比对分析研究。相关分析显示:首先,P.koreensis FS-103的基因组中乙酰化修饰、抗氧化作用以及同义突变相关的基因发生了遗传变异;其次,对COG(clusters of orthologous groups)功能和变异基因进行富集分析,P.koreensis FS-103转录、翻译和翻译后修饰过程相关基因均上调。经过ARTP诱变以后的突变菌株P.koreensis FS-103淀粉酶活力提升的原因是以上功能基因发生上调效应。展开更多
文摘旨在对西门塔尔牛群体遗传多样性和遗传结构进行分析,为配种方案和遗传改良提供理论依据。本研究对149头西门塔尔牛的全基因组进行了重测序,并利用这些基因组数据获取的高质量单核苷酸多态性(single-nucleotide polymorphisms,SNPs)位点,对其遗传结构、连续纯合片段(runs of homozygosity,ROH)以及其亲缘关系和家系构建等方面进行了深入的分析。结果显示,149头西门塔尔牛平均测序深度为5×,质控后共鉴定到1265356个SNPs位点,平均最小等位基因频率为0.067,平均多态信息含量为0.083,平均观察杂合度为0.121,平均期望杂合度为0.157。亲缘关系G矩阵与状态同源(identical by state,IBS)遗传距离矩阵具有相似的结果,大部分个体间的亲缘关系呈中等水平。在149头西门塔尔牛个体中,共检测到70个基因组ROH,且ROH总长度为127627.935 kb,其中有98.57%的ROH是长度介于在1~5 Mb之间。基于ROH计算得到的近交系数为0.0003,提示近亲繁殖程度不高。此外,进化树分析将这149头西门塔尔牛划分成为22个不同的家系分支。综上所述,西门塔尔牛群体表现出相对丰富的多样性和适度的亲缘关系。在少数个体中观察到近亲繁殖,但种群的整体近亲繁殖水平仍然很低。
文摘本研究旨在通过全基因组重测序技术分析坝上长尾鸡群体遗传多样性,评估其保种效果,以更好地保护和利用该遗传资源。研究采用基因组全测序技术检测37只坝上长尾鸡和40只巴布考克B380的基因组变异,通过群体遗传多样性、连续纯合子片段(Runs of Homozygosity,ROH)分布特征及连续不平衡衰减分析,对坝上长尾鸡保种效果进行综合评估。结果显示,37只坝上长尾鸡个体共检测到11 382 746个高质量SNPs位点,平均观察杂合度为0.410±0.208,平均期望杂合度为0.344±0.130,与巴布考克B380相比,坝上长尾鸡群体基因组内连锁不平衡(Linkage Disequilibrium,LD)程度较低且遗传多样性较为丰富(P<0.001)。坝上长尾鸡群体平均状态同源(Identity by State,IBS)遗传距离为0.755,亲缘关系G矩阵结果与IBS距离矩阵结果一致,均显示坝上长尾鸡部分个体间亲缘关系较近(P<0.001);与巴布考克B380相比,坝上长尾鸡个体间平均遗传距离较大(P<0.001)。37只坝上长尾鸡个体共检测到7 002个基因组ROH,ROH平均长度为0.47 Mb,基于ROH的平均近交系数为0.458,表明坝上长尾鸡个体间存在一定程度的近交积累。本研究表明,与巴布考克B380相比,坝上长尾鸡群体遗传多样性较为丰富,但个体间存在近交风险,应加强选配以确保坝上长尾鸡品种资源的可持续性发展。
