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基于实时再生数的COVID-19预测模型及可视化平台开发 被引量：1
1
作者 何沅宸 孙传瑞 +2 位作者 陈胤孜 陈晓葳 王锡玲 《复旦学报（医学版）》 CAS CSCD 北大核心 2023年第5期743-749,760,共8页
目的基于实时再生数建立COVID-19预测模型并开发新冠疫情可视化平台。方法利用上海市卫生健康委员会报告的COVID-19每日感染者数,将2022年3月1日—4月29日作为模型拟合阶段,通过贝叶斯分层模型估算实时再生数的变化情况并预测疫情发展,... 目的基于实时再生数建立COVID-19预测模型并开发新冠疫情可视化平台。方法利用上海市卫生健康委员会报告的COVID-19每日感染者数,将2022年3月1日—4月29日作为模型拟合阶段,通过贝叶斯分层模型估算实时再生数的变化情况并预测疫情发展,将4月30日—5月6日作为预测性能评估阶段,使用随机化概率分布变换和分级概率评分评估模型预测结果。使用Python、R等开源软件开发可视化平台。结果上海市疫情的实时再生数于4月5日首次降至1以下,模型预测本轮疫情将于6月中下旬实现“动态清零”,模型预测结果的概率分布和实际观察值在统计学上具有一致性(P=0.12)且集中度较好(382.53±105.29)。可视化平台可实现上海市疫情变化趋势描述和疫情预测两大功能,已于2022年4月19日开放访问。结论该模型预测性能良好,可视化平台填补了国内对COVID-19疫情数据深层次挖掘的空白,具有较好的扩展价值和应用前景。 展开更多
关键词 COVID-19 实时再生数 预测 数据可视化
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SEIAR模型辅助北京市某冷库新型冠状病毒肺炎疫情防控措施评价 被引量：1
2
作者 杜婧 王晶 +2 位作者 高燕琳 庞星火 李刚 《首都公共卫生》 2022年第4期204-208,共5页
目的拟合北京市某冷库新型冠状病毒肺炎疫情走势,了解疫情流行特征参数,评价综合防控措施效果。方法基于本轮疫情每日累计发病人数建立SEIAR传染病动力学模型,使用马尔可夫蒙特卡洛算法估计实时再生数(time-varying reproduction number... 目的拟合北京市某冷库新型冠状病毒肺炎疫情走势,了解疫情流行特征参数,评价综合防控措施效果。方法基于本轮疫情每日累计发病人数建立SEIAR传染病动力学模型,使用马尔可夫蒙特卡洛算法估计实时再生数(time-varying reproduction number,R_(t)),模拟防控措施提升实施时间对疫情走势的影响。结果本轮疫情历时20 d,感染112人,初期R_(t)值为3.33(95%CI:2.14~4.89),首例疫情报告后第5日防控措施进一步提升,R_(t)值在之后的5 d内下降到0.97,10 d内降到0.31。若提升防控措施日期延迟7 d,则累计发病人数将达到339例,最终清零时间将延迟14 d。结论北京市针对本次疫情所采取的综合防控措施阻止了疫情规模的进一步扩大,疫情防控升级的时间节点在可疑扩散的情况下,越早越好。 展开更多
关键词 新型冠状病毒肺炎 传染病动力学 实时再生数 防控措施评估
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广州市Delta变异毒株导致COVID-19疫情的流行病学参数估计 被引量：2
3
作者 张开漩 胡宽 +5 位作者 邹频昂 罗芳 罗丹 陈悦 彭文慧 汪保国 《中华疾病控制杂志》 CAS CSCD 北大核心 2022年第1期112-115,共4页
目的调查广州市一起输入型Delta变异毒株引起的COVID-19疫情,分析其传播链及传播特征,为预测疾病发展及疫情防控提供理论依据。方法通过收集广州市官方发布的信息,从中选择具有明确传播链的确诊病例,计算此次疫情传播的代间隔(serial in... 目的调查广州市一起输入型Delta变异毒株引起的COVID-19疫情,分析其传播链及传播特征,为预测疾病发展及疫情防控提供理论依据。方法通过收集广州市官方发布的信息,从中选择具有明确传播链的确诊病例,计算此次疫情传播的代间隔(serial interval, SI)、基本再生数(R;)以及实时再生数(R;)等传染病指标,分析其流行病学特征。结果 2021年5月21日-6月20日,广州市累计确诊144例本土COVID-19病例,从中选择具有明确传播链的67对病例,计算SI服从Gamma分布,均数为4.27 d,标准差为2.65 d。R_(1)=3.18(95%CI:2.197~4.428),R;随着时间推移呈现出下降趋势,于6月10日,R_(1)=0.97(95%CI:0.751~1.214),下降到1.00以下。此后R_(1)一直<1.00,并且随着时间变化,越来越小。结论此次COVID-19疫情的SI较短而R;较大,表明Delta变异毒株相比于2020年武汉感染的SARS-CoV-2具有更快的传播速度以及更强的传播力。 展开更多
关键词 COVID-19 代间隔 基本再生数 实时再生数
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北京市新型冠状病毒Omicron变异株的传播力研究 被引量：9
4
作者 杜婧 王佳敏 +3 位作者 王晶 高燕琳 庞星火 李刚 《中华流行病学杂志》 CAS CSCD 北大核心 2022年第9期1364-1369,共6页
目的评估新型冠状病毒Omicron变异株在北京市现有防控措施下的传播力,为做好疫情防控工作提供参考依据。方法收集北京市2022年3月7-25日报告的78例具有明确传播链的Omicron变异株感染者信息,分别采用Gamma和Weibull分布拟合潜伏期和序... 目的评估新型冠状病毒Omicron变异株在北京市现有防控措施下的传播力,为做好疫情防控工作提供参考依据。方法收集北京市2022年3月7-25日报告的78例具有明确传播链的Omicron变异株感染者信息,分别采用Gamma和Weibull分布拟合潜伏期和序列间隔时间,使用马尔科夫链蒙特卡罗算法估计实时再生数(R_(t))。结果Omicron变异株感染者潜伏期M(Q_(1),Q_(3))为4.0(3.0,6.0)d,序列间隔时间3.0(2.0,5.0)d,序列间隔时间在未完成和已完成全程疫苗接种感染者中M(Q_(1),Q_(3))分别为2.0(1.0,4.0)d和4.0(2.0,6.0)d(Z=-2.12,P=0.034),儿童和成年人感染者分别为2.0(1.5,3.0)d和4.0(2.0,6.0)d(Z=-2.02,P=0.044),差异均有统计学意义。本轮疫情Rt初始值为4.98(95%CI:2.22~9.04)。结论与既往Delta变异株相比,北京市Omicron变异株的传播力较强,应持续做好常态化疫情防控和新型冠状病毒疫苗接种工作,关注儿童易感人群。 展开更多
关键词 新型冠状病毒肺炎 新型冠状病毒 Omicron变异株 序列间隔 实时再生数
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全球新型冠状病毒肺炎疫情流行现状评估 被引量：6
5
作者 刘岩 王兆 +4 位作者 沈恒 杨北方 童叶青 占发先 王节涛 《公共卫生与预防医学》 2021年第3期6-11,共6页
目的分析全球208个国家新型冠状病毒肺炎疫情流行过程,初步预测疫情流行趋势。方法收集2019年12月31日至2020年12月14日208个国家的疫情数据和典型国家的防疫措施数据。采用累积报告发病率、累计报告死亡率、累计报告病死率和实时再生数... 目的分析全球208个国家新型冠状病毒肺炎疫情流行过程,初步预测疫情流行趋势。方法收集2019年12月31日至2020年12月14日208个国家的疫情数据和典型国家的防疫措施数据。采用累积报告发病率、累计报告死亡率、累计报告病死率和实时再生数(R t)指标评估疫情流行现状,使用R软件provenance包对全球国家进行分组,探讨政府防疫政策对疫情防控的影响。结果截至2020年12月14日,全球COVID-19累计报告发病率93.49/万,累计报告死亡率0.21‰,累计报告病死率3.1%。208个国家中有112个国家的R t仍然≥1.0,96个国家的R t<1.0。208个国家的分组情况表明,来自同一大洲的国家常聚集在一起,地理位置上相邻的国家易归为一组。结论截至2020年12月14日,大部分国家疫情仍然没有得到有效控制,疫情防控面临着较大压力。撒哈拉以南的非洲国家目前R t较高,且政府采取的防疫措施较为宽松,这一地区的疫情局势可能会继续恶化,后期需要重点关注。 展开更多
关键词 新型冠状病毒肺炎 实时再生数 MDS分析 流行现状评估
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全球新型冠状病毒肺炎疫情流行趋势分析 被引量：10
6
作者 张雪莹 王涛 《国际病毒学杂志》 2020年第5期356-361,共6页
目的分析全球新型冠状病毒肺炎疫情流行趋势,为疫情防控提供相关基础数据。方法收集截至2020年8月15日全球新型冠状病毒肺炎的流行病学数据与各国政府部门实施的防控政策,采用累计发病率、累计死亡率、累计病死率和五天移动平均实时再生... 目的分析全球新型冠状病毒肺炎疫情流行趋势,为疫情防控提供相关基础数据。方法收集截至2020年8月15日全球新型冠状病毒肺炎的流行病学数据与各国政府部门实施的防控政策,采用累计发病率、累计死亡率、累计病死率和五天移动平均实时再生数(Rt)指标分析疫情流行趋势,探讨主要政策措施对疫情控制的效果。结果截至8月15日,全球COVID-19累计报告发病率27.66/万,累计报告死亡率0.10‰,累计报告病死率4%。累计报告发病率前3位国家为卡塔尔、巴林、圣马力诺,发病率(/万)分别为404.41、280.61、208.69;累计报告死亡率前3位国家分别为圣马力诺、比利时、秘鲁,死亡率(‰)分别为1.22、0.87、0.80;累计病死率前3位国家为也门、法国、意大利,病死率(%)分别为28.42、14.33、13.94。截至2020年8月15日,Rt(95%CI)前3位的国家分别为新西兰6.63(4.57,9.08)、博茨瓦纳2.43(2.16,2.71)和缅甸2.20(1.64,2.51)。结论截至8月15日,全球大部分国家的COVID-19疫情渐趋平稳,部分国家疫情出现反扑现象,应当警惕,及时采取防控措施。 展开更多
关键词 新型冠状病毒肺炎 趋势分析 实时再生数
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