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基于序列非依赖性扩增技术发现未知病毒的研究进展 被引量:1
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作者 王依 胡丹 +3 位作者 钟璟皓 朱长强 谭伟龙 王长军 《生物技术通讯》 CAS 2016年第4期576-581,共6页
随着第二代测序技术的发展,组学技术在微生物学领域的运用变得广泛,其中病毒宏基因组学技术在发现未知病毒和病毒检测方面发挥了越来越重要的作用。序列非依赖性扩增是病毒宏基因组学研究中最关键的一步,它直接影响目的序列的获得及后... 随着第二代测序技术的发展,组学技术在微生物学领域的运用变得广泛,其中病毒宏基因组学技术在发现未知病毒和病毒检测方面发挥了越来越重要的作用。序列非依赖性扩增是病毒宏基因组学研究中最关键的一步,它直接影响目的序列的获得及后续实验的展开。本文主要介绍和归纳了几种常用的序列非依赖性扩增技术在病毒宏基因组学中的应用,比较、分析了几种序列非赖依性扩增的差别和优缺点,为读者使用此技术提供参考。 展开更多
关键词 宏基因组学 序列非依赖性扩增 病毒鉴定
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兽医领域病毒宏基因组非序列依赖性单引物扩增方法的研究现状 被引量:2
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作者 徐利军 王晓泉 刘秀梵 《中国家禽》 北大核心 2017年第12期1-4,共4页
新一代测序技术的出现和不断完善,极大地推动了宏基因组学的发展。宏基因组学研究的路线主要包括核酸样本制备、高通量测序及生物信息学分析,而核酸样本的质量直接影响后续环节。目前有多种方法可以用于低浓度样本的扩增,其中非序列依... 新一代测序技术的出现和不断完善,极大地推动了宏基因组学的发展。宏基因组学研究的路线主要包括核酸样本制备、高通量测序及生物信息学分析,而核酸样本的质量直接影响后续环节。目前有多种方法可以用于低浓度样本的扩增,其中非序列依赖性单引物扩增(SISPA)法因其经济高效性,越来越受到研究者的青睐。文章就兽医领域病毒宏基因组学研究过程中广泛使用的相关SISPA方法进行概述,包括核酸样本的预处理及扩增方案等,为相关研究提供参考。 展开更多
关键词 病毒 宏基因组 序列依赖性单引物 核酸样本制备
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基于非序列依赖性单引物扩增和纳米孔测序鉴别乙型流感病毒 被引量:2
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作者 叶福强 韩一芳 +5 位作者 陈乐如 罗正汉 王太武 胡丹 汪春晖 张锦海 《中国国境卫生检疫杂志》 CAS 2022年第6期431-436,共6页
目的采用基于非序列依赖性单引物扩增(SISPA)技术的纳米孔测序确定一起不明原因聚集性发热疫情的病原体。方法对疫情中10名患者咽拭子样本抽提核酸后,采用SISPA合成cDNA并建立纳米孔测序文库,在测序仪MinION上测序,对测序数据进行分类... 目的采用基于非序列依赖性单引物扩增(SISPA)技术的纳米孔测序确定一起不明原因聚集性发热疫情的病原体。方法对疫情中10名患者咽拭子样本抽提核酸后,采用SISPA合成cDNA并建立纳米孔测序文库,在测序仪MinION上测序,对测序数据进行分类学分析和进化分析,最后用实时荧光定量PCR验证。并比较SISPA和随机引物反转录法的核酸富集效果。结果SISPA结合纳米孔测序技术,在8名患者样本中鉴别出乙型流感病毒核酸,检出率为80%。不同样本的乙型流感病毒序列数介于1~1618,单个基因1×覆盖度最高为99.77%。经实时荧光定量PCR验证,所有样本中均检出乙型流感病毒核酸,且Ct值与乙型流感病毒序列数呈负相关。将获得的一致性序列进行比对和进化分析,该序列与美国2022年2月报道的乙型流感病毒PB2基因序列一致性最高,达99.87%,并与美国近4年报道的乙流病毒亲缘关系较近,与我国河南、山东、江西、香港地区、台湾地区等地报道的乙流病毒同源性较低。SISPA富集扩增效果好于随机反转录法。结论SISPA结合纳米孔测序技术可用于聚集性疫情的病原学调查,在不明原因疫情处置中发挥关键作用,为疫情溯源提供参考。 展开更多
关键词 序列依赖性单引物 纳米孔测序 聚集性疫情 病原学 进化分析
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新型鹅黄病毒JS804毒株的分离与鉴定 被引量:87
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作者 黄欣梅 李银 +13 位作者 赵冬敏 刘宇卓 张敬峰 何孔旺 侯继波 钮慧敏 李彬 温立斌 王永山 邵国青 张康宁 朱江宁 吴东明 高磊 《江苏农业学报》 CSCD 北大核心 2011年第2期354-360,共7页
2010年4月至11月,江苏等地鸭、鹅发生了一种以产蛋率、采食量显著下降,出现脑炎样神经症状为特征的传染病。对发病鹅进行剖检观察,鸭胚尿囊腔途径接种发病鹅病料分离病原,电镜观察病毒粒子。对健康鹅接种分离病毒进行动物回归试验。在... 2010年4月至11月,江苏等地鸭、鹅发生了一种以产蛋率、采食量显著下降,出现脑炎样神经症状为特征的传染病。对发病鹅进行剖检观察,鸭胚尿囊腔途径接种发病鹅病料分离病原,电镜观察病毒粒子。对健康鹅接种分离病毒进行动物回归试验。在病毒核酸背景未知的情况下,应用非序列依赖性单引物扩增法结合DNA酶处理(DNase-sequence independent single primer amplification,DNase-SISPA)对病原基因进行扩增,并在此基础上设计了1对特异性引物对病毒基因进行PCR扩增。剖检结果发现病鹅的脑膜、肺脏、肝脏、心脏、卵巢等多器官出血,脾脏肿大坏死。含毒鸭胚尿囊膜超薄切片电镜观察显示:病毒粒子直径为50~60 nm。动物回归试验成功复制出该病并分离到病毒。应用DNase-SISPA方法发现了3个病毒相关基因片段,经序列比对分析,与黄病毒属(Flavi-virus)坦布苏病毒(Tembusu virus)基因序列有很高的同源性,分别为96%、88%、93%。据此设计特异性引物扩增出一段985 bp基因片段,该片段与黄病毒属坦布苏病毒E基因的核苷酸同源性为91%,氨基酸同源性为97%。将分离的鹅黄病毒毒株命名为Goose/Jiangsu/804/2010(简称JS804)。研究结果表明:此次鸭、鹅新发疫病的病原为一种新的黄病毒。 展开更多
关键词 序列依赖性单引物 黄病毒 JS804毒株
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侵染白术的蚕豆萎蔫病毒2号的分子检测与序列分析 被引量:16
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作者 牛颜冰 时晓丽 +2 位作者 张西梅 赵慧琪 赵保佳 《病毒学报》 CAS CSCD 北大核心 2015年第1期58-64,共7页
为鉴定引起山西绛县白术花叶、黄化等症状的病原,利用生物学接种、非序列依赖性PCR扩增(SIA)和RT-PCR的研究方法,对白术病样进行了研究,结果表明:接种感病白术病汁液的指示植物昆诺藜表现退绿枯斑,经单斑分离后转接健康白术植株... 为鉴定引起山西绛县白术花叶、黄化等症状的病原,利用生物学接种、非序列依赖性PCR扩增(SIA)和RT-PCR的研究方法,对白术病样进行了研究,结果表明:接种感病白术病汁液的指示植物昆诺藜表现退绿枯斑,经单斑分离后转接健康白术植株呈现出与病样类似的症状,初步证明白术病害可能为病毒引起的;SIA检测表明感病白术为蚕豆萎蔫病毒2号(Broad bean wilt virus 2,BBWV2)侵染所致;为明确BBWV2白术分离物(BBWV2-Am)的分类地位,进一步克隆了BBWV2-Am RNA2外壳蛋白大亚基基因(LCP)和外壳蛋白小亚基基因(SCP)序列;序列同源性分析表明,LCP基因和SCP基因与已发表的BBWV2其它株系相应基因核苷酸序列的同源性分别为79.3%~87.2%和80.1%~89.2%,氨基酸序列同源性分别为91.2%~95.7%和89.4%~95.5%;系统进化树分析显示,BBWV2-Am与BBWV2地黄分离物(BBWV2-Rg)形成一个独立分支,二者亲缘关系最近。这是BBWV2侵染白术的首次报道。 展开更多
关键词 白术 生物学接种 序列依赖性PCR 蚕豆萎蔫病毒2号
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一种检测腹泻相关病毒的方法 被引量:1
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作者 曹达江 赵献军 +5 位作者 程卫霞 靳淼 李丹地 章青 崔淑娴 段招军 《中华实验和临床病毒学杂志》 CAS CSCD 北大核心 2009年第5期391-393,共3页
目的建立检测腹泻粪便标本中病毒病原的方法。方法选取本实验室检测的杯状病毒、肠道腺病毒、轮状病毒、博卡病毒、星状病毒以及肠道病毒阳性标本各一份,通过非序列依赖性单一PCR扩增(Sequence—independent single primer amplificat... 目的建立检测腹泻粪便标本中病毒病原的方法。方法选取本实验室检测的杯状病毒、肠道腺病毒、轮状病毒、博卡病毒、星状病毒以及肠道病毒阳性标本各一份,通过非序列依赖性单一PCR扩增(Sequence—independent single primer amplification,SISPA)构建基因文库,从中筛查病毒基因片段。结果六份标本中都可以得到相对应的病毒核酸序列。结论本研究采用的方法可以检测到粪便标本中引起腹泻的相关病毒,为进一步研究检测目前尚未发现的病毒病原奠定基础。 展开更多
关键词 胃肠炎 病原 序列依赖性单一
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