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鸭瘟病毒基因组核酸的提取方法比较 被引量：3
1
作者 李子剑 李玉峰 +2 位作者 陈苏 宋敏训 李云龙 《山东师范大学学报（自然科学版）》 CAS 2008年第1期134-136,共3页
将鸭瘟病毒分离株SD-01在鸡胚成纤维细胞上增殖.收集病变细胞及培养液,采用两种方法提取病毒基因组核酸.第一种方法,首先用差速离心的方法纯化病毒粒子,然后用酚/氯仿抽提的方法提取病毒基因组.第二种方法,先用高渗缓冲液将感染DPV的细... 将鸭瘟病毒分离株SD-01在鸡胚成纤维细胞上增殖.收集病变细胞及培养液,采用两种方法提取病毒基因组核酸.第一种方法,首先用差速离心的方法纯化病毒粒子,然后用酚/氯仿抽提的方法提取病毒基因组.第二种方法,先用高渗缓冲液将感染DPV的细胞完全裂解,然后加入微球菌核酸酶消化细胞DNA,最后用酚/氯仿抽提.限制性内切酶EcoRⅠ消化,结果表明,第一种方法提取的样品中含有细胞DNA,酶切后为弥散模糊的拖带,而方法二可以最大限度的消除细胞DNA污染,得到纯净的病毒基因组DNA,酶切后为清晰的梯状条带. 展开更多
关键词 鸭瘟病毒 基因组核酸 微球菌核酸酶
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不同原沉默子对基因沉默的作用
2
作者 张新民 刘楠 +3 位作者 于群 王浩天 颜炜群 毕鑫 《吉林大学学报（医学版）》 CAS CSCD 北大核心 2011年第2期241-244,共4页
目的:探讨不同原沉默子对基因沉默的作用和基因沉默差异的原因。方法:用不同原沉默子替换HML-I沉默子,在有无HML-E沉默子时,比较报告基因URA3表达量的变化以及染色质结构的不同。结果:删除HML-E沉默子且HML-I替换成原沉默子RAP1p、ORC和... 目的:探讨不同原沉默子对基因沉默的作用和基因沉默差异的原因。方法:用不同原沉默子替换HML-I沉默子,在有无HML-E沉默子时,比较报告基因URA3表达量的变化以及染色质结构的不同。结果:删除HML-E沉默子且HML-I替换成原沉默子RAP1p、ORC和ABF1结合位点的3株酵母菌种在SC-ura及SC+FOA平板上的生长状态相同;HML-E沉默子存在的条件下,HML-I替换成原沉默子RAP1p、ORC和ABF1结合位点的3株酵母菌种在SC-ura平板上的生长状态没有区别;在FOA平板上,HML-I替换成原沉默子RAP1p结合位点的菌株无法生长,HML-I替换成ABF1结合位点以及ORC结合位点的菌株能够存活并形成了与HML-I替换成HMR-E菌株相似的特异性泳带。结论:沉默子与原沉默子相互作用对基因表达起一定程度的沉默作用,染色质结构的差异可能导致了基因沉默的差异。 展开更多
关键词 基因沉默 沉默子 原沉默子 微球菌核酸酶
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与人遗传病相关的DNA重复序列的体外核小体定位特性 被引量：2
3
作者 柴荣 赵宏宇 蔡禄 《基础医学与临床》 CSCD 北大核心 2013年第3期314-319,共6页
目的研究与人遗传病相关的DNA重复序列的体外核小体定位。方法构建含有(GAA)42、(ATTCT)43、(GCCT)18和601序列的重组质粒,体外利用盐透析将质粒与组蛋白八聚体组装形成染色质结构,微球菌核酸酶消化后,用琼脂糖凝胶电泳分析染色质的结... 目的研究与人遗传病相关的DNA重复序列的体外核小体定位。方法构建含有(GAA)42、(ATTCT)43、(GCCT)18和601序列的重组质粒,体外利用盐透析将质粒与组蛋白八聚体组装形成染色质结构,微球菌核酸酶消化后,用琼脂糖凝胶电泳分析染色质的结构。结果含有ATTCT重复序列的质粒较含GAA重复序列质粒在体外易于形成核小体。结论在重组质粒中,由于引入的重复序列片段形成核小体能力的不同会影响其局部染色质结构。 展开更多
关键词 DNA重复序列 核小体定位 体外组装染色质 微球菌核酸酶 染色质结构
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染色质可及性分析的研究进展 被引量：3
4
作者 许兰 任立成 《生物化学与生物物理进展》 SCIE CAS CSCD 北大核心 2022年第8期1462-1470,共9页
在细胞核内,染色质可及性模式会随着外部刺激和发育线索的改变而发生动态变化。染色质可及性重构对于基因表达调控至关重要,在建立和维持细胞特性等方面发挥着重要作用。因此开展染色质可及性的研究对染色质功能上的三维解析具有十分重... 在细胞核内,染色质可及性模式会随着外部刺激和发育线索的改变而发生动态变化。染色质可及性重构对于基因表达调控至关重要,在建立和维持细胞特性等方面发挥着重要作用。因此开展染色质可及性的研究对染色质功能上的三维解析具有十分重要的意义。近几年,随着高通量测序技术的进步以及测序成本的降低,基于高通量测序技术的染色质可及性分析方法得到了迅速发展。目前观察和分析全基因组染色质开放与否的常见技术主要有脱氧核糖核酸酶I超敏位点测序(DNase-seq)、微球菌核酸酶测序(MNase-seq)、甲醛辅助分离调控元件测序(FAIRE-seq)以及转座酶可及性测序(ATAC-seq)。本文比较了这4种染色质可及性分析技术的优缺点,详细介绍了它们的原理及主要实验流程,并简要讨论了它们的发展及相关技术的应用,期望通过这些互补的方法为染色质分析领域的未来发展提供一些借鉴和思路。 展开更多
关键词 染色质可及 脱氧核糖核酸酶I超敏位点测序 微球菌核酸酶测序 甲醛辅助分离调控元件测序 转座酶可及性 测序
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MNase-seq 与核小体定占位研究 被引量：1
5
作者 邓玮杭 李鑫辉 《遗传》 CAS CSCD 北大核心 2020年第12期1143-1155,共13页
核小体是染色质复杂三维结构的基本单位,它在基因组上的定位及占位在DNA转录、复制和修复等基础生物过程中发挥重要功能。在众多核小体定占位研究技术中,微球菌核酸酶测序(micrococcal nuclease sequencing,MNase-seq)被认为是目前最为... 核小体是染色质复杂三维结构的基本单位,它在基因组上的定位及占位在DNA转录、复制和修复等基础生物过程中发挥重要功能。在众多核小体定占位研究技术中,微球菌核酸酶测序(micrococcal nuclease sequencing,MNase-seq)被认为是目前最为高效的方法,因此应用十分广泛。研究人员利用该技术绘制了多种生物的核小体图谱,并揭示了核小体组织特点的共性和差异。本文介绍了MNase-seq的技术原理以及在解析核小体组织及其功能中的应用,总结了在染色质构象这一快速发展领域中的研究进展,并展望了染色质生物学的未来发展方向。由MNase-seq揭示的核小体组织结构为基因表达和发育调控提供了新的见解,也有助于人们理解疾病的发生过程。 展开更多
关键词 核小体 染色质结构 染色质重塑 下一代测序技术 微球菌核酸酶
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对于核小体定位检测方法的比较研究 被引量：1
6
作者 陈文辉 《江西科学》 2012年第1期50-52,82,共4页
在真核细胞中,核小体是组成染色质的基本结构单位,是由DNA紧密缠绕在组蛋白八聚体上所形成的一个复合体结构。而DNA与组蛋白的结合并不是固定不变的,没有核小体结合的DNA区域易于各种调节蛋白的接近与结合。因此人们怀疑核小体的定位与... 在真核细胞中,核小体是组成染色质的基本结构单位,是由DNA紧密缠绕在组蛋白八聚体上所形成的一个复合体结构。而DNA与组蛋白的结合并不是固定不变的,没有核小体结合的DNA区域易于各种调节蛋白的接近与结合。因此人们怀疑核小体的定位与基因的转录调节之间存在某种内在联系。对现行的核小体定位的检测方法进行了归类,并对其优缺点进行了分析整理。对更深入的探索核小体定位检测方法的应用有一定意义。 展开更多
关键词 核小体 染色质免疫共沉淀 微球菌核酸酶 基因芯片 高通量测序
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染色质免疫共沉淀实验方法 被引量：5
7
作者 王泓力 焦雨铃 《植物学报》 CAS CSCD 北大核心 2020年第4期475-480,共6页
染色质免疫共沉淀(ChIP)技术是一种检测蛋白质与DNA结合的实验技术。该方法可以先进行样品交联,然后将蛋白质与DNA复合物进行随机DNA切断,再借助免疫学方法特异性富集与目的蛋白相结合的DNA片段,从而检测转录因子等目的蛋白质与DNA的结... 染色质免疫共沉淀(ChIP)技术是一种检测蛋白质与DNA结合的实验技术。该方法可以先进行样品交联,然后将蛋白质与DNA复合物进行随机DNA切断,再借助免疫学方法特异性富集与目的蛋白相结合的DNA片段,从而检测转录因子等目的蛋白质与DNA的结合情况,鉴定基因启动子或其它DNA结合位点。该方法同时也可应用于研究基因组特定位点的组蛋白修饰情况。该文介绍了依赖交联固定的常规免疫共沉淀(X-ChIP),以及适用于10~3细胞级别微量实验材料的基于微球菌核酸酶非交联免疫共沉淀(ULI-NChIP)具体操作过程和注意事项。 展开更多
关键词 染色质免疫共沉淀 基于微球菌核酸酶非交联免疫共沉淀
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