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江西省2010年柯萨奇病毒A组24型变异株的全基因组序列分析 被引量：2
1
作者 李俊含 张勇 +9 位作者 冀天娇 李婕 熊英 祝双利 王东艳 韩振志 肖金波 司芬芬 许文波 严冬梅 《病毒学报》 CAS CSCD 北大核心 2021年第1期89-96,共8页
急性出血性结膜炎(Acute hemorrhagic conjunctivitis,AHC)是目前人类最常见的眼病之一,柯萨奇病毒A组24型变异株(Coxsackievirus A24 variant,CV-A24v)是近年来报道引起该病的主要病原体。本研究选取10株来自江西省2010年AHC暴发疫情的... 急性出血性结膜炎(Acute hemorrhagic conjunctivitis,AHC)是目前人类最常见的眼病之一,柯萨奇病毒A组24型变异株(Coxsackievirus A24 variant,CV-A24v)是近年来报道引起该病的主要病原体。本研究选取10株来自江西省2010年AHC暴发疫情的CV-A24v,采用特异性引物扩增并测定其全基因组序列。对该10条CV-A24v的全基因组序列进行系统发育分析以及重组分析,计算本研究测定的江西10条以及GenBank中所有22条CV-A24v的全基因组序列的氨基酸置换熵值,并预测其正向选择位点。结果表明,在江西10条CV-A24v基因组序列中未检测到重组。基于全基因组序列构建的最大似然树表明江西10株CV-A24v属于GIV基因型,且分处于两条传播链。对上述32条CV-A24v序列的氨基酸置换熵值计算,共得到25个易突变位点(熵值>0.6),易突变概率最高的区段为2A区。基于Datamonkey中FUBAR和FEL模型分析,发现位于结构蛋白VP2区的234位氨基酸为两种模型共同获得的CV-A24v的正向选择位点。本研究分析了江西10株CV-A24v的全基因组序列特征,为CV-A24v引起的AHC防控工作提供了基础资料。 展开更多
关键词 柯萨奇病毒a组24型变异株(cv-a24v) 急性出血性结膜炎(AHC) 全基因组 选择压力
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2023年广东省急性出血性结膜炎流行末期病原组成及基因进化分析
2
作者 杨银柯 钟干芳 +7 位作者 徐俊贤 蓝天 林静佳 徐建华 张薇 曾汉日 李柏生 郑焕英 《病毒学报》 CAS CSCD 北大核心 2024年第5期1010-1021,共12页
分析2023年广东省急性出血性结膜炎(Acute hemorrhagic conjunctivitis,AHC)疫情流行末期病原体组成及其分子特征情况,为AHC的防治提供科学依据。本研究采集AHC流行末期81份AHC患者眼结膜拭子,采用实时荧光定量PCR(Real-time quantitati... 分析2023年广东省急性出血性结膜炎(Acute hemorrhagic conjunctivitis,AHC)疫情流行末期病原体组成及其分子特征情况,为AHC的防治提供科学依据。本研究采集AHC流行末期81份AHC患者眼结膜拭子,采用实时荧光定量PCR(Real-time quantitative PCR,qPCR)方法,对其进行人肠道病毒70型(Human enterovirus 70,HEV70)、柯萨奇病毒A组24型变异株(Coxsackievirus A24 variant,CVA24v)和腺病毒(Adenovirus,AdV)核酸检测。通过HEp-2细胞进行病毒分离。对分离株进行PCR扩增和基因测序。用Mega11和BioEdit软件进行基因进化分析,用SWISS-MODEL进行VP1蛋白三维结构分析,通过IEDB进行VP1蛋白的B细胞抗原表位预测。结果显示81份眼拭子样本荧光定量PCR检测,EV70全部阴性,20份样本CVA24v阳性,16份样本AdV阳性。使用HEp-2细胞成功分离到8株CVA24v毒株。基于分子测序分析发现,2023年AHC流行末期的CVA24v病毒株与5月份疫情初期病毒株相比,8株CVA24v毒株在3C区核苷酸共有7处突变,其中在第309位点共享同义突变C→T。在VP1区共有19处突变,除AHC705/GD/CHN/2023株外,其余7株在第30位点共享同义突变T→C。此外还获得一株CVA24v的全基因组序列,和流行初期病毒株全长序列相比有24个核苷酸突变,3个氨基酸突变。本研究通过分析VP1蛋白的三维结构预测,识别出了本次疫情流行末期相比早期出现三个变异位点,其中T98A和A146T两个位点位于蛋白表面,参与组成抗原决定簇。研究结果显示,与疫情初期由CVA24v独立引起的流行相比,流行末期出现了CVA24v与AdV共同流行的现象。这一发现对理解病毒变异与流行动态具有重要意义。 展开更多
关键词 急性出血性结膜炎 柯萨奇病毒a组24型变异株 腺病毒 基因进化分析
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