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基于图神经网络的植物间相互作用预测方法
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作者 崔子文 王欢 +1 位作者 李函 韦乐 《华中农业大学学报》 北大核心 2025年第2期301-310,共10页
针对如何精准地根据先验知识预测植物间的抑制与促进相互作用问题,构建基于植物间相互作用的异质网络,提出一种基于图神经网络的相互作用预测方法。该方法主要由表征学习器、作用识别器和类型分类器三大模块构成。表征学习器负责提取植... 针对如何精准地根据先验知识预测植物间的抑制与促进相互作用问题,构建基于植物间相互作用的异质网络,提出一种基于图神经网络的相互作用预测方法。该方法主要由表征学习器、作用识别器和类型分类器三大模块构成。表征学习器负责提取植物间相互作用特征,作用识别器与表征学习器共同预测植物节点之间是否产生相互作用,并对类型分类器施加干扰,以最大程度地获得在不同类型相互作用间可迁移的特征。类型分类器旨在准确区分植物间相互作用的类型,以避免受到作用识别器的干扰。最后,基于三大模块之间的相互对抗关系来增强对植物间抑制与促进相互作用类型差异的鲁棒性,从而有效应对目标植物间相互作用的预测问题。该方法在伴生植物数据集上的AUC、精确率(precision)和准确率(accuracy)的表现相较于现有的SEAL、GATNE、HeGAN、PME、SVM和RF方法中的最优方法 SVM分别提高了7.74、1.61和8.62百分点,分别达到了92.00%、80.12%和86.21%。结果表明,该方法通过降低目标类型差异的干扰,可以精准地预测植物间的相互作用,可以应用于优化农业生产实践。 展开更多
关键词 植物间相互作用 鲁棒性 图神经网络 抑制与促进
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植物间相互作用及其林学意义分析 被引量:1
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作者 刘美丽 《现代农业研究》 2018年第6期77-78,共2页
全面介绍交互的植物的研究历史、概念和研究现状,在分析的基础上育苗失败,边行边,小老树,树种,森林试图,干旱和半干旱地区,造林成活率低,存活率双普通林业问题,植物之间的相互作用的结果,或的重要因素之一。本文给出了普通杨树与挥发物... 全面介绍交互的植物的研究历史、概念和研究现状,在分析的基础上育苗失败,边行边,小老树,树种,森林试图,干旱和半干旱地区,造林成活率低,存活率双普通林业问题,植物之间的相互作用的结果,或的重要因素之一。本文给出了普通杨树与挥发物相互抑制的实例。 展开更多
关键词 植物间相互作用 植物相互物质力 逆境胁迫
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不同养分条件下喀斯特适生物种植物间相互作用诱导的形态可塑性 被引量:1
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作者 陈林丽 王姝 +3 位作者 陈家兴 尹任娅 侯夏丽 杨庆祝 《生态学杂志》 CAS CSCD 北大核心 2024年第3期773-782,共10页
研究非生物环境条件如何影响植物间相互作用及其诱导的形态可塑性,有利于揭示喀斯特适生植物物种同时应对多种环境因素变异的策略。本研究以鬼针草(Bidens pilosa)和大叶醉鱼草(Buddleja davidii)为对象,分别在养分施加和不施加两种处理... 研究非生物环境条件如何影响植物间相互作用及其诱导的形态可塑性,有利于揭示喀斯特适生植物物种同时应对多种环境因素变异的策略。本研究以鬼针草(Bidens pilosa)和大叶醉鱼草(Buddleja davidii)为对象,分别在养分施加和不施加两种处理下,对植物进行单独生长(对照)、种内和种间相互作用3种处理,探讨养分可用性对种内、种间相互作用诱导的生物量和形态特征可塑性的影响。结果表明:不加养分处理中,鬼针草和大叶醉鱼草种内相互作用下的总生物量分别减少9.2%和14.4%,主要导致竞争效应,种间竞争不显著;加养分处理中种内促进作用占主导,二者分别增加35.1%和41.3%,大叶醉鱼草表现为种间促进作用,增加34.6%,鬼针草不显著。与对照相比,种内相互作用不加养分处理降低大叶醉鱼草根生物量和鬼针草的叶生物量,养分增加时提高大叶醉鱼草茎生物量,降低鬼针草比叶面积;种间相互作用不加养分处理提高大叶醉鱼草根冠比等特征,降低茎、叶生物量,增加鬼针草的茎生物量并减少其根生物量,加养时提高大叶醉鱼草根冠比和根生物量以及鬼针草的地径。这些结果说明,非生物环境条件可以通过影响种内与种间相互作用的强度而作用于植物的可塑响应。种内与种间相互作用诱导的可塑性之间的鲜明反差反映了两个物种生长和适应策略的显著差异:大叶醉鱼草和鬼针草分别是地下生长和地上生长占优势,种内相互作用分别导致更剧烈的地下竞争和地上竞争,而种间相互作用下二者可以避开各自的生长优势,实现资源利用的互补,因此竞争减弱,促进作用增强。这种策略有利于喀斯特生境适生植物物种在应对非生物环境挑战中更好地共存。 展开更多
关键词 地上竞争 地下竞争 促进作用 表型可塑性 植物间相互作用 适应策略
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土著菌根真菌和混生植物对羊草生长和磷营养的影响 被引量:11
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作者 雷垚 郝志鹏 陈保冬 《生态学报》 CAS CSCD 北大核心 2013年第4期1071-1079,共9页
植物种间相互作用直接影响植物生长、根系可塑性及养分吸收,而与植物共生的丛枝菌根真菌可以改变植物个体和种间养分资源的分配,具有协调种间竞争的潜力。以我国北方草甸草原建群种羊草(Leymus chinensis)和混生植物紫花苜蓿(Medicago s... 植物种间相互作用直接影响植物生长、根系可塑性及养分吸收,而与植物共生的丛枝菌根真菌可以改变植物个体和种间养分资源的分配,具有协调种间竞争的潜力。以我国北方草甸草原建群种羊草(Leymus chinensis)和混生植物紫花苜蓿(Medicago sativa)及独行菜(Lepidium spetalum)为供试植物,通过模拟盆栽试验,研究了土著菌根真菌和混生植物对羊草生长、根系形态及磷营养的影响。试验结果表明,土著菌根真菌能够与羊草及紫花苜蓿形成良好共生,而独行菜根内基本未形成菌根共生结构。土著菌根真菌显著降低了羊草及独行菜的生物量,但促进了紫花苜蓿的生长;混种紫花苜蓿显著促进了羊草的生长,而混种独行菜则显著抑制了羊草的生长。土著菌根真菌对羊草根系形态的影响表现出与植株生物量类似的趋势,但不同混生植物对羊草根系生长均无显著影响。土著菌根真菌和混生植物对羊草植株磷含量均无显著影响。与混生植物相比,羊草具有较高的比根长和磷吸收能力,这也解释了其负向菌根依赖性。研究证实了菌根真菌和植物种间相互作用均是影响草原优势植物生长和根系发育的重要因素,深入研究其交互作用对于科学管理草地生态系统,维持植物群落的稳定性和生态系统生产力具有重要意义。 展开更多
关键词 丛枝菌根 羊草 植物相互作用 根系形态 植物磷营养
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植物防卫的碳-养分平衡假说 被引量:5
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作者 邓斌 曾德慧 《生态学杂志》 CAS CSCD 北大核心 2006年第4期449-455,共7页
碳-养分平衡假说(carbon-nutrient balance hypothesis,CNBH)认为,植物组织中次生代谢物浓度受环境碳-资源有效性控制;植物体内次生代谢物按照化学计量的要求进行分配;资源分配给防卫物的必要条件是资源供应量满足植物生长需求后仍过剩... 碳-养分平衡假说(carbon-nutrient balance hypothesis,CNBH)认为,植物组织中次生代谢物浓度受环境碳-资源有效性控制;植物体内次生代谢物按照化学计量的要求进行分配;资源分配给防卫物的必要条件是资源供应量满足植物生长需求后仍过剩。CNBH自提出以来,其适用范围不断受到限制,解释与预测研究结果的能力逐渐显现不足。期间,对CNBH进行过优化和修改,设置了多种限制条件,以期能使CNBH得到补救,继续成为指导植物-草食动物间相互作用和植物体内资源分配的相关理论。然而,随着研究的逐渐深入,CNBH被证实缺乏逻辑性和内在一致性;CNBH不能满足假说本身的发展要求,缺乏明确可行的量化指标体系,也没有明确地标识出理论预测范围与可测试范围之间的界限。研究表明,CNBH的基本假设本身是错误的;随着人们对植物-草食动物间相互作用的认知能力加强,更深刻地认识到资源在植物体内的分配模式,意识到CNBH假说的严重缺陷。在现有的植物防卫理论中,生长-分化平衡假说(growth-differentiation balance hypothesis)较为成熟,不但具有CNBH的优点,而且更具有植物生理学和进化基础,可以成为CNBH的替代假说。 展开更多
关键词 碳-养分平衡假说 生长-分化平衡假说 植物-草食动物相互作用 资源有效性 次生代谢物 植物防卫
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土壤盐梯度下根际因子对植物邻体效应的影响 被引量:2
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作者 宋倩倩 陈雯雯 +5 位作者 唐建军 于振兴 丁丽莲 刘世俊 任明磊 陈欣 《浙江大学学报(农业与生命科学版)》 CAS CSCD 北大核心 2018年第5期601-609,共9页
通过受控试验研究土壤盐分和植物根际因子(根、菌丝、根际土壤溶液)对植物种间幼苗相互作用的影响。试验以柽柳(Tamarix chinensis Lour.)为邻体植物,以紫花苜蓿(Medicago sativa L.)为目标植物开展研究。试验设置5个相互作用处理,分别... 通过受控试验研究土壤盐分和植物根际因子(根、菌丝、根际土壤溶液)对植物种间幼苗相互作用的影响。试验以柽柳(Tamarix chinensis Lour.)为邻体植物,以紫花苜蓿(Medicago sativa L.)为目标植物开展研究。试验设置5个相互作用处理,分别为无邻体相互作用、植物间完全相互作用、根际有菌丝和土壤溶液相互作用、根际仅有土壤溶液相互作用、无根际相互作用;设置3个土壤盐水平处理,含盐量分别为0.05%、0.2%和0.5%,采用相对邻体效应指数(relative interaction index, RII)来反映种间相互作用强度和性质。试验结果表明:1)在高盐水平下,柽柳幼苗能提高紫花苜蓿幼苗的丛枝菌根真菌(arbuscular mycorrhizal fungi, AMF)侵染率。随土壤盐水平升高,柽柳幼苗的生物量没有降低,但紫花苜蓿幼苗的生物量显著降低(P<0.05)。2)在低盐、中盐及高盐水平下,柽柳和紫花苜蓿幼苗间的总根际效应指数(RII)依次为0.240 0(正效应)、0.040 0(中性效应)、-0.110 0(中性效应)。3)根对植物间相互作用的效应指数(RII)在低盐、中盐、高盐水平下分别为0.330 3、0.294 4、0.057 2,表现为由正效应转为中性效应。4)菌丝对植物间相互作用的效应指数(RII)在低盐、中盐、高盐下水平分别为-0.040 0、-0.150 0、-0.020 0,分别表现为中性、负和中性效应。5)土壤溶液对植物间相互作用的效应指数(RII)在低盐、中盐、高盐水平下分别为0.006 0、0.006 0、-0.034 0,均为中性效应。综上所述,根、菌丝、土壤溶液等不同根际因子对植物邻体效应的调节不同,且调节作用受盐水平影响。随盐水平升高,根正效应减弱,菌丝负效应先加强后减弱,而土壤溶液效应均不显著。 展开更多
关键词 植物相互作用 根际因子 盐胁迫 紫花苜蓿 柽柳 幼苗
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亚高山森林不同演替阶段物种间作用对土壤酶的影响及其对不同肥料的响应 被引量:4
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作者 李丹丹 梁进 +1 位作者 尹华军 刘庆 《应用与环境生物学报》 CAS CSCD 北大核心 2021年第3期587-593,共7页
为揭示西南亚高山森林恢复过程中不同演替阶段物种间相互作用对土壤酶活性的影响,采用盆栽试验,选取亚高山森林演替后期针叶树种云杉(Picea asperata)和阔叶树种红桦(Betula albo-sinensis)以及演替中期灌丛树种高山柳(Salix oritrepha)... 为揭示西南亚高山森林恢复过程中不同演替阶段物种间相互作用对土壤酶活性的影响,采用盆栽试验,选取亚高山森林演替后期针叶树种云杉(Picea asperata)和阔叶树种红桦(Betula albo-sinensis)以及演替中期灌丛树种高山柳(Salix oritrepha),研究物种间相互作用对土壤酶活性的影响及其对不同施肥种类(无机肥和有机肥)的响应.结果表明:(1)与对照相比,添加有机肥提高了土壤多酚氧化酶、转化酶、纤维素酶和蛋白酶活性;添加无机肥后,土壤转化酶活性增加了16%-41%,纤维素酶和蛋白酶活性却显著降低;多酚氧化酶活性在单栽高山柳土壤中增加129%,而在红桦土壤中降低了43%.(2)对照组中,蛋白酶活性表现为在高山柳土壤显著低于红桦、云杉土壤;无机肥组中,蛋白酶活性表现为云杉土壤<红桦土壤<高山柳土壤;转化酶活性在无机肥和有机肥组中均表现为云杉根系土壤显著低于红桦和高山柳根际土壤;(3)物种混栽后,在对照组中,除云杉-红桦混栽土壤蛋白酶活性低于单栽红桦和云杉土壤蛋白酶活性外,其余物种两两混栽后土壤酶活性与单栽植物土壤酶活性没有显著差异性;但是添加无机肥和有机肥后,与单栽植物土壤酶活性相比,物种混栽可提高土壤蛋白酶和转化酶活性.(4)不同土壤酶活性受不同的土壤因子调控.可见,不同种类植物根际土壤酶活性对无机肥和有机肥的响应不同,而且物种间相互作用对土壤酶的影响及其对肥料的响应因物种而异;本研究结果不仅为认识亚高山森林恢复演替过程中微生物功能和养分循环对植物作用与施肥的响应机制提供了重要的科学依据,还为深入了解西南亚高山森林植被更新与恢复的影响机制提供了重要支撑. 展开更多
关键词 土壤酶 植物间相互作用 施肥 森林演替 森林生态系统
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不同邻居物种的基因型多样性对冷蒿生长的影响 被引量:2
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作者 刘磊 辛晓静 +5 位作者 王宇坤 曲耀冰 杨雪 李隔萍 赵念席 高玉葆 《生态学报》 CAS CSCD 北大核心 2017年第19期6544-6551,共8页
植物物种多样性与基因型多样性对群落的结构和功能具有重要的生态作用,近年来植物基因型多样性对植物间相互作用的影响已成为研究者关心的重要科学问题。实验选择退化草原优势种冷蒿(Artemisia frigida)为目标植物,稳定群落建群种羊草(L... 植物物种多样性与基因型多样性对群落的结构和功能具有重要的生态作用,近年来植物基因型多样性对植物间相互作用的影响已成为研究者关心的重要科学问题。实验选择退化草原优势种冷蒿(Artemisia frigida)为目标植物,稳定群落建群种羊草(Leymus chinensis)和群落伴生种洽草(Koeleria cristata)为邻居植物,来研究基因型多样性不同的邻居植物对冷蒿生长表现(株高、地上生物量、地下生物量和总生物量)的影响,并通过测量植物相对竞争强度及邻居植物性状变异来进一步探究邻居植物基因型多样性对目标植物影响的内在机制。结果表明:(1)邻居物种为羊草时,基因型多样性对冷蒿的生长表现影响显著,当邻居为6基因型时,冷蒿的株高、地上生物量以及总生物量显著低于单基因型和3基因型时的表现(P<0.05),且相对竞争强度高于其他两种处理;而邻居物种为洽草时,基因型多样性对冷蒿所有观测指标以及相对竞争强度的影响均不显著(P>0.05)。(2)利用主成分分析法来分析基因型多样性对自身性状变异的影响发现,邻居物种为羊草时,基因型多样性对性状变异响应显著,主要表现为3基因型时,羊草种群的株高、总生物量、地上生物量显著高于单基因型时的表现(P<0.05);而邻居物种为洽草时,基因型多样性对性状变异影响不显著(P>0.05)。(3)邻居物种为羊草时,羊草总生物量和比叶面积与冷蒿的地上生物量和总生物量呈显著负相关(P<0.05);邻居物种为洽草时,洽草各性状与冷蒿性状间无显著相关性(P>0.05)。实验结果揭示,基因型多样性对目标植物生长的效应受邻居植物种类的影响,稳定群落建群种羊草高基因型组合能显著抑制冷蒿的生长,这可能与羊草高基因型多样性种群性状变异大且对冷蒿有较高的相对竞争强度有关。所得结果为建群种基因型多样性影响种间相互作用提供了实验证据,为草原的合理利用和保护提供了理论指导。 展开更多
关键词 邻居植物 目标植物 植物间相互作用 基因型多样性 竞争 性状
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Gelling Behavior of Plant Proteins and Polysaccharides in Food Systems
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作者 Florence O. Uruakpa 《Journal of Food Science and Engineering》 2012年第5期247-256,共10页
Biological macromolecules, such as proteins and polysaccharides, are widely used in food systems because their interactions impart a desirable texture to food products. Plant proteins interact with food components via... Biological macromolecules, such as proteins and polysaccharides, are widely used in food systems because their interactions impart a desirable texture to food products. Plant proteins interact with food components via protein-protein and protein-polysaccharide associations, and the formation of a matrix, which can entrap other food components such as water, lipids and flavors. These networks provide structural integrity to food products and can serve as important functional ingredients in processed foods. Intermolecular interactions of typical polysaccharides result either in simple associations or in the form of a double or triple helix. The linear double helical segments may then interact to form a super junction and a three-dimensional gel network. The formation of these structural networks takes place during processing and involves the transformation from a liquid or viscous sol into a solid material with elastic properties. Interests in the behavior of mixed gels center on the prospects of enhanced flexibility in their mechanical and structural properties compared to those of pure gels. Findings on molecular interactions between plant proteins (e.g., soy, canola and pea proteins) and polysaccharides (e.g., guar gum, carrageenan, and pectin) allow for the modification of physical and textural characteristics of mixed biopolymers to meet desired functional property. 展开更多
关键词 Molecular interactions plant proteins and polysaccharides gelling macromolecules.
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The need for alternative plant species interaction models 被引量:2
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作者 Christian Damgaard Jacob Weiner 《Journal of Plant Ecology》 SCIE CSCD 2021年第5期771-780,共10页
Aims The limitations of classical Lotka–Volterra models for analyzing and interpreting competitive interactions among plant species have become increasingly clear in recent years.Three of the problems that have been ... Aims The limitations of classical Lotka–Volterra models for analyzing and interpreting competitive interactions among plant species have become increasingly clear in recent years.Three of the problems that have been identified are(i)the absence of frequency-dependence,which is important for long-term coexistence of species,(ii)the need to take unmeasured(often unmeasurable)variables influencing individual performance into account(e.g.spatial variation in soil nutrients or pathogens)and(iii)the need to separate measurement error from biological variation.Methods We modified the classical Lotka–Volterra competition models to address these limitations.We fitted eight alternative models to pin-point cover data on Festuca ovina and Agrostis capillaris over 3 years in an herbaceous plant community in Denmark.A Bayesian modeling framework was used to ascertain whether the model amendments improve the performance of the models and increase their ability to predict community dynamics and to test hypotheses.Important Findings Inclusion of frequency-dependence and measurement error,but not unmeasured variables,improved model performance greatly.Our results emphasize the importance of comparing alternative models in quantitative studies of plant community dynamics.Only by considering possible alternative models can we identify the forces driving community assembly and change,and improve our ability to predict the behavior of plant communities. 展开更多
关键词 plant competition plant-plant interaction interspecific interaction model FREQUENCY-DEPENDENCE unmeasured variables measurement uncertainty hierarchical modeling
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