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多位点测序分型技术在病原微生物分型鉴定中的应用 被引量:19
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作者 刘金华 贺丹 +2 位作者 杨艳秋 张波 王丽 《微生物学通报》 CAS CSCD 北大核心 2007年第6期1188-1191,共4页
多位点测序分型(Multilocus sequence typing,MLST)技术是一种以核苷酸序列为基础的病原菌分型方法,它是高通量测序技术与成熟的群体遗传学相结合的产物。该方法简单易行,重复性强,可以通过国际互联网对某一致病菌株在全球范围内的传播... 多位点测序分型(Multilocus sequence typing,MLST)技术是一种以核苷酸序列为基础的病原菌分型方法,它是高通量测序技术与成熟的群体遗传学相结合的产物。该方法简单易行,重复性强,可以通过国际互联网对某一致病菌株在全球范围内的传播分布情况进行追踪监控。目前,MLST技术已被广泛应用于原核病原菌及一些真核病原菌(如真菌)的分型鉴定中。主要对MLST技术的原理及其在一些常见病原菌分型鉴定中的应用进行了简要的阐述。 展开更多
关键词 多位点测序分型 病原菌 分型鉴定
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天津地区4株金黄色葡萄球菌多位点测序分型 被引量:10
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作者 张怡滨 宋诗铎 +1 位作者 祁伟 吴尚为 《天津医药》 CAS 北大核心 2004年第10期627-629,共3页
目的 :应用分子进化学方法和信息学分析 ,研究4株金黄色葡萄球菌(SA)临床株的来源和遗传背景。方法 :微量肉汤稀释法测定MIC、PCR扩增mecA基因 ,PBP2a平板乳胶凝集法识别MRSA、MSSA ;应用多位点测序分型 (MultilocusSequencingTyping,ML... 目的 :应用分子进化学方法和信息学分析 ,研究4株金黄色葡萄球菌(SA)临床株的来源和遗传背景。方法 :微量肉汤稀释法测定MIC、PCR扩增mecA基因 ,PBP2a平板乳胶凝集法识别MRSA、MSSA ;应用多位点测序分型 (MultilocusSequencingTyping,MLST)进行ST分型比较。结果 :2株MRSA ,SA76和SA137 ,mecA基因的PCR扩增阳性 ,PBP2a平板乳胶凝集法阳性。另2株MSSA ,SA11和SA155 ,mecA基因的PCR扩增、PBP2a平板乳胶凝集法阴性。MLST分型显示SA76和SA137的等位基因谱为2 -3 -1 -1 -4 -4 -3 ,归属ST9型 ,SA11为1 -1 -1 -1 -1 -1 -1 ,属ST1型 ,SA155为5 -4 -1 -4 -4 -6 -3 ,属ST7型。结论 :MLST作为SA分型方法 ,分辨率高 ,结果准确 ,易于标准化。通过信息学分析 ,可以将MRSA克隆株、MLST分型、遗传背景和SCCmec联系起来 ,适于进行分子进化学研究。 展开更多
关键词 MRSA MECA基因 乳胶凝集法 测序分型 金黄色葡萄球菌 阳性 克隆株 分子进化 PCR扩增 遗传背景
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辽宁地区汉族人群HLA-DRB1位点的测序分型研究 被引量:3
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作者 韩世新 李久宏 +5 位作者 王岩 毕桂姣 尚英彬 耿龙 曹凯 宋芳吉 《大连医科大学学报》 CAS 2004年第2期85-87,共3页
[目的 ]调查辽宁地区人群人类白细胞抗原 (humanleukocyteantigen ,HLA)DRB1位点等位基因多态性 ,获得完整准确的遗传学数据。 [方法 ]应用聚合酶链反应 -直接测序方法 (PCR -SBT)对 1 0 8名健康个体进行HLA -DRB1基因型检测。 [结果 ]... [目的 ]调查辽宁地区人群人类白细胞抗原 (humanleukocyteantigen ,HLA)DRB1位点等位基因多态性 ,获得完整准确的遗传学数据。 [方法 ]应用聚合酶链反应 -直接测序方法 (PCR -SBT)对 1 0 8名健康个体进行HLA -DRB1基因型检测。 [结果 ]检出DRB1等位基因亚型 33个 ,其中等位基因DRB1 0 70 1 1 , 1 5 0 1 1 , 0 90 1 2 , 1 1 0 1 1 , 1 2 0 2 1的频率较高。 [结论 ]提供了辽宁汉族人群HLA -DRB1位点等位基因频率 ,证实了PCR 展开更多
关键词 遗传多态性 HLA-DRB1基因 测序分型 基因频率
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中国壮族群体人类白细胞抗原HLA-Cw基因遗传多态性的测序分型研究 被引量:2
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作者 王大明 高素青 +2 位作者 戎红辉 徐筠娉 邓志辉 《中国实验血液学杂志》 CAS CSCD 2010年第3期771-775,共5页
本研究探讨壮族人群HLA-Cw基因的遗传多态性。采用自行建立的HLA-Cw基因测序分型方法,对150份壮族非血缘个体血样HLA-Cw基因的第2、3、4外显子进行序列测定;测序反应产物用ABI PrismTM 3730测序仪电泳检测,用Assign3.5分析软件分析结果... 本研究探讨壮族人群HLA-Cw基因的遗传多态性。采用自行建立的HLA-Cw基因测序分型方法,对150份壮族非血缘个体血样HLA-Cw基因的第2、3、4外显子进行序列测定;测序反应产物用ABI PrismTM 3730测序仪电泳检测,用Assign3.5分析软件分析结果。结果表明:经Assign3.5软件分析,能直接分析出明确的HLA-Cw基因型的样本占33.33%;排除罕见等位基因后,可判定HLA-Cw基因型的样本占63.33%;其余的5份样本(3.33%)经PCR-SSP高分辨分型试剂盒检测后,可判定基因型;共检出了16种HLA-Cw等位基因,频率大于10%的4种常见等位基因为Cw*0304>Cw*0102>Cw*0801>Cw*0702,基因多样性(gene diversity,GD)为0.9297。Cw*01,03,07,08,12,14(Cw1组)与Cw*02,04,05,06,15,16,17,18(Cw2组)的频率分别为0.8967和0.1032,与KIR的识别方式以Cw1组等位基因为主。在检出的51种基因型中,纯合子比例占9.33%(14/150),基因型频率的分布符合Hardy-Weinberg定律。结论:本研究所得到的壮族群体HLA-Cw位点的等位基因频率及其分布特点,可为人类学、HLA-Cw基因与疾病关联等研究提供基础数据。 展开更多
关键词 中国壮族 人类白细胞抗原 HLA-Cw位点 测序分型 遗传多态性
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KIR 2DL4基因测序分型中杂合碱基位置峰高不平衡现象及其意义 被引量:2
5
作者 喻琼 甄建新 +3 位作者 张国彬 陈瑞 蔡思齐 邓志辉 《中国输血杂志》 北大核心 2017年第10期1106-1109,共4页
目的研究KIR 2DL4基因测序分型中序列及分型结果"异常"的原因。方法 2016年5月对KIR 2DL4基因测序分型时检出的2例杂合碱基位置峰高不平衡、判定为模棱两可结果或无完全匹配分型结果的标本,采集新鲜外周血样,提取mRNA,反转录... 目的研究KIR 2DL4基因测序分型中序列及分型结果"异常"的原因。方法 2016年5月对KIR 2DL4基因测序分型时检出的2例杂合碱基位置峰高不平衡、判定为模棱两可结果或无完全匹配分型结果的标本,采集新鲜外周血样,提取mRNA,反转录成c DNA后,进行c DNA分子克隆和单体型测序;同时采用荧光定量法检测基因组DNA中2DL4基因的拷贝数。结果分子克隆和单体型测序表明,1例标本携带正常的KIR 2DL4*00102,*00501及*011等位基因;另一标本中检出了KIR 2DL4*00102,*00501及*00602等位基因。2例标本中均检出了3种不同的KIR 2DL4等位基因,无新等位基因检出。荧光定量PCR实验证实这2例标本KIR 2DL4拷贝数均为3个。结论人类KIR单体型上KIR 2DL4基因的拷贝数存在多样性,当出现杂合碱基位置峰高不平衡、无与之完全匹配分型结果,并非由新等位基因所致。 展开更多
关键词 KIR 2DL4基因 测序分型 基因拷贝 杂合碱基 峰高
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南方汉族人群HLA-E基因测序分型及其分子遗传多态性研究 被引量:1
6
作者 聂冬梅 高素青 +2 位作者 许潜 甄建新 邓志辉 《中国输血杂志》 CAS 北大核心 2015年第3期276-279,共4页
目的研究南方汉族人群HLA-E基因的分子遗传多态性。方法随机选择150人份南方汉族健康无关个体,采用1对PCR引物特异性扩增HLA-E基因第1-5外显子目的序列,纯化后的PCR扩增产物作为测序模板,对HLA-E基因的第2、3、4外显子进行双向测序,测... 目的研究南方汉族人群HLA-E基因的分子遗传多态性。方法随机选择150人份南方汉族健康无关个体,采用1对PCR引物特异性扩增HLA-E基因第1-5外显子目的序列,纯化后的PCR扩增产物作为测序模板,对HLA-E基因的第2、3、4外显子进行双向测序,测序反应产物纯化后经ABI3730测序仪电泳,用Assign 3.5 SBT软件分析结果。结果所检测的150例标本均扩增出清晰的目的条带,对HLA-E基因外显子2-4进行双向测序,所获得的序列无背景信号和杂峰。检出了2种HLA-E等位基因,其中HLA-E*01∶01等位基因频率为0.42,HLA-E*01∶03等位基因频率为0.58。3种HLA-E基因型频率的分布符合Hardy-weinberg平衡定律。结论本文所获得了南方汉族人群HLA-E基因分子遗传多态性等基础数据,可为HLA-E的疾病关联研究、临床移植等提供重要参考。 展开更多
关键词 人类白细胞抗原 HLA-E位点 分子遗传多态性 测序分型
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PCR-ST Amp法应用于HLA-DRB1测序分型的研究
7
作者 陈耿臻 周总光 +2 位作者 郑雪莲 周斌 辜俊 《中国普外基础与临床杂志》 CAS 2005年第3期258-260,共3页
目的 采用单管PCR扩增(ST Amp)方法建立高效的人类白细胞抗原DRB1(HLA DRB1)基因测序分型(SBT)技术并探讨其应用价值。方法 合成7个5′端特异性扩增引物和1 个3′端共用引物,将上述引物混合在一起组成单个PCR反应用于HLA DRB1的DNA测... 目的 采用单管PCR扩增(ST Amp)方法建立高效的人类白细胞抗原DRB1(HLA DRB1)基因测序分型(SBT)技术并探讨其应用价值。方法 合成7个5′端特异性扩增引物和1 个3′端共用引物,将上述引物混合在一起组成单个PCR反应用于HLA DRB1的DNA测序分型分析。结果 所有样本都能成功分型,分型结果准确可靠,重复性好。结论 ST Amp法改进了测序分型技术,具有高分辨率、高特异性和高效率的特点,值得推广应用。 展开更多
关键词 人类白细胞抗原-DRB1 测序分型 单管扩增 PCR-STAmp法 HLA-DRB1 基因 遗传多态性
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HLA-Cw基因测序分型的研究 被引量:1
8
作者 蓝欲晓 邓志辉 《江西医学检验》 2006年第4期306-308,共3页
目的建立HLA-Cw位点测序分型技术,以用于无关供/受者HLA-Cw基因配型等基础应用研究。方法对HLA-Cw位点的第2和第3外显子,设计、合成一对PCR引物和4条测序引物,探索最佳的PCR反应体系和扩增条件,采用PCR引物扩增HLA-Cw基因的第2、第3外... 目的建立HLA-Cw位点测序分型技术,以用于无关供/受者HLA-Cw基因配型等基础应用研究。方法对HLA-Cw位点的第2和第3外显子,设计、合成一对PCR引物和4条测序引物,探索最佳的PCR反应体系和扩增条件,采用PCR引物扩增HLA-Cw基因的第2、第3外显子和第2内含子,扩增产物经纯化后作为测序模板,进行4个测序反应,产物经酒精/EDTA/NaAc法纯化,用ABIPrismTM3100测序仪电泳检测,相关的分析软件分析HLA基因型。检测分型结果的可靠性采用基因型已知的U-CLA国际HLA室间质控的DNA样本进行验证。结果检测6例UCLA国际HLA室间质控的DNA样本,HLA-Cw等位基因型与UCLA公布的结果完全一致。结论本文的HLA-Cw基因测序分型方法准确、可靠,具有广泛的应用前景。 展开更多
关键词 人类白细胞抗原 HLA-Cw位点 测序分型 高分辨水平
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四川地区汉族人群HLA-DRB1位点的测序分型研究
9
作者 陈耿臻 郭钊轩 +2 位作者 吴丽娥 翁惠兰 张东涛 《四川医学》 CAS 2005年第8期814-816,共3页
目的调查四川地区人群HLADRB1位点等位基因多态性,获得完整准确的遗传学数据。方法采用单管PCR扩增方法建立高效的HLADRB1基因测序分型(SBT)技术对180名健康个体进行HLADRB1基因型检测。结果共检出39种HLADRB1等位基因,其中等位基因HLAD... 目的调查四川地区人群HLADRB1位点等位基因多态性,获得完整准确的遗传学数据。方法采用单管PCR扩增方法建立高效的HLADRB1基因测序分型(SBT)技术对180名健康个体进行HLADRB1基因型检测。结果共检出39种HLADRB1等位基因,其中等位基因HLADRB10901的频率最高,HLADRB11101的频率次之。结论提供了四川地区汉族人群HLADRB1位点等位基因频率,证实了单管扩增测序分型方法快速准确的优点。 展开更多
关键词 HLA-DRB1 测序分型 单管扩增
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基于测序分型方法开发日本沼虾微卫星分子标记
10
作者 刘凯 谢楠 +1 位作者 王宇希 刘新轶 《渔业研究》 2023年第6期537-543,共7页
利用无参考基因组SSR开发方法筛选微卫星序列并结合测序分型方法对分离的微卫星序列进行基因分型。利用两个样本的全基因组测序数据,通过ebwt2InDel软件从这两个样本的测序数据中寻找包含InDel标记的序列。基于包含InDel标记的序列,利用... 利用无参考基因组SSR开发方法筛选微卫星序列并结合测序分型方法对分离的微卫星序列进行基因分型。利用两个样本的全基因组测序数据,通过ebwt2InDel软件从这两个样本的测序数据中寻找包含InDel标记的序列。基于包含InDel标记的序列,利用MISA软件搜索包含SSR的序列并删除非SSR型InDel标记的序列,最终得到包含完美型SSR的序列111条。利用测序分型软件SSRgenotyper对30尾日本沼虾(Macrobrachium nipponense)测序样本进行多态性分析,111条含SSR的序列中,共有19个SSR可以成功分型,分型成功率为17.12%。分型成功的19个SSR位点均为3碱基重复4~6次,其中以ATC/ATG为单位的重复序列占比最多,为6个(31.58%)。19个SSR中,低度信息含量的标记2个,中度信息含量的标记17个。本研究制备的19个微卫星标记可用于评估日本沼虾种群的遗传参数,为日本沼虾种质资源的开发提供有用的遗传标记。 展开更多
关键词 日本沼虾 微卫星 测序分型 多态性
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单管扩增测序分型技术用于人类白细胞抗原-DRB1基因分型的研究
11
作者 陈耿臻 郭钊轩 +2 位作者 许铭炎 翁惠兰 吴丽娥 《汕头大学医学院学报》 2005年第3期172-174,共3页
目的:用单管PCR扩增方法建立高效的人类白细胞抗原(HLA)-DRB1基因测序分型技术并探讨其应用价值。方法:合成7个5′端特异性扩增引物和一个3′端共用引物,将上述引物混合在一起组成单个PCR反应用于120个临床样本的HLA-DRB1的DNA测序分型... 目的:用单管PCR扩增方法建立高效的人类白细胞抗原(HLA)-DRB1基因测序分型技术并探讨其应用价值。方法:合成7个5′端特异性扩增引物和一个3′端共用引物,将上述引物混合在一起组成单个PCR反应用于120个临床样本的HLA-DRB1的DNA测序分型。结果:本组样本都能成功分型,且结果准确,重复性好。结论:本法改进了测序分型技术,具有高分辨率、高特异性和高效率的特点,值得推广应用。 展开更多
关键词 人类白细胞抗原-DRBl 测序分型 单管扩增
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KIR 3DL3基因测序分型中模棱两可结果的鉴定方法 被引量:1
12
作者 陈瑞 邓志辉 《中国输血杂志》 北大核心 2017年第10期1110-1113,共4页
目的探讨KIR3DL3基因测序分型中出现的模棱两可结果的鉴定方法。方法对南方汉族614例白血病患者的KIR3DL3基因的全部编码区进行测序分型,统计KIR3DL3模棱两可等位基因结果的种类及比例,针对每种模棱两可结果中等位基因编码区序列碱基的... 目的探讨KIR3DL3基因测序分型中出现的模棱两可结果的鉴定方法。方法对南方汉族614例白血病患者的KIR3DL3基因的全部编码区进行测序分型,统计KIR3DL3模棱两可等位基因结果的种类及比例,针对每种模棱两可结果中等位基因编码区序列碱基的差异,设计组特异性PCR引物,进行组特异性KIR3DL3基因PCR扩增和再测序,鉴定KIR3DL3的基因型。结果共检出了7种新的KIR3DL3模棱两可的结果,其中3DL3*(00301,01002/00902,028)检出了7例,占1.14%(7/614);3DL3*(00102,01501/00601,00901/02102,023)、3DL3*(00402,01002/00802,028)、3DL3*(00402,01001/00801,028)分别检出了6例,均占0.98%(6/614);3DL3*(00301,01001/00901,028)、3DL3*(00301,00801/00402,00901)、3DL3*(00301,00802/00402,00902)分别检出了3例,均占0.49%(3/614)。这7种模棱两可组合分别采用组特异性PCR引物均能准确的鉴定出KIR3DL3基因型,其中3DL3*(00102,01501/00601,00901/02102,023)、3DL3*(00402,01001/00801,028)和3DL3*(00301,00802/00402,00902)的模棱两可组合样本均鉴定出1种基因型,其余的模棱两可组合均检出了2种不同的基因型。结论本文为鉴定KIR3DL3模棱两可的结果建立了可靠的鉴定方法,具有良好的实用价值。 展开更多
关键词 KIR3DL3 测序分型 模棱两可 组特异性引物
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湘西黄牛粪源大肠埃希菌耐药性分析及多位点测序分型
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作者 汤起武 谭胜国 +3 位作者 葛玲瑞 李运虎 田清武 余兴龙 《湖南农业大学学报(自然科学版)》 CAS CSCD 北大核心 2022年第1期87-94,119,共9页
为了解湘西黄牛粪源大肠埃希菌的耐药情况,从湘西黄牛主产区花垣县和凤凰县6个不同规模的湘西黄牛养殖场采集黄牛肛门拭子样品,用麦康凯培养基和大肠埃希菌特异性引物分离、鉴定大肠埃希菌;采用K–B法对分离的大肠埃希菌进行5类共18种... 为了解湘西黄牛粪源大肠埃希菌的耐药情况,从湘西黄牛主产区花垣县和凤凰县6个不同规模的湘西黄牛养殖场采集黄牛肛门拭子样品,用麦康凯培养基和大肠埃希菌特异性引物分离、鉴定大肠埃希菌;采用K–B法对分离的大肠埃希菌进行5类共18种常用抗菌药物的敏感性试验;利用超高通量荧光定量PCR对16株多重耐药大肠埃希菌的7类共22种耐药基因进行检测;用大肠埃希菌8个管家基因对此16株分离株进行多位点序列分型(MLST),并运用goeBURST程序和MEGA 7.0对其进行ST聚类分析和进化树分析。结果表明:从采集的206份黄牛肛门拭子样品中共分离、鉴定出大肠埃希菌170株;分离自各牛场的大肠埃希菌对四环素、多西环素、氨苄西林、复方新诺明和甲氧苄氨嘧啶的耐药性较高,耐药性最高的牛场对这5种抗菌药物的耐药率分别为29.63%、16.67%、22.22%、16.67%、33.33%,共有16株多重耐药菌,有8种耐药谱型;有acrA–01(100.00%)、fox5(81.25%)、sul1(68.75%)、sul2(75.00%)、folA(100.00%)、tetR–02(81.25%)、intI–1(clinic)(68.75%)和tnpA–01(50.00%)等6类8种耐药基因被检出;共获得11种ST型,其中,有9种新的ST型;16株分离株可分成2个克隆群和7个单独型;所有分离株聚集归为2个大群,分别为2个分支和7个分支。可见,湘西黄牛粪源大肠埃希菌的耐药性整体偏低,多重耐药菌主要出现于大型规模养殖场,且具有一定的复杂性,应加强对大型规模黄牛养殖场粪源大肠埃希菌耐药性的监控。 展开更多
关键词 湘西黄牛 粪源 大肠埃希菌 耐药性 耐药基因 多位点测序分型
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北京地区人群HLA-A、B、DRB1的聚合酶链反应-直接测序分型研究 被引量:21
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作者 邓亚军 杨光 +5 位作者 吴东颖 胡松年 李生斌 朱军 朱波峰 刘耀 《中华医学遗传学杂志》 CAS CSCD 北大核心 2006年第1期103-106,共4页
目的调查北京人群人类白细胞抗原(humanleukocyte antigen,HLA)-A、B、DRB1的基因多态性,获得完整准确的遗传学数据。方法应用聚合酶链反应-直接测序分型(polymerase chain reaction se-quence-basedtyping,PCR-SBT)法对北京地区人群中... 目的调查北京人群人类白细胞抗原(humanleukocyte antigen,HLA)-A、B、DRB1的基因多态性,获得完整准确的遗传学数据。方法应用聚合酶链反应-直接测序分型(polymerase chain reaction se-quence-basedtyping,PCR-SBT)法对北京地区人群中618名健康无关个体进行HLA-A、B、DRB1基因座高分辨分型。结果检出HLA-A、B、DRB1的基因型数和等位基因数分别为199和84、366和143、286和122,这3个基因座分布均符合Hardy-Weinberg平衡定律(P>0.05)。结论从基因水平分析了北京地区HLA-A、B、DRB1基因座的群体分布特征,提供了一套比较完整准确的HLA-A、B、DRB1等位基因频率、基因型频率,为器官移植的供体选择、法医学个体认定、HLA与疾病相关性及人类学等研究提供了重要的参考数据。 展开更多
关键词 人类白细胞抗原-A B DRB1 基因频率 聚合酶链反应-直接测序分型 北京
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五例样本HLA-C基因测序分型中等位基因丢失及其原因分析 被引量:8
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作者 曾健强 徐筠娉 +3 位作者 王大明 邹红岩 邓志辉 杨宝成 《中华医学遗传学杂志》 CAS CSCD 北大核心 2009年第5期562-566,共5页
目的探讨HLA-C基因测序分型时等位基因漏检和丢失的原因,以提高HLA测序分型的成功率和准确性。方法620份随机选择的深圳健康捐血者血样,采用AlleleSEQRHLA—Cplus测序分型试剂盒进行检测,对无完全匹配、分型结果“异常”的标本,采... 目的探讨HLA-C基因测序分型时等位基因漏检和丢失的原因,以提高HLA测序分型的成功率和准确性。方法620份随机选择的深圳健康捐血者血样,采用AlleleSEQRHLA—Cplus测序分型试剂盒进行检测,对无完全匹配、分型结果“异常”的标本,采用分子克隆和测序方法进行全长单倍体序列分析;对未检出新的碱基点突变的样本,进一步采用自行设计的PCR引物和AlleleSEQR试剂盒中的测序引物进行再测序,分析测序分型结果“异常”的原因。结果620份经AlleleSEQRHLA—C测序分型的样本中,发现5例样本无完全匹配的基因型,与之最接近的多种等位基因型均存在单个碱基的不匹配;并且在第4外显子出现碱基杂合,但第2和第3外显子区域内无杂合碱基。经分子克隆和单倍体测序,以及采用自行设计的PCR引物和AlleleSEQR试剂盒中的测序引物再测序,证实了5例标本均存在Cw*0706等位基因漏检和丢失现象,未发现新的碱基点突变。结论HLA-C基因测序分型时,因PcR引物与模板DNA不匹配会导致等位基因的漏检和丢失。根据中国人群HLAC分子全长序列特点,开发适合于中国人群的测序分型试剂十分必要。 展开更多
关键词 人类白细胞抗原 HLA-C基因 测序分型 克隆 分析 等位基因丢失
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HLA测序分型中模棱两可结果的分析及其解决策略 被引量:7
16
作者 王大明 何柳媚 +2 位作者 邹红岩 高素青 邓志辉 《中华医学遗传学杂志》 CAS CSCD 北大核心 2015年第1期44-48,共5页
目的探讨无关供-受者器官移植人类白细胞抗原(human leukocyte antigen,HLA)高分辨分型确认实验中,HLA测序分型模棱两可结果的种类、比例及高效解决方法。方法采用美国Atria公司的HLA测序分型试剂盒,对650人份无关供一受者样本的HL... 目的探讨无关供-受者器官移植人类白细胞抗原(human leukocyte antigen,HLA)高分辨分型确认实验中,HLA测序分型模棱两可结果的种类、比例及高效解决方法。方法采用美国Atria公司的HLA测序分型试剂盒,对650人份无关供一受者样本的HLA-A、B、C基因第2、3和4外显子,HLA-DRB1第2外显子及HLA—DQB1第2、3外显子进行常规检测,统计常见模棱两可等位基因种类及比例,再应用PCR-序列特异性引物(squeneespecificprimer,PCRSSP)高分辨试剂盒或增加常规检测区外的外显子进行再测序分型(sequencing—basedtyping,SBT),以获得精确的HLA高分辨分型结果。结果650人份供-受者的HLA-A、B、C、DRB1及DQ引基因的直接测序分型出现模棱两可比例分别为76.31%(496/650),91.08%(592/650),97.69%(635/650),88.62%(576/650)和43.38%(141/650)。共发现常规检测区内模棱两可等位基因型组合36种,常规检测区外模棱两可等位基因组合22种。依据中国常见及确认的(common and well-documented,CWD)HLA等位基因表(1.01版),排除罕见等位基因后,共有9种模棱两可CWD组合,除了HLA—B、C位点包括等3种外,其余的3个位点各出现1种;检测区外模棱两可等位基因组合减少为10种,其中HLAA、B位点各1种,HLA-C、-DRB1位点各4种。所有模棱两可结果采用高分辨PCR—SSP或PCR—SBT方法进行必要的复核确认。结论分析了HLA5个位点测序分型中模棱两可结果的常见种类,采用相应的解决策略,可以达到高效、低耗、精确分型的目的。 展开更多
关键词 人类白细胞抗原 测序分型 模棱两可
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人类白细胞抗原HLA—DPA1和HLA—DPB1基因高通量测序分型的研究 被引量:11
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作者 喻琼 王大明 邓志辉 《中华医学遗传学杂志》 CAS CSCD 北大核心 2012年第3期323-327,共5页
目的建立可靠的人类白细胞抗原(humanleukocyteantigen,HLA)基因HLA—DPA1和HLA—DPB1同步测序分型方法,研究南方汉族人群HLA-DPA1和HLA—DPB1基因的多态性。方法根据HLA-DPA1和HLA-DPB1等位基因的全长序列,分别采用位点特异性引... 目的建立可靠的人类白细胞抗原(humanleukocyteantigen,HLA)基因HLA—DPA1和HLA—DPB1同步测序分型方法,研究南方汉族人群HLA-DPA1和HLA—DPB1基因的多态性。方法根据HLA-DPA1和HLA-DPB1等位基因的全长序列,分别采用位点特异性引物扩增HLA-DPA1和HLA-DPB1目的基因片段,涵盖完整的第2外显子。PCR产物经磁珠纯化,用自行设计的测序引物及优化的测序反应体系对HLA—DPA1和HLA—DPB1第2外显子进行双向测序。纯化的测序反应产物经ABI3730测序仪测序,用Assign3.5SBT软件分析结果。结果PCR扩增获得了清晰的HLA—DPA1和HLA-DPB1基因目的片段,对HLA~DPA1和HLA—DPB1基因的第2外显子进行的双向测序结果中,序列无背景信号和杂峰。在176名南方汉族健康无关个体中,共检出了4种HLA—DPA1等位基因,其频率分布依次为:DPA1*02:02(0.589)〉DPA1*01:03(0.284)〉DPA1*02:01(0.096)〉DPA1*04:01(0.031)。HLA-DPB1检出了14种等位基因,其中频率大于5%的4种等位基因为:DPB1*05:01、DPB1*02:01、DPB1*04:01和DPB1*02:02,频率介于1%~5%的7种,其余3种等位基因的频率均为1%以下。HLA-DPB1测序分型的结果与用Atria AlleleSEQR商品化测序分型试剂盒检测的结果一致。结论建立了HLA-DPA1及HLA—DPB1测序分型的方法,在群体遗传学及疾病关联研究等领域具有广泛的实用价值。 展开更多
关键词 人类白细胞抗原 HLA—DPA1基因 HLA—DPB1基因 测序分型
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测序分型中2例样本HLA-DQB1等位基因第2外显子PCR扩增丢失及其原因分析 被引量:3
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作者 高素青 王大明 +1 位作者 徐筠娉 邓志辉 《中华医学遗传学杂志》 CAS CSCD 北大核心 2014年第4期496-498,共3页
目的探讨HLA-DQB1基因测序分型时等位基因漏检和丢失的原因,以进一步提高HLA测序分型的准确性。方法对2000份HLA高分辨组织配型血样,采用AlleleSEQRHLA-DQ脚测序分型试剂盒进行常规检测。对序列峰图“异常”及无完全匹配结果的样本,... 目的探讨HLA-DQB1基因测序分型时等位基因漏检和丢失的原因,以进一步提高HLA测序分型的准确性。方法对2000份HLA高分辨组织配型血样,采用AlleleSEQRHLA-DQ脚测序分型试剂盒进行常规检测。对序列峰图“异常”及无完全匹配结果的样本,进一步采用PCR-rSSO流式磁珠法复检,同时采用自行设计的特异性引物进行PCR产物分子克隆和测序,进行单倍型序列分析。结果在2000份经AlleleSEQRHLA-DQ剧测序分型的样本中,共发现2例样本序列峰图“异常”。经PCR-rSSO流式磁珠法和自行设计的引物测序复检,确认其为杂合型样本。PCR产物分子克隆和单倍型序列分析证实,第1份样本为第2外显子PCR扩增丢失HLA-DQB1 *02:02等位基因序列。第2份样本为第2外显子PCR扩增丢失HLA-DQB1 *02:01:01等位基因序列,未发现新的碱基突变。结论HLA-DQB1基因测序分型时,因DQB1基因存在优势扩增现象,可导致HLA-DQB1第2外显子等位基因的漏检和丢失。上述发现将为HLA精确分型提供借鉴。 展开更多
关键词 人类白细胞抗原 HLA-DQB1基因 测序分型 克隆和分析 等位基因丢失
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人类白细胞抗原HLA-Cω基因第2,3,4外显子测序分型方法的初步研究 被引量:3
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作者 徐筠娉 王大明 邓志辉 《中华医学遗传学杂志》 CAS CSCD 北大核心 2010年第3期343-345,共3页
目的 初步建立可靠的HLA-Cω基因第2、第3和第4外显子测序分型技术.方法 基于中国汉族人群HLA-Cω基因的全长序列,设计和合成1对PCR引物,采用Stratagene P fu Taq DNA聚合酶特异性扩增HLA-Cω基因5'-启动子区至第4内含子目的基因片段,... 目的 初步建立可靠的HLA-Cω基因第2、第3和第4外显子测序分型技术.方法 基于中国汉族人群HLA-Cω基因的全长序列,设计和合成1对PCR引物,采用Stratagene P fu Taq DNA聚合酶特异性扩增HLA-Cω基因5'-启动子区至第4内含子目的基因片段,涵盖完整的第1~4外显子.PCR产物经纯化,采用自行设计的6条测序引物和ABI PRISM BigDye 1.1 Terminator,以及优化的测序反应体系和PCR条件,对HLA-Cω,基因第2、第3和第4外显子进行双向测序.测序反应产物纯化后,采用ABI3730测序仪电泳和Assign 3.5 SBT软件分析结果.结果 PCR扩增获得了清晰的HLA-Cu,基因日的片段,所用的6条测序引物进行HLA-Cω基因第2、第3和第4外显子测序,序列中无背景信号和杂峰.156份汉族随机骨髓志愿捐献者样本用本文的方法检测.分型结果与Atria AlleleSEQR HLA-Cw Plus测序分型试剂盒的结果相一致.结论 初步建立了可靠的HLA-Cω基因测序分型方法,在HLA-Cω基因群体遗传学及组织配型等领域,具有广泛应用前景. 展开更多
关键词 人类白细胞抗原 HLA-Cω基因 测序分型
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广西性病门诊患者泌尿生殖道沙眼衣原体株高分辨多位点测序分型研究 被引量:2
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作者 韩燕 尹跃平 +2 位作者 朱邦勇 刘宏业 钟铭英 《中华皮肤科杂志》 CAS CSCD 北大核心 2016年第10期692-696,共5页
目的:了解广西性病门诊患者中泌尿生殖道沙眼衣原体型别分布,同时对随访患者沙眼衣原体的感染情况进行分析。方法在广西壮族自治区皮肤病防治所收集泌尿生殖道沙眼衣原体感染患者,采集男性尿道和女性宫颈拭子标本,并对初筛阳性患者... 目的:了解广西性病门诊患者中泌尿生殖道沙眼衣原体型别分布,同时对随访患者沙眼衣原体的感染情况进行分析。方法在广西壮族自治区皮肤病防治所收集泌尿生殖道沙眼衣原体感染患者,采集男性尿道和女性宫颈拭子标本,并对初筛阳性患者在治疗完成后进行随访和标本采集,同时采集患者基本信息和临床信息。应用QIAxtractor全自动核酸纯化仪提取DNA,巢式PCR扩增沙眼衣原体主要外膜蛋白基因(ompA)和MLST(高分辨多位点测序分型)所需的CT046(hctB)、CT058、CT144、CT172和CT682(pbpB)5个基因。对PCR产物进行序列测定,经序列比对和MLST型别分析获得菌株的ompA基因分型和型别,并用BioNumerics7软件对广西和意大利沙眼衣原体株绘制最小生成树。结果在44份来自初诊患者和6份来自随访患者的沙眼衣原体阳性样本中,42份成功进行沙眼衣原体ompA和MLST分型。共发现7种ompA基因型和15种hr-MLST分型的ST型别,其中有3种ST型别为首次报道。广西地区沙眼衣原体基因型别较意大利地区具有特征性。6例随访患者经分型方法鉴定3例为再次的新发感染,3例因未能成功进行基因分型而未能确诊。结论广西性病门诊患者感染的沙眼衣原体具有独特的型别,在随访中出现泌尿生殖道沙眼衣原体再感染病例。 展开更多
关键词 沙眼衣原体 多位点测序分型 随访研究 聚类分析
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