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冰冷杆菌PG-2的基因组测序及生物信息学分析
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作者 张志霞 李天培 +4 位作者 曾虹 朱稀贤 杨天雄 马斯楠 黄磊 《生物技术通报》 CAS CSCD 北大核心 2023年第3期290-300,共11页
冰冷杆菌PG-2(Gelidibacter sp.PG-2)是一株能产类胡萝卜素的菌株,为深入研究其产类胡萝卜素的机制,对该菌株进行了全基因组测序。从PG-2中提取类胡萝卜素后通过LC-MS/MS进行定性分析,通过液体紫外全波长扫描计算其含量,基于全基因组测... 冰冷杆菌PG-2(Gelidibacter sp.PG-2)是一株能产类胡萝卜素的菌株,为深入研究其产类胡萝卜素的机制,对该菌株进行了全基因组测序。从PG-2中提取类胡萝卜素后通过LC-MS/MS进行定性分析,通过液体紫外全波长扫描计算其含量,基于全基因组测序结果对该菌株产类胡萝卜素的代谢通路进行了预测分析。结果表明,PG-2所产类胡萝卜素为玉米黄质,含量为185.81μg/g菌体干重,PG-2全基因组大小为3 850 413 bp,GC含量为37.91%,rRNA共计5个,tRNA共计37个,sRNA共计19个,在COG、GO、KEGG数据库分别注释到基因3 401、1 797、1 495个。菌株PG-2含有3个与产类胡萝卜素相关的核心基因crtI、crtZ、lcyB,并对其代谢通路进行了预测。基因组框架测序数据提交至NCBI获得GenBank登录号为JAMJTV000000000。上述结果表明,菌株PG-2具有产类胡萝卜素的能力,推测它产类胡萝卜素与基因crtI、crtZ和lcyB有关。 展开更多
关键词 冰冷杆菌 全基因组测序 液体紫外全波长扫描 类胡萝卜素
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