采用BRB-ArrayTools分析GEO数据库中肺和心脏细胞在缺氧环境下不同时间段的差异表达基因,获得肺细胞差异表达基因39个,心脏细胞差异表达基因66个,其中,有部分差异表达基因相同,但更多是不同的响应基因;差异表达基因随缺氧时间延长达到...采用BRB-ArrayTools分析GEO数据库中肺和心脏细胞在缺氧环境下不同时间段的差异表达基因,获得肺细胞差异表达基因39个,心脏细胞差异表达基因66个,其中,有部分差异表达基因相同,但更多是不同的响应基因;差异表达基因随缺氧时间延长达到相对稳定.通过GeneCodis聚类这些差异表达基因参与的分子功能和生物学过程,其功能涉及血管生成、NAD+活性、跨膜转运作用、还原酶作用、氧化还原过程及氧化应激等.用本文挖掘找出缺氧调控的microRNA(miRNA),用miTALOS分析缺氧调控miR-NA参与的生物信号通路,这些信号通路主要有血管内皮生长因子(vascular endothelial growth-factor,VEGF)受体功能、Wnt和MAPK(mitogen-activated protein kinase)信号通路.结果表明,挖掘和整合生物基因芯片有效信息资源,可为深入研究缺氧效应的分子机理提供新思路.展开更多
文摘采用BRB-ArrayTools分析GEO数据库中肺和心脏细胞在缺氧环境下不同时间段的差异表达基因,获得肺细胞差异表达基因39个,心脏细胞差异表达基因66个,其中,有部分差异表达基因相同,但更多是不同的响应基因;差异表达基因随缺氧时间延长达到相对稳定.通过GeneCodis聚类这些差异表达基因参与的分子功能和生物学过程,其功能涉及血管生成、NAD+活性、跨膜转运作用、还原酶作用、氧化还原过程及氧化应激等.用本文挖掘找出缺氧调控的microRNA(miRNA),用miTALOS分析缺氧调控miR-NA参与的生物信号通路,这些信号通路主要有血管内皮生长因子(vascular endothelial growth-factor,VEGF)受体功能、Wnt和MAPK(mitogen-activated protein kinase)信号通路.结果表明,挖掘和整合生物基因芯片有效信息资源,可为深入研究缺氧效应的分子机理提供新思路.
