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相似性算法在药物-靶点预测研究中的应用
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作者 章新友 王芝 +4 位作者 张春强 陈豪 李雪梅 张亚明 周小玲 《中国新药杂志》 CAS CSCD 北大核心 2024年第9期885-894,共10页
药物从研发到临床应用是漫长而昂贵的过程,通过相似性算法和机器学习算法准确预测药物-靶点相互作用(drug-target interactions, DTI)辅助药物研发可以提升效率、降低成本。本文对相似性算法在DTI预测研究中的应用进行全面分析,旨在为... 药物从研发到临床应用是漫长而昂贵的过程,通过相似性算法和机器学习算法准确预测药物-靶点相互作用(drug-target interactions, DTI)辅助药物研发可以提升效率、降低成本。本文对相似性算法在DTI预测研究中的应用进行全面分析,旨在为进一步运用相似性算法对DTI预测研究有所借鉴。利用中国知网、PubMed、万方数据和维普网等作为主要文献检索平台,整理近10年基于相似性的DTI预测研究文献并建立研究对象文献数据库,在DTI预测问题中对数据来源、药物和靶点的相似性构建算法、DTI预测算法模型进行归纳总结。整理得到55篇质量较高相关文献,显示药物相似性主要由化学结构、不良反应、解剖-治疗-化学代码(anatomical therapeutic chemical, ATC)和DTI关系的数据来构建;靶点相似性主要由蛋白质序列和基因本体(gene ontology, GO)注释的数据来构建。不同的数据可用不同的相似性算法度量其相似,整合多源相似性数据可以进一步提高模型的质量。DTI预测算法模型主要有基于分类、基于网络和基于矩阵分解的预测模型,不同的预测模型各有其优缺点。利用算法辅助DTI预测研究具有极大发展潜力,它缩小了候选药物及靶点分子的范围,但仍有部分亟待解决的难题,未来可以从优化数据和改进算法模型两方面对该问题进一步研究。 展开更多
关键词 相似性算法 药物-靶点 预测研究 文献分析法
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基于变迁紧邻关系重要性的流程相似性算法 被引量:17
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作者 殷明 闻立杰 +3 位作者 王建民 肖汉 丁子哲 高翔 《计算机集成制造系统》 EI CSCD 北大核心 2015年第2期344-358,共15页
为了提高模型的检索效率,提出一种基于变迁紧邻关系重要性的相似性算法TAR++,其主要思想是在流程中两两任务之间的紧邻关系上增加一个重要性系数,并将流程的相似度用带重要性的变迁紧邻关系集合的相似度表示。经证明,该算法对应的TAR++... 为了提高模型的检索效率,提出一种基于变迁紧邻关系重要性的相似性算法TAR++,其主要思想是在流程中两两任务之间的紧邻关系上增加一个重要性系数,并将流程的相似度用带重要性的变迁紧邻关系集合的相似度表示。经证明,该算法对应的TAR++距离满足距离度量性质。在SAP、东锅、北车三个公司实际业务流程数据上进行的相关实验表明,该算法具有比较好的时间效率以及良好的灵活性和可操作性。 展开更多
关键词 展开网 行为相似性 变迁紧邻关系 相似性算法评估
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面向多源知识融合的扩展主题图相似性算法 被引量:10
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作者 鲁慧民 冯博琴 李旭 《西安交通大学学报》 EI CAS CSCD 北大核心 2010年第2期20-24,共5页
针对基于元数据或传统主题图的知识组织模式没有实现知识的多层次多粒度表示,以及知识融合过程中相似性算法准确性不高而影响融合质量的问题,结合全信息理论与扩展主题图结构特点及语义信息,提出了面向多源知识融合的扩展主题图相似... 针对基于元数据或传统主题图的知识组织模式没有实现知识的多层次多粒度表示,以及知识融合过程中相似性算法准确性不高而影响融合质量的问题,结合全信息理论与扩展主题图结构特点及语义信息,提出了面向多源知识融合的扩展主题图相似性算法(ETMSC)和阈值选取的相关性、层次对应和实验确定三原则.该算法综合了语法、语义和语用的相似性,扩展了主题图元素间组成结构上的相似性,同时充分考虑了涵义及所处语境的相似性.主题图相似性的判别准则与阈值有关,阈值的确定与数据集相关.实验结果表明,ETMSC算法与单纯基于语法或语义的相似性算法相比,准确性提高了9.2%~11.1%. 展开更多
关键词 知识融合 主题图 相似性算法
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基于结构相似性算法的单芯电缆局放定位 被引量:4
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作者 黄润知 夏向阳 +4 位作者 李明德 陈善求 夏君山 王瑞琪 郑泷康 《电力科学与技术学报》 CAS 北大核心 2019年第2期161-168,共8页
有效监测和定位局部放电对XLPE电缆的可靠运行有着十分重要的意义。对此提出一种基于结构相似性算法(SSIM)的局部放电源定位技术。通过分析单芯XLPE电缆的结构,结合局部放电脉冲信号在电缆中传播的基本规律,推导单个局部放电信号到达相... 有效监测和定位局部放电对XLPE电缆的可靠运行有着十分重要的意义。对此提出一种基于结构相似性算法(SSIM)的局部放电源定位技术。通过分析单芯XLPE电缆的结构,结合局部放电脉冲信号在电缆中传播的基本规律,推导单个局部放电信号到达相邻两电缆接头或接头与终端之间的关系。依此应用SSIM算法比对从电缆接头或终端采集的脉冲电流信号的相似度,实现对局部放电源的精确定位。该文建立一套35kV试验研究平台,通过高压试验验证该方法的可行性,定位误差在1m范围内,且对靠近电缆接头或终端的局部放电源有较好的定位效果。 展开更多
关键词 XLPE电力电缆 局部放电 结构相似性算法(SSIM) 在线监测 局部放电定位
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基于序贯相似性算法的快速车牌识别
5
作者 陈燕龙 祝成虎 《电脑与电信》 2008年第6期64-66,共3页
提出了一种基于序贯相似性算法的快速车牌识别方法。采用改进的倾斜较正和字符分割方法对定位好的车牌进行处理,并采用基于序贯相似性检测的模板匹配算法进行车牌识别。实验结果表明,该算法具有良好的鲁棒性和实时性。
关键词 车牌识别 倾斜较正 模板匹配 序贯相似性检测算法
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一种基于最大相似性的TSP问题求解算法 被引量:12
6
作者 邓娟 陈莘萌 《计算机工程》 CAS CSCD 北大核心 2004年第17期1-2,11,共3页
提出了一种新的基于最大相似性的TSP问题求解算法。该算法在最近邻算法(Nearest-Neighbor Algorithm)的基础上作了改进,将最短路径问题转换为最大相似性问题,即将问题由选取城市 ij+1= arg min{djk:k ∈V\ {i1, i2,…,ij}} 转换为选取城... 提出了一种新的基于最大相似性的TSP问题求解算法。该算法在最近邻算法(Nearest-Neighbor Algorithm)的基础上作了改进,将最短路径问题转换为最大相似性问题,即将问题由选取城市 ij+1= arg min{djk:k ∈V\ {i1, i2,…,ij}} 转换为选取城市 ij+1= arg min{wjk:k ∈V\ {i1, i2,…,ij}} ,wjk 为城市i与城市j之间的相似系数。实验结果表明,该算法简明且具有较好的有效性。 展开更多
关键词 TSP问题 最近邻算法 最大相似性算法
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一种基于相似性计算与决策系统的最优解算法
7
作者 朱俚治 《计算机与数字工程》 2017年第11期2157-2162,共6页
当今有多种寻找最优解的算法,k-近邻算法、蚁群算法和退火算法都是较为经典的智能算法。k-近邻算法在寻找最优解算法方面有很大的应用价值,因此对k-近邻算法和粗糙集中的决策系统研究之后,提出一种基于相似性计算算法的最优解算法。论... 当今有多种寻找最优解的算法,k-近邻算法、蚁群算法和退火算法都是较为经典的智能算法。k-近邻算法在寻找最优解算法方面有很大的应用价值,因此对k-近邻算法和粗糙集中的决策系统研究之后,提出一种基于相似性计算算法的最优解算法。论文的思路是首先使用k-近邻算法计算两个实例属性之间的距离,其次使用相似性算法对k-近邻算法求得的解进行计算,然后使用决策系统对解的属性作出决策,是一般性的解,还是较优解或是更优解,将相似性算法和决策系统在寻找最优解之中进行应用是论文的创新点。 展开更多
关键词 K-近邻算法 相似性算法 决策系统
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时序数据相似性挖掘算法研究 被引量:5
8
作者 郑斌祥 杜秀华 席裕庚 《信息与控制》 CSCD 北大核心 2002年第3期264-267,271,共5页
时序数据相似性挖掘是数据挖掘中的重要研究内容 .本文针对时序数据进行相似性挖掘方法的研究 ,通过对时序数据进行离散傅立叶变换 (DFT)将其从时域空间变换到频域空间 ,将时序数据映射为多维空间的点 ,提出一种基于距离的时序数据相似... 时序数据相似性挖掘是数据挖掘中的重要研究内容 .本文针对时序数据进行相似性挖掘方法的研究 ,通过对时序数据进行离散傅立叶变换 (DFT)将其从时域空间变换到频域空间 ,将时序数据映射为多维空间的点 ,提出一种基于距离的时序数据相似性挖掘算法 ,并对某钢铁企业电力负荷时序数据进行仿真实验 ,实验结果表明了算法的有效性 . 展开更多
关键词 时序数据相似性挖掘算法 数据挖掘 知识发展 数据库
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基于序贯相似性检测算法的彩色印品套准精度检测方法 被引量:6
9
作者 李治江 董川 杨萍 《中国印刷与包装研究》 CAS 2014年第2期30-35,共6页
在印刷工业生产中,套准是影响彩色印品质量的决定性因素。本研究针对印刷生产过程中人工检测套准效率低、精度不高等问题,建立了一种基于序贯相似性检测算法(SSDA)的印刷套准精度快速检测方法。针对常用的叠印型套准标记,首先将采集到... 在印刷工业生产中,套准是影响彩色印品质量的决定性因素。本研究针对印刷生产过程中人工检测套准效率低、精度不高等问题,建立了一种基于序贯相似性检测算法(SSDA)的印刷套准精度快速检测方法。针对常用的叠印型套准标记,首先将采集到的标记图像通过分色得到CMYK四色图像,然后基于SSDA算法对套准标记进行准确定位并实现套准误差的自动检测。实验表明:该方法检测精度和效率较高,能够满足实际工业生产需求。 展开更多
关键词 套准 序贯相似性检测算法 套准精度检测
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基于序贯相似性测算法的图像模板配准算法 被引量:4
10
作者 肖鹏 殷实 +1 位作者 刘平平 陈幼平 《湖北工业大学学报》 2010年第1期99-101,共3页
图像配准是很多图像处理应用中非常重要的一个环节.针对烟标印刷缺陷检测系统的模板配准算法在此得到了较深入的研究.在传统的序贯相似性检测算法(SSDA)基础上,提出一种新的配准算法.实验证明,该算法比传统的SSDA算法在速度上有较大提高... 图像配准是很多图像处理应用中非常重要的一个环节.针对烟标印刷缺陷检测系统的模板配准算法在此得到了较深入的研究.在传统的序贯相似性检测算法(SSDA)基础上,提出一种新的配准算法.实验证明,该算法比传统的SSDA算法在速度上有较大提高,能满足在线烟标检测系统中图像处理算法的实时性要求. 展开更多
关键词 模板配准 缺陷在线检测 序贯相似性检测算法
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一种基于序贯相似性检测算法(SSDA)的加速算法 被引量:10
11
作者 沈慧玲 戴本祁 《光电技术应用》 2006年第4期60-63,70,共5页
序贯相似性检测算法(SSDA)是针对传统模板匹配算法提出的一种高效的图像匹配算法,在该算法中引进了阈值,即模板与其覆盖下的搜索子图的像素差值的上限值.提出的基于SSDA的加速算法,是在此基础上,引入了模板与其覆盖下的搜索子图的像素... 序贯相似性检测算法(SSDA)是针对传统模板匹配算法提出的一种高效的图像匹配算法,在该算法中引进了阈值,即模板与其覆盖下的搜索子图的像素差值的上限值.提出的基于SSDA的加速算法,是在此基础上,引入了模板与其覆盖下的搜索子图的像素差值的最低门限值,如果该最低门限值超过了阈值,则可以跳过该搜索子图.实验证明:该算法比传统的SSDA算法在速度上有所提高. 展开更多
关键词 模板匹配 SSDA 序贯相似性检测算法 加速算法
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基于广义超曲面树的相似性搜索算法 被引量:2
12
作者 张兆功 李建中 《软件学报》 EI CSCD 北大核心 2002年第10期1969-1976,共8页
相似性搜索是数据挖掘的主要领域之一.它在数据库中检索出相似的数据,发现数据间的相似性.它可以应用于图像数据库、空间数据库和时间序列分析.对于欧氏空间(一种特殊的度量空间),相似性搜索算法中基于R-tree的方法,在低维时是高效的,... 相似性搜索是数据挖掘的主要领域之一.它在数据库中检索出相似的数据,发现数据间的相似性.它可以应用于图像数据库、空间数据库和时间序列分析.对于欧氏空间(一种特殊的度量空间),相似性搜索算法中基于R-tree的方法,在低维时是高效的,当维数增加时,R-tree的方法将退化为线性扫描.该现象被称为维数灾难(dimensionality curse),主要原因是存在数据重复.当数据量很大且维数很高时,距离计算和I/O操作将非常费时.提出了度量空间上新的空间分割方法和索引结构rgh-tree,利用数据库的数据对象与很少几个固定参考对象的距离信息进行数据分割和分布,产生一个各节点没有数据重复的平衡树.另外,在rgh-tree的基础上提出了相应的相似性搜索算法,该算法具有较小的I/O代价和距离计算次数,平均复杂性近似为o(n0.58).解决了目前算法存在的一些问题. 展开更多
关键词 广义超曲面树 相似性搜索算法 数据库 数据挖掘 数据查询
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雷达组网中的相似性校正算法研究
13
作者 郭冠斌 张远 梅晓春 《空军雷达学院学报》 2005年第3期59-61,共3页
针对雷达组网中目标跟踪精度问题,提出了一种实时相似性雷达探测误差校正方法.该方法突破了传统的实时精度控制算法(RTQC)中假设条件的限制.实验结果表明,经过相似性误差校正以后,目标跟踪精度大幅度提高,且校正后比校正前降低了虚警率... 针对雷达组网中目标跟踪精度问题,提出了一种实时相似性雷达探测误差校正方法.该方法突破了传统的实时精度控制算法(RTQC)中假设条件的限制.实验结果表明,经过相似性误差校正以后,目标跟踪精度大幅度提高,且校正后比校正前降低了虚警率,减少了虚假航迹数量. 展开更多
关键词 雷达组网 相似性校正算法 航迹/点迹融合
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序贯相似性检测算法在图像匹配中的应用研究
14
作者 朱佳媛 《科技资讯》 2013年第18期205-205,共1页
随着计算理论的发展,图像匹配技术已成为计算机视觉领域中一项极为基本和重要的内容。本文采用序贯相似性检测算法对图像进行匹配,通过对误差的积累进行分析,从而实现图像匹配。实验表明,采用序贯相似性检测算法的图像匹配能够有效提高... 随着计算理论的发展,图像匹配技术已成为计算机视觉领域中一项极为基本和重要的内容。本文采用序贯相似性检测算法对图像进行匹配,通过对误差的积累进行分析,从而实现图像匹配。实验表明,采用序贯相似性检测算法的图像匹配能够有效提高运算时间,匹配效果良好。 展开更多
关键词 序贯相似性检测算法 图像匹配 计算机视觉
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一种旋转不变的目标识别算法
15
作者 陈国玺 姜振东 +1 位作者 杨贝贝 张姗姗 《农业装备与车辆工程》 2025年第1期129-133,共5页
为了解决目标图像旋转角度造成的误匹配问题并提高算法的运行速度,提出了一种旋转不变的目标识别算法。该算法融合了圆投影和小波变换的优点,通过圆环面投影方法对图像进行预处理,保证特征的旋转不变性;采用小波变换对目标图像和模板图... 为了解决目标图像旋转角度造成的误匹配问题并提高算法的运行速度,提出了一种旋转不变的目标识别算法。该算法融合了圆投影和小波变换的优点,通过圆环面投影方法对图像进行预处理,保证特征的旋转不变性;采用小波变换对目标图像和模板图像进行降维,加快算法的运行速度;选择基于方差结构相似性算法作为图像特征量进行目标区域识别,提高目标区域的识别精度。将不同背景环境下的图像与传统目标识别算法以及其他旋转不变算法相比较,结果表明,所提算法在目标识别过程中不仅能够解决目标图像的旋转问题,而且能够提高算法的运行速度,识别准确率超过94%,适用于较复杂背景下目标图像的识别。 展开更多
关键词 目标识别 旋转不变 圆环投影 小波变换 基于最小方差的结构相似性算法
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时间序列的快速相似性搜索改进算法 被引量:3
16
作者 肖晶 黄国兴 +1 位作者 赵若韵 黄豫蕾 《计算机科学》 CSCD 北大核心 2003年第9期97-99,共3页
时间序列(简称时序)数据库是指由随时间变化的序列值或事件组成的数据库,如股票数据、医疗诊断分析、天气数据、化学实验分析等等.数据挖掘在时序数据库上的应用包括相似性搜索、趋势预测等,其中相似性搜索有以下几方面的应用:
关键词 时间序列 快速相似性搜索改进算法 数据挖掘 时序数据库
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高速以太网中实时相似性匹配算法的研究
17
作者 颜轲 陈健 +1 位作者 郑玥 曹炳尧 《计算机应用研究》 CSCD 北大核心 2014年第3期739-743,共5页
在高速以太网中,针对用户行为的特殊性及数据流五元组的特点,提出了一种自适应相似性匹配算法(ASMA-HN)。该算法充分考虑了数据流五元组的随机性分布特点,通过一种改进的XOR-SHIFT算法将数据流分类索引,并提出了同类数据库(SD)及异类数... 在高速以太网中,针对用户行为的特殊性及数据流五元组的特点,提出了一种自适应相似性匹配算法(ASMA-HN)。该算法充分考虑了数据流五元组的随机性分布特点,通过一种改进的XOR-SHIFT算法将数据流分类索引,并提出了同类数据库(SD)及异类数据库(HD)的概念,基于距离测度分别设计了加权相似性比较函数,使得特征值能更精准地匹配到符合要求的数据文件,提高了整体的匹配效率。通过对校园网实际流量的现场测试,证明该算法具有较高的精准性及可适用性,且匹配时间较低,能很好地满足高速网络中相似性匹配业务的需求。 展开更多
关键词 高速以太网 自适应相似性匹配算法 流五元组 距离测度 加权相似性比较函数
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基于区间的云相似度比较算法的研究 被引量:14
18
作者 蔡绍滨 方伟 +2 位作者 赵靖 赵蕴龙 高振国 《小型微型计算机系统》 CSCD 北大核心 2011年第12期2456-2460,共5页
事物的不确定现象包括模糊性和随机性.云模型通过对二者的结合,建立起定性定量的互换模型.相似云及其度量算法的提出使得云模型具有一定的理论价值和实际意义.然而由于云本身的特性,使得算法的计算精度不高、计算消耗较大.因此提出基于... 事物的不确定现象包括模糊性和随机性.云模型通过对二者的结合,建立起定性定量的互换模型.相似云及其度量算法的提出使得云模型具有一定的理论价值和实际意义.然而由于云本身的特性,使得算法的计算精度不高、计算消耗较大.因此提出基于区间的云相似度比较算法,对原云相似性算法进行改进.实验证明,该算法在计算精度以及计算消耗上都有较大的优化. 展开更多
关键词 云模型 相似 相似性算法 区间 比较
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基于网络相似性整合算法的lncRNA与miRNA相互作用预测研究
19
作者 丁尉哲 南洋 +3 位作者 吴卷书 崔迪 张力 刘宏生 《牡丹江医学院学报》 2021年第4期62-65,103,共5页
目的提出一种基于网络相似性算法的lncRNA-miRNA相互作用预测新方法。方法在lncRNASNP2、LNCipedia、miRBase、NONCODE、microRNA、miRTarBase 7.0数据库中筛选lncRNA-miRNA互作关系及lncRNA和miRNA的序列、表达谱、功能数据后,应用Need... 目的提出一种基于网络相似性算法的lncRNA-miRNA相互作用预测新方法。方法在lncRNASNP2、LNCipedia、miRBase、NONCODE、microRNA、miRTarBase 7.0数据库中筛选lncRNA-miRNA互作关系及lncRNA和miRNA的序列、表达谱、功能数据后,应用Needleman-Wunsch算法分析lncRNA和miRNA的序列相似度并整合到不同的相似度矩阵中,最终使用NSILMI模型处理并得到预测的lncRNA-miRNA互作得分。结果当α为0.7时,基于序列相似度的NSILMI获得了最高的预测性能;在5折交叉验证中,其ROC曲线下面积为0.9814,显示出较好的预测准确性;基于功能相似度和表达谱相似度计算的AUC值分别为0.8831和0.8654;同时,通过NSILMI模型预测得到的20个lncRNA-miRNA互作对中的16个已被实验验证。结论本研究提出一种用于预测lncRNA-miRNA相互作用的NSILMI模型;该模型为lncRNA-miRNA关联的预测提供了新手段,也为复杂疾病的研究提供新方法和思路。 展开更多
关键词 lncRNA-miRNA 网络相似性整合算法 相互作用预测 归一化处理
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基于时间序列相似性的体感机械手臂控制系统研究 被引量:2
20
作者 胡诗琴 袁海云 +3 位作者 邹金池 石俞磊 刘雪梅 孟莨钦 《动力系统与控制》 2018年第4期287-297,共11页
为应对复杂多变的环境,本文采用了体感技术和机器人控制技术与Kinect设备相结合的方法,设计了一个基于体感的机械手臂控制系统。为了更接近于人体手臂的结果,采用了六自由度的串联型机械手臂,使用51单片机作为主控板,Kinect Xbox One作... 为应对复杂多变的环境,本文采用了体感技术和机器人控制技术与Kinect设备相结合的方法,设计了一个基于体感的机械手臂控制系统。为了更接近于人体手臂的结果,采用了六自由度的串联型机械手臂,使用51单片机作为主控板,Kinect Xbox One作为传感器,利用Kinect传感器无接触式采集人体动作信息并转化为控制指令,让机械手臂模仿并跟随人体运动。骨骼数据采集模块采集骨骼关节点的坐标,计算出关节角度并存入Mysql数据库中,Mysql数据库作为主要的通信桥梁,通过相似性算法将骨骼数据采集模块和机械臂控制模块结合起来,采集平台向数据库存入关节角度数据,控制平台从数据库中取出关节角度数据。控制模块计算出当前时刻与前一时刻关节角度的差值,然后与数据库中的数据匹配,从而识别运动轨迹,自动完成剩下的动作,也可以理解为机械手臂能做出“预判动作”。DTW算法的优势在于减小延时,使得机械手臂更加迅速地跟随人体手臂运动。实验结果证明该方法能有效地降低时滞性、平滑原始数据以及自动滤除异常数据。 展开更多
关键词 MYSQL数据库 机械手臂 体感控制 相似性算法 DTW算法
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