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基于PubMLST数据库分析蜡样芽胞杆菌群的遗传学
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作者 万经 赵炜 +2 位作者 崔颖 毛展 周帼萍 《中国酿造》 CAS 北大核心 2019年第5期164-168,共5页
以蜡样芽胞杆菌(Bacillus cereus)PubMLST数据库为数据来源,通过Phyloviz、Mega和IQ-tree软件研究蜡样芽胞杆菌群的遗传学。结果表明,筛选后得到1 329株完整的蜡样芽胞杆菌群的菌株信息,其中蜡样芽胞杆菌(B. cereus)及变种864株、苏云... 以蜡样芽胞杆菌(Bacillus cereus)PubMLST数据库为数据来源,通过Phyloviz、Mega和IQ-tree软件研究蜡样芽胞杆菌群的遗传学。结果表明,筛选后得到1 329株完整的蜡样芽胞杆菌群的菌株信息,其中蜡样芽胞杆菌(B. cereus)及变种864株、苏云金芽胞杆菌(Bacillus thuringiensis)及变种345株、炭疽芽胞杆菌(Bacillus anthracis)61株、韦氏芽胞杆菌(Bacillus weihenstephanensis)、蕈状芽胞杆菌(Bacillus mycoides)、假蕈状芽胞杆菌(Bacillus pseudomycoides)分别为33、21和5株。群内占比很高的蜡样芽胞杆菌和苏云金芽胞杆菌具有丰富而复杂的遗传多样性,相互交织地散布于群内几乎所有的进化分支上,两者无法区分;炭疽芽胞杆菌在进化树上位于相对独立而保守的一个分支;韦氏芽胞杆菌与蕈状芽胞杆菌虽然在菌落形态上差异很大,但两者在系统进化树上位于同一个分支,同源性极高。 展开更多
关键词 蜡样芽胞杆菌群 PubMLST数据库 多位点序列分型 群体遗传学分析
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霍寿黑猪和长白猪TLR4基因第3外显子的SNP检测及其遗传差异分析 被引量：3
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作者 朱卫华 杜恒 +6 位作者 杨勇 薛玮玮 孟云 黄龙 张晓东 丁月云 殷宗俊 《安徽农业大学学报》 CAS CSCD 北大核心 2014年第5期808-812,共5页
为了对安徽地方猪霍寿黑猪和引进猪种长白猪TLR4基因进行多态性分析,采用PCR-SSCP结合PCR产物双向测序的方法研究了86头霍寿黑猪及44头长白猪2个群体共130个样本TLR4基因外显子3部分片段的单核苷核多态性,并对检测到的突变位点进行群体... 为了对安徽地方猪霍寿黑猪和引进猪种长白猪TLR4基因进行多态性分析,采用PCR-SSCP结合PCR产物双向测序的方法研究了86头霍寿黑猪及44头长白猪2个群体共130个样本TLR4基因外显子3部分片段的单核苷核多态性,并对检测到的突变位点进行群体遗传学分析。结果检测到1个突变C1027A,C1027A突变为错义突变。群体遗传学分析表明,该多态位点基因型的分布在霍寿黑猪和长白猪2个中外猪种间存在极显著差异(P<0.01)。C1027A位点多态性在地方猪品种和引进品种间的差异,是否与品种抗病性有关,值得进一步研究。 展开更多
关键词 霍寿黑猪 长白猪 TLR4基因 SNP 群体遗传学分析
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安徽地方猪TLR4基因第3外显子的SNP分析 被引量：2
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作者 丁月云 朱卫华 +4 位作者 薛玮纬 孟云 黄龙 张晓东 殷宗俊 《畜牧兽医学报》 CAS CSCD 北大核心 2014年第11期1767-1774,共8页
本试验采用PCR-SSCP方法对皖南黑猪、圩猪、安庆六白猪、霍寿黑猪及长白猪5个群体共354个样本TLR4基因外显子3部分片段的遗传变异进行了检测,旨在系统分析安徽地方品种猪TLR4基因的多态性,为探讨该基因在免疫和防御系统中发挥的作用提... 本试验采用PCR-SSCP方法对皖南黑猪、圩猪、安庆六白猪、霍寿黑猪及长白猪5个群体共354个样本TLR4基因外显子3部分片段的遗传变异进行了检测,旨在系统分析安徽地方品种猪TLR4基因的多态性,为探讨该基因在免疫和防御系统中发挥的作用提供依据。结果检测到2个突变:G417A、C1027A,其中,G417A为非错义突变,仅在皖南黑猪、圩猪和安庆六白猪群体中检测到,且只检测到GG、GA两种基因型,在该3群体均为低度多态,且均处于哈迪-温伯格平衡状态(P>0.05);C1027A为错义突变,且引起了编码氨基酸性质的改变,在皖南黑猪、圩猪、安庆六白猪、霍寿黑猪及长白猪群体中均检测到CC、CA、AA 3种基因型,在该5群体均为中度多态,且均处于哈迪-温伯格平衡状态(P>0.05);χ2独立性检验结果表明,G417A、C1027A各基因型的分布在皖南黑猪、圩猪、安庆六白猪、霍寿黑猪及长白猪5个中外猪种间存在极显著差异(P<0.01)。结果提示,安徽地方猪TLR4基因外显子3区序列相对保守、多态含量较低,群体遗传变异程度较小;C1027A位点多态性在猪种间分布的差异是否与品种抗病性有关,值得进一步研究。 展开更多
关键词 安徽地方猪 TLR4基因 单核苷酸多态性 群体遗传学分析
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德保矮马生长激素受体基因PCR-SSCP分析 被引量：3
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作者 蒋钦杨 黄艳娜 +3 位作者 韦英明 陆广涛 言旭光 蒋和生 《黑龙江畜牧兽医》 CAS 北大核心 2013年第3期3-7,共5页
为了研究德保矮马生长激素受体(GHR)基因的多态性,试验根据GenBank公布的马GHR基因样序列设计了9对特异性引物,PCR扩增出德保矮马GHR基因的9个外显子片段(eoxn 2～10),单链构象多态性(SSCP)分析这些片段多态性,并进行群体遗传学分析。... 为了研究德保矮马生长激素受体(GHR)基因的多态性,试验根据GenBank公布的马GHR基因样序列设计了9对特异性引物,PCR扩增出德保矮马GHR基因的9个外显子片段(eoxn 2～10),单链构象多态性(SSCP)分析这些片段多态性,并进行群体遗传学分析。结果表明:德保矮马GHR基因9个片段中有3个片段表现出聚合酶链式反应-单链构象多态性,即E1、E3和E5,其他6个片段无多态性。E1片段表现为3种基因型AA、GG和AG型,GG型为优势基因型,G为优势等位基因;E3片段表现出4种基因型,即AA、AC、GA和GC,GA为优势基因型,A、G为优势等位基因;E5片段表现出3种基因型,即AA、AG和GG型,GG为优势基因型,G为优势等位基因。GHR基因E1、E3、E5片段均为中度多态;E1和E3片段处于Hardy-Weinberg非平衡状态,E5处于平衡状态。 展开更多
关键词 德保矮马 生长激素受体 聚合酶链式反应-单链构象多态性(PCR-SSCP) 群体遗传学分析
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