目的:基于共同分子特征药效团模型和分子对接技术,探讨麻黄与细辛药对中潜在抑制Toll样受体4(Toll-like receptor 4,TLR4)抗炎活性化合物的物质基础。方法:通过中药系统药理学分析平台(Traditional Chinese Medicine System Pharmacolog...目的:基于共同分子特征药效团模型和分子对接技术,探讨麻黄与细辛药对中潜在抑制Toll样受体4(Toll-like receptor 4,TLR4)抗炎活性化合物的物质基础。方法:通过中药系统药理学分析平台(Traditional Chinese Medicine System Pharmacology Analysis Platform, TCMSP)获取麻黄与细辛的活性成分,使用Discovery Studio软件构建基于TLR4的共同分子特征HipHop药效团模型,应用筛选出的最佳药效团模型对麻黄与细辛药对的化学成分库进行虚拟筛选,对筛选所得成分进行分子对接,计算其与TLR4蛋白的结合自由能并评估其相互作用。结果:共获得463个麻黄与细辛的化学成分,通过最优药效团模型筛选后得到29种麻黄-细辛中潜在的TLR4抑制化合物,且分子对接结果显示,筛选得到的化合物与TLR4均具有较好的结合活性。结论:基于药效团模型与分子对接技术可有效挖掘麻黄与细辛药对中TLR4抑制成分,为揭示其药效物质基础提供理论依据。展开更多
目的:研究抗肿瘤靶点人MutT同源体1蛋白(Human MutT Homolog-1,MTH1)抑制剂的构效关系,构建药效团筛选模型筛选潜在的MTH1抑制剂。方法:采用计算机辅助药物设计方法,通过Discovery Studio 3.0软件包中分子共同特征药效团HipHop算法,使...目的:研究抗肿瘤靶点人MutT同源体1蛋白(Human MutT Homolog-1,MTH1)抑制剂的构效关系,构建药效团筛选模型筛选潜在的MTH1抑制剂。方法:采用计算机辅助药物设计方法,通过Discovery Studio 3.0软件包中分子共同特征药效团HipHop算法,使用14个已知MTH1抑制剂分子作为训练集构建药效团模型,并通过Decoy Set验证准确性。结果:获得富集率为13.1的HipHop药效团模型,通过分子对接验证虚拟筛选出的75个候选化合物,得到先导化合物GK01945和HTS07767,能与受体形成良好的相互作用。结论:构建的药效团模型可以作为筛选模型,筛选出的MTH1潜在抑制剂,为抗肿瘤药物MTH1抑制剂开发提供了新思路。展开更多
传统认为氮循环中的无机氮素盐等需先转化为氨(NH3)后才能被同化进入生物体的有机含氮分子中。联氨(N2H4)不仅是一种广泛使用的火箭和人造卫星的燃料,同时也是制药和化工行业中常用的有机合成前体。20世纪90年代,联氨作为氮循环中细菌...传统认为氮循环中的无机氮素盐等需先转化为氨(NH3)后才能被同化进入生物体的有机含氮分子中。联氨(N2H4)不仅是一种广泛使用的火箭和人造卫星的燃料,同时也是制药和化工行业中常用的有机合成前体。20世纪90年代,联氨作为氮循环中细菌氨厌氧氧化过程(anammox)的中间体在自然界首次被发现。然而,联氨在生物有机代谢过程中的角色和功能依然未知。2024年5月2日,浙江大学基础医学院杜艺岭研究员团队在《美国化学会志》(Journal of the American Chemical Society)上发表了题为“Discovery of a bacterial hydrazine transferase that constructs the N-aminolactam pharmacophore in albofungin biosynthesis”(DOI:10.1021/jacs.4c02311)的研究论文。研究人员发现微生物能够利用氨基酸作为代谢前体合成联氨,并将其用于抗生素关键活性基团的生物合成。研究人员解析了广谱抗生素白真菌素(albofungin)关键药效团的合成代谢机理,首次发现了地球氮循环的中间体联氨能够作为代谢前体参与生物有机代谢过程,并鉴定了自然界首个能够同化联氨的蛋白组件(联氨转移酶)和一条潜在的新型联氨生物合成途径。研究揭示了抗生素的N-氨基内酰胺药效团的生物合成机理,同时拓展了当前对于氮循环与生物有机代谢相互关系的认知。展开更多
目的:构建内皮素受体A(Endothelins A Receptor,ETA)的拮抗剂药效团模型,用以搜索中草药数据库,寻找中药ETA受体拮抗剂。方法:以对鼠主动脉平滑肌细胞的内皮素受体A有抑制作用的36个化合物为研究对象,分别利用HipHop定性药效团模型和Hyp...目的:构建内皮素受体A(Endothelins A Receptor,ETA)的拮抗剂药效团模型,用以搜索中草药数据库,寻找中药ETA受体拮抗剂。方法:以对鼠主动脉平滑肌细胞的内皮素受体A有抑制作用的36个化合物为研究对象,分别利用HipHop定性药效团模型和HypoGen定量药效团模型构建方法,建立ETA受体拮抗剂药效团模型,利用数据库搜索方法对药效团模型进行优劣评判。并用所获得的最优定性和定量药效团模型对中药化学成分数据库进行筛选。结果:获得最优定性药效团模型具有以下6个特征:1个芳环基团、1个负离子基团、3个疏水基团及1个氢键受体,其综合评判指数CAI值为103.94。最优定量药效团模型具有以下6个特征:1个芳环基团、1个负离子基团、2个疏水基团、1个氢键受体以及1个排除体积,其综合评判指数CAI值为45.96,表明所构建动物模型具有一定的可靠性,且利用定量药效团模型筛选中药化学成分数据库命中16个化学成分。结论:本文所构建的定性和定量药效团模型筛选效率较高,可分别开展活性化合物筛选和活性预测研究,有助于指导发现中药ETA受体拮抗剂。展开更多
The biophore model of sulfonylurea herbicides (the training set contains 31 compounds) was obtained by using the advanced APEX-3D method. On the basis of the identilied biophore model, the activities of some known ALS...The biophore model of sulfonylurea herbicides (the training set contains 31 compounds) was obtained by using the advanced APEX-3D method. On the basis of the identilied biophore model, the activities of some known ALS inhibitors were predicted.Most of the predictions were in good agreement with experiments. The quality of the biophore model has been proved to be reliable. This research suggests a new approach for designing the new series of ALS inhibitors.展开更多
应用遗传算法相似性程序(GASP),以作用于I型人类免疫缺陷病毒(humanimmun-odeficiency virustype1,HIV-1)整合酶(IN)的二酮酸类(diketoacids,DKAs)抑制剂构建药效团模型.所选训练集分子均具有可靠的类药性特征及DKAs药效团特征.尝试将...应用遗传算法相似性程序(GASP),以作用于I型人类免疫缺陷病毒(humanimmun-odeficiency virustype1,HIV-1)整合酶(IN)的二酮酸类(diketoacids,DKAs)抑制剂构建药效团模型.所选训练集分子均具有可靠的类药性特征及DKAs药效团特征.尝试将抑制剂与药效团叠合后的构象和抑制剂与IN的对接构象进行叠合,得到药效团模型与分子对接构象中IN残基的相对位置,并基于抑制剂的药效团模型特征与周围IN氨基酸残基位置的匹配情况进行药效团特征的修改.所得最优药效团由1个疏水特征、3对氢键特征和1个氢键供体特征组成.该药效团的命中物质量(goodness of hit,GH)为0.56,产出率(Y)达63.6%,假阳性率(FP)为0.41%.该药效团具有较好的置信度,产出率较高而假阳性率较低,可用于数据库搜索发现新的具有DKAs药效团特征的活性化合物,也可为先导化合物的改造提供帮助.展开更多
文摘目的:基于共同分子特征药效团模型和分子对接技术,探讨麻黄与细辛药对中潜在抑制Toll样受体4(Toll-like receptor 4,TLR4)抗炎活性化合物的物质基础。方法:通过中药系统药理学分析平台(Traditional Chinese Medicine System Pharmacology Analysis Platform, TCMSP)获取麻黄与细辛的活性成分,使用Discovery Studio软件构建基于TLR4的共同分子特征HipHop药效团模型,应用筛选出的最佳药效团模型对麻黄与细辛药对的化学成分库进行虚拟筛选,对筛选所得成分进行分子对接,计算其与TLR4蛋白的结合自由能并评估其相互作用。结果:共获得463个麻黄与细辛的化学成分,通过最优药效团模型筛选后得到29种麻黄-细辛中潜在的TLR4抑制化合物,且分子对接结果显示,筛选得到的化合物与TLR4均具有较好的结合活性。结论:基于药效团模型与分子对接技术可有效挖掘麻黄与细辛药对中TLR4抑制成分,为揭示其药效物质基础提供理论依据。
文摘传统认为氮循环中的无机氮素盐等需先转化为氨(NH3)后才能被同化进入生物体的有机含氮分子中。联氨(N2H4)不仅是一种广泛使用的火箭和人造卫星的燃料,同时也是制药和化工行业中常用的有机合成前体。20世纪90年代,联氨作为氮循环中细菌氨厌氧氧化过程(anammox)的中间体在自然界首次被发现。然而,联氨在生物有机代谢过程中的角色和功能依然未知。2024年5月2日,浙江大学基础医学院杜艺岭研究员团队在《美国化学会志》(Journal of the American Chemical Society)上发表了题为“Discovery of a bacterial hydrazine transferase that constructs the N-aminolactam pharmacophore in albofungin biosynthesis”(DOI:10.1021/jacs.4c02311)的研究论文。研究人员发现微生物能够利用氨基酸作为代谢前体合成联氨,并将其用于抗生素关键活性基团的生物合成。研究人员解析了广谱抗生素白真菌素(albofungin)关键药效团的合成代谢机理,首次发现了地球氮循环的中间体联氨能够作为代谢前体参与生物有机代谢过程,并鉴定了自然界首个能够同化联氨的蛋白组件(联氨转移酶)和一条潜在的新型联氨生物合成途径。研究揭示了抗生素的N-氨基内酰胺药效团的生物合成机理,同时拓展了当前对于氮循环与生物有机代谢相互关系的认知。
文摘目的:构建内皮素受体A(Endothelins A Receptor,ETA)的拮抗剂药效团模型,用以搜索中草药数据库,寻找中药ETA受体拮抗剂。方法:以对鼠主动脉平滑肌细胞的内皮素受体A有抑制作用的36个化合物为研究对象,分别利用HipHop定性药效团模型和HypoGen定量药效团模型构建方法,建立ETA受体拮抗剂药效团模型,利用数据库搜索方法对药效团模型进行优劣评判。并用所获得的最优定性和定量药效团模型对中药化学成分数据库进行筛选。结果:获得最优定性药效团模型具有以下6个特征:1个芳环基团、1个负离子基团、3个疏水基团及1个氢键受体,其综合评判指数CAI值为103.94。最优定量药效团模型具有以下6个特征:1个芳环基团、1个负离子基团、2个疏水基团、1个氢键受体以及1个排除体积,其综合评判指数CAI值为45.96,表明所构建动物模型具有一定的可靠性,且利用定量药效团模型筛选中药化学成分数据库命中16个化学成分。结论:本文所构建的定性和定量药效团模型筛选效率较高,可分别开展活性化合物筛选和活性预测研究,有助于指导发现中药ETA受体拮抗剂。
文摘The biophore model of sulfonylurea herbicides (the training set contains 31 compounds) was obtained by using the advanced APEX-3D method. On the basis of the identilied biophore model, the activities of some known ALS inhibitors were predicted.Most of the predictions were in good agreement with experiments. The quality of the biophore model has been proved to be reliable. This research suggests a new approach for designing the new series of ALS inhibitors.
文摘应用遗传算法相似性程序(GASP),以作用于I型人类免疫缺陷病毒(humanimmun-odeficiency virustype1,HIV-1)整合酶(IN)的二酮酸类(diketoacids,DKAs)抑制剂构建药效团模型.所选训练集分子均具有可靠的类药性特征及DKAs药效团特征.尝试将抑制剂与药效团叠合后的构象和抑制剂与IN的对接构象进行叠合,得到药效团模型与分子对接构象中IN残基的相对位置,并基于抑制剂的药效团模型特征与周围IN氨基酸残基位置的匹配情况进行药效团特征的修改.所得最优药效团由1个疏水特征、3对氢键特征和1个氢键供体特征组成.该药效团的命中物质量(goodness of hit,GH)为0.56,产出率(Y)达63.6%,假阳性率(FP)为0.41%.该药效团具有较好的置信度,产出率较高而假阳性率较低,可用于数据库搜索发现新的具有DKAs药效团特征的活性化合物,也可为先导化合物的改造提供帮助.
