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山羊群体血液蛋白位点遗传分化研究 被引量：7
1
作者 孙金梅 常洪 +1 位作者 秦国庆 贾青 《西北农业大学学报》 CSCD 北大核心 1998年第1期21-25,共5页
应用平均基因杂合度、Ｎｅｉ的基因分化系数（Ｇｓｔ）、Ｌｅｗｏｎｔｉｎ的Ｓｈａｎｎｏｎ信息测度及Ｗｒｉｇｈｔ的固定指数（Ｆｓｔ）对陕西境内２个山羊群体存在多态的血液蛋白位点的基因频率进行了遗传变异分析。研究表明：山羊群... 应用平均基因杂合度、Ｎｅｉ的基因分化系数（Ｇｓｔ）、Ｌｅｗｏｎｔｉｎ的Ｓｈａｎｎｏｎ信息测度及Ｗｒｉｇｈｔ的固定指数（Ｆｓｔ）对陕西境内２个山羊群体存在多态的血液蛋白位点的基因频率进行了遗传变异分析。研究表明：山羊群体的遗传变异主要是由系统内血液蛋白的多态现象造成，系统间的遗传差异仅在８％以下；平均基因杂合度是度量群体遗传变异的最适指标，而Ｇｓｔ。 展开更多
关键词 山羊 血液蛋白位点 遗传变异 遗传分化
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陕西黄牛群体血液蛋白位点的遗传分化 被引量：8
2
作者 耿社民 常洪 +1 位作者 秦国庆 徐刚 《西北农业大学学报》 CSCD 1995年第2期19-23,共5页
应用系统随机整群抽样法，对陕西４个黄牛群体６个血液蛋白位点估测的基因频率进行遗传变异分析。证实黄牛群体的遗传变异主要由系统内血液蛋白质的多态现象所造成，系统间的遗传差异仅在５．２８％以下。不同的群体遗传变异程度亦有差... 应用系统随机整群抽样法，对陕西４个黄牛群体６个血液蛋白位点估测的基因频率进行遗传变异分析。证实黄牛群体的遗传变异主要由系统内血液蛋白质的多态现象所造成，系统间的遗传差异仅在５．２８％以下。不同的群体遗传变异程度亦有差异，基因分化程度与备总群育种水平呈明显的反变关系。同时研究表明，系统随机整群抽样是进行黄牛群体遗传变异分析的最适抽样方法。 展开更多
关键词 黄牛 血液蛋白位点 遗传变异 基因分化 抽样
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乳蛋白位点等位基因表达特点的研究 被引量：2
3
作者 罗军 邱怀 王双合 《遗传》 CAS CSCD 北大核心 1996年第3期12-14,共3页
本研究利用聚丙烯酸胺凝胶电泳，结合区带的相对含量扫描测定分析了乳蛋白位点杂合子奶牛乳样基因型，探讨乳蛋白基因的蛋白质表达特点。结果表明，各乳蛋白位点等位基因的蛋白质表达均有显著的不平衡性。αs1－CNB，C，β－LGA，B，κ... 本研究利用聚丙烯酸胺凝胶电泳，结合区带的相对含量扫描测定分析了乳蛋白位点杂合子奶牛乳样基因型，探讨乳蛋白基因的蛋白质表达特点。结果表明，各乳蛋白位点等位基因的蛋白质表达均有显著的不平衡性。αs1－CNB，C，β－LGA，B，κ－CNA，B相对含量间的差异达显著水平。β－CN位点各多位基因表达的蛋白质含量间差异不显著． 展开更多
关键词 牛 乳牛 乳蛋白位点 基因表达 等位基因
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关中母马血清白蛋白位点与受胎率关系的研究 被引量：1
4
作者 侯文通 《黑龙江畜牧兽医》 CAS 北大核心 1996年第4期7-9,共3页
采用聚丙烯酰胺凝胶电泳技术,测定了38匹关中母马血清白蛋白(ALb)遗传多态性,结果证实了 ALb 位点不同基因型与受胎率的关系,发现 BB 型母马的第1个情期受胎率极显著的高于 AA 型和AB 型(P<0.01);B 基因为优势基因,B 基因对 A 基因... 采用聚丙烯酰胺凝胶电泳技术,测定了38匹关中母马血清白蛋白(ALb)遗传多态性,结果证实了 ALb 位点不同基因型与受胎率的关系,发现 BB 型母马的第1个情期受胎率极显著的高于 AA 型和AB 型(P<0.01);B 基因为优势基因,B 基因对 A 基因的替代效应为8.36%。最后制定出优势基因 B对基因型育种值的回归方程. 展开更多
关键词 白蛋白位点 受胎率 母马 血清
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云贵川三省地方猪种3个血液蛋白位点多态性的研究
5
作者 李谨 张沅 +1 位作者 陈创夫 杨公社 《中国农学通报》 CSCD 2005年第4期10-12,共3页
采用垂直板聚丙烯酰胺凝胶电泳技术,对云南、贵州和四川三省6个品种,每个品种均采样60个个体,共360个个体的CA、Amy-Ⅰ和Cp3个基因座位的蛋白质多态性进行了检测。结果表明,在6个品种中CA、Amy-Ⅰ和Cp3个蛋白位点均表现出多态性,其中CA... 采用垂直板聚丙烯酰胺凝胶电泳技术,对云南、贵州和四川三省6个品种,每个品种均采样60个个体,共360个个体的CA、Amy-Ⅰ和Cp3个基因座位的蛋白质多态性进行了检测。结果表明,在6个品种中CA、Amy-Ⅰ和Cp3个蛋白位点均表现出多态性,其中CA和Cp各有3种表型,分别受2各共显性等位基因控制;Amy-Ⅰ具有6种表型,受3各共显性等位基因的控制。 展开更多
关键词 血液蛋白位点 地方猪种 聚丙烯酰胺凝胶电泳技术 蛋白质多态性 显性等位基因 基因座位 基因控制 品种 CA 共显性 个体 表型 Cp
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乳蛋白位点对泌乳性状遗传效应的研究
6
作者 罗军 邱怀 王双合 《畜牧兽医学报》 CAS CSCD 北大核心 1996年第4期308-314,共7页
本文采用聚丙烯酰胺凝胶电泳法分析了７４７头中国黑白花奶牛乳样中的４种乳蛋白的基因型，同时利用最小二乘模型和基因替代模型研究乳蛋白位点对奶牛第一胎泌乳性状的遗传效应，并首次提出数量性状的位点决定遗传力（Ｌｏｃｉ－ｄｅｃ... 本文采用聚丙烯酰胺凝胶电泳法分析了７４７头中国黑白花奶牛乳样中的４种乳蛋白的基因型，同时利用最小二乘模型和基因替代模型研究乳蛋白位点对奶牛第一胎泌乳性状的遗传效应，并首次提出数量性状的位点决定遗传力（Ｌｏｃｉ－ｄｅｃｉｄｉｎｇＨｅｒｉｔａｂｉｌｉｔｙ，ｈ）的概念。结果表明，Ｋ－ＣＮ基因型对乳脂率和干物质率有显著效应，β－ＬＧ基因型对乳中干物质率的效应值显著。α＿（ｓ１）－ＣＮ位点Ｂ基因对Ｃ的替代显著影响３０５ｄ产奶量，对乳脂率无显著效应，β－ＣＮＡ￣１基因的替代对３０５ｄ产奶量、乳脂率和乳蛋白率均有显著影响作用。３０５ｄ产奶量、乳脂率、乳蛋白率和乳中干物质率的乳蛋白位点决定遗传力分别为９．４％，８．８％，９．２％和６．７％。 展开更多
关键词 乳蛋白位点 基因替代模型 位点决定遗传力
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中间型β-地中海贫血纯合子的α珠蛋白位点
7
作者 曾立志 《国际遗传学杂志》 CAS 1984年第1期48-48,共1页
β-地中海贫血的临床表现是异质性的。依据Erlandson等分为两种不同的临床类型:重型β-地中海贫血（TM）,需要按期输血,否则将死亡;中间型β-地中海贫血（TI）,不治疗也能长期存活。
关键词 珠蛋白基因 纯合 限制性内切酶图谱 病人 蛋白位点 DNA 地中海贫血 中间型
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六倍体小麦中Glu—l和Gli—l／Glu—3的醇溶谷蛋白位点的等位变异与面筋强…
8
作者 R－ou.,M 谢国禄 《国外作物育种》 1997年第2期21-26,共6页
关键词 小麦 六倍体 醇溶谷蛋白位点 等位变异
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小尾寒羊血液蛋白(酶)位点上多胎性的比较研究 被引量：5
9
作者 杨俊年 《安徽农业科学》 CAS 北大核心 2007年第33期10626-10627,共2页
[目的]为了研究小尾寒羊血红蛋白和酯酶多态性与多胎性之间的相关性。[方法]采用垂直板聚丙烯酰胺凝胶电泳对118只小尾寒羊的血红蛋白和酯酶多态性进行了分析,并对有产羔记录的2.5岁经产母羊在血红蛋白和酯酶位点上的多胎性进行了比较。... [目的]为了研究小尾寒羊血红蛋白和酯酶多态性与多胎性之间的相关性。[方法]采用垂直板聚丙烯酰胺凝胶电泳对118只小尾寒羊的血红蛋白和酯酶多态性进行了分析,并对有产羔记录的2.5岁经产母羊在血红蛋白和酯酶位点上的多胎性进行了比较。[结果]小尾寒羊在血红蛋白位点上的优势基因为HbB,基因频率为0.795;在酯酶位点上的优势基因为Es-,基因频率为0.598。在小尾寒羊产羔性状上,血红蛋白HbBB型和酯酶Es++型占优势,其中酯酶Es++型的产羔数显著高于其他基因型。[结论]血红蛋白和酯酶多态性与多胎性之间的相关性,可作为小尾寒羊育种中的早期选择依据。 展开更多
关键词 小尾寒羊 产羔数 血液蛋白位点 基因型
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基于InceptionV3_SVM模型的蛋白质-ATP绑定位点预测
10
作者 宋泽瑞 宋初一 +1 位作者 宋佳智 姜静清 《电脑知识与技术》 2024年第14期4-9,17,共7页
蛋白质-ATP绑定位点预测作为近年来生物医学领域的热点研究之一,对于医药学的发展极其重要。为了提高蛋白质-ATP绑定位点预测的准确率,提出了一种基于深度卷积神经网络和支持向量机融合(InceptionV3_SVM)的预测方法。首先对蛋白质序列... 蛋白质-ATP绑定位点预测作为近年来生物医学领域的热点研究之一,对于医药学的发展极其重要。为了提高蛋白质-ATP绑定位点预测的准确率,提出了一种基于深度卷积神经网络和支持向量机融合(InceptionV3_SVM)的预测方法。首先对蛋白质序列进行特征提取,再采用InceptionV3模型扩大输入数据感受野,对卷积神经网络提取到的深度特征应用SVM分类器进行训练,得到最终预测结果。实验结果表明,该预测方法能够更精确的识别蛋白质-ATP绑定位点。 展开更多
关键词 蛋白质-ATP绑定位点 深度卷积神经网络 蛋白质序列 特征提取 SVM
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血浆蛋白与骨质疏松症的关系及潜在治疗靶点:基于国际UK Biobank数据库信息
11
作者 朱凯 刘宛欣 +2 位作者 罗昊冰 冯圣一 王秋根 《中国组织工程研究》 CAS 北大核心 2025年第18期3948-3960,共13页
背景:骨质疏松症是全球范围内增加疾病负担和致残率的重要因素。血浆蛋白参与体内复杂的生物过程,在揭示疾病机制和发现潜在治疗靶点方面起着关键作用。尽管已有研究显示血浆蛋白与骨质疏松症之间存在关联,但这些关联的因果性质尚未得... 背景:骨质疏松症是全球范围内增加疾病负担和致残率的重要因素。血浆蛋白参与体内复杂的生物过程,在揭示疾病机制和发现潜在治疗靶点方面起着关键作用。尽管已有研究显示血浆蛋白与骨质疏松症之间存在关联,但这些关联的因果性质尚未得到充分阐明。因此,利用大规模的血浆蛋白数据探究与骨质疏松症相关的因果蛋白并识别潜在的药物靶点,对于骨质疏松症的防治至关重要。目的:运用两样本孟德尔随机化分析,以国际UK Biobank数据库为来源信息,评估血浆蛋白与骨质疏松症之间的因果关联。方法:从UK Biobank数据库获取1001种血浆蛋白相关的全基因组显著性水平(P<5×10-8)的蛋白质数量性状位点作为工具变量,并排除连锁不平衡。骨质疏松症的汇总数据来自FinnGen数据库,共涉及438872名欧洲血统个体。研究采用逆方差加权、MR-Egger回归、加权中位数等方法进行分析,并进行多项敏感性分析以确保结果的稳健性。进一步构建蛋白-蛋白互作网络,结合基因本体富集分析和京都基因与基因组百科全书通路分析,探索血浆蛋白的功能相关性及潜在作用机制。结果与结论:①孟德尔随机化逆方差加权法结果显示有50种血浆蛋白与骨质疏松症存在因果关系(P<0.05),包括染色体19开放阅读框12(chromosome 19 open reading frame 12,C19orf12;OR=0.610,95%CI:0.483-0.769,P=2.967×10-5)、表皮生长因子(OR=0.877,95%CI:0.770-0.999,P=0.049)等20种血浆蛋白可能与骨质疏松症的风险降低相关,有CCL18(OR=1.091,95%CI:1.037-1.147,P=0.001)、CD209(OR=1.036,95%CI:1.003-1.070,P=0.034)等30种血浆蛋白可能增加骨质疏松症的风险,经Bonferroni校正后,只有C19orf12与骨质疏松症存在显著的因果关联。②多项敏感性分析显示研究不存在多效性和异质性,说明结果具有稳健性。③通过构建蛋白-蛋白互作网络明确了表皮生长因子、CCL5、CXCL13、CXCL5、血管内皮生长因子C、CCL18、CCL17、TEK受体酪氨酸激酶、含免疫球蛋白样和表皮生长因子样结构域的酪氨酸激酶1(TIE1)和CCL23为核心蛋白。④基因本体富集分析和京都基因与基因组百科全书通路分析表明这些血浆蛋白在免疫系统中具有重要作用,通过参与信号传导、细胞迁移和趋化等过程影响骨质疏松症。⑤文章结果揭示了1001种血浆蛋白与骨质疏松症的潜在因果关联,这种基于大规模数据驱动的分析方法有助于在中国人群中识别新的生物标志物和药物靶点;其次,文章结果表明,免疫系统信号传导、细胞迁移和趋化等过程在骨质疏松症发病机制中发挥重要作用,这为特定遗传背景和环境因素下的骨质疏松症研究提供了新的方向;最后,研究中识别的核心蛋白(如表皮生长因子、CCL5及CXCL13等)有望成为新的生物标志物或药物靶点,为骨质疏松症的精准防治提供新的依据。 展开更多
关键词 血浆蛋白 蛋白质数量性状位点 骨质疏松症 孟德尔随机化 因果关系 富集分析 免疫 趋化 生物标记物 药物靶点
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中药治疗对β-珠蛋白基因簇位点调控区高敏位点2与核蛋白结合作用的影响 被引量：6
12
作者 柴立民 吴志奎 +2 位作者 张新华 刘志昂 蔡辉国 《实用儿科临床杂志》 CAS CSCD 北大核心 2005年第3期239-241,i002,共4页
目的　探讨中药益髓生血颗粒调控 β- 珠蛋白mRNA的分子机制。 方法　中药治疗 3个月 ,分别提取正常人和患者治疗前后骨髓有核细胞的核蛋白 ;采用凝胶滞后实验 ,将核蛋白与HS2位点序列探针结合后 ,经聚丙烯酰胺凝胶电泳分离 ,观察电泳... 目的　探讨中药益髓生血颗粒调控 β- 珠蛋白mRNA的分子机制。 方法　中药治疗 3个月 ,分别提取正常人和患者治疗前后骨髓有核细胞的核蛋白 ;采用凝胶滞后实验 ,将核蛋白与HS2位点序列探针结合后 ,经聚丙烯酰胺凝胶电泳分离 ,观察电泳图谱的改变。结果　患者治疗前的核蛋白与探针结合后的电泳速率与正常人存在明显差异 ,而患者治疗后核蛋白与探针结合后与正常人的电泳图谱接近。结论　中药治疗后影响 β- 珠蛋白基因簇位点调控区HS2位点与核蛋白因子GATA 1的结合作用 ,这可能是中药治疗本病的分子机制之一。 展开更多
关键词 中医药 β珠蛋白基因簇位点调控区 DNASEI 高敏位点2 核蛋白 结合作用
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定点突变技术鉴定弓形虫微线体蛋白6与醛缩酶的作用位点 被引量：1
13
作者 郑斌 尹志奎 詹希美 《中国寄生虫学与寄生虫病杂志》 CAS CSCD 北大核心 2014年第3期221-224,共4页
目的利用定点突变技术鉴定弓形虫微线体蛋白6(MIC6)与醛缩酶的作用位点。方法根据GenBank中的弓形虫RH株MIC6基因序列(登录号为AF110270)及C端序列设计特异性引物,将MIC6蛋白羧基端(MIC6C)348位色氨酸(W348)的密码子碱基突变为缬氨酸(V... 目的利用定点突变技术鉴定弓形虫微线体蛋白6(MIC6)与醛缩酶的作用位点。方法根据GenBank中的弓形虫RH株MIC6基因序列(登录号为AF110270)及C端序列设计特异性引物,将MIC6蛋白羧基端(MIC6C)348位色氨酸(W348)的密码子碱基突变为缬氨酸(V)的碱基,PCR扩增MIC6C W/V突变体基因片段,克隆至原核表达质粒pGEX-4T-1,转化至大肠埃希菌BL21(DE3);0.8 mmol/L异丙基-β-D-硫代半乳糖苷(IPTG)诱导表达GST-MIC6C W/V突变体蛋白,亲和层析法纯化表达产物。以GST-MIC6C W/V突变体蛋白为探针蛋白,GST-MIC6C蛋白为对照蛋白,分别与弓形虫速殖子裂解液进行GST沉降实验,采用十二烷基硫酸钠-聚丙烯酰胺凝胶电泳(SDSPAGE)和蛋白质印迹(Western blotting)分析实验产物。分别以GST-MIC6C W/V突变体蛋白和GST-MIC6C蛋白为探针蛋白和对照蛋白,与弓形虫醛缩酶蛋白液进行GST沉降实验,SDS-PAGE分析实验产物。结果获得了MIC6C W/V突变体基因片段,构建了相应的原核表达载体,表达并纯化了GST-MIC6C W/V突变体蛋白。GST-MIC6C W/V突变体蛋白与弓形虫速殖子裂解液的GST沉降产物中未见蛋白条带,而GST-MIC6C蛋白的沉降产物中可见一蛋白条带,且能被抗醛缩酶抗体特异识别;GST-MIC6C W/V突变体蛋白与弓形虫醛缩酶蛋白液的GST沉降产物中未见蛋白条带,而GST-MIC6C蛋白的沉降产物中可见一蛋白条带。结论色氨酸(W348)为MIC6与醛缩酶的作用位点。 展开更多
关键词 刚地弓形虫 微线体蛋白6 醛缩酶 定点突变技术 蛋白作用位点
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基于最大熵模型的蛋白质作用位点识别方法 被引量：2
14
作者 杜秀全 程家兴 宋杰 《计算机工程》 CAS CSCD 北大核心 2010年第18期203-204,207,共3页
蛋白质相互作用位点的预测是当前生物信息学的一个研究热点.针对蛋白质序列中对界面残基有影响的各种因素,提出将蛋白质的进化信息和保守性作为特征函数,此类信息体现了蛋白质序列中氨基酸之间短程和长程相互作用的影响.采用最大熵模型... 蛋白质相互作用位点的预测是当前生物信息学的一个研究热点.针对蛋白质序列中对界面残基有影响的各种因素,提出将蛋白质的进化信息和保守性作为特征函数,此类信息体现了蛋白质序列中氨基酸之间短程和长程相互作用的影响.采用最大熵模型作为蛋白质作用位点识别的分类器,将多源信息融合成一个概率模型.实验结果表明该方法与其他传统机器学习方法相比,在特异度和精度上分别提高了2%～8%、3%～11%,且获得了较高的相关系数. 展开更多
关键词 蛋白质作用位点 最大熵 序列谱 残基保守性 机器学习
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洛伐他汀对淀粉样前体蛋白β位点裂解酶表达和活性的影响 被引量：1
15
作者 王芬 魏翠柏 贾建平 《中国神经精神疾病杂志》 CAS CSCD 北大核心 2010年第2期80-83,共4页
目的研究洛伐他汀对淀粉样前体蛋白β位点裂解酶(β-site APP cleaving enzyme,BACE1)表达和活性的影响。方法予洛伐他汀对SH-SY5Y细胞系进行处理;通过噻唑蓝比色(MTT)法观察其对细胞活力的影响;采用酶法测定胆固醇含量,采用荧光光度法... 目的研究洛伐他汀对淀粉样前体蛋白β位点裂解酶(β-site APP cleaving enzyme,BACE1)表达和活性的影响。方法予洛伐他汀对SH-SY5Y细胞系进行处理;通过噻唑蓝比色(MTT)法观察其对细胞活力的影响;采用酶法测定胆固醇含量,采用荧光光度法测定BACE1活性,采用WesternBlot方法检测BACE1蛋白的表达量。结果与对照组相比,5μmol/L洛伐他汀组作用24h后细胞胆固醇水平下降33.0%(胆固醇与总蛋白含量的比值:3.33vs.4.97;F=5.13,P=0.020),同时BACE1活性下降13.8%(343.14vs.398.22;F=3.773,P=0.035);5μmol/L洛伐他汀组作用48h后细胞胆固醇水平下降49.2%(胆固醇与总蛋白含量的比值:2.65vs.5.22;F=12.239,P=0.001),同时BACE1活性下降38.0%(274.75vs.443.14;F=13.610,P<0.01);洛伐他汀组BACE1蛋白表达量与对照组相比无统计学差异(P>0.05)。结论洛伐他汀不影响BACE1蛋白的表达,但可以抑制BACE1蛋白的活性,同时伴细胞胆固醇水平降低,这为阿尔茨海默病(Alzheimersdisease,AD)的防治提供了新的思路。 展开更多
关键词 淀粉样前体蛋白β位点裂解酶 洛伐他汀 胆固醇 阿尔茨海默病
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蚕豆萎蔫病毒中国分离物RNA2全序列及多聚蛋白切割位点 被引量：2
16
作者 戚益军 周雪平 +1 位作者 薛朝阳 李德葆 《自然科学进展（国家重点实验室通讯）》 2000年第9期805-811,共7页
对蚕豆萎蔫病毒2(BBWV2)分离物B935 RNA2全序列进行了测定,全长由3601个核苷酸组成(不包括3′端Poly(A))。RNA2包含一个长的开读框,该开读框起始于231位,终止于3428位,编码一个分子量为119 ku的多聚蛋白。对外壳蛋白亚基N端氨基酸序列... 对蚕豆萎蔫病毒2(BBWV2)分离物B935 RNA2全序列进行了测定,全长由3601个核苷酸组成(不包括3′端Poly(A))。RNA2包含一个长的开读框,该开读框起始于231位,终止于3428位,编码一个分子量为119 ku的多聚蛋白。对外壳蛋白亚基N端氨基酸序列测定表明外壳蛋白大亚基(LCP)和小亚基(SCP)是由119 ku多聚蛋白中谷酰胺与甘氨酸及谷酰胺与丙氨酸之间的切割产生的,LCP含有402个氨基酸,SCP含有197个氨基酸。与蚕豆病毒属(Fabavirus)病毒基因组核苷酸及编码的蛋白质氨基酸序列比较表明,B935与BBWV2分离物及广藿香轻花叶病毒具有很高的同源性,而与BBWV1分离物的同源性较低。B935与豇豆花叶病毒属(Comovirus)和线虫传多面体病毒属(Nepovirus)的基因组结构相似,但序列同源性很低。B935与豇豆病毒属病毒的LCP和SCP氨基酸具有共同的保守序列。用4株单克隆抗体进行TAS-ELISA测定表明B935与BBWV1分离物(NRS和PH3)抗原上有差异。 展开更多
关键词 蚕豆萎蔫病毒2 RNA2 多聚蛋白切割位点 BBWV
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蛋白质磷酸化位点的识别 被引量：17
17
作者 白海艳 吕军 +2 位作者 张颖 计美珍 秦丹丹 《内蒙古工业大学学报（自然科学版）》 2011年第2期108-115,共8页
磷酸化是蛋白质重要的翻译后修饰之一,磷酸化位点的理论识别是计算生物学的重要研究内容。磷酸化位点附近存在保守残基片段,而这种保守性又与激酶类型相关。选择注释数据相对较多的CK2,PKA和PKC三种激酶催化的磷酸化位点作为研究对象,... 磷酸化是蛋白质重要的翻译后修饰之一,磷酸化位点的理论识别是计算生物学的重要研究内容。磷酸化位点附近存在保守残基片段,而这种保守性又与激酶类型相关。选择注释数据相对较多的CK2,PKA和PKC三种激酶催化的磷酸化位点作为研究对象,以序列组分特征,残基位置特异性特征和残基的非近邻关联特征为参数,采用延森-香农离散量(Jensen-Shannon Divergence,JSD)作为各特征差异度量,再使用二次判别分析算法组合不同特征,对磷酸化位点进行预测。对CK2,PKA和PKC三种激酶磷酸化位点7-fold交叉检验,总精度分别达到了90%,90%和86%,这一结果要好于当前其它预测模型。 展开更多
关键词 蛋白质磷酸化位点 延森-香农离散量 二次判别分析
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弗林蛋白酶裂解位点在微生物感染宿主中的作用 被引量：1
18
作者 高明燕 姜逸 +3 位作者 程旭 俞燕 范建华 孟闯 《养殖与饲料》 2021年第10期76-78,共3页
弗林蛋白酶(Furin)裂解位点广泛存在于微生物前体蛋白中,它在病原感染宿主的过程中被Furin识别并裂解活化,从而使病原微生物进入细胞并发挥致病作用;它还与病原感染宿主过程中的毒力、宿主和细胞嗜性等相关;它可能还是微生物传播效率和... 弗林蛋白酶(Furin)裂解位点广泛存在于微生物前体蛋白中,它在病原感染宿主的过程中被Furin识别并裂解活化,从而使病原微生物进入细胞并发挥致病作用;它还与病原感染宿主过程中的毒力、宿主和细胞嗜性等相关;它可能还是微生物传播效率和规模影响因素之一。为此,本文对其在微生物感染宿主中所起的作用进行了详细综述,以期为微生物致病机制的研究和阻断药物的开发提供参考。 展开更多
关键词 弗林蛋白酶裂解位点 感染 作用
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基于深度学习的微管蛋白秋水仙碱位点抑制剂的预测研究 被引量：1
19
作者 邓燕红 蔡涵萱 +2 位作者 张建华 黄汉辉 王领 《化学研究与应用》 CAS CSCD 北大核心 2020年第12期2192-2198,共7页
为构建基于深度学习的微管蛋白秋水仙碱位点抑制剂(CBSIs)预测模型,进行CBSIs的活性预测和药物虚拟筛选,我们收集了1482个结构多样性的靶向微管蛋白秋水仙碱位点的抑制剂和非抑制剂,以分子指纹和分子图为特征表述,采用图卷积神经网络深... 为构建基于深度学习的微管蛋白秋水仙碱位点抑制剂(CBSIs)预测模型,进行CBSIs的活性预测和药物虚拟筛选,我们收集了1482个结构多样性的靶向微管蛋白秋水仙碱位点的抑制剂和非抑制剂,以分子指纹和分子图为特征表述,采用图卷积神经网络深度学习方法,建立分类预测模型。对所建立模型的预测结果进行比较,发现了一个最优预测模型(Model-Chemprop),它在测试集上的敏感度(SE)值为0.9109、特异性(SP)值为0.8125、总体准确度(Q)值为87.92%、AUC值为0.891。因此,基于深度学习建立的最优模型可以作为虚拟筛选工具,用于新型CBSIs的活性预测和发现,以及靶向富集库的构建。 展开更多
关键词 微管蛋白秋水仙碱位点抑制剂 分子指纹 分子图表达 图卷积神经网络
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基于进化保守性的蛋白质相互作用位点预测 被引量：1
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作者 程节华 程家兴 杜秀全 《计算机工程与设计》 CSCD 北大核心 2011年第5期1833-1836,共4页
为了从蛋白质结构数据库中提取经验知识,进行蛋白质作用位点预测,提出了以蛋白质序列谱作为特征向量,采用支持向量机算法进行训练和预测蛋白质相互作用位点的方法。从蛋白质一级序列出发,以序列上邻近残基的序列谱为输入特征向量,采用... 为了从蛋白质结构数据库中提取经验知识,进行蛋白质作用位点预测,提出了以蛋白质序列谱作为特征向量,采用支持向量机算法进行训练和预测蛋白质相互作用位点的方法。从蛋白质一级序列出发,以序列上邻近残基的序列谱为输入特征向量,采用支持向量机方法构建预测器,来预测蛋白质相互作用位点,预测精度达到70.47%,相关系数CC=0.1919。实验结果表明,利用蛋白质序列谱,结合支持向量机算法进行蛋白质相互作用位点预测的方法是有效的。 展开更多
关键词 蛋白质相互作用位点 进化保守性 序列谱 支持向量机 蛋白质结构数据库
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