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金鱼核糖体转录间隔区(ITS-1)的克隆和序列分析 被引量：4
1
作者 牟希东 白俊杰 +1 位作者 汪学杰 罗建仁 《淡水渔业》 CSCD 北大核心 2008年第1期74-76,43,共4页
对金鱼（Carassius auratus）核糖体转录间隔区（ITS-1）进行了克隆测序，并对ITS-1序列进行了分析。结果显示，克隆的金鱼ITS-1区序列长度为294bp，其中A、T、G、C4种碱基的含量分别为17．0％、14．6％、33．0％、35．4％；与从GenBan... 对金鱼（Carassius auratus）核糖体转录间隔区（ITS-1）进行了克隆测序，并对ITS-1序列进行了分析。结果显示，克隆的金鱼ITS-1区序列长度为294bp，其中A、T、G、C4种碱基的含量分别为17．0％、14．6％、33．0％、35．4％；与从GenBank中检索到的12种鱼的核糖体DNA序列比较显示，其与12种鱼的ITS-1序列同源性较低，在26．0％～61．6％之间；根据金鱼与其他12种鱼的ITS-1序列的同源性构建进化树，所得的分类结果与传统的分类结果基本一致。 展开更多
关键词 金鱼(Carassius auratus) 核糖体 转录间隔区1(its-1) 基因克隆 基因序列
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黑龙江野鲤核糖体内转录间隔区1(ITS-1)的克隆及二级结构的预测与分析 被引量：3
2
作者 钟立强 张成锋 +3 位作者 蔡生力 刘红 李冰 朱健 《江苏农业学报》 CSCD 北大核心 2010年第4期778-783,共6页
黑龙江野鲤是中国北方重要的养殖鱼类,分析和了解其遗传结构对鲤鱼种质资源的保护和遗传性状的改良具有重要的意义。该研究对黑龙江野鲤(Cyprinus carpio haematopterus)核糖体内转录间隔区1(ITS-1)进行了克隆测序,并对ITS-1序列进行了... 黑龙江野鲤是中国北方重要的养殖鱼类,分析和了解其遗传结构对鲤鱼种质资源的保护和遗传性状的改良具有重要的意义。该研究对黑龙江野鲤(Cyprinus carpio haematopterus)核糖体内转录间隔区1(ITS-1)进行了克隆测序,并对ITS-1序列进行了分析。结果显示:所克隆的黑龙江野鲤ITS-1序列长度为365 bp,其中A、T、G、C 4种碱基的含量分别为21.4%、12.3%、34.0%和32.3%;与从GenBank中检索到的6种鲤科鱼类的ITS-1序列相比较,相似性较低,介于24.9%至59.5%之间;同时利用最小自由能原理预测7种鲤科鱼类ITS-1序列的二级结构,并分析了其结构特点。根据鲤鱼与其他6种鲤科鱼类的ITS-1序列的同源性构建NJ系统进化树,与根据该保守序列形成的发夹结构的相似性构建的进化树大致相同,所得的分类结果与传统的分类结果基本一致。因此,一、二级结构相结合将是研究物种分子系统学的重要手段。 展开更多
关键词 黑龙江野鲤 内转录间隔区1(its-1) 基因克隆 二级结构
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金焰笛鲷rDNA基因转录间隔区ITS-1序列分析 被引量：2
3
作者 徐田军 刘楚吾 +1 位作者 刘丽 吴勇 《南方水产》 CAS 2006年第5期61-64,共4页
以持异性引物扩增了金焰笛鲷(Lutjamts fulviflamma)的核糖体第一转录间隔区(ITS-1),扩增产物经克隆后测序,测得 ITS-1长度为566 bp。其中 A、T、G、C 4种碱基的含量分别为14.1%、16.1%、30.2%、39.6%,G+C(69.8%)含量明显高于 A+T 含量(... 以持异性引物扩增了金焰笛鲷(Lutjamts fulviflamma)的核糖体第一转录间隔区(ITS-1),扩增产物经克隆后测序,测得 ITS-1长度为566 bp。其中 A、T、G、C 4种碱基的含量分别为14.1%、16.1%、30.2%、39.6%,G+C(69.8%)含量明显高于 A+T 含量(30.2%)。将此引物在笛鲷属其他4种鱼类中扩增,发现该对引物有很好的通用性;比较发现在不同种中 ITS-1存在着较大的差异,适合将其应用于分子系统学和种质资源方面的研究。 展开更多
关键词 金焰笛鲷 内转录间隔区(its-1) 序列分析
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硒都黑猪NT5C1A基因核心启动子区鉴定及转录因子预测
4
作者 任双 吴俊静 +5 位作者 彭先文 张志红 周佳伟 梅书棋 乔木 杜志强 《中国畜牧杂志》 CAS CSCD 北大核心 2024年第8期116-121,128,共7页
本研究旨在探究猪胞质5'核苷酸酶1A基因(Cytosolic 5'-Nucleotidase1A,NT5C1A)启动子区序列的结构特性,确定其核心启动子区并分析其关键转录因子结合位点,为探究其表达调控机制提供理论依据。对NT5C1A互作蛋白进行预测,在线生... 本研究旨在探究猪胞质5'核苷酸酶1A基因(Cytosolic 5'-Nucleotidase1A,NT5C1A)启动子区序列的结构特性,确定其核心启动子区并分析其关键转录因子结合位点,为探究其表达调控机制提供理论依据。对NT5C1A互作蛋白进行预测,在线生物信息学分析软件预测猪NT5C1A基因核心启动子区,根据预测结果设计7对启动子缺失片段引物,以硒都黑猪血液基因组DNA为模板,通过PCR扩增和Sanger测序方法获得NT5C1A基因5'端7个启动子缺失片段并克隆至pGL3-Basic载体,以双荧光素酶报告基因检测试验对缺失片段进行荧光素酶活性检测,并通过转录因子在线预测软件预测核心启动子区潜在的转录因子。结果表明,NT5C1A基因核心启动子位于转录起始位点-290~+109bp的位置(ATG作为+1),该区域含有MYOD1、MYOG、MYF5和SP1等肌肉发育相关的转录因子结合位点。本试验为研究NT5C1A基因调控猪肌肉发育的分子机制提供了理论依据。 展开更多
关键词 硒都黑猪 NT5C1A 核心启动子区 转录因子 生物信息学
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兔痒螨和水牛痒螨第二转录间隔区(ITS-2)基因序列分析 被引量：8
5
作者 贾小勇 杨光友 +1 位作者 古小彬 赖松家 《昆虫学报》 CAS CSCD 北大核心 2008年第5期545-550,共6页
为了探讨水牛痒螨株和兔痒螨株的分类地位,采用PCR技术扩增了四川水牛痒螨株和四川兔痒螨株的第二内部转录间隔区(ITS-2)基因,并与GenBank中注册的5个国外痒螨株的同源基因进行了比较。序列分析发现:兔痒螨株和水牛痒螨株的序列长度分别... 为了探讨水牛痒螨株和兔痒螨株的分类地位,采用PCR技术扩增了四川水牛痒螨株和四川兔痒螨株的第二内部转录间隔区(ITS-2)基因,并与GenBank中注册的5个国外痒螨株的同源基因进行了比较。序列分析发现:兔痒螨株和水牛痒螨株的序列长度分别为277bp和281bp,两序列间存在多处转换、颠换和缺失。四川水牛痒螨株同四川兔痒螨株间及国外痒螨分离株间的ITS-2基因同源性较低(87.1%～88.0%);而四川兔痒螨株与国外痒螨分离株的同源性较高(95.5%～100.0%)。用痒螨ITS-2基因构建的MP,NJ,ME及UPGM树中,兔痒螨株和水牛痒螨株在不同的系统树中其位置比较固定,且两者相距均较远。根据痒螨ITS-2基因同源性分析和系统树构建结果以及其他已报道的相关证据,作者认为:兔痒螨株和水牛痒螨株可能为痒螨属Psoroptes中两个不同的种,兔痒螨分离株为马痒螨P.equi;而水牛痒螨株与来自兔、山羊、绵羊和黄牛等痒螨株亲缘关系较远,可能为痒螨属中的另一个独立有效种。 展开更多
关键词 痒螨 痒螨株 分类地位 兔 水牛 第二内部转录间隔区(its-2) 系统发育
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Wun1启动子Me13'非转录区的克隆及Hrp基因植物表达载体的构建 被引量：4
6
作者 向云 王蒂 张金文 《甘肃农业大学学报》 CAS CSCD 2004年第2期124-130,共7页
采用PCR技术,分别从马铃薯、金花菊基因组DNA中扩增到了马铃薯损伤诱导启动子Wun 1,和对启动子活性有显著增强作用的Me1 3 非转录区。经序列同源性分析表明,马铃薯损伤诱导启动子Wun 1与已知序列的同源性为96.86 %,Me1 3 非转录区的同... 采用PCR技术,分别从马铃薯、金花菊基因组DNA中扩增到了马铃薯损伤诱导启动子Wun 1,和对启动子活性有显著增强作用的Me1 3 非转录区。经序列同源性分析表明,马铃薯损伤诱导启动子Wun 1与已知序列的同源性为96.86 %,Me1 3 非转录区的同源性达99 %。得到的Wun 1克隆与原序列有一定的差异,尤其在735～768处差异较大,为一新颖的启动子,现已注册到分子生物学GenBank数据库(GenBank, gi: AY485646)。利用来自欧文氏梨火疫病菌的Hrp基因与克隆的Wun 1启动子和Me1 3 非转录区构建了Wun 1-Hrp-Me1 3 植物表达载体pBI WHM,同时构建了CaMV 35S-Hrp-Me1 3 植物表达载体pBI HM,为下一步鉴定Wun 1启动子和Me1 3 增强子对Hrp基因表达活性的影响及通过遗传转化培育植物抗病品种奠定了基础。 展开更多
关键词 Wun 1启动子 ME1 3′非转录区 HRP基因 植物表达载体
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利用染色质结构检测技术研究乳腺癌易感蛋白BRCA1转录激活区突变 被引量：2
7
作者 叶棋浓 胡艳芬 +2 位作者 钟红君 李熔 黄翠芬 《Acta Genetica Sinica》 SCIE CAS CSCD 北大核心 2002年第11期941-948,共8页
乳腺癌易感基因BRCA1突变引起的遗传性乳腺癌占 4 0 %～ 5 0 % ,其突变引起的遗传性乳腺癌和卵巢癌的比例至少为 80 %。许多乳腺癌易感突变发生在BRCA1C末端转录激活结构域 (15 6 0～ 186 3aa) ,但该区域大部分突变导致何种表型 (良性... 乳腺癌易感基因BRCA1突变引起的遗传性乳腺癌占 4 0 %～ 5 0 % ,其突变引起的遗传性乳腺癌和卵巢癌的比例至少为 80 %。许多乳腺癌易感突变发生在BRCA1C末端转录激活结构域 (15 6 0～ 186 3aa) ,但该区域大部分突变导致何种表型 (良性多态性或乳腺癌易感突变 )目前还不清楚。由于染色质结构调节是基因转录调节的早期事件 ,该文基于lac阻遏物识别和结合lac操纵基因的原理 ,利用染色质结构检测技术比较BRCA1转录激活结构域不同突变体与野生型的染色质伸展活性。将 1种野生型、2种良性多态型 (S16 13G和M16 5 2I)和 4种乳腺癌易感突变型(A170 8E、M1775R、W1837R和Y185 3term)转录激活区片段以正确相位融合于lac阻遏物的下游 ,得到野生型重组质粒pwt和pS16 13G、pM16 5 2I、pA170 8E、pM1775R、pW1837R及pY185 3term 6种突变型重组质粒。Westernblot检测表明 ,这些重组质粒分别转染AO3-1细胞后均表达了相应的融合蛋白。对这些重组质粒的染色质伸展活性检测表明 ,野生型pwt和两种良性多态性突变体不具有染色质伸展活性或只有极微弱的染色质伸展活性 ,而其他 4种乳腺癌易感突变体均具有过强的染色质伸展活性 ,提示利用染色质伸展技术可预测BRCA1转录激活区基因型与乳腺癌发生风险的表现型的关系。 展开更多
关键词 染色质结构检测 乳腺癌 基因突变 易感蛋白BRCA1 转录激活区
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BECN1、性别决定区Y盒转录因子9表达与甲状腺癌患者临床特征及预后的关系研究 被引量：3
8
作者 陈亚柯 徐青青 +3 位作者 孙宁 宋洋 邱新光 陈建民 《癌症进展》 2021年第9期915-918,934,共5页
目的探讨BECN1、性别决定区Y盒转录因子9(SOX9)表达与甲状腺癌患者临床特征及预后的关系。方法取106例甲状腺癌患者的甲状腺癌组织及癌旁组织,比较甲状腺癌组织及癌旁组织中BECN1、SOX9表达情况;比较不同临床特征甲状腺癌患者甲状腺癌... 目的探讨BECN1、性别决定区Y盒转录因子9(SOX9)表达与甲状腺癌患者临床特征及预后的关系。方法取106例甲状腺癌患者的甲状腺癌组织及癌旁组织,比较甲状腺癌组织及癌旁组织中BECN1、SOX9表达情况;比较不同临床特征甲状腺癌患者甲状腺癌组织中BECN1、SOX9表达情况;进行为期3年的随访。结果BECN1、SOX9阳性均主要定位于细胞质中。甲状腺癌组织中SOX9阳性表达率明显高于癌旁组织,BECN1阳性表达率明显低于癌旁组织,差异均有统计学意义(P﹤0.01)。Ⅰ~Ⅱ期、高分化、无淋巴结转移的甲状腺癌患者甲状腺癌组织中BECN1阳性表达率分别高于Ⅲ~Ⅳ期、中低分化、有淋巴结转移患者,SOX9阳性表达率分别低于Ⅲ~Ⅳ期、中低分化、有淋巴结转移患者,差异均有统计学意义(P﹤0.05)。BECN1阳性表达患者的平均生存时间为(35.26±8.39)个月,明显长于阴性表达患者的(30.16±7.35)个月;SOX9阳性表达患者的平均生存时间为(31.20±8.03)个月,明显短于阴性表达患者的(35.74±6.99)个月,差异均有统计学意义(P﹤0.01)。多因素Logistic回归模型结果显示,淋巴结转移、分化程度、BECN1及SOX9表达均是甲状腺癌患者预后的影响因素(P﹤0.05)。结论甲状腺癌组织存在BECN1低表达、SOX9高表达,不同临床分期、肿瘤分化程度及淋巴结转移状态患者BECN1及SOX9表达存在差异,且BECN1及SOX9表达与患者预后密切相关。 展开更多
关键词 BECN1 性别决定区Y盒转录因子9 甲状腺癌 临床特征 预后
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HIV-1 LTR区转录功能研究进展 被引量：2
9
作者 沈弢 张晓燕 邵一鸣 《国外医学（病毒学分册）》 2003年第5期158-160,F002-F004,共6页
作为获得性免疫缺陷综合症 (acquired immunodeficiency syndrome,AIDS)的病原体 ,HIV- 1基因组结构复杂 ,编码大量调节蛋白与辅助蛋白。转录水平调节主要依赖细胞内前病毒长末端重复序列 (long terminalrepeats,LTR)和病毒因子及大量... 作为获得性免疫缺陷综合症 (acquired immunodeficiency syndrome,AIDS)的病原体 ,HIV- 1基因组结构复杂 ,编码大量调节蛋白与辅助蛋白。转录水平调节主要依赖细胞内前病毒长末端重复序列 (long terminalrepeats,LTR)和病毒因子及大量细胞转录因子的相互作用实现。本文就 HIV- 1 L 展开更多
关键词 HIV-1LTR区 转录功能 研究进展 获得性免疫缺陷综合症 病毒因子 细胞转录因子
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MTS1基因ARF启动子基础转录调控区转录活性研究
10
作者 冯文莉 曹唯希 +2 位作者 刘兴 涂植光 黄宗干 《临床检验杂志》 CAS CSCD 北大核心 2004年第4期262-265,共4页
目的　研究MTS1基因ARF启动子基础转录调控区的转录激活及其与E2 F1转录因子之间的关系。方法　以含ARF启动子基础转录调控区E2 F1结合位点野生型序列的W6重组质粒为模板 ,设计该片段中E2 F1A、B、C结合位点序列突变或缺失的引物 ,用聚... 目的　研究MTS1基因ARF启动子基础转录调控区的转录激活及其与E2 F1转录因子之间的关系。方法　以含ARF启动子基础转录调控区E2 F1结合位点野生型序列的W6重组质粒为模板 ,设计该片段中E2 F1A、B、C结合位点序列突变或缺失的引物 ,用聚合酶链反应构建该区域中E2 F1A、B、C结合位点序列突变或缺失的ZE、ZF、ZG重组质粒。再将W6、ZE、ZF、ZG重组质粒转染进Jurkat细胞 ,检测其荧光素酶报告基因的表达。结果　构建的ZE、ZF、ZG重组质粒经SacⅠ或NaeⅠ酶切鉴定和DNA序列分析得到证实。与E2 F1位点野生型重组质粒W6比较 ,突变型重组质粒ZE、ZF、ZG在Jurkat细胞中荧光素酶报告基因的表达量减少 ,以E2 F1A位点突变的重组质粒减少明显。结论　构建ARF启动子E2 F1A、B、C结合位点序列突变的重组质粒成功 ;MTS1基因ARF启动子基础转录调控区的转录激活可能与E2 F1转录因子的作用有关。 展开更多
关键词 MTS1基因 ARF启动子 基础转录调控区 转录活性
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不同转录因子与p27^(Kip1)启动子区结合的时空顺序对其表达的影响
11
作者 陈巍魏 管晓翔 陈龙邦 《临床肿瘤学杂志》 CAS 2011年第2期170-173,共4页
p27Kip1作为细胞周期依赖性激酶抑制因子(CDKI),参与细胞周期的负向调控,在细胞的增殖、分化、凋亡和细胞间粘附等方面起重要作用。正常组织中p27Kip1高表达并主要存在于细胞核内,而肿瘤组织中p27Kip1低表达并集中在细胞核外分布,较少... p27Kip1作为细胞周期依赖性激酶抑制因子(CDKI),参与细胞周期的负向调控,在细胞的增殖、分化、凋亡和细胞间粘附等方面起重要作用。正常组织中p27Kip1高表达并主要存在于细胞核内,而肿瘤组织中p27Kip1低表达并集中在细胞核外分布,较少出现突变和甲基化。虽然翻译后调控的机制很多,但其错位分布和低表达的转录水平调控机制尚不清楚。近来研究发现,Sp1、CTF、E2F、NF-Y、NF-κB等众多转录因子以与p27Kip1启动子区的相应位点结合的不同的时间和空间为顺序,可能参与p27Kip1的表达和亚细胞分布的调控。本文综述了不同转录因子在p27Kip1启动子区结合的时空顺序对其转录的影响,有利于进一步阐明p27Kip1启动子区调控的分子机制,并为临床筛选相应的转录因子作为治疗靶点提供理论依据。 展开更多
关键词 P27KIP1 启动子区 转录因子 基因表达
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RUNX1通过调节SOX2转录促进食管鳞状细胞癌干性
12
作者 黄滔 尤琦 +1 位作者 Ifeanyi Christian Onyebuchi 朱少金 《皖南医学院学报》 CAS 2024年第4期316-321,共6页
目的:探讨RUNT相关转录因子1(RUNX1)在食管鳞状细胞癌中的表达及其对细胞干性的影响。方法:从GEPIA数据库和GEO数据库(GSE111011)获取RUNX1的表达情况,使用TCGA数据库分析基因表达相关性。利用Western blot检测RUNX1、SOX2、OCT4、KLF4... 目的:探讨RUNT相关转录因子1(RUNX1)在食管鳞状细胞癌中的表达及其对细胞干性的影响。方法:从GEPIA数据库和GEO数据库(GSE111011)获取RUNX1的表达情况,使用TCGA数据库分析基因表达相关性。利用Western blot检测RUNX1、SOX2、OCT4、KLF4和c-MYC蛋白表达情况。利用qRT-PCR技术检测CD271、CD44、CD54、SOX2和RUNX1的mRNA水平,双荧光素酶报告基因实验检测SOX2启动子活性。通过细胞成球培养和流式细胞术检测侧群细胞和CD271^(+)/CD44^(+)细胞的数量反映细胞干性。结果:GEPIA数据库、GEO数据库和Western blot结果均显示RUNX1在食管癌中高表达。在Eca-109细胞中敲低RUNX1后,抑制SOX2表达和细胞干性(P<0.01)。在KYSE-150细胞中过表达RUNX1后,促进SOX2表达和细胞干性增加(P<0.01)。在KYSE-150细胞中同时过表达RUNX1和敲低SOX2后,RUNX1促进的细胞干性增加被逆转(P<0.01)。双荧光素酶报告基因实验结果显示RUNX1促进SOX2启动子活性,在转录水平调节SOX2表达。结论:RUNX1在食管鳞状细胞癌中高表达,并通过在转录水平调节SOX2表达,从而促进细胞干性。 展开更多
关键词 RUNT相关转录因子1 性别决定区Y框蛋白2 干性 食管鳞状细胞癌
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四个鲤鱼种群ITS-1序列的遗传变异分析 被引量：10
13
作者 钟立强 张成锋 +3 位作者 周凯 李冰 王建新 朱健 《湖泊科学》 EI CAS CSCD 北大核心 2011年第2期271-276,共6页
对我国四个鲤鱼种群的核糖体DNA内转录间隔区ITS-1进行了PCR扩增、测序.序列分析显示,370bp的ITS-1序列中GC含量明显高于AT含量,共检测到34个变异位点,96个样本得到14个单倍型,平均单倍型多样性为0.637±0.055,核苷酸多样性为0.0085... 对我国四个鲤鱼种群的核糖体DNA内转录间隔区ITS-1进行了PCR扩增、测序.序列分析显示,370bp的ITS-1序列中GC含量明显高于AT含量,共检测到34个变异位点,96个样本得到14个单倍型,平均单倍型多样性为0.637±0.055,核苷酸多样性为0.00857±0.00200,遗传多样性表现较低.黑龙江野鲤种群与建鲤种群间遗传距离最远,为0.10129,黑龙江野鲤种群与黄河鲤种群间遗传距离最近,为0.02305.分子方差分析(AMOVA)表明,群体间遗传分化系数Fst为0.05373,几乎所有变异都来自群体内,群体间遗传分化极小.ITS-1序列构建系统进化树显示,四个种群分为南北2支,黑龙江野鲤和黄河鲤种群聚为北方支,建鲤和荷包红鲤种群聚为南方一支. 展开更多
关键词 鲤鱼 内转录间隔区1(its-1) 种质资源 遗传变异
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基于ITS-1序列的5种兔球虫系统进化分析 被引量：6
14
作者 顾小龙 孙秀梅 +3 位作者 刘红彬 崔平 索勋 方素芳 《畜牧兽医学报》 CAS CSCD 北大核心 2012年第7期1123-1128,共6页
利用核糖体DNA内转录间隔区1(ITS-1)序列对兔艾美耳球虫进行系统进化分析,并探讨生物学和形态学特征在兔球虫进化中的意义。单卵囊分离大型、黄、肠、中型及穿孔艾美耳球虫卵囊,接种无球虫兔获得纯种卵囊,CTAB法提取卵囊基因组DNA,PCR扩... 利用核糖体DNA内转录间隔区1(ITS-1)序列对兔艾美耳球虫进行系统进化分析,并探讨生物学和形态学特征在兔球虫进化中的意义。单卵囊分离大型、黄、肠、中型及穿孔艾美耳球虫卵囊,接种无球虫兔获得纯种卵囊,CTAB法提取卵囊基因组DNA,PCR扩增ITS-1区后克隆、测序。将测序结果与GenBank发布的兔球虫ITS-1序列进行比对和遗传距离分析,绘制系统进化树。结果显示:大型、黄、肠、中型及穿孔艾美耳球虫河北株ITS-1序列分别长320、330、351、336和341bp。5种兔球虫河北株与GenBank中同种兔球虫ITS-1序列相似性分别为96.9%、97.3%、96.9%、99.1%和99.4%。兔球虫形成单系群,该单系群分为2个姐妹谱,与卵囊残体有无相对应,其它形态学和生物学特征与系统进化无相关性。研究结果表明外残体的有无可作为兔球虫进化分类的特征。 展开更多
关键词 兔 艾美耳球虫 核糖体DNA 内转录间隔区1(its-1) 系统进化分析
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我国五大湖三角帆蚌群体ITS-1序列变异分析 被引量：11
15
作者 王建军 李家乐 +1 位作者 汪桂玲 白志毅 《湖泊科学》 CAS CSCD 北大核心 2008年第2期208-214,共7页
对我国五大淡水湖:鄱阳湖、洞庭湖、太湖、巢湖、洪泽湖,鄱阳湖内包括进贤、余干、珠湖、都昌、湖口、永修,合计10个群体三角帆蚌78个个体核糖体DNA基因转录间隔子ITS-1进行PCR扩增、序列测定,获得78条长度为430 bp的同源序列.同源基因... 对我国五大淡水湖:鄱阳湖、洞庭湖、太湖、巢湖、洪泽湖,鄱阳湖内包括进贤、余干、珠湖、都昌、湖口、永修,合计10个群体三角帆蚌78个个体核糖体DNA基因转录间隔子ITS-1进行PCR扩增、序列测定,获得78条长度为430 bp的同源序列.同源基因序列分析显示,五大淡水湖10个群体三角帆蚌78条ITS-1序列片段,G+C的含量都明显高于A+T的含量.鄱阳湖三角帆蚌的核苷酸多态性指数最高,而巢湖的核苷酸多样性指数最低.基于ITS-1序列片段的遗传距离表明,鄱阳湖内六个点群体间遗传距离很小,在0.0071到0.0092之间.五大湖间三角帆蚌群体遗传距离较远,在0.0752到0.1381之间,ITS-1序列片段构建系统树显示,鄱阳湖6个群体聚在了一起为单独一支,并与巢湖群体亲缘关系相近.洞庭湖群体和洪泽湖群体亲缘关系相近,单独为一支.太湖群体从鄱阳湖、巢湖群体分离开来,单独为一支. 展开更多
关键词 三角帆蚌 转录间隔区 its-1 遗传多样性 亲缘关系
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基于ITS-1基因序列的隐孢子虫种群分类 被引量：4
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作者 杨建伟 李国清 +2 位作者 刘霞 张媛媛 徐前明 《中国预防兽医学报》 CAS CSCD 北大核心 2009年第4期275-278,共4页
本试验以内转录间隔区1(ITS-1)基因作为研究对象,用PCR技术分别对广东(GD)禽源、广东(GD)和安徽(AH)牛源3个隐孢子虫分离株ITS-1基因进行扩增、克隆、序列测定和分析。将扩增序列用DNAStar(4.0)和ClustalX1.81软件与GenBank上登录的参... 本试验以内转录间隔区1(ITS-1)基因作为研究对象,用PCR技术分别对广东(GD)禽源、广东(GD)和安徽(AH)牛源3个隐孢子虫分离株ITS-1基因进行扩增、克隆、序列测定和分析。将扩增序列用DNAStar(4.0)和ClustalX1.81软件与GenBank上登录的参考序列比对,用Phylip3.67构建种群发育进化树,以确定分离株与其他隐孢子虫虫种之间的亲缘关系。通过对ITS-1基因全序列分析,结果表明:禽源隐孢子虫GD分离株为Cryptosporidium baileyi,牛源隐孢子虫GD分离株和AH分离株均为C.andersoni。因此,ITS-1基因可作为隐孢子虫分离株种群分类的遗传标记,从而为隐孢子虫属的种间鉴定以及进一步的分子流行病学调查和分子诊断学研究奠定了基础。 展开更多
关键词 隐孢子虫 PCR 内转录间隔区1 种群分类
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p27^(Kip1)基因启动子区的生物信息学分析 被引量：15
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作者 管晓翔 陈巍魏 +1 位作者 陈龙邦 王靖华 《医学研究生学报》 CAS 2010年第10期1029-1032,共4页
目的生物信息学的发展为通过在线软件预测基因启动子的相关信息提供了众多有重要价值的参考信息。文中利用生物信息学在线软件预测p27Kip1基因启动子功能。方法获取细胞周期调控因子人p27Kip1启动子全长序列,利用多种在线相关软件预测... 目的生物信息学的发展为通过在线软件预测基因启动子的相关信息提供了众多有重要价值的参考信息。文中利用生物信息学在线软件预测p27Kip1基因启动子功能。方法获取细胞周期调控因子人p27Kip1启动子全长序列,利用多种在线相关软件预测出甲基化部位和转录因子结合部位。结果该基因启动子序列全长为3568 bp,核苷酸数据库(Gen-Bank)登录号为E26053。p27Kip1启动子序列中CpG岛存在于2544~2845 bp、2876~3511 bp处,CpG岛的存在会抑制p27Kip1启动子的转录。p27Kip1启动子共有16个转录因子。结论基因启动子相关生物信息学的研究,提高了针对启动子的研究效率,并为预测基因启动子的功能研究提供了重要信息。 展开更多
关键词 p27Kip1启动子区 DNA甲基化 转录因子结合部位 生物信息学分析
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转录因子Nkx2.5、ISL-1表达与小鼠胚胎心的早期发育 被引量：4
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作者 冯先玲 景雅 +3 位作者 李海荣 杨艳萍 乔从进 张涛 《解剖学杂志》 CAS CSCD 北大核心 2010年第5期577-580,594,F0002,共6页
目的：探讨转录因子Nkx2.5和ISL-1的表达与小鼠胚胎早期心发育的关系.方法：胚龄7.5～13d小鼠胚胎连续石蜡切片,用抗α-平滑肌肌动蛋白（α-SMA）、抗心肌肌球蛋白重链（MHC）、抗转录因子ISL-1、抗Nkx2.5抗体,进行免疫组织化学显色.结... 目的：探讨转录因子Nkx2.5和ISL-1的表达与小鼠胚胎早期心发育的关系.方法：胚龄7.5～13d小鼠胚胎连续石蜡切片,用抗α-平滑肌肌动蛋白（α-SMA）、抗心肌肌球蛋白重链（MHC）、抗转录因子ISL-1、抗Nkx2.5抗体,进行免疫组织化学显色.结果：转录因子Nkx2.5在胚龄7.5d生心板表达早于心肌特异性蛋白MHC及SMA.随心外形建立,Nkx2.5在心各部表达逐渐增强.胚龄9d, Nkx2.5阳性表达从原始心管动脉端延伸至心包腔背侧脏壁中胚层及咽周围轴旁中胚层.Isl-1开始表达于胚龄8d原始心管心背系膜及前肠腹侧脏壁中胚层间充质,阳性细胞数量在11～12d达顶峰,形成前肠腹侧连接流出道远端和心房背侧壁的ISL-1阳性细胞带.11～12d,流出道远端出现Nkx2.5和MHC阴性,ISL-1、SMA阳性表达区.胚龄13d后,Nkx2.5和ISL-1在心和前肠腹侧间充质的表达强度下降.结论：Nkx2.5是原始生心区心肌前体细胞早期分化的标记蛋白,在第2生心区表达限于胚龄9d、咽周脏壁和轴旁中胚层心肌前体细胞亚群.第2生心区标记蛋白ISL-1主要表达在胚龄8～12d前肠腹侧脏壁中胚层心肌前体细胞,并向心管添加心肌细胞,参与流出道发育及心管成襻.11d后,第2生心区间充质细胞开始分化为升主动脉和肺动脉干平滑肌. 展开更多
关键词 转录因子Nkx2.5 转录因子ISL-1 第2生心区 胚胎心 小鼠
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RT-PCR扩增HIV-1基因gag区多个片段早期诊断HIV感染 被引量：4
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作者 王晓辉 冯铁建 +2 位作者 石向东 陈琳 赵广录 《现代预防医学》 CAS 2004年第2期156-158,共3页
目的 :建立 RT- PCR(逆转录多聚酶链式反应 )扩增 HIV核酸的检测方法并将其应用到 HIV感染的早期诊断中。方法 :合成 HIV- 1(艾滋病毒 1型 )基因组 gag区 9条引物 ,从 HIV1+2蛋白印迹法确定为抗体阳性、并经病毒载量检测阳性的 HIV感染... 目的 :建立 RT- PCR(逆转录多聚酶链式反应 )扩增 HIV核酸的检测方法并将其应用到 HIV感染的早期诊断中。方法 :合成 HIV- 1(艾滋病毒 1型 )基因组 gag区 9条引物 ,从 HIV1+2蛋白印迹法确定为抗体阳性、并经病毒载量检测阳性的 HIV感染者血浆中提取 HIV- 1RNA,应用 9条引物的随机组合 RT- PCR扩增 HIV gag区核酸片断 ,筛选出扩增灵敏度最高的 3个扩增片断。从血浆 HIV病毒载量大于 5 0 0 copy/ ml的 HIV感染者和正常人血浆中提取病毒 RNA,应用上述 3个扩增片断的引物组合 RT- PCR扩增样本核酸 ,PCR产物经凝胶电泳观察 ,判断待检病人是否感染。结果 :该方法的敏感性为 96 % ,特异性为 10 0 % ,3个片断扩增灵敏度分别为 76 %、 87%、 73%。结论 :应用 RT- PCR扩增 HIV核酸保守区多个基因片断 ,具有较高的灵敏度和特异度 ,方法简单 ,可以应用到 展开更多
关键词 RT-PCR HIV-1基因 gag区 多个核酸片段 早期诊断 艾滋病 HIV感染 逆转录多聚酶链式反应
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犬源环孢子虫的ITS-1序列鉴定 被引量：1
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作者 岳彩玲 李国清 +3 位作者 程家林 高振永 朱海波 李结 《中国人兽共患病学报》 CAS CSCD 北大核心 2011年第2期141-143,共3页
目的对犬粪中新发现的环孢子虫进行分子鉴定。方法在GenBank中登录的环孢子虫18S和5.8S rDNA序列的保守区设计一对引物ITS-1+F/ITS-1+B,扩增犬源环孢子虫ITS-1+序列;将扩增产物纯化并连接到质粒载体pMD19-T,克隆转入感受态细胞JM109,挑... 目的对犬粪中新发现的环孢子虫进行分子鉴定。方法在GenBank中登录的环孢子虫18S和5.8S rDNA序列的保守区设计一对引物ITS-1+F/ITS-1+B,扩增犬源环孢子虫ITS-1+序列;将扩增产物纯化并连接到质粒载体pMD19-T,克隆转入感受态细胞JM109,挑选阳性克隆测序并进行相似性比较和种类鉴定。结果犬源环孢子虫ITS-1+序列长为547bp,包含58bp的18S rDNA序列,333bp的ITS-1序列和156bp的5.8S rDNA序列。其中的18S rDNA和5.8S rDNA与艾美耳科原虫的相似性最大;其中的ITS-1序列与人源环孢子虫、牛源环孢子虫、狒狒源环孢子虫均不相同。结论该犬源环孢子虫可能为环孢子虫属的一个新种。 展开更多
关键词 犬源环孢子虫 内转录间隔区1 PCR 分子鉴定
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