目的采用网络毒理学的方法预测并分析鱼腥草中主要活性物质的相关毒性作用机制。方法通过中药系统药理数据库和分析平台(traditional chinese medicine systems pharmacology database and analysis platform,TCMSP)比较毒物基因组学数...目的采用网络毒理学的方法预测并分析鱼腥草中主要活性物质的相关毒性作用机制。方法通过中药系统药理数据库和分析平台(traditional chinese medicine systems pharmacology database and analysis platform,TCMSP)比较毒物基因组学数据库(the comparative toxicogenomics database,CTD)筛选出鱼腥草中6种有毒活性成分,并用Swiss Target Prediction服务器预测有毒活性成分的靶点信息,进而使用Cytoscape软件构建了有毒活性成分-靶点互作网络以及靶点之间的互作网络。使用DAVID(the database for annotation,visualization and integrated discovery)数据库,进行基因本体分析以及京都基因和基因组百科全书通路富集分析,得出了鱼腥草中有毒物质可能通过哪些通路对人体产生危害。结果研究结果显示,鱼腥草有毒活性成分对应的联系度最高的蛋白PTGS2、PRSS1、MAPT、SLC6A2等以及有毒活性成分可能通过Toll样受体信号通路、MAPK信号通路、Nod样受体信号通路、RIG-I样受体信号通路、mTOR信号通路引起过敏反应;可能抑制中枢神经系统;还可能通过对细胞凋亡的调节引起其他自身免疫系统疾病。结论初步探究了鱼腥草的毒理机制,并预测了鱼腥草可能存在的毒性,并为预测中药成分的毒性以及探究毒性机制提供了新思路。展开更多
为了探究桑葚的药理功能及其作用机制,利用网络药理学方法,对桑葚中含有的化合物进行网络数据构建.利用TCMSP和PubChem平台对得到的64种化合物进行筛选,利用Swiss Target Prediction平台预测靶点蛋白,应用Cytoscape软件对潜在的作用靶...为了探究桑葚的药理功能及其作用机制,利用网络药理学方法,对桑葚中含有的化合物进行网络数据构建.利用TCMSP和PubChem平台对得到的64种化合物进行筛选,利用Swiss Target Prediction平台预测靶点蛋白,应用Cytoscape软件对潜在的作用靶点进行网络互作分析,同时使用DAVID数据库对靶点进行功能及通路富集分析.最终得到二氢槲皮素、黄芩苷、桑黄素、杨梅酮、山奈酚5种候选化合物. 5种化合物共有71个潜在作用靶点和67条生物途径,主要涉及癌症途径(pathways in cancer);节点数最高的蛋白靶点为caspase-3,应用Schrodinger suite 2017软件进行靶蛋白分子对接,caspase-3与黄芩苷的得分最高.研究结果表明,桑葚中的这些生物途径和靶点蛋白主要与抗肿瘤相关.展开更多
目的运用生物信息学方法研究锌指蛋白7(zinc finger protein 7,ZNF7)基因及其共表达基因在乳腺癌发生发展过程中的作用。方法通过GeneCards及PubMeb数据库分析ZNF7基因的已知功能;通过UALCAN网站分析ZNF7在乳腺癌患者中的表达情况,以及...目的运用生物信息学方法研究锌指蛋白7(zinc finger protein 7,ZNF7)基因及其共表达基因在乳腺癌发生发展过程中的作用。方法通过GeneCards及PubMeb数据库分析ZNF7基因的已知功能;通过UALCAN网站分析ZNF7在乳腺癌患者中的表达情况,以及年龄、性别等因素对其表达的影响;通过Kaplan Meier-Plotter工具绘制ZNF7的生存曲线;利用LinkedOmics网站研究ZNF7的共表达基因,并对它们进行基因本体(gene ontology,GO)和京都基因和基因组百科全书(Kyoto Encyclopedia of Genes and Genomes,KEGG)通路富集分析;通过STRING数据库分析ZNF7的蛋白-蛋白相互作用(protein-protein interaction,PPI)网络及其功能。结果ZNF7可能通过转录调控发挥炎症抑制和细胞保护活性,是特定肿瘤中强大的预后标志物,但其在乳腺癌中的角色尚不明确;ZNF7高表达患者生存率明显高于低表达患者,但其表达不受年龄、性别等因素的影响。GO富集结果显示,ZNF7正向共表达基因主要参与核糖核蛋白的生物合成、染色体分离、DNA复制等生物学过程,定位于细胞核,并与DNA及RNA的催化活性、解螺旋酶活性、单链DNA及mRNA结合等分子功能相关;KEGG通路富集表明,ZNF7主要涉及真核生物核糖体生物合成、剪接体、RNA转运、细胞周期、同源重组等通路。在PPI中,核因子κB激酶调节亚基γ抑制剂(inhibitor of nuclear factor kappa B kinase regulatory subunit gamma,IKBKG)和氧化应激诱导生长抑制剂家族成员2(oxidative stress induced growth inhibitor family member 2,OSGIN2)分别参与细胞凋亡和分裂;核糖体蛋白S7(ribosomal protein S7,RPS7)与核糖体蛋白L8(ribosomal protein L8,RPL8)参与核糖体生物合成;烟酰胺腺嘌呤二核苷酸磷酸氧化酶4(nicotinamide adenine dinucleotide phosphate oxidase 4,NOX4)有助于超氧化物的产生。结论ZNF7可能通过参与乳腺癌患者体内多条信号通路的网络调控,从而影响乳腺癌的发生和发展。展开更多
文摘目的采用网络毒理学的方法预测并分析鱼腥草中主要活性物质的相关毒性作用机制。方法通过中药系统药理数据库和分析平台(traditional chinese medicine systems pharmacology database and analysis platform,TCMSP)比较毒物基因组学数据库(the comparative toxicogenomics database,CTD)筛选出鱼腥草中6种有毒活性成分,并用Swiss Target Prediction服务器预测有毒活性成分的靶点信息,进而使用Cytoscape软件构建了有毒活性成分-靶点互作网络以及靶点之间的互作网络。使用DAVID(the database for annotation,visualization and integrated discovery)数据库,进行基因本体分析以及京都基因和基因组百科全书通路富集分析,得出了鱼腥草中有毒物质可能通过哪些通路对人体产生危害。结果研究结果显示,鱼腥草有毒活性成分对应的联系度最高的蛋白PTGS2、PRSS1、MAPT、SLC6A2等以及有毒活性成分可能通过Toll样受体信号通路、MAPK信号通路、Nod样受体信号通路、RIG-I样受体信号通路、mTOR信号通路引起过敏反应;可能抑制中枢神经系统;还可能通过对细胞凋亡的调节引起其他自身免疫系统疾病。结论初步探究了鱼腥草的毒理机制,并预测了鱼腥草可能存在的毒性,并为预测中药成分的毒性以及探究毒性机制提供了新思路。
文摘为了探究桑葚的药理功能及其作用机制,利用网络药理学方法,对桑葚中含有的化合物进行网络数据构建.利用TCMSP和PubChem平台对得到的64种化合物进行筛选,利用Swiss Target Prediction平台预测靶点蛋白,应用Cytoscape软件对潜在的作用靶点进行网络互作分析,同时使用DAVID数据库对靶点进行功能及通路富集分析.最终得到二氢槲皮素、黄芩苷、桑黄素、杨梅酮、山奈酚5种候选化合物. 5种化合物共有71个潜在作用靶点和67条生物途径,主要涉及癌症途径(pathways in cancer);节点数最高的蛋白靶点为caspase-3,应用Schrodinger suite 2017软件进行靶蛋白分子对接,caspase-3与黄芩苷的得分最高.研究结果表明,桑葚中的这些生物途径和靶点蛋白主要与抗肿瘤相关.
文摘目的运用生物信息学方法研究锌指蛋白7(zinc finger protein 7,ZNF7)基因及其共表达基因在乳腺癌发生发展过程中的作用。方法通过GeneCards及PubMeb数据库分析ZNF7基因的已知功能;通过UALCAN网站分析ZNF7在乳腺癌患者中的表达情况,以及年龄、性别等因素对其表达的影响;通过Kaplan Meier-Plotter工具绘制ZNF7的生存曲线;利用LinkedOmics网站研究ZNF7的共表达基因,并对它们进行基因本体(gene ontology,GO)和京都基因和基因组百科全书(Kyoto Encyclopedia of Genes and Genomes,KEGG)通路富集分析;通过STRING数据库分析ZNF7的蛋白-蛋白相互作用(protein-protein interaction,PPI)网络及其功能。结果ZNF7可能通过转录调控发挥炎症抑制和细胞保护活性,是特定肿瘤中强大的预后标志物,但其在乳腺癌中的角色尚不明确;ZNF7高表达患者生存率明显高于低表达患者,但其表达不受年龄、性别等因素的影响。GO富集结果显示,ZNF7正向共表达基因主要参与核糖核蛋白的生物合成、染色体分离、DNA复制等生物学过程,定位于细胞核,并与DNA及RNA的催化活性、解螺旋酶活性、单链DNA及mRNA结合等分子功能相关;KEGG通路富集表明,ZNF7主要涉及真核生物核糖体生物合成、剪接体、RNA转运、细胞周期、同源重组等通路。在PPI中,核因子κB激酶调节亚基γ抑制剂(inhibitor of nuclear factor kappa B kinase regulatory subunit gamma,IKBKG)和氧化应激诱导生长抑制剂家族成员2(oxidative stress induced growth inhibitor family member 2,OSGIN2)分别参与细胞凋亡和分裂;核糖体蛋白S7(ribosomal protein S7,RPS7)与核糖体蛋白L8(ribosomal protein L8,RPL8)参与核糖体生物合成;烟酰胺腺嘌呤二核苷酸磷酸氧化酶4(nicotinamide adenine dinucleotide phosphate oxidase 4,NOX4)有助于超氧化物的产生。结论ZNF7可能通过参与乳腺癌患者体内多条信号通路的网络调控,从而影响乳腺癌的发生和发展。
