目的:对比外显子组测序(whole exome sequencing,WES)和目标序列靶向捕获测序检测中国遗传性视网膜变性(inherited retinal dystrophies,IRDs)患者致病基因变异的差异。方法:收集182例IRDs家系,所有先证者均接受系统的眼科检查和必要的...目的:对比外显子组测序(whole exome sequencing,WES)和目标序列靶向捕获测序检测中国遗传性视网膜变性(inherited retinal dystrophies,IRDs)患者致病基因变异的差异。方法:收集182例IRDs家系,所有先证者均接受系统的眼科检查和必要的全身检查,采集患者及家属血样并提取基因组DNA。按照就诊的时间顺序将患者平均分为两组,一组91例接受WES,另一组91例应用本课题组设计并定制的“遗传性眼病基因诊断芯片”(hereditary eye disease enrichment panel,HEDEP)进行IRDs致病基因外显子区域靶向捕获测序。对候选致病基因用Sanger测序进行验证,并对家系成员进行共分离分析,使用多重连接依赖的探针扩增技术对拷贝数变异进行验证,针对二代测序捕获效率低的区域如RPGR ORF15区,应用Sanger测序补充检测。根据美国医学遗传学与基因组学学会和分子病理学协会(American College of Medical Genetics and Genomics and the Association for Molecular Pathology,ACMG/AMP)制定的《ACMG/AMP基因变异分类标准与指南》将检测到的所有基因变异进行分类,本文只包含“致病的”、“可能致病的”的基因变异,不包含“意义不明确的”、“可能良性的”和“良性的”基因变异。结果:应用HEDEP确诊的家系共51例,阳性率为56.04%(51/91);应用WES确诊的家系共30例,阳性率为33.00%(30/91);总阳性率44.51%(81/182)。平均测序深度以及测序覆盖度方面,HEDEP优于WES,此外HEDEP具有检测拷贝数变异潜力。本研究共检测到29个IRDs基因的致病突变,最常见的致病基因为USH2A、ABCA4和RPGR,基因突变频率分别为11.54%(21/182)、6.59%(12/182)、3.85%(7/182);共发现43个新的致病突变,并检测到6例家系携带RPGR ORF15区的突变。结论:针对临床确诊的IRDs病例,HEDEP较WES能获得更高的基因诊断阳性率和更精确的诊断结果,可作为IRDs基因诊断的首选方法,WES可作为其他基因诊断方法的补充手段。同时,本研究丰富了IRDs致病基因的突变频谱,为将来IRDs基因诊断、遗传咨询和基因治疗奠定了基础。展开更多
目的筛查小儿非综合征型耳聋基因热点突变,初步了解耳聋基因热点突变谱系及发生频率。方法收集2010年1月至2012年12月沈阳市妇女儿童保健中心收治的非综合征型耳聋患儿59例,经知情同意后,抽取外周静脉全血并提取基因组DNA,应用耳聋微阵...目的筛查小儿非综合征型耳聋基因热点突变,初步了解耳聋基因热点突变谱系及发生频率。方法收集2010年1月至2012年12月沈阳市妇女儿童保健中心收治的非综合征型耳聋患儿59例,经知情同意后,抽取外周静脉全血并提取基因组DNA,应用耳聋微阵列芯片检测中国人群中常见4个耳聋基因的9个突变位点,具体包括GJB2基因(235 del C、176 del 16、299 del AT和35 del G)、SLC26A4基因(IVS 7-2 A>G、2168 A>G)、线粒体mtDNA 12S rRNA基因(1494 C>T、1555 A>G)、GJB3基因(538 C>T),分析检测结果。结果59例非综合征型耳聋患儿GJB2基因、SLC26A4基因、mtDNA 12S rRNA 1555 A>G基因突变检出率分别为25.4%、15.3%、0。具体包括:GJB2基因235 del C纯合突变型2例;GJB2基因235 del C/299 del AT复合杂合突变型3例;GJB2基因235delC/176 del 16复合杂合突变型1例;GJB2基因235 del C杂合突变型7例;GJB2基因299 del AT纯合突变型1例;SLC26A4基因IVS 7-2 A>G纯合突变型5例;SLC26A4基因IVS 7-2 A>G杂合突变型3例;GJB2基因235 del C/299 del AT,SLC26A4基因2168 A>G复合杂合突变型1例。59例中无mtDNA 12S rRNA基因1555 A>G均质型突变和GJB3突变。GJB2基因突变中,极重度组和重度组检出率较高(43.8%和41.7%),其次是中度组10.5%、轻度组8.3%,差异有统计学意义(P<0.05)。SLC26A4基因突变中,重度组检出率较高,为41.7%,其次为中度组10.5%、轻度组8.3%和极重度组6.3%,差异有统计学意义(P<0.05)。结论本次研究耳聋患儿热点突变基因以GJB2基因和SLC26A4基因为主,在双耳重度、极重度耳聋患儿的阳性检出率较高。应重视对儿童人群常规耳聋基因的筛查诊断。展开更多
文摘目的:对比外显子组测序(whole exome sequencing,WES)和目标序列靶向捕获测序检测中国遗传性视网膜变性(inherited retinal dystrophies,IRDs)患者致病基因变异的差异。方法:收集182例IRDs家系,所有先证者均接受系统的眼科检查和必要的全身检查,采集患者及家属血样并提取基因组DNA。按照就诊的时间顺序将患者平均分为两组,一组91例接受WES,另一组91例应用本课题组设计并定制的“遗传性眼病基因诊断芯片”(hereditary eye disease enrichment panel,HEDEP)进行IRDs致病基因外显子区域靶向捕获测序。对候选致病基因用Sanger测序进行验证,并对家系成员进行共分离分析,使用多重连接依赖的探针扩增技术对拷贝数变异进行验证,针对二代测序捕获效率低的区域如RPGR ORF15区,应用Sanger测序补充检测。根据美国医学遗传学与基因组学学会和分子病理学协会(American College of Medical Genetics and Genomics and the Association for Molecular Pathology,ACMG/AMP)制定的《ACMG/AMP基因变异分类标准与指南》将检测到的所有基因变异进行分类,本文只包含“致病的”、“可能致病的”的基因变异,不包含“意义不明确的”、“可能良性的”和“良性的”基因变异。结果:应用HEDEP确诊的家系共51例,阳性率为56.04%(51/91);应用WES确诊的家系共30例,阳性率为33.00%(30/91);总阳性率44.51%(81/182)。平均测序深度以及测序覆盖度方面,HEDEP优于WES,此外HEDEP具有检测拷贝数变异潜力。本研究共检测到29个IRDs基因的致病突变,最常见的致病基因为USH2A、ABCA4和RPGR,基因突变频率分别为11.54%(21/182)、6.59%(12/182)、3.85%(7/182);共发现43个新的致病突变,并检测到6例家系携带RPGR ORF15区的突变。结论:针对临床确诊的IRDs病例,HEDEP较WES能获得更高的基因诊断阳性率和更精确的诊断结果,可作为IRDs基因诊断的首选方法,WES可作为其他基因诊断方法的补充手段。同时,本研究丰富了IRDs致病基因的突变频谱,为将来IRDs基因诊断、遗传咨询和基因治疗奠定了基础。
文摘目的筛查小儿非综合征型耳聋基因热点突变,初步了解耳聋基因热点突变谱系及发生频率。方法收集2010年1月至2012年12月沈阳市妇女儿童保健中心收治的非综合征型耳聋患儿59例,经知情同意后,抽取外周静脉全血并提取基因组DNA,应用耳聋微阵列芯片检测中国人群中常见4个耳聋基因的9个突变位点,具体包括GJB2基因(235 del C、176 del 16、299 del AT和35 del G)、SLC26A4基因(IVS 7-2 A>G、2168 A>G)、线粒体mtDNA 12S rRNA基因(1494 C>T、1555 A>G)、GJB3基因(538 C>T),分析检测结果。结果59例非综合征型耳聋患儿GJB2基因、SLC26A4基因、mtDNA 12S rRNA 1555 A>G基因突变检出率分别为25.4%、15.3%、0。具体包括:GJB2基因235 del C纯合突变型2例;GJB2基因235 del C/299 del AT复合杂合突变型3例;GJB2基因235delC/176 del 16复合杂合突变型1例;GJB2基因235 del C杂合突变型7例;GJB2基因299 del AT纯合突变型1例;SLC26A4基因IVS 7-2 A>G纯合突变型5例;SLC26A4基因IVS 7-2 A>G杂合突变型3例;GJB2基因235 del C/299 del AT,SLC26A4基因2168 A>G复合杂合突变型1例。59例中无mtDNA 12S rRNA基因1555 A>G均质型突变和GJB3突变。GJB2基因突变中,极重度组和重度组检出率较高(43.8%和41.7%),其次是中度组10.5%、轻度组8.3%,差异有统计学意义(P<0.05)。SLC26A4基因突变中,重度组检出率较高,为41.7%,其次为中度组10.5%、轻度组8.3%和极重度组6.3%,差异有统计学意义(P<0.05)。结论本次研究耳聋患儿热点突变基因以GJB2基因和SLC26A4基因为主,在双耳重度、极重度耳聋患儿的阳性检出率较高。应重视对儿童人群常规耳聋基因的筛查诊断。
