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1株多毒株重组PRRSV的分离鉴定与遗传进化分析
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作者 元娜 邵明珠 +4 位作者 吕凤霞 窦丽娜 李向清 赵宝凯 董世山 《中国兽医杂志》 北大核心 2025年第3期58-65,共8页
为了分析猪繁殖与呼吸综合征病毒(PRRSV)遗传变异特性,本试验对来自山西省某猪场疑似感染PRRSV的母猪血清和仔猪肺脏组织样品进行PRRSV实时荧光定量逆转录PCR(qRT-PCR)检测,阳性肺脏组织样品研磨液接种于猪肺泡巨噬细胞(PAMs),将出现细... 为了分析猪繁殖与呼吸综合征病毒(PRRSV)遗传变异特性,本试验对来自山西省某猪场疑似感染PRRSV的母猪血清和仔猪肺脏组织样品进行PRRSV实时荧光定量逆转录PCR(qRT-PCR)检测,阳性肺脏组织样品研磨液接种于猪肺泡巨噬细胞(PAMs),将出现细胞病变的PAMs进行有限稀释法纯化后用间接免疫荧光(IFA)鉴定,利用逆转录PCR(RT-PCR)分段扩增分离毒株全基因组序列,并用分子生物学软件进行开放阅读框5(ORF5)基因和全基因组的同源性和遗传进化分析、非结构蛋白2(Nsp2)氨基酸特征及全基因组序列的重组分析。结果显示,qRT-PCR检测样品总阳性率为80%(16/20),从PRRSV阳性仔猪肺脏组织中分离获得1株PRRSV,命名为SXZY202301;分离毒株基因组全长15 021 bp,与NADC30毒株的核苷酸同源性达到90.4%,在遗传进化树中处于同一分支,属于Sublineage 1.8;ORF5基因与IA/2014/NADC34毒株的ORF5基因高度相似,同源性达到了95.1%,在遗传进化树中处于同一分支,属于Sublineage 1.5;分离毒株与类NADC30毒株Nsp2氨基酸序列具有相同的131个氨基酸缺失的典型特征;重组分析结果显示,SXZY202301存在6个重组位点,是以类NADC30毒株为主要亲本,以JXA1毒株和类NADC34毒株为次要亲本的多毒株重组类毒株。本试验为进一步研究PRRSV的重组和演化提供参考。 展开更多
关键词 猪繁殖与呼吸综合征病毒(PRRSV) 分离鉴定 测序分析 遗传进化 重组
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侵染洋桔梗的烟草曲茎病毒分子鉴定及遗传进化分析
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作者 王井园 梁小在 +7 位作者 谢慧婷 陈锦清 李祐聪 秦碧霞 莫翠萍 蔡健和 朱英芝 李战彪 《南方农业学报》 北大核心 2025年第2期431-440,共10页
【目的】明确引起广西南宁市洋桔梗呈现叶脉突起、叶片皱缩的病毒病原,并对病毒分离物的遗传进化关系进行分析,为花卉作物病毒病的综合防控提供理论依据。【方法】以1株具有叶脉突起、叶片皱缩等典型双生病毒症状的洋桔梗为研究对象,采... 【目的】明确引起广西南宁市洋桔梗呈现叶脉突起、叶片皱缩的病毒病原,并对病毒分离物的遗传进化关系进行分析,为花卉作物病毒病的综合防控提供理论依据。【方法】以1株具有叶脉突起、叶片皱缩等典型双生病毒症状的洋桔梗为研究对象,采用双生病毒通用简并引物(PA/PB)对洋桔梗叶片总DNA进行PCR检测,通过设计背靠背引物(TbCSV-F/TbCSV-R)、基因克隆获得相关病毒病原的全基因组序列,使用BLASTn对拼接序列进行比对分析,应用生物学软件SnapGene、SDT和MEGA 7.0对相关病毒病原的全基因组序列及遗传进化进行分析。【结果】利用PA/PB引物能从样品中扩增出1条约500 bp的特异目的条带,BLASTn分析发现,所得序列与GenBank上已登录的烟草曲茎病毒(Tobacco curly shoot virus,TbCSV)各分离物的核苷酸序列相似性均在91%以上,证实所采集的洋桔梗植株受到菜豆金色黄花叶病毒属病毒侵染。利用β卫星通用引物(β01/β02)未能扩增出条带,证实染病的洋桔梗叶片中不存在β卫星分子。利用TbCSV-F/TbCSV-R对感病样品总DNA进行PCR扩增,所得产物经纯化、克隆测序及序列拼接后获得1条长度为2743 bp的病毒全基因组序列,所得序列经核苷酸序列相似性分析表明病毒分离物为TbCSV的1个分离物,命名为TbCSV-GX-YJG。氨基酸同源性分析发现,病毒正链编码的AV1和AV2基因与TbCSV-SHJ01(GenBank登录号:MW779539.1)的核苷酸序列和氨基酸序列相似性均最高,为100%。进化树分析发现,TbCSV-GX-YJG与来自于广西(TbCSV-SHJ01)和四川(TbCSV-SC740,GenBank登录号:MH165181.1)的分离物聚在同一个小分支,说明亲缘关系较近;而与来自于云南(TbCSV-CN,GenBank登录号:KM383752.1)、孟加拉国(TbCSV-YT8,GenBank登录号:HG003650.1)、印度(TbCSV-WSF1和TbCSV-TC240,GenBank登录号分别为HQ407395.1和KF551584.1)的分离物处于不同的分支,说明TbCSV分离物具有一定的进化多样性。【结论】侵染广西洋桔梗表现叶脉突起、叶片皱缩的病毒病原为菜豆金色黄花叶病毒属的TbCSV。 展开更多
关键词 洋桔梗 烟草曲茎病毒 遗传进化 广西
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河北省部分地区太行鸡禽白血病病毒(ALV)的流行病学调查及其遗传进化分析
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作者 鲍佳茵 杨柳 +6 位作者 潘保革 王珏 王麒 王学静 刘华格 管艳庆 陈立功 《黑龙江畜牧兽医》 北大核心 2025年第3期93-101,共9页
为了解河北省部分地区太行鸡群中流行的禽白血病病毒(Avian leukosis virus,ALV)亚群及其遗传进化特征,试验于2022年7月份—2023年3月份采集河北省保定市、石家庄市10个养殖场太行鸡肝脏和脾脏组织的混合样本97份,采用RT-PCR方法分别检... 为了解河北省部分地区太行鸡群中流行的禽白血病病毒(Avian leukosis virus,ALV)亚群及其遗传进化特征,试验于2022年7月份—2023年3月份采集河北省保定市、石家庄市10个养殖场太行鸡肝脏和脾脏组织的混合样本97份,采用RT-PCR方法分别检测样本中ALV-A、ALV-B、ALV-J、ALV-K,并采用DNASTAR、MegAlign等分子生物学软件对检出的部分毒株(随机选取)的env基因测序结果进行遗传进化分析。结果表明:组织病料样本中,ALV总检出率为60.8%(59/97);其中ALV-A、ALV-B检出率均为0(0/97),ALV-J检出率为19.6%(19/97),ALV-K检出率为55.7%(54/97),ALV-J与ALV-K的混合检出率为14.4%(14/97)。选取的9株ALV-J env基因之间的核苷酸和氨基酸相似性分别为92.5%~100%和88.1%~100%。选取的9株ALV-J与15株ALV参考毒株env基因的核苷酸和氨基酸相似性分别为59.7%~97.6%和51.0%~97.4%;其中与ALV-J参考毒株env基因的核苷酸和氨基酸的相似性较高,分别为84.0%~97.6%和84.9%~97.4%;与ALV-J原型株HPRS103的核苷酸和氨基酸相似性分别为93.0%~95.4%和88.8%~94.7%;与ALV-A、ALV-B、ALV-C、ALV-D、ALV-E、ALV-K参考毒株的核苷酸和氨基酸相似性较低。与ALV-J原型株HPRS103相比,选取的9株ALV-J存在28处突变位点和1处缺失位点。选取的20株ALV-K env基因之间的核苷酸和氨基酸相似性分别为96.0%~99.7%和94.0%~99.2%;选取的20株ALV-K与11株ALV参考毒株env基因的核苷酸和氨基酸相似性分别为51.7%~99.7%和38.8%~99.2%;其中与ALV-K参考毒株env基因的核苷酸和氨基酸的相似性较高,分别为93.0%~99.7%和91.9%~99.2%;与ALV-K原型株JS11C1的核苷酸和氨基酸相似性分别为94.9%~97.7%和94.2%~98.5%;与ALV-A、ALV-B、ALV-C、ALV-D、ALV-E、ALV-J参考毒株的核苷酸和氨基酸相似性较低。与ALV-K原型株JS11C1相比,选取的20株ALV-K存在61处突变位点。说明河北省部分地区太行鸡群存在ALV的感染,ALV-J和ALV-K为主要流行的ALV亚群,其env基因变异较大。 展开更多
关键词 太行鸡 禽白血病 禽白血病病毒 流行病学调查 遗传进化分析
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青海海北地区牦牛病毒性腹泻病毒流行病学调查及5′-UTR遗传进化分析
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作者 林伟山 马豆豆 +6 位作者 雷萌桐 魏斌 李国才 王光华 王戈平 简莹娜 李秀萍 《中国畜牧兽医》 北大核心 2025年第3期1241-1249,共9页
【目的】了解青海省海北地区牦牛群中牛病毒性腹泻病毒(Bovine viral diarrhea virus,BVDV)的流行情况及遗传学分子特征。【方法】对采集自青海海北地区的148份腹泻牦牛粪便样品提取病毒RNA并反转录合成cDNA,以其为模板扩增BVDV 5′-UT... 【目的】了解青海省海北地区牦牛群中牛病毒性腹泻病毒(Bovine viral diarrhea virus,BVDV)的流行情况及遗传学分子特征。【方法】对采集自青海海北地区的148份腹泻牦牛粪便样品提取病毒RNA并反转录合成cDNA,以其为模板扩增BVDV 5′-UTR保守区域,建立特异性检测牦牛BVDV的实时荧光定量PCR方法,并以该方法对青海海北地区牦牛养殖场BVDV感染情况进行检测。选取4份BVDV阳性样品,对BVDV 5′-UTR区域序列进行PCR扩增和测序,与NCBI中不同亚型BVDV以及同属病毒毒株进行相似性比对,并基于BVDV 5′-UTR区域进行遗传进化分析。【结果】本研究基于BVDV 5′-UTR成功建立实时荧光定量PCR检测方法,标准曲线相关系数(R^(2))为0.997,标准品浓度为2.69×10^(2)~2.69×10^(9)拷贝/μL时具有良好的线性关系,最小检出限为2.69×10^(2)拷贝/μL。重复性试验结果显示,变异系数均<1.7%,具有良好的重复性和稳定性。采用建立的实时荧光定量PCR方法对青海省海北地区门源县、祁连县、海晏县和湟源县的腹泻牦牛粪便样品进行检测,结果显示,BVDV阳性率分别为45.00%、36.00%、30.77%和29.00%。BVDV 5′-UTR序列比对结果显示,分离获得的4株牦牛源BVDV与伊朗、美国的BVDV-1a亚型毒株聚集在同一个独立分支,核苷酸序列相似性为76.6%~99.7%。【结论】本研究明确了BVDV-1a型是导致青海省海北地区牦牛腹泻的重要病原之一,为该地区牦牛养殖场及时、有效地采取防控措施提供了科学依据,同时丰富了当地BVDV的分子流行病学调查数据,为该地区牛病毒性腹泻病的防控及疫苗研发提供了理论基础。 展开更多
关键词 牦牛 牛病毒性腹泻病毒(BVDV) 流行病学 实时荧光定量PCR 遗传进化分析
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1株犬冠状病毒山西株变异与遗传进化特征
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作者 刘晶英 李炜 +2 位作者 杨勃 孙子龙 张鼎 《畜牧与兽医》 北大核心 2025年第4期85-92,共8页
旨在阐明分离自山西省的1株犬冠状病毒(CCoV)基因变异与遗传进化特征。将疑似CCoV感染犬粪便接种犬肾传代细胞系(MDCK),收毒后扩增CCoV山西株纤突蛋白(S)基因、膜蛋白(M)基因,分别利用DNASTAR、ESPript 3.x和MEGA-X软件分析基因、氨基... 旨在阐明分离自山西省的1株犬冠状病毒(CCoV)基因变异与遗传进化特征。将疑似CCoV感染犬粪便接种犬肾传代细胞系(MDCK),收毒后扩增CCoV山西株纤突蛋白(S)基因、膜蛋白(M)基因,分别利用DNASTAR、ESPript 3.x和MEGA-X软件分析基因、氨基酸相似性以及遗传进化关系。结果:CCoV山西株S基因与已公布参考序列的相似性为88.6%~98.3%,M基因相似性为83.6%~96.3%;CCoV山西株S蛋白、M蛋白均存在部分氨基酸位点变异,其中S蛋白主要为氨基酸点突变,M蛋白第10~40位点呈现高频氨基酸突变区;邻近法(Neighbor-Joining)构建遗传进化树结果显示,CCoV山西株属于CCoVⅡ型毒株,与越南分离株LC190907处于同一分支。综上,S基因、M基因分析结果一致,均表明该CCoV山西株属于CCoVⅡ型毒株,存在不同程度的核苷酸、氨基酸变异,与越南分离株亲缘关系最近。本研究结果为山西省CCoV相关疾病的防控提供了重要的参考。 展开更多
关键词 犬冠状病毒 纤突蛋白基因 膜蛋白基因 同源性 遗传进化
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谱系1和8重组猪繁殖与呼吸综合征病毒的分离鉴定与遗传进化分析
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作者 邹舟 黎颖 +2 位作者 韦莹莹 刘惠僮 韦祖樟 《动物医学进展》 北大核心 2025年第1期29-37,共9页
2023年从广西疑似发生猪繁殖与呼吸综合征病毒(PRRSV)感染猪场的病猪肺脏组织中分离到1株PRRSV,将其命名为GXWZ20230831。采用RT-PCR扩增其全基因组序列并测序,分析遗传进化特点。结果显示,GXWZ20230831能够在Marc-145细胞上增殖,且产... 2023年从广西疑似发生猪繁殖与呼吸综合征病毒(PRRSV)感染猪场的病猪肺脏组织中分离到1株PRRSV,将其命名为GXWZ20230831。采用RT-PCR扩增其全基因组序列并测序,分析遗传进化特点。结果显示,GXWZ20230831能够在Marc-145细胞上增殖,且产生明显的细胞病变;该毒株全基因组长度为15019个核苷酸(nt),与基因2型PRRSV谱系1 NADC30-like毒株的同源性最高,为94.0%,与基因1型PRRSV代表毒株Lelystad virus同源性最低,仅为60.0%;通过Nsp2氨基酸序列比对,结果发现GXWZ20230831存在NADC30-like典型的131(111+1+19)个氨基酸的不连续缺失模式;与美洲型代表株VR2332相比,GXWZ20230831的GP5蛋白在非中和抗原表位发生了V27A、V185A以及R191K 3处突变,同时在GP5蛋白中存在4个潜在的N-糖基化位点;构建的全基因组序列、nsp2基因、ORF5基因遗传进化树均显示该毒株处于谱系1的分支;重组分析表明,GXWZ20230831是1株以谱系1经典毒株NADC30为骨架,谱系8毒株提供重组片段的重组毒株,重组断点位于基因组的nsp1(458-1821 nt)和Nsp4(5405-8179 nt)中。研究结果可为掌握广西地区的PRRSV遗传变异规律提供参考,为制定防控措施提供科学依据。 展开更多
关键词 猪繁殖与呼吸综合征病毒 分离鉴定 重组 遗传进化分析
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2株H5N6亚型禽流感病毒的遗传进化分析
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作者 陈晓娜 杨文卓 +3 位作者 尹信 周江涛 张家豪 亓文宝 《中国家禽》 北大核心 2025年第1期97-111,共15页
为了解禽流感病毒(Avian influenza virus,AIV)的遗传进化特点,试验对2022—2023年从我国湖南和福建活禽交易市场分离的2株鸭源H5N6亚型AIV进行全基因组测序、关键氨基酸位点分析和遗传进化树构建,这2株AIV分别为A/duck/Hunan/QG3/2022(... 为了解禽流感病毒(Avian influenza virus,AIV)的遗传进化特点,试验对2022—2023年从我国湖南和福建活禽交易市场分离的2株鸭源H5N6亚型AIV进行全基因组测序、关键氨基酸位点分析和遗传进化树构建,这2株AIV分别为A/duck/Hunan/QG3/2022(H5N6)(简称HN/QG3)和A/duck/Fujian/QG4/2023(H5N6)(简称FJ/QG4)。结果显示:HN/QG3株属于2.3.4.4b分支,其基因组来源于H5N6和H5N8毒株,与鸭、野鸟、环境和人类来源的H5亚型AIV的同源性较高,而FJ/QG4株属于2.3.4.4h分支,HA基因与分离株A/Rattus norvegicus/China/FS21/2021(H5N6)的相似性为97%,而其他基因片段与2021年广东地区分离的人源H5N6亚型AIV的同源性较高;2株H5N6亚型AIV的HA蛋白裂解位点含有多个连续的碱性氨基酸,符合高致病性AIV的分子特征,HA蛋白第226和228位分别为Q和G,说明H5N6亚型AIV具有优先结合禽源α2,3-唾液酸受体的特征,并且NA蛋白第58~68位缺失11个氨基酸,对小鼠的致病性可能增强。研究表明,2株鸭源H5N6亚型AIV分别属于2.3.4.4b分支和2.3.4.4h分支,其对人源α2,6-唾液酸受体的识别能力增强,毒力和传播能力可能增强。 展开更多
关键词 禽流感病毒 H5N6亚型 遗传进化 基因突变
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鸽腺病毒Ⅰ型TaqMan探针实时荧光定量PCR检测方法的建立及遗传进化分析
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作者 安乐乐 刘倩芸 +2 位作者 蓝秋菊 罗迅 赵永清 《江西农业大学学报》 北大核心 2025年第1期167-177,共11页
【目的】鸽腺病毒感染在全球鸽群中广泛分布,可引起多种临床症状,如呕吐、腹泻、肝脏损伤等,严重影响鸽的健康与养殖效益。建立一种快速高效检测鸽腺病毒Ⅰ型(PiAdV-Ⅰ)TaqMan探针实时荧光定量PCR方法,为鸽腺病毒Ⅰ型临床检测及流行病... 【目的】鸽腺病毒感染在全球鸽群中广泛分布,可引起多种临床症状,如呕吐、腹泻、肝脏损伤等,严重影响鸽的健康与养殖效益。建立一种快速高效检测鸽腺病毒Ⅰ型(PiAdV-Ⅰ)TaqMan探针实时荧光定量PCR方法,为鸽腺病毒Ⅰ型临床检测及流行病学调查提供技术平台。【方法】依据GenBank公布鸽腺病毒Ⅰ型Hexon基因保守区设计引物探针并构建重组质粒pCE2-TA-PiAdV-Ⅰ;优化反应体系和程序,绘制标准曲线、特异性、敏感性和重复性评价,建立鸽腺病毒Ⅰ型TaqMan探针实时荧光定量PCR检测方法;扩增测序阳性临床样品的Hexon基因,使用MEGA5.0进行进化树构建及同源性分析。【结果】该TaqMan探针实时荧光定量PCR方法标准曲线y=-3.1081x+37.374,线性相关系数R2为0.9977,线性关系良好;与鸽疱疹病毒、鸽圆环病毒等鸽子其他常见病毒无交叉反应,具有良好的特异性;最低检测拷贝数为14.6 copies/μL,敏感性是常规PCR方法的10倍,具有高敏感性;组内和组间变异系数均低于1.1%,重复性好。通过检测112份鸽子病料样品,该TaqMan探针实时荧光定量PCR方法检测阳性率为69.64%(78/112),并且高于常规PCR方法阳性检出率65.18%(73/112)。此外,建立的TaqMan探针实时荧光定量PCR方法与常规PCR方法的阳性符合率为100%,总体符合率为95.54%。3条测序毒株与Ⅰ型鸽腺病毒参考毒株同源性为99.47%~99.71%,遗传关系高度接近,表明可能由同一个原始毒株进化而来。【结论】研究建立的鸽腺病毒Ⅰ型TaqMan探针实时荧光定量PCR检测方法线性关系良好、特异性强、敏感性高及重复性好,可快速高效检测出临床样品中的PiAdV-Ⅰ。此外,所扩增序列能够用于分析临床毒株遗传进化特征,有助于快速准确诊断鸽腺病毒感染及疫苗研发提供参考依据。 展开更多
关键词 鸽腺病毒Ⅰ型 Hexon基因 TaqMan探针实时荧光定量PCR 遗传进化分析 临床检测 流行病学调查
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2022—2023年山东部分地区鸭圆环病毒的遗传进化及分子特征分析
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作者 曹凤阳 郭晶 +2 位作者 王丙敬 高林霄 李旭勇 《中国家禽》 北大核心 2025年第3期100-108,共9页
为了解山东地区鸭圆环病毒(DuCV)的流行情况并探究其分子特征,试验从山东省部分地区疑似感染鸭圆环病毒的病鸭中采集样品进行病原检测,初步判定为鸭圆环病毒感染,进一步采用常规PCR方法扩增出4株DuCV的全基因组序列,并进行遗传进化和分... 为了解山东地区鸭圆环病毒(DuCV)的流行情况并探究其分子特征,试验从山东省部分地区疑似感染鸭圆环病毒的病鸭中采集样品进行病原检测,初步判定为鸭圆环病毒感染,进一步采用常规PCR方法扩增出4株DuCV的全基因组序列,并进行遗传进化和分子特征分析。结果显示:4株病毒的全基因组序列相似性在96.6%~99.6%之间;4株病毒与代表株DQ100076位于同一分支,相似性在97%以上,属于DuCV-1b亚型;4株病毒的Cap蛋白虽然均属于DuCV-1b亚型,但SDJN/0723、SDLC/0311与代表株DQ100076位于同一分支,SDHZ/1021、SDENJ/0429位于另一分支,共有11处氨基酸突变;4株病毒的Rep蛋白较保守,氨基酸序列与代表株参考序列之间差异较小。研究表明,DuCV-1b亚型DuCV是2022—2023年山东地区鸭群中的优势流行基因型,并且病毒基因持续变异,结果为山东地区DuCV的防控提供了参考。 展开更多
关键词 鸭圆环病毒 全基因组 遗传进化 分子特征
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河北省邯郸地区鸡源tet(X4)基因阳性大肠杆菌的耐药性分析及遗传进化特征
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作者 王承业 王玮玮 +5 位作者 陈旭 伊蓝坤 白玉彬 王清 朱阵 曹明泽 《黑龙江畜牧兽医》 北大核心 2025年第1期69-81,共13页
为了探究河北省邯郸地区鸡源tet(X4)基因阳性大肠杆菌的耐药性及遗传进化特征,试验于2020年3—6月份和2021年5月份采集该地区3个大型商品蛋鸡养殖场鸡粪便样本400份,划线接种于含4 mg/L替加环素的麦康凯琼脂培养基上分离替加环素抗性疑... 为了探究河北省邯郸地区鸡源tet(X4)基因阳性大肠杆菌的耐药性及遗传进化特征,试验于2020年3—6月份和2021年5月份采集该地区3个大型商品蛋鸡养殖场鸡粪便样本400份,划线接种于含4 mg/L替加环素的麦康凯琼脂培养基上分离替加环素抗性疑似大肠杆菌菌株,并通过革兰氏染色、生化试验和16S rDNA基因的PCR扩增与测序对分离菌株进行进一步鉴定,随后对替加环素抗性大肠杆菌菌株进行tet(X4)基因检测,再对阳性菌株进行其他耐药基因检测、耐药性分析、血清型鉴定、系统进化群分析、质粒复制子分型、多位点序列分型(multilocus sequence typing,MLST)分析。结果表明:共分离到96株替加环素抗性大肠杆菌,其中13株为tet(X4)基因阳性菌株,检出率为13.5%;在tet(X4)基因阳性菌株中,parC基因检出率为100%,然后从高到低依次为bla_(TEM-1)、bla_(OXA-48)、tet(C)、tet(M)、mph(A)和qnrA基因,检出率分别为84.6%、61.5%、38.5%、23.0%、23.0%和7.7%;13株tet(X4)阳性菌株对磺胺甲口恶唑/甲氧苄啶、头孢噻肟、氨苄西林、四环素、多西环素和替加环素的耐药率均为100%,对头孢吡肟、庆大霉素、多黏菌素、氨曲南、磷霉素和阿米卡星的耐药率分别为84.6%、76.9%、69.2%、69.2%、61.5%和15.4%,且均对9种及以上抗生素耐药,其中耐10种及以上抗生素的菌株有9株。13株tet(X4)基因阳性菌株分属于3种O抗原血清型,其中O119血清型有11株,占比为84.6%,为优势血清型;O112血清型和O39血清型各有1株。13株tet(X4)基因阳性菌株分属于2个系统进化群,其中A/C群有9株,占比为69.2%,为优势群;B1群有4株,占比为30.8%。13株tet(X4)基因阳性菌株共携带6种质粒(P0111、IncF、IncI1、IncFIB、IncHI2、IncX2),其中属于质粒复制子谱型IncI1+IncF+P0111的菌株最多,占比为76.9%。13株tet(X4)基因阳性菌株共分为4种序列型别(sequence type,ST),其中ST3817有10株,占比为76.9%,为优势ST;ST641、ST602和未知ST型各有1株。说明河北省邯郸地区鸡源tet(X4)基因阳性大肠杆菌多重耐药现象普遍存在,且优势血清型为O119,优势系统进化群为A/C群,优势ST为ST3817。 展开更多
关键词 大肠杆菌 耐药性 tet(X4)基因 遗传进化特征 邯郸地区
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保定地区猫泛白细胞减少症病毒VP2基因的遗传进化分析
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作者 邹畅 胡月 +1 位作者 李海花 乔家运 《中国畜牧兽医》 北大核心 2025年第2期823-831,共9页
[目的]了解保定地区猫泛白细胞减少症病毒(Feline panleukopenia virus, FPV)的流行情况以及其VP2基因遗传变异情况。[方法]从保定市多家宠物医院随机采集20例疑似患猫泛白细胞减少症(feline panleukopenia, FP)的猫粪便和鼻腔分泌物样... [目的]了解保定地区猫泛白细胞减少症病毒(Feline panleukopenia virus, FPV)的流行情况以及其VP2基因遗传变异情况。[方法]从保定市多家宠物医院随机采集20例疑似患猫泛白细胞减少症(feline panleukopenia, FP)的猫粪便和鼻腔分泌物样本,利用PCR扩增、测序获得FPV VP2全基因序列并对其进行分析,利用Mega 7.0软件构建系统进化树,采用MegAlign软件对其核苷酸序列相似性及关键氨基变异位点进行分析。[结果]20例患猫粪便样品中扩增出16条长度为1 755 bp的FPV VP2特异性条带,序列分析表明,FPV VP2基因全长为1 755 bp,分离获得的FPV均属于G1分型,与日本分离株V211(登录号:AB054227)亲缘关系较近,与FPV标准株CU-4(登录号:M38246)亲缘关系较远,16条FPV VP2基因之间核苷酸序列相似性为99.1%~100%。16条VP2蛋白序列的13个关键氨基酸位点均相同,与FPV标准株CU-4相比,在第101位氨基酸处出现I-T突变;与5个参考毒株CPV VP2的关键氨基酸位点进行比对,仅第101位氨基酸位点相同,其他位点均存在不同程度变异。[结论]保定区主要流行G1型FPV,且其VP2基因遗传稳定性较强。研究结果丰富了FPV的流行病学资料,为保定地区FPV预防提供了理论依据。 展开更多
关键词 猫泛白细胞减少症病毒(FPV) VP2基因 遗传进化 氨基酸位点
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辽宁省沈阳市猫细小病毒VP2基因克隆与遗传进化分析
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作者 李晔 《中国动物检疫》 2025年第1期116-120,共5页
为了解沈阳市猫细小病毒(FPV)的遗传进化情况,探究FPV免疫失败的原因,收集2022年该地区FPV感染猫肛拭子,采用PCR扩增FPV VP2基因,对VP2基因测序并进行同源性比对、主要编码氨基酸位点分析与遗传进化树绘制。结果显示;获得了7个FPV VP2... 为了解沈阳市猫细小病毒(FPV)的遗传进化情况,探究FPV免疫失败的原因,收集2022年该地区FPV感染猫肛拭子,采用PCR扩增FPV VP2基因,对VP2基因测序并进行同源性比对、主要编码氨基酸位点分析与遗传进化树绘制。结果显示;获得了7个FPV VP2基因片段,全长均为1755 bp,与50株参考毒株VP2基因同源性为98.8%~99.9%;与标准株和疫苗株相比,6个获得基因编码的VP2蛋白第91位点发生了改变,其中2个获得基因编码的VP2蛋白第295位点发生了改变;遗传进化树显示,FPV VP2基因分为3个基因群,7个获得基因中有6个位于G1群、1个位于G3群,与国内近年来流行毒株亲缘关系近,但与疫苗株和标准株均不在同一个基因群(G2群)。结果说明;沈阳市流行的FPV逐渐进化形成了不同于疫苗株和标准株的基因群,因此有必要加强FPV感染的流行病学监测,研发针对性更强的疫苗。 展开更多
关键词 猫细小病毒(FPV) VP2基因 同源性 氨基酸位点 遗传进化
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云南省西双版纳地区茶花鸡后口吸虫的鉴定与遗传进化分析
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作者 唐玲 朱劼垚 +6 位作者 侯明鹏 张绍云 李书宁 闫晓霞 魏炜 李布宾 刘孝刚 《中国动物检疫》 2025年第2期120-124,共5页
为确定云南省西双版纳地区茶花鸡盲肠分离到的吸虫种类及遗传进化关系,对高校实践课程中发现的茶花鸡盲肠吸虫进行形态学鉴定、PCR扩增测序、序列同源性分析及遗传进化分析。结果显示:吸虫虫体和虫卵形态结构均符合鸡后口吸虫特征;虫体I... 为确定云南省西双版纳地区茶花鸡盲肠分离到的吸虫种类及遗传进化关系,对高校实践课程中发现的茶花鸡盲肠吸虫进行形态学鉴定、PCR扩增测序、序列同源性分析及遗传进化分析。结果显示:吸虫虫体和虫卵形态结构均符合鸡后口吸虫特征;虫体ITS2序列与鸡后口吸虫(MH915391.1)相似性为99.26%,虫体COX1序列与鸡后口吸虫(NC_044643.1)相似性为98.99%;分离的吸虫与鸡后口吸虫聚于同一个分支。结果表明,西双版纳地区传入了鸡后口吸虫。提示未来应加强本地区禽群中的鸡后口吸虫监测和定期驱虫。 展开更多
关键词 西双版纳茶花鸡 鸡后口吸虫 分子鉴定 遗传进化分析
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上海地区鸽Ⅰ型副黏病毒F基因遗传进化及生物信息学分析
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作者 刘健 周锦萍 +6 位作者 沈莉萍 桂亚萍 葛菲菲 王晓旭 杨显超 刘佩红 王建 《中国畜牧兽医》 CAS CSCD 北大核心 2024年第12期5150-5161,共12页
【目的】了解上海地区鸽Ⅰ型副黏病毒(PPMV-1)流行毒株F基因遗传变异情况,分析F蛋白生物信息学特征,为PPMV-1的防控提供技术支持。【方法】应用RT-PCR方法扩增分离株F基因,测序并进行遗传进化分析,并通过生物信息学在线软件对F蛋白结构... 【目的】了解上海地区鸽Ⅰ型副黏病毒(PPMV-1)流行毒株F基因遗传变异情况,分析F蛋白生物信息学特征,为PPMV-1的防控提供技术支持。【方法】应用RT-PCR方法扩增分离株F基因,测序并进行遗传进化分析,并通过生物信息学在线软件对F蛋白结构功能进行预测分析。【结果】分离株F基因编码区全长为1662 bp,编码553个氨基酸,F蛋白裂解位点序列为112R-R-Q-K-R-F117,符合强毒株序列结构特征。系统进化树分析结果显示,分离株属于新城疫病毒(NDV)ClassⅡ群Ⅵ.2.1.1.2.2亚型,与疫苗株La Sota和Mukteswar处于不同进化分支,与国内分离株Pi/SH/CH/0617/2013和pigeon/Ningxia/2068/2016同属Ⅵ.2.1.1.2.2分支。生物信息学分析结果表明,F蛋白为亲水性蛋白,分子质量约为59.03 ku,理论等电点(PI)为7.87,半衰期为30 h,不稳定系数为35.06,脂肪系数为109.73。F蛋白主要分布在细胞质膜和内质网中,具有跨膜结构和信号肽,包含6个潜在的N-糖基化位点、13个半胱氨酸残基、103个O-糖基化位点,以及67个磷酸化位点。二级结构中α-螺旋、无规则卷曲、延伸链、β-转角分别占46.11%、31.46%、18.08%及4.34%,三级结构预测结果与二级结构相一致。B细胞抗原位点预测结果显示,F蛋白含有11个抗原表位(氨基酸数目≥7)。【结论】本研究分离获得的PPMV-1分离株属于NDV ClassⅡ群Ⅵ.2.1.1.2.2亚型,其F蛋白具有较好的抗原表位,可作为PPMV-1疫苗研制和抗病毒治疗的靶蛋白。研究结果为有效防控PPMV-1感染提供了一定的参考依据,同时也为进一步研发新型疫苗奠定了基础。 展开更多
关键词 鸽Ⅰ型副黏病毒 F基因 遗传进化 生物信息学
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1例梅花鹿狂犬病的病理学诊断及其病原遗传进化分析
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作者 高雅 智宇 +5 位作者 张迪 乔蕾 邵国玉 丁玉林 葛金英 王金玲 《中国兽医杂志》 CAS 北大核心 2024年第2期39-45,共7页
为了探明1例梅花鹿病例的死亡原因,本试验通过组织病理学检查、直接免疫荧光法和免疫组织化学检测对其进行诊断,通过反转录聚合酶链反应(RT-PCR)扩增狂犬病病毒(RABV)核蛋白(N)和糖蛋白(G)基因序列,测序后进行同源性、分子进化和系统发... 为了探明1例梅花鹿病例的死亡原因,本试验通过组织病理学检查、直接免疫荧光法和免疫组织化学检测对其进行诊断,通过反转录聚合酶链反应(RT-PCR)扩增狂犬病病毒(RABV)核蛋白(N)和糖蛋白(G)基因序列,测序后进行同源性、分子进化和系统发育关系分析。结果显示,患病梅花鹿临床表现出狂暴型神经症状。组织病理学表现为典型的非化脓性脑炎,在大脑、小脑、脑干、脊髓和海马等部位的神经细胞胞浆内均有大小不等、圆形或椭圆形的嗜酸性RABV包涵体。采用直接免疫荧光法和免疫组织化学法均在小脑组织中检测到大量特异性的RABV阳性信号。基因测序和分析结果显示,分离毒株N和G基因分别长1424和1675 bp,均与2015年呼和浩特牛源毒株Rabies virus isolate CNM1101C(KC193267)核苷酸同源性最高,分别为99.5%和99.3%。分离毒株N和G基因与从河南、甘肃、湖北、福建和山东等省分离的毒株位于同一分支,属于Asian谱系。结果表明,该梅花鹿感染狂犬病,RABV分离毒株属于中国地区流行的Asian谱系,与国内流行毒株起源于共同的祖先。 展开更多
关键词 梅花鹿 狂犬病 内基氏小体 病理学 遗传进化
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山东地区1株牛病毒性腹泻病毒的分离鉴定及遗传进化分析 被引量:1
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作者 毕峻铭 董雅琴 +7 位作者 崔进 沙洲 顾丛丛 郑辉 魏荣 孙福亮 张锋 张志宏 《中国畜牧兽医》 CAS CSCD 北大核心 2024年第10期4485-4499,共15页
【目的】了解并掌握山东地区牛病毒性腹泻病毒(Bovine viral diarrhea virus,BVDV)流行毒株的生物学特性和遗传变异情况,为BVDV防控提供理论依据和技术支持。【方法】采集养牛场疑似BVDV感染样品制备组织上清液,利用RT-PCR方法进行病原... 【目的】了解并掌握山东地区牛病毒性腹泻病毒(Bovine viral diarrhea virus,BVDV)流行毒株的生物学特性和遗传变异情况,为BVDV防控提供理论依据和技术支持。【方法】采集养牛场疑似BVDV感染样品制备组织上清液,利用RT-PCR方法进行病原鉴定,接种MDBK细胞进行病毒分离培养,采用间接免疫荧光试验(IFA)和电镜观察对分离毒株进行鉴定,对分离毒株全基因组进行分段扩增、克隆和测序,并采用Lasergene等软件分别对全基因组序列、N^(pro)和E2基因进行比对和遗传演化分析。【结果】病料样品BVDV特异性引物RT-PCR扩增得到大小约504 bp的目的条带,与预期大小一致。IFA结果显示特异性绿色荧光;电镜下可见直径约50 nm的病毒粒子,表明分离到1株非致细胞病变型BVDV毒株,命名为SDNF9株。分离株基因组全长为12232 nt,与BVDV参考毒株的全基因组核苷酸相似性为79.1%~93.8%,其中,与中国分离毒株22AH-1和澳大利亚毒株Bega-like的相似性最高,为93.8%;N^(pro)和E2蛋白氨基酸存在多个位点变异;SDNF9分离毒株与BVDV2型毒株和BVDV3型毒株处于遗传演化的不同分支,而与BVDV 1型毒株处于同一分支,属于BVDV 1c基因型。【结论】本研究成功分离到1株BVDV 1c流行毒株,并进行基因组和遗传演化分析,与中国分离毒株22AH-1亲缘关系最近,为山东地区牛病毒性腹泻的防控和疫苗研制提供数据和材料支持。 展开更多
关键词 牛病毒性腹泻病毒(BVDV) 分离 鉴定 序列分析 遗传进化分析
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猪非典型瘟病毒广西流行株的鉴定与遗传进化分析 被引量:1
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作者 谢守玉 魏园园 +6 位作者 谢颖 黄张玲 周明旭 颜健华 梁凤 李军 熊毅 《中国预防兽医学报》 CAS CSCD 北大核心 2024年第4期418-425,共8页
为了解猪非典型瘟病毒(APPV)广西流行株的遗传进化特点,本研究从广西3个地区共采集23份患先天性震颤(CT)症状的新生仔猪脑、肝脏、脾脏、肾脏等组织样品,采用荧光定量RT-PCR (RT-q PCR)检测APPV,经RT-PCR分段扩增APPV阳性样品的全基因... 为了解猪非典型瘟病毒(APPV)广西流行株的遗传进化特点,本研究从广西3个地区共采集23份患先天性震颤(CT)症状的新生仔猪脑、肝脏、脾脏、肾脏等组织样品,采用荧光定量RT-PCR (RT-q PCR)检测APPV,经RT-PCR分段扩增APPV阳性样品的全基因组序列,结果显示,检出18份APPV阳性样品,RT-PCR分段扩增并经测序拼接后共获得4条APPV广西流行株全基因组序列,结合Gen Bank登录的共有9条APPV广西流行株全基因组序列,采用BLAST及Bio Edit软件分析APPV广西流行株全基因组序列的相似性;利用Mega 7.0软件绘制ORF、N^(pro)、E^(rns)及E2基因的系统发育树;通过Bepipred 2.0软件预测APPV囊膜糖蛋白E^(rns)、E2蛋白的线性抗原表位;利用Net NGlyc 1.0在线软件预测APPV E^(rns)、E2蛋白N-糖基化位点;利用RDP5和Sim Plot软件分析APPV广西流行株全基因组的重组性。相似性结果显示,9条APPV广西流行株全基因组序列与Gen Bank中APPV流行株全基因组序列的相似性最高为89.9%~99.8%,且这些流行株分别来源于河北、湖北、湖南、四川、广西及广东等地;APPV广西流行株之间及与国内外APPV参考株全基因组序列的相似性分别为79.4%~99.6%及77.1%~98.3%,表明APPV广西流行株基因组进化来源广泛且复杂,并且APPV广西流行株之间的差异较大。遗传进化分析显示,ORF系统发育树分为3个基因型,APPV广西流行株GX01-2019属于I-2基因亚型,GX02-2018株属于I-3基因亚型,GX02-2019株属于Ⅱ基因型,其余则属于I-1基因亚型,N^(pro)、E^(rns)、E2基因的系统发育趋势与ORF基本一致。表明APPV广西流行株以I基因型为主,且无时间地域分布特点,并具有生物遗传多样性特征;抗原表位和N-糖基化位点预测结果显示,E^(rns)蛋白主要含aa7~aa14、aa24~aa36、aa39~aa66等7个抗原表位,E2蛋白主要含aa5~aa9、aa16~aa25、aa35~aa111等5个抗原表位;APPV广西流行株E^(rns)蛋白N-糖基化位点分别为^(12)NSTG^(15)、^(43)NETI^(46)及^(64)NYTC^(67),E2蛋白N-糖基化位点分别为51NG(D或E)S(T)L54和64NTSS(I)67;重组分析结果显示,广西流行株APPV_China/GX-WZ/2017有重组信号,主要亲本为广西GX01-2018株,二者相似性为99.7%,次要亲本为韩国的KU16-2株,二者相似性为100%。本研究为广西地区APPV分子流行病学研究和遗传进化分析提供了基础数据。 展开更多
关键词 猪非典型瘟病毒 广西流行株 遗传进化
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黑龙江地区G6P[5]型牛轮状病毒分离鉴定及遗传进化分析 被引量:1
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作者 王笑冉 朱庆贺 +2 位作者 宋军 郭东华 孙东波 《黑龙江八一农垦大学学报》 2024年第2期29-36,共8页
牛轮状病毒(bovine rotavirus,BRV)是引起犊牛急性病毒性胃肠炎的主要病原体之一。为调查黑龙江省牛群BRV的基因型及其遗传进化多样性,利用恒河猴胚肾细胞(MA-104)对BRV阳性粪便样本进行病毒分离,通过逆转录-聚合酶链反应(reverse trans... 牛轮状病毒(bovine rotavirus,BRV)是引起犊牛急性病毒性胃肠炎的主要病原体之一。为调查黑龙江省牛群BRV的基因型及其遗传进化多样性,利用恒河猴胚肾细胞(MA-104)对BRV阳性粪便样本进行病毒分离,通过逆转录-聚合酶链反应(reverse transcription polymerase chain reaction,RT-PCR)检测、间接免疫荧光鉴定和电镜观察方法对分离毒株进行鉴定;进一步通过Illumina二代测序技术获得分离毒株全基因组,对其进行序列分析,并构建VP4、VP7进化树。结果显示,MA-104细胞盲传至第5代出现细胞病变效应(cytopathic effect,CPE),传至第8代稳定出现CPE,分离毒株经RT-PCR检测、间接免疫荧光鉴定为BRV阳性,电镜观察结果显示在细胞培养物中观察到呈典型车轮状的无囊膜病毒粒子,符合BRV形态特征,表明成功分离得到一株BRV,将其命名为BRV HLJ-J7;全基因组测序分析显示基因型为G6-P[5]-I2-R2-C2-M2-A11-N2-T6-E2-H3型;遗传进化分析结果显示,VP4基因与中国分离毒株Y3亲缘关系最近,同源性为98.2%;VP7基因与中国分离毒株LN19-4亲缘关系最近,同源性为98.8%。研究成功分离到一株G6P[5]型BRV,为黑龙江省BRV遗传进化及分子流行病学的研究奠定基础。 展开更多
关键词 牛轮状病毒 分离鉴定 遗传进化
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猫杯状病毒的分离纯化及遗传进化特征分析
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作者 马增贤 张娜 +5 位作者 卢琳琳 李春雨 杨勃 孙子龙 牛胜 张鼎 《核农学报》 CAS CSCD 北大核心 2024年第9期1707-1714,共8页
猫杯状病毒(FCV)作为导致猫上呼吸道感染的重要病原,具有高度传染性,严重危害猫科动物健康。为了解山西省FCV分离株变异水平及遗传发育特征,使用猫肾细胞(CRFK)分离、纯化山西省FCV分离株,用透射电镜观察病毒形态,测定病毒半数感染量(TC... 猫杯状病毒(FCV)作为导致猫上呼吸道感染的重要病原,具有高度传染性,严重危害猫科动物健康。为了解山西省FCV分离株变异水平及遗传发育特征,使用猫肾细胞(CRFK)分离、纯化山西省FCV分离株,用透射电镜观察病毒形态,测定病毒半数感染量(TCID_(50))和生长曲线,基于结构蛋白VP1分析猫杯状病毒基因、氨基酸变异水平与遗传发育特征。结果显示,试验纯化得3株山西省FCV分离株(SX-2021-1、SX-2021-2和SX-2021-3),病毒大小约为40 nm,TCID_(50)为10^(-8.43)/mL,FCV感染CRFK细胞的6~72 h中,在24 h时病毒滴度达到最高(SX-2021-3)。SX-2021-1与SX-2021-2株的VP1基因同源性为99.8%,SX-2021-3株VP1基因呈现较高的变异性,与其他两株的同源性约为77%。FCV山西分离株与已公布FCV毒株同源性为70.7%~83.9%,其中SX-2021-1、SX-2021-2与我国黑龙江分离株(HRB-SS)同源性最高(83.9%),SX-2021-3与我国上海分离株(SH1)同源性最高(80.5%)。FCV山西分离株VP1蛋白在E区5′高变区和3′高变区均存在多个氨基酸位点突变,其中SX-2021-3株与其他两株的VP1蛋白氨基酸差异性明显。遗传进化分析结果显示,FCV山西分离株与疫苗株和VSD毒株亲缘关系均较远,SX-2021-1、SX-2021-2与我国黑龙江地区分离株(HRB-SS、WZ-1和XH)亲缘关系较近;SX-2021-3与上海毒株(SH1)处于同一分支。综上,本研究阐明了山西省FCV分离株变异水平及遗传发育特征,为FCV病原及疫苗研究提供了重要依据。 展开更多
关键词 猫杯状病毒 山西省 同源性 遗传进化
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河北省牛梨形虫流行病学调查及遗传进化分析
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作者 孙通宝 陈丽凤 +4 位作者 邹亚学 吴晨雨 果欣雨 张雪晴 王秋悦 《中国预防兽医学报》 CAS CSCD 北大核心 2024年第5期529-534,共6页
为了解我国河北省牛梨形虫的种类、感染率、遗传进化及季节流行性情况,本研究共收集河北省7个地级市的牛血液样品564份,以提取的牛全血液基因组DNA为模板,采用套式PCR对牛梨形虫18S r RNA基因进行扩增检测,并鉴定虫种,选取10份不同地区... 为了解我国河北省牛梨形虫的种类、感染率、遗传进化及季节流行性情况,本研究共收集河北省7个地级市的牛血液样品564份,以提取的牛全血液基因组DNA为模板,采用套式PCR对牛梨形虫18S r RNA基因进行扩增检测,并鉴定虫种,选取10份不同地区牛犁形虫阳性样品测序,并构建其18S r RNA基因系统进化树分析其遗传进化特征。结果显示,我国河北省牛梨形虫总感染率为18.6%(105/564),其中张家口地区牛梨形虫感染率最高,为83.3%(20/24),极显著高于河北省其他地区(P<0.01),唐山、沧州、石家庄及承德的牛梨形虫感染率分别为27.4%(32/117)、22.1%(17/77)、25.0%(20/80)和19.0%(16/84),秦皇岛和衡水地区牛梨形虫感染率为0。感染梨形虫的虫种主要为双芽巴贝斯虫、牛巴贝斯虫和瑟氏泰勒虫,感染率最高的为双芽巴贝斯虫(12.2%,69/564)。18S r RNA基因的进化树分析结果显示,10份牛梨形虫18S r RNA基因均呈地区性聚集;统计学分析结果显示,8月份河北省牛梨形虫感染率最高(29.7%),显著高于其他月份(P<0.05),4月~8月间牛梨形虫感染率呈逐渐上升的趋势,8月份达到顶峰后感染率逐渐下降。本研究首次对河北省牛梨形虫进行了流行病学调查,并分析了其遗传进化特征,结果表明河北省存在牛梨形虫的感染,尤其是张家口地区,该地区应在夏季应加强对牛梨形虫的重点防控。本研究为河北省牛梨形虫的防制提供了科学依据。 展开更多
关键词 牛梨形虫 巴贝斯虫 泰勒虫 感染调查 遗传进化分析
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