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基于高通量转录组测序技术筛选吉林黑鸡与卵泡发育相关基因及验证
1
作者 陈晓霞 杨辉 +1 位作者 张连江 周会敏 《饲料研究》 北大核心 2024年第24期80-88,共9页
试验旨在筛选吉林黑鸡3个不同发育阶段的卵泡组织大白泡(LWF)、小黄泡(SYF)、大黄泡(LYF)与卵泡发育相关的差异表达基因(DEGs)。试验选取健康、体重和饲养管理环境一致的21周龄的吉林黑鸡3只,采用高通量转录组测序技术对吉林黑鸡不同发... 试验旨在筛选吉林黑鸡3个不同发育阶段的卵泡组织大白泡(LWF)、小黄泡(SYF)、大黄泡(LYF)与卵泡发育相关的差异表达基因(DEGs)。试验选取健康、体重和饲养管理环境一致的21周龄的吉林黑鸡3只,采用高通量转录组测序技术对吉林黑鸡不同发育阶段的卵泡组织的mRNA差异表达基因进行筛选和分析,构建了9个cDNA文库。从中选取13个共表达的差异表达基因:黄嘌呤脱氢酶(XDH)、同源域蛋白同源盒(HOPX)、溶质载体家族26成员1(SLC26A1)、CUB和SUSHI多域1(CSMD1)、脂肪酸结合蛋白3(FABP3)、嘌呤能受体(P2RX7)、主要组织相容性复合体B(BF2)、催乳素受体(PRLR)、17β-羟类固醇脱氢酶2(HSD17B2)、细胞色素P450家族19亚家族A成员1(CYP19A1)、谷氨酸离子型受体AMPA型亚基2(GRIA2)、神经肽Y受体Y4(NPY4R)、血管活性肠肽受体2(VIPR2)进行实时荧光定量PCR(RT-qPCR)验证。结果显示,高通量转录组测序结果准确。京都基因与基因组百科全书(KEGG)分析结果表明,核因子κB(NF-κB)信号通路、细胞黏附分子(CAMs)、类固醇激素生物合成、过氧化物酶体增殖物激活受体(PPAR)信号通路、神经活性配体-受体相互作用、环磷腺苷酸(CAMP)信号通路、JAK-STAT信号通路与卵泡发育调控有关。研究表明,试验结果可为进一步研究产蛋性状形成的分子机制奠定基础。 展开更多
关键词 高通量转录组测序技术 吉林黑鸡 卵泡发育
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高通量转录组测序技术在克罗诺杆菌毒力基因研究中的应用进展 被引量：1
2
作者 李逍凡 陈沁 +1 位作者 钮冰 杨捷琳 《食品安全质量检测学报》 CAS 北大核心 2022年第21期6882-6888,共7页
克罗诺杆菌(Cronobacter)是一种兼性厌氧的革兰氏阴性菌,会引起婴幼儿脑膜炎等多种疾病,严重危害人类健康。高通量转录组测序技术是一种具体测定各基因表达量的测序方法,不仅可以全面研究全新的转录本,还能获得更准确、详细的研究结果... 克罗诺杆菌(Cronobacter)是一种兼性厌氧的革兰氏阴性菌,会引起婴幼儿脑膜炎等多种疾病,严重危害人类健康。高通量转录组测序技术是一种具体测定各基因表达量的测序方法,不仅可以全面研究全新的转录本,还能获得更准确、详细的研究结果。本文综述了近年来高通量转录组测序技术在克罗诺杆菌新毒力因子相关基因的发现、毒力基因表达量与菌株毒力间的变化关系,以及不同时间段上毒力基因表达量的差异方面的研究成果,并展望该技术在克罗诺杆菌毒力研究中的应用前景,以期为克罗诺杆菌的研究方法、防控防治提供意见和建议。 展开更多
关键词 高通量转录组测序技术 克罗诺杆菌 毒力因子 毒力基因
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高通量转录组测序技术及其在鳞翅目昆虫上的应用 被引量：20
3
作者 杨帆 黄立华 张爱兵 《昆虫学报》 CAS CSCD 北大核心 2014年第8期991-1000,共10页
转录组是指组织或者细胞在某一特定状态下转录出来的所有RNA的集合。高通量第2代测序技术使转录组学的研究模式发生了巨大的改变,所衍生出的转录组测序迅速成为研究非模式生物的先进技术。转录组测序能够在整体水平上探究细胞内基因表... 转录组是指组织或者细胞在某一特定状态下转录出来的所有RNA的集合。高通量第2代测序技术使转录组学的研究模式发生了巨大的改变,所衍生出的转录组测序迅速成为研究非模式生物的先进技术。转录组测序能够在整体水平上探究细胞内基因表达的种类和数量,揭示在特定条件下机体生理生化发生过程以及其中的分子机理。本文简要阐述了转录组测序技术的基本概念、技术流程与原理,详细介绍了转录组测序在解决鳞翅目昆虫的分类、毒理、发育、与寄主互作以及非编码RNA调控等问题上做出的贡献,并对该技术现存的困难进行了系统的阐述并对其未来的发展趋势作出了简要的预测与剖析。 展开更多
关键词 转录组 转录组测序 高通量测序 数据组装 测序流程 鳞翅目
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高通量转录组测序技术在植物雄性不育研究中的应用 被引量：14
4
作者 刘永明 张玲 +2 位作者 邱涛 赵卓凡 曹墨菊 《遗传》 CAS CSCD 北大核心 2016年第8期677-687,共11页
植物雄性不育是指植物雄蕊发育受阻不能产生正常有功能花粉的现象。植物雄性不育不仅是生殖生理研究的宝贵材料,也是植物杂种优势利用的重要工具。由于高通量转录组测序技术几乎可以检测细胞内所有mRNA及非编码RNA的信息,已被广泛应用... 植物雄性不育是指植物雄蕊发育受阻不能产生正常有功能花粉的现象。植物雄性不育不仅是生殖生理研究的宝贵材料,也是植物杂种优势利用的重要工具。由于高通量转录组测序技术几乎可以检测细胞内所有mRNA及非编码RNA的信息,已被广泛应用于生命科学研究的各项领域。在植物雄性不育相关研究中,高通量转录组测序技术在不同物种、不同败育类型中的应用已有报道,这为研究者在转录组水平综合了解植物雄性不育的分子机制及代谢网络提供了帮助。本文从测序文库构建策略、差异表达基因、非编码RNA的功能特征等方面综述了高通量转录组测序在植物雄性不育机理方面的研究进展,并探讨了转录组测序技术在花粉败育机制解析及育性相关基因定位中的应用价值,以期为植物雄性不育的相关研究提供参考。 展开更多
关键词 植物雄性不育 转录组 转录组测序 非编码RNA
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综述高通量转录组测序技术在生物中的应用 被引量：6
5
作者 孙墨可 孙晓文 +4 位作者 田娟 董玉迪 郭来春 王春龙 张曼 《南方农机》 2018年第19期16-17,共2页
要想研究基因结构和功能上的表现,则转录组研究是研究的主要部分,随着时代的发展,这些年来转录组测序技术已在动植物研究领域得到了广泛运用。高通量转录组测序技术在生物上的运用是本文研究和分析的主要基础,其主要研究领域包括未知基... 要想研究基因结构和功能上的表现,则转录组研究是研究的主要部分,随着时代的发展,这些年来转录组测序技术已在动植物研究领域得到了广泛运用。高通量转录组测序技术在生物上的运用是本文研究和分析的主要基础,其主要研究领域包括未知基因挖掘、分子标记及相关代谢途径三个方面,参考近几年发表的有关转录组研究的文献,综述了转录组测序技术在各研究领域中的应用及取得的成果。 展开更多
关键词 高通量 转录组 测序 生物
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基于高通量转录组测序技术的无精子症患者睾丸组织比较转录组分析 被引量：3
6
作者 罗斌 吕自力 +5 位作者 单旭东 赵情梅 杜珍珍 张霞 李俊君 梁鑫 《生物化学与生物物理进展》 SCIE CAS CSCD 北大核心 2020年第6期538-550,共13页
本研究探讨不同程度无精子症患者睾丸组织的转录组差异,了解差异表达基因(DEG)在功能、分类和代谢通路的不同,揭示无精子症患者精子发生分子机制,为促进男性不育研究的发展提供理论基础.选取1份非梗阻性无精子症和4份梗阻性无精子症患... 本研究探讨不同程度无精子症患者睾丸组织的转录组差异,了解差异表达基因(DEG)在功能、分类和代谢通路的不同,揭示无精子症患者精子发生分子机制,为促进男性不育研究的发展提供理论基础.选取1份非梗阻性无精子症和4份梗阻性无精子症患者睾丸组织样品(从无精子到有精子),进行RNA提取和文库构建,利用Illumina HiSeqTM2500高通量测序,构建无精子症患者睾丸组织转录组文库,并用生物信息学方法进行分析.结果发现,样品比对基因组数据库的平均比对率为94.38%,共检测2242个属于预测新的蛋白质编码基因的转录本.得到差异表达基因统计结果为:NOA vs.OA1基因上调8045,下调1150;OA1 vs.OA2基因上调1538,下调420;OA2 vs.OA3基因上调1275,下调1690;OA3 vs.OA4基因上调1834,下调1853.比较5例无精子症睾丸组织的差异基因KEGG,主要富集在RNA降解通路、基底细胞瘤通路、癌通路、黑色素生成通路和调节干细胞多能性等信号通路.PRM1、PRM2、TNP1、UBXN6、CXCL16、NUPR2、CCDC136和CRISP2等基因的表达呈递增趋势,并具有时序特异性.此外,5例无精子症睾丸组织的表达基因有不同程度的基因融合.综上,基因融合可能和无精子症相关,并且不同程度无精子症患者睾丸组织的差异表达基因数量、功能、分类和代谢通路不同.本研究筛选出精子发生、精子运动等差异表达基因,丰富了无精子症患者睾丸组织转录组信息,为开展无精子症患者睾丸组织相关基因及分子调控机制的研究奠定基础. 展开更多
关键词 无精子症 睾丸组织 转录组测序 辅助生殖 差异表达基因
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单细胞转录组测序技术在骨质疏松症研究中的应用与进展 被引量：1
7
作者 孙成涛 孙广江 +2 位作者 戚晓楠 程茗 姚啸生 《中国组织工程研究》 CAS 北大核心 2025年第13期2812-2821,共10页
背景:骨质疏松导致的脆性骨折发病率逐年上升,亟需探索其病理生理、潜在生物标志物、治疗靶点及有效药物。骨微环境中存在多种细胞,对骨代谢的维持至关重要。近几年,单细胞RNA测序(scRNA-seq)技术被开发用于表征单个细胞的转录组,并逐... 背景:骨质疏松导致的脆性骨折发病率逐年上升,亟需探索其病理生理、潜在生物标志物、治疗靶点及有效药物。骨微环境中存在多种细胞,对骨代谢的维持至关重要。近几年,单细胞RNA测序(scRNA-seq)技术被开发用于表征单个细胞的转录组,并逐步应用到骨质疏松症防治的研究。目的:综述单细胞转录组测序技术在骨质疏松症研究中的应用与进展。方法:由第一作者使用计算机检索Web of Science,PubMed和中国知网数据库中2009-2023年出版的文献,英文检索词为:“single-cell RNA sequencing,bone marrow derived stromal cells,osteoblasts,osteocytes,osteoclasts,immune cells,Bone marrow vascular endothelial cells”;中文检索词为:“单细胞转录组测序,骨髓间充质干细胞,成骨细胞,骨细胞,破骨细胞,免疫细胞,骨髓血管内皮细胞”;通过阅读筛选相关文献,最终纳入89篇文献进行综述分析。结果与结论:①单细胞转录组测序技术能够深入了解细胞发育、增殖、分化的轨迹及其调控机制。②影响骨密度的候选基因主要富集在骨髓间充质干细胞亚群,其中Sox9是关键的转录因子。③成骨细胞不同亚群中差异表达Runx2控制骨髓间充质干细胞向成骨细胞方向分化。④破骨细胞分化过程中RAB38与组蛋白修饰和转录调控动态变化有关。⑤单细胞层面研究证实,骨微环境中存在多种细胞间通讯,破骨细胞可能通过CD160-TNFRSF14配体-受体结合进行细胞间通讯;中性粒/单核细胞与成骨细胞间可能通过RESISTIN通路进行交互;浆样树突状细胞与成骨细胞系通过表皮生长因子通路进行交流;均可以为靶点预测和药物研发提供方向。⑥新的骨髓毛细血管内皮细胞亚群,称为S型内皮细胞,完全起源于骨骺次级骨化中心,甚至比H型血管更具有可塑性。⑦文章从细胞角度总结单细胞转录组测序技术在表征不同骨组织细胞的分化命运和分化轨迹、识别新的细胞亚群、鉴定细胞调控因子及明确细胞间通讯的研究进展,为探讨骨质疏松症的病理机制、筛选潜在诊断标志物、预测治疗靶点及探究药物作用机制提供细胞层面的信息。⑧未来单细胞测序技术将向单细胞多组学(基因组、蛋白组学及代谢组学)方向及结合其他诸如空间转录组技术为骨组织细胞变化提供更有价值的信息。 展开更多
关键词 单细胞转录组测序 骨质疏松 骨代谢 骨髓间充质干细胞 骨细胞 破骨细胞 骨免疫学 骨髓血管内皮细胞
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基于高通量测序技术对文冠木-4味汤混合粉末鉴定研究
8
作者 敖敦格日乐 乌仁珠日哈 +4 位作者 萨其儿 马雅茹 哈布日 包桂花 拉喜那木吉拉 《亚太传统医药》 2025年第3期63-67,共5页
目的:建立基于高通量测序技术对文冠木-4味汤混合样品鉴定研究的鉴定方法。方法:采用高通量测序技术提取文冠木-4味汤混合粉末样品中的总DNA,对ITS2片段进行PCR扩增,利用Illumina MiSeq平台对DNA片段进行双端测序,最后采用FLASH、QIIME... 目的:建立基于高通量测序技术对文冠木-4味汤混合样品鉴定研究的鉴定方法。方法:采用高通量测序技术提取文冠木-4味汤混合粉末样品中的总DNA,对ITS2片段进行PCR扩增,利用Illumina MiSeq平台对DNA片段进行双端测序,最后采用FLASH、QIIME、GraPhlAn及MEGA 7.0软件对序列进行整理并聚类分析,鉴定混合粉末中的物种。结果:混合样品中得到高质量的ITS2序列共331436条,最终比对到了4个物种(文冠木、诃子、秦艽和黄柏)。采用Krona软件进行群落分类学组成的交互展示秦艽序列占有效序列总量的42%、文冠木为22%,诃子为20%、黄柏为16%。结论:以ITS2作为条形码,采用高通量测序技术可以鉴定出文冠木-4味汤混合样品中的物种,也为其混合药材的鉴定提供新思路。 展开更多
关键词 文冠木-4味汤 高通量测序技术 ITS2 混合粉末 分子鉴定
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高通量测序技术检测和实验室常规培养在肺泡灌洗液中细菌检出的应用效果
9
作者 戚丽敏 《中国医药指南》 2025年第5期124-127,共4页
目的对高通量测序(NGS)技术检测和实验室常规培养在肺泡灌洗液中细菌检出的应用效果进行分析。方法选择睢宁县人民医院2022年1月至2024年6月收治的89例重症肺部感染患者,对患者进行肺泡灌洗液采集,所选患者均接受实验室常规培养、NGS技... 目的对高通量测序(NGS)技术检测和实验室常规培养在肺泡灌洗液中细菌检出的应用效果进行分析。方法选择睢宁县人民医院2022年1月至2024年6月收治的89例重症肺部感染患者,对患者进行肺泡灌洗液采集,所选患者均接受实验室常规培养、NGS技术,以细菌培养结果为金标准分析NGS技术和实验室常规培养在肺部感染患者细菌性病原体检出中诊断效能。结果89例患者中,经金标准诊断诊为细菌性肺部感染患者78例,实验室痰培养提示细菌阳性患者76例,NGS技术提示细菌阳性的患者79例;NGS技术的准确度、灵敏度、阴性预测值高于常规培养(均P<0.05),两种检测方式的特异、阳性预测值对比,差异无统计学意义(P>0.05);NGS检测平均时间短于实验室常规培养,检测细菌种类高于实验室常规培养(均P<0.05)。结论NGS技术在准确度、灵敏度和阴性预测值方面表现更优,且检测平均时间更短、能检测出更多种类的细菌,如对于需要快速诊断、检测低载量细菌或混合感染可能性高的情况,NGS技术可能更具优势。 展开更多
关键词 高通量测序技术 常规培养 肺泡灌洗液 细菌检出 诊断效能 检测时间
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两种高通量测序技术鉴定苹果病毒效果评价及两种新病毒的鉴定
10
作者 潘媛 王德 +7 位作者 刘楠 孟祥龙 戴蓬博 李波 胡同乐 王树桐 曹克强 王亚南 《中国农业科学》 北大核心 2025年第2期266-280,共15页
【目的】宏转录组测序(macro-transcriptome sequencing)与小RNA测序(small RNA sequencing)是病毒鉴定中常用的高通量测序技术(high-throughput sequencing technique)。本文旨在评价两种高通量测序方法检测不同类型的组织样本对苹果... 【目的】宏转录组测序(macro-transcriptome sequencing)与小RNA测序(small RNA sequencing)是病毒鉴定中常用的高通量测序技术(high-throughput sequencing technique)。本文旨在评价两种高通量测序方法检测不同类型的组织样本对苹果新发病毒鉴定的效率,为苹果病毒病的准确诊断提供依据。【方法】2022年8月自衡水深州市采集带有新病毒症状的‘鲁丽’苹果果皮和枝皮,提取总RNA后,分别构建宏转录组文库和小RNA文库进行高通量测序,利用生物信息学技术和软件分析数据。首先,比较高通量测序结果的各项指标,然后,采用层次分析法(analytic hierarchy process,AHP)和5级分级评分法综合比较各项指标的加权值,评价不同测序方法的效果。最后,利用RT-PCR方法验证高通量测序结果,对新发病毒进行基因组特性和系统进化关系分析。【结果】从拼接效果来讲,采用相同的组织材料,宏转录组优于小RNA测序技术,采用相同的技术,果皮的拼接效果优于枝皮。从检出的病毒种类数量来讲,宏转录组测序技术检测枝皮检出的病毒种类最多,包括苹果褪绿叶斑病毒(apple chlorotic leaf spot virus,ACLSV)、苹果茎痘病毒(apple stem pitting virus,ASPV)、苹果茎沟病毒(apple stem grooving virus,ASGV)、苹果坏死花叶病毒(apple necrotic mosaic virus,ApNMV)、苹果胶质木病毒-2(apple rubbery wood virus 2,ARWV-2)、苹果绿皱果相关病毒(apple green crinkle associated virus,AGCaV)、柑橘囊胶相关病毒(citrus concave gum-associated virus,CCGaV)、柑橘碎叶病毒(citrus tatter leaf virus,CTLV)8种病毒;小RNA测序技术检测枝皮,检出病毒种类最少,小RNA测序技术检测果皮与枝皮病毒种类存在差异,采用果皮作为检测对象,两种方法检测出病毒种类数量相同。比较各项指标的综合评分,宏转录组检测枝皮分数最高。高通量测序结果与RT-PCR检测结果一致。ARWV-2、CCGaV在河北省为首次发现,分别命名为ARWV-2河北分离物(ARWV-2-HB)、CCGaV河北分离物(CCGaV-HB)。ARWV-2-HB CP GenBank登录号为PQ095583,CCGaV-HB MP和CP GenBank登录号分别为PQ095581、PQ095582,两种病毒基因序列与代表性分离物一致性均在96%以上,以ARWV-2和CCGaV CP氨基酸序列为基础构建系统发育树,ARWV-2-HB与LYXS(MZ819711)亲缘关系最近;CCGaV-HB与Mishima(MK940543)、Gala(MK940542)、Gala-BJ(OP820577)、Fuji-BJ(OP556109)和AC1(MH038043)亲缘关系相对密切。【结论】利用宏转录组测序与小RNA测序技术对相同‘鲁丽’果树疑似病毒病样本的果皮和枝皮分别进行测序,宏转录组测序技术检测苹果枝皮测序效果最好,检出病毒种类最多,获得相对完整的病毒基因组序列。采用小RNA测序,果皮和枝皮只能揭示部分病毒种类,检出的病毒种类存在差异,建议两种组织材料同时检测。在河北省报道了ARWV-2与CCGaV,揭示了ARWV-2-HB和CCGaV-HB的部分基因组序列,丰富了ARWV-2和CCGaV基因序列信息,明确了这两种病毒与其他代表性分离物的系统进化关系。 展开更多
关键词 宏转录组测序 小RNA测序 苹果病毒 鉴定 河北省
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单细胞转录组测序技术在帕金森病中的应用
11
作者 刘子瑜 耿丹丹 +7 位作者 张润姣 刘清 李一博 王宏方 谢文梦 王文钰 郝佳欣 王磊 《中国组织工程研究》 CAS 北大核心 2025年第1期193-201,共9页
背景:帕金森病以中脑特别是黑质致密部为主要病理改变,导致患者运动和非运动功能受损。目前研究受制于细胞异质性,其发病机制仍需要更深入的阐明。近些年,单细胞转录组测序(single-cell RNA sequencing,scRNA-seq)逐渐应用于神经退行性... 背景:帕金森病以中脑特别是黑质致密部为主要病理改变,导致患者运动和非运动功能受损。目前研究受制于细胞异质性,其发病机制仍需要更深入的阐明。近些年,单细胞转录组测序(single-cell RNA sequencing,scRNA-seq)逐渐应用于神经退行性疾病中,对于理解细胞间异质性、疾病发展机制和治疗策略有重要意义。目的:综述近些年scRNA-seq技术应用于帕金森病的研究进展,为scRNA-seq在帕金森病诊断和治疗中应用提供理论基础。方法:由第一作者应用计算机系统检索中国知网、万方医学网数据库、PubMed、Web of Science数据库的相关文献,中文检索词为“单细胞RNA测序,帕金森病,细胞异质性,细胞亚型,多巴胺能神经元,胶质细胞”;英文检索词为“single-cell RNA-seq,Parkinson Disease,heterogeneity,subtypes,dopaminergic neurons,glial cells”,最终纳入71篇文献进行综述分析。结果与结论:(1)scRNA-seq是一种在单细胞水平上利用RNA测序对特定细胞群体进行基因表达谱定量的高通量实验技术,从分子水平揭示细胞奥秘。与传统的测序技术相比,scRNA-seq技术通过对细胞转录组进行自动聚类分析,从而揭示各种生理和病理情况下复杂组织中细胞类型多样性和特异性基因表达的变化。(2)通过scRNA-seq阐明多巴胺能神经元发育过程以及各种细胞亚型的独特功能特性,从而更好地了解具有潜在治疗作用的分子靶点。(3)利用scRNA-seq分析,提高了研究者对帕金森病胶质细胞反应的了解,从而全面表征了不同的细胞类型群体,并鉴定出与神经变性相关的胶质细胞亚群,绘制了有价值的单细胞图谱,作为未来研究的参考数据。(4)应用scRNA-seq检测胚胎小鼠以及干细胞,将有助于改善细胞治疗的体外分化方案和质量控制,以及评估干细胞衍生的中脑多巴胺能神经元的整体细胞质量和发育阶段。 展开更多
关键词 单细胞转录组测序 帕金森病 神经退行性疾病 细胞异质性 综述
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高通量测序技术在骨关节结核诊疗中的研究进展
12
作者 徐子安 浦飞飞 +1 位作者 冯晶 夏平 《中国防痨杂志》 北大核心 2025年第2期224-230,共7页
骨关节结核约占肺外结核的10%,传统的诊断方法如分枝杆菌培养和免疫学检测存在敏感度低、误诊率和漏诊率高等问题。GeneXpert MTB/RIF在骨关节结核的诊断中具有重要作用,但存在无法检测其他病原菌、肺外结核检测敏感度有限等不足。高通... 骨关节结核约占肺外结核的10%,传统的诊断方法如分枝杆菌培养和免疫学检测存在敏感度低、误诊率和漏诊率高等问题。GeneXpert MTB/RIF在骨关节结核的诊断中具有重要作用,但存在无法检测其他病原菌、肺外结核检测敏感度有限等不足。高通量测序技术不仅提供了快速和精确的病原体检测方法,还在骨关节结核治疗指导和耐药性检测方面显示出巨大的潜力。作者就高通量测序技术在骨关节结核中的应用进行综述,以期为该疾病的诊断和治疗提供参考。 展开更多
关键词 结核 骨关节 高通量测序技术 药物耐受性
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单细胞转录组测序技术在结核病研究中的应用
13
作者 石红雨 张国良 肖国辉 《中国防痨杂志》 北大核心 2025年第3期362-368,共7页
结核病是结核分枝杆菌感染引起的全球死亡率最高的传染病之一,严重威胁公共卫生。目前,对于结核分枝杆菌感染宿主后引起的细胞免疫应答机制还不是很清晰。单细胞转录组测序技术能在单个细胞的分辨率上揭示病理过程中的细胞异质性,可以... 结核病是结核分枝杆菌感染引起的全球死亡率最高的传染病之一,严重威胁公共卫生。目前,对于结核分枝杆菌感染宿主后引起的细胞免疫应答机制还不是很清晰。单细胞转录组测序技术能在单个细胞的分辨率上揭示病理过程中的细胞异质性,可以帮助研究人员更好地理解结核病的发病机制,并为靶向药物研发、新型诊断标志物及疫苗研发提供有力支持。本文综述了该技术在结核病致病机制的探究、在不同临床样本中细胞亚群异质性的分析,以及免疫微环境揭示等方面的应用,并探讨该技术的局限性、未来的挑战,展望了其在结核病研究中潜在的应用方向。 展开更多
关键词 结核 RNA 免疫 细胞 单细胞转录组测序
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基于转录组测序技术挖掘燕山红玉肉鸡屠宰性状功能基因
14
作者 贺兆然 乔贤 +2 位作者 王新越 王亚岚 李祥龙 《山东农业科学》 北大核心 2025年第3期166-172,共7页
为了寻找燕山红玉肉鸡屠宰性状相关基因,本研究以燕山红玉肉鸡为对象,通过对120只鸡(公母各60只)进行解剖得到屠宰性状指标,以胸肌重量高和低的两组鸡进行转录组测序及差异表达基因分析和KEGG富集分析,利用PCR扩增和测序技术进行多态位... 为了寻找燕山红玉肉鸡屠宰性状相关基因,本研究以燕山红玉肉鸡为对象,通过对120只鸡(公母各60只)进行解剖得到屠宰性状指标,以胸肌重量高和低的两组鸡进行转录组测序及差异表达基因分析和KEGG富集分析,利用PCR扩增和测序技术进行多态位点筛查,并采用单因素方差分析对筛得的多态位点基因型与屠宰性状指标进行关联分析。结果表明:①显著差异表达基因中有189个基因上调,40个基因下调;对上调基因集进行KEGG富集分析,发现PPAR信号通路对个体肝脏的脂质发育有重要影响,PLIN1基因参与该通路,最终影响脂肪细胞分化。②扩增PLIN1基因第8外显子序列,筛查到一处多态位点c.258G>A(rs731147932),产生GG、AG、AA三种基因型,不同基因型公鸡肝重和母鸡心重差异显著(P<0.05)。综上,PLIN1基因影响燕山红玉肉鸡屠宰性状,其第8外显子中c.258G>A多态位点可作为燕山红玉肉鸡屠宰性状改良的遗传位点。 展开更多
关键词 燕山红玉肉鸡 转录组测序 PLIN1基因 多态位点 屠宰性状
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基于Nanopore技术的马铃薯甲虫全长转录组测序研究
15
作者 李红卫 张柳 +2 位作者 李彤 丁晓宇 于艳雪 《植物检疫》 2025年第1期1-7,共7页
为深度挖掘马铃薯甲虫的转录组信息与功能基因,本研究采用Nanopore测序技术,针对马铃薯甲虫触角混合组织展开全长转录组测序,成功构建了该物种的全长转录本文库。在研究过程中,通过对转录组数据进行生物信息学分析,完成可变剪接分析、... 为深度挖掘马铃薯甲虫的转录组信息与功能基因,本研究采用Nanopore测序技术,针对马铃薯甲虫触角混合组织展开全长转录组测序,成功构建了该物种的全长转录本文库。在研究过程中,通过对转录组数据进行生物信息学分析,完成可变剪接分析、长链非编码RNA鉴定预测分析、新转录本功能注释分析以及转录本的表达量等工作。通过对全长转录本数据进行统计分析,所产出的样品数据clean data达20.24 GB,测序样本质量值达到Q11,共获得全长序列个数为20 278 877。通过对转录本进行基因结构分析,发现5个可变剪切类型中最多的为可变转录终止位点(占比29.21%),新预测的长链非编码RNA数量共有620个,主要为基因间lncRNA (62.4%),共完成了9 622个新转录本功能的注释。本研究可为进一步了解马铃薯甲虫的生物学特性、基因功能研究等提供理论基础。 展开更多
关键词 马铃薯甲虫 全长转录组 转录因子 简单重复序列 长链非编码RNA 第三代测序技术 纳米孔测序
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单细胞转录组测序技术在脊髓损伤研究中的应用
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作者 王培耿 叶冬平 《中国组织工程研究》 CAS 北大核心 2025年第13期2822-2831,共10页
背景:近年来,单细胞转录组测序技术在脊髓损伤的研究为创伤后中枢神经系统的细胞和分子异质性以及结构变化提供了新的见解。目的:就单细胞转录组测序技术在脊髓损伤的研究进展进行综述,更加全面、深入地阐述单细胞转录组测序技术在脊髓... 背景:近年来,单细胞转录组测序技术在脊髓损伤的研究为创伤后中枢神经系统的细胞和分子异质性以及结构变化提供了新的见解。目的:就单细胞转录组测序技术在脊髓损伤的研究进展进行综述,更加全面、深入地阐述单细胞转录组测序技术在脊髓损伤领域的应用。方法:应用计算机系统检索PubMed、Web of Science、中国知网和万方数据库中2009-2023年出版的文献,英文检索词为“single-cell RNA sequencing,spinal cord injury,sequencing technology”;中文检索词为“单细胞转录组测序,脊髓损伤,测序技术”。排除质量较差、内容重复及不相关的文献,最终纳入57篇文献进行综述分析。结果与结论:目前,单细胞转录组测序技术在脊髓损伤的研究可归纳为以下几点:①鉴定了小胶质细胞、星形胶质细胞、少突胶质细胞、巨噬细胞、B细胞、神经元和神经干细胞等细胞亚群,并识别了这几种亚群的特异性标记基因。②小胶质细胞在脊髓损伤后保持永久活跃,通过增殖、免疫和稳态功能来协调脊髓损伤后的早期阶段。星形胶质细胞以激活的方式在脊髓损伤中发挥许多重要功能,包括维持微环境平衡、清除坏死组织、形成保护屏障以及胶质瘢痕等。巨噬细胞和小胶质细胞均在脊髓损伤后的慢性神经炎症中起重要作用。③神经干细胞和神经元亚群能够在脊髓损伤后进行自我更新,新发现的SCV^(sx2::Hoxa7:Zfhx3→lumbar)和SCV^(sx2::Hoxa10)等神经元亚群可再生到自然靶区,有利于运动功能的恢复。④发现细胞亚群的动态变化提高了研究者们对脊髓损伤病变进程的理解,并为脊髓损伤在不同时间点的治疗提供了新见解。截至目前,这些研究结果均还需要更多的基础研究和足够的临床试验来验证。在未来,单细胞转录组测序技术通过与生物信息学、计算机科学、组织工程学和临床医学等跨学科合作,有望为脊髓损伤的诊疗打开新的一扇窗户。 展开更多
关键词 单细胞转录组测序 脊髓损伤 测序技术 测序分析 分子亚型 标记基因 细胞异质性 胶质细胞 神经干细胞 神经元
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单细胞转录组测序技术在亚实性结节型肺腺癌发生发展机制中的研究进展
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作者 王渊 邱志新 《临床内科杂志》 2025年第1期86-88,共3页
随着低剂量计算机断层扫描(LDCT)在肺癌筛查中的应用,越来越多表现为亚实性结节(SSN)的早期肺腺癌被检出。SSN型肺腺癌的总体预后较实性结节型(SN)肺腺癌好,但仍有部分SSN型肺腺癌会出现快速进展或远处转移,从而导致预后不佳。因此,深... 随着低剂量计算机断层扫描(LDCT)在肺癌筛查中的应用,越来越多表现为亚实性结节(SSN)的早期肺腺癌被检出。SSN型肺腺癌的总体预后较实性结节型(SN)肺腺癌好,但仍有部分SSN型肺腺癌会出现快速进展或远处转移,从而导致预后不佳。因此,深入探究SSN型肺腺癌的发生发展机制十分重要。近年来,单细胞转录组测序(scRNAseq)技术迅速发展并广泛应用于各研究领域,特别在肿瘤研究中,但在SSN型肺腺癌研究方面相对较少。本文针对scRNAseq技术在SSN型肺腺癌发生发展机制中的研究进行综述,以期为SSN型肺腺癌的早期诊断和治疗研究提供新的思路。 展开更多
关键词 亚实性结节 肺腺癌 单细胞转录组测序 机制
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单细胞转录组测序技术在胃癌肿瘤微环境重编程研究中的应用进展
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作者 胡非凡 占强 安方梅 《南京医科大学学报(自然科学版)》 北大核心 2025年第2期285-290,共6页
胃癌发病和肿瘤微环境重编程密切相关,但肿瘤微环境的复杂性与异质性限制了胃癌的个体化精准诊疗。单细胞转录组测序技术从探讨肿瘤微环境重编程过程出发,可在单细胞水平“描绘”胃癌中肿瘤微环境的“景观”,深入探索肿瘤微环境各细胞... 胃癌发病和肿瘤微环境重编程密切相关,但肿瘤微环境的复杂性与异质性限制了胃癌的个体化精准诊疗。单细胞转录组测序技术从探讨肿瘤微环境重编程过程出发,可在单细胞水平“描绘”胃癌中肿瘤微环境的“景观”,深入探索肿瘤微环境各细胞亚型间的相互作用,揭示肿瘤微环境调控胃癌进展与转移的免疫新机制,探究肿瘤微环境诱导胃癌化疗耐药的分子机制,挖掘肿瘤微环境中胃癌潜在的免疫治疗新靶点,提供预测肿瘤微环境影响胃癌预后的新方法等,为研究胃癌起源、发病机制、疾病进展以及免疫耐受等提供更全面、精准的证据。文章就单细胞转录组测序技术在胃癌微环境重编程研究中的应用现状作一综述,力求为胃癌的精准诊治提供新思路。 展开更多
关键词 胃癌 肿瘤微环境 单细胞转录组测序 异质性
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基于高通量测序技术分析腌腊肉制品对小鼠肠道菌群的影响
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作者 杜黎丹 尹丹韩 +6 位作者 李高天 倪伟红 方陈玉 俞慧丽 赵奇琦 李英 肖海龙 《食品安全质量检测学报》 2025年第5期222-231,共10页
目的 基于高通量测序技术探究腌腊肉制品对小鼠肠道菌群的影响。方法 取36只小鼠随机分成3组,雌雄各半每组12只,分别为对照组、低剂量组和高剂量组,饲养一段时间,收集小鼠粪便及肠道内容物进行菌群分析,研究摄入腌腊肉对小鼠肠道微生物... 目的 基于高通量测序技术探究腌腊肉制品对小鼠肠道菌群的影响。方法 取36只小鼠随机分成3组,雌雄各半每组12只,分别为对照组、低剂量组和高剂量组,饲养一段时间,收集小鼠粪便及肠道内容物进行菌群分析,研究摄入腌腊肉对小鼠肠道微生物群落的影响。结果 与对照组相比,低剂量组和高剂量组的总菌落数均无显著差异(P>0.05),但革兰氏阴性菌菌落数与革兰氏阳性菌菌落数变化显著(P<0.05);乳杆菌菌落数低剂量组无明显变化(P>0.05),高剂量组变化显著(P<0.05)。小鼠肠道菌群16S核糖体RNA(16S ribosomal RNA,16S rRNA)高通量测序结果分析表明,从实验第4周开始,高剂量组的肠道微生物群落α多样性要显著低于对照组(P<0.05);而从第12周开始,低剂量组的α多样性也开始有了明显下降。高剂量组和低剂量组小鼠肠道微生物群落中发生变化的菌种类型基本一致,表现为革兰氏阳性菌占比增加,拟杆菌门、螺旋菌属等的相对丰度增加,乳杆菌属的相对丰度减少。从实验第4周起,各组小鼠之间代谢通路在糖代谢、氨基酸代谢、蛋白代谢等方面均有差异,在第8周差异减小,在第12周高、低剂量与对照组差异较显著(P<0.05),高剂量与低剂量组之间差异性加大。结论 持续性摄入腌腊肉制品可改变小鼠肠道菌群结构与组成,造成肠道微生态结构失衡,改变有益与有害菌群在小鼠肠道中的定植情况,这可能与诱发肠道疾病有一定相关性。 展开更多
关键词 腌腊肉制品 高通量测序技术 肠道菌群
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基于高通量测序技术的云南小曲清香型白酒水封发酵下的产酸特性研究
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作者 赵刚 庞春雄 +1 位作者 庞浩 付树良 《食品界》 2025年第2期111-113,共3页
云南小曲清香型白酒凭借其别具一格的风味深受大众喜爱,在白酒的酿制流程中,发酵阶段占据着关键地位,微生物群落的改变直接左右着酸的生成及最终成品的质量。本研究借助高通量测序技术,全面剖析了水封发酵状况下云南小曲白酒里微生物群... 云南小曲清香型白酒凭借其别具一格的风味深受大众喜爱,在白酒的酿制流程中,发酵阶段占据着关键地位,微生物群落的改变直接左右着酸的生成及最终成品的质量。本研究借助高通量测序技术,全面剖析了水封发酵状况下云南小曲白酒里微生物群落的动态转变,以及其对酸产特性产生的作用。研究结果显示,发酵进程中乳酸菌的大量繁殖极大地增强了酸度,构建了繁杂的微生物生态体系。此项研究不仅为增进白酒的风味和品质提供了科学支撑,也为精确调控酿造进程提供了理论基石。 展开更多
关键词 发酵阶段 云南小曲白酒 产酸特性 微生物群落 高通量测序技术 动态转变 水封 微生物生态
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