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不同生长年份牛大力根淀粉和蔗糖代谢途径转录组分析
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作者 羊青 顾学金 +6 位作者 王清隆 张旻 晏小霞 汤欢 王祝年 冯世秀 王茂媛 《热带作物学报》 北大核心 2025年第1期21-34,共14页
牛大力是一种重要的多年生药食同源植物,其主要成分为淀粉和糖类。为了探究不同生长年份牛大力根淀粉和糖类物质合成的规律及其内在基因调控网络,本研究以3年生(NG3)、7年生(NG7)、10年生(NG10)和15年生(NG15)4个生长年份的牛大力根为... 牛大力是一种重要的多年生药食同源植物,其主要成分为淀粉和糖类。为了探究不同生长年份牛大力根淀粉和糖类物质合成的规律及其内在基因调控网络,本研究以3年生(NG3)、7年生(NG7)、10年生(NG10)和15年生(NG15)4个生长年份的牛大力根为研究对象,测定总多糖、淀粉和蔗糖的含量,并完成转录组测序,筛选分析不同年份间牛大力根的差异表达基因(DEGs),重点解析淀粉和蔗糖代谢途径DEGs的功能。糖类和淀粉物质测定结果表明,随着年份的增长,总多糖与淀粉含量均呈现增加趋势,生长至15年时的含量最高,而蔗糖含量在3年时最高,随后呈现下降趋势。转录组测序发现,随着生长年份跨度增加,NG3vs NG7、NG3 vsNG10和NG3 vs NG15对比的DEGs总数呈上升趋势,分别为526、1848和1937个。进一步挖掘淀粉和蔗糖代谢途径中的DEGs,共有62个DEGs在3个比较组中差异表达,其中,蔗糖合成基因的表达量随年份增加而下降,淀粉合成基因随年份的增加较淀粉降解基因占主导,纤维素降解酶随年份增加表达量降低。最终筛选出5个淀粉和蔗糖代谢途径的关键酶基因进行荧光定量PCR验证,其表达变化趋势与转录组测序结果基本一致。研究结果表明,牛大力在3~7年时处于生长活跃期,以蔗糖、纤维素和淀粉的合成为主,促进根部快速膨大发育。生长至7年时,以淀粉的积累、蔗糖的分解和纤维素的降解为特征,进入生长平稳期。本研究对于牛大力根膨大特性的研究、高成薯性牛大力种质创新和科学采收都有积极的指导意义。 展开更多
关键词 牛大力 生长年份 淀粉 蔗糖代谢 转录组分析
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单细胞转录组测序技术在骨质疏松症研究中的应用与进展 被引量:1
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作者 孙成涛 孙广江 +2 位作者 戚晓楠 程茗 姚啸生 《中国组织工程研究》 CAS 北大核心 2025年第13期2812-2821,共10页
背景:骨质疏松导致的脆性骨折发病率逐年上升,亟需探索其病理生理、潜在生物标志物、治疗靶点及有效药物。骨微环境中存在多种细胞,对骨代谢的维持至关重要。近几年,单细胞RNA测序(scRNA-seq)技术被开发用于表征单个细胞的转录组,并逐... 背景:骨质疏松导致的脆性骨折发病率逐年上升,亟需探索其病理生理、潜在生物标志物、治疗靶点及有效药物。骨微环境中存在多种细胞,对骨代谢的维持至关重要。近几年,单细胞RNA测序(scRNA-seq)技术被开发用于表征单个细胞的转录组,并逐步应用到骨质疏松症防治的研究。目的:综述单细胞转录组测序技术在骨质疏松症研究中的应用与进展。方法:由第一作者使用计算机检索Web of Science,PubMed和中国知网数据库中2009-2023年出版的文献,英文检索词为:“single-cell RNA sequencing,bone marrow derived stromal cells,osteoblasts,osteocytes,osteoclasts,immune cells,Bone marrow vascular endothelial cells”;中文检索词为:“单细胞转录组测序,骨髓间充质干细胞,成骨细胞,骨细胞,破骨细胞,免疫细胞,骨髓血管内皮细胞”;通过阅读筛选相关文献,最终纳入89篇文献进行综述分析。结果与结论:①单细胞转录组测序技术能够深入了解细胞发育、增殖、分化的轨迹及其调控机制。②影响骨密度的候选基因主要富集在骨髓间充质干细胞亚群,其中Sox9是关键的转录因子。③成骨细胞不同亚群中差异表达Runx2控制骨髓间充质干细胞向成骨细胞方向分化。④破骨细胞分化过程中RAB38与组蛋白修饰和转录调控动态变化有关。⑤单细胞层面研究证实,骨微环境中存在多种细胞间通讯,破骨细胞可能通过CD160-TNFRSF14配体-受体结合进行细胞间通讯;中性粒/单核细胞与成骨细胞间可能通过RESISTIN通路进行交互;浆样树突状细胞与成骨细胞系通过表皮生长因子通路进行交流;均可以为靶点预测和药物研发提供方向。⑥新的骨髓毛细血管内皮细胞亚群,称为S型内皮细胞,完全起源于骨骺次级骨化中心,甚至比H型血管更具有可塑性。⑦文章从细胞角度总结单细胞转录组测序技术在表征不同骨组织细胞的分化命运和分化轨迹、识别新的细胞亚群、鉴定细胞调控因子及明确细胞间通讯的研究进展,为探讨骨质疏松症的病理机制、筛选潜在诊断标志物、预测治疗靶点及探究药物作用机制提供细胞层面的信息。⑧未来单细胞测序技术将向单细胞多组学(基因组、蛋白组学及代谢组学)方向及结合其他诸如空间转录组技术为骨组织细胞变化提供更有价值的信息。 展开更多
关键词 单细胞转录组测序 骨质疏松 骨代谢 骨髓间充质干细胞 骨细胞 破骨细胞 骨免疫学 骨髓血管内皮细胞
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牦牛转录组学研究进展
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作者 彭巍 赵黄青 +4 位作者 付长其 舒适 张君 雷初朝 黄永震 《家畜生态学报》 北大核心 2025年第1期125-128,共4页
转录组学的发展为研究生物功能基因提供了新的手段,牦牛转录组学的研究主要聚焦在卵泡发育、低氧适应机制、肌肉发育和脂肪细胞分化等方面。本文从非编码RNA(lncRNA、miRNA、piRNA)在牦牛繁殖和肌肉发育等领域的研究现状进行介绍与阐述... 转录组学的发展为研究生物功能基因提供了新的手段,牦牛转录组学的研究主要聚焦在卵泡发育、低氧适应机制、肌肉发育和脂肪细胞分化等方面。本文从非编码RNA(lncRNA、miRNA、piRNA)在牦牛繁殖和肌肉发育等领域的研究现状进行介绍与阐述,旨在为牦牛繁殖调控和分子育种提供理论基础。 展开更多
关键词 转录组学 展望 研究进展
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猪CYP 3A29基因核心启动子鉴定及转录调控分析
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作者 王红 赵为民 +2 位作者 程金花 李惠侠 方晓敏 《畜牧兽医学报》 北大核心 2025年第3期1147-1158,共12页
旨在鉴定猪CYP 3A29基因核心启动子及相应的转录调控因子,分析转录因子对CYP 3A29启动子活性的调控。本研究以3头健康的大白母猪(30 kg)为试验材料,利用PCR和Western blot检测CYP 3A29基因在猪各组织(心、肝、脾、肺、肾、小肠、肌肉)... 旨在鉴定猪CYP 3A29基因核心启动子及相应的转录调控因子,分析转录因子对CYP 3A29启动子活性的调控。本研究以3头健康的大白母猪(30 kg)为试验材料,利用PCR和Western blot检测CYP 3A29基因在猪各组织(心、肝、脾、肺、肾、小肠、肌肉)中的表达分布;构建不同片段长度的CYP 3A29基因启动子双荧光素酶报告载体,转染293T和AML12细胞系,检测荧光素酶活性,确定CYP 3A29基因的核心启动子区域;利用Animal TFDB网站分析CYP 3A29核心启动子区域可能存在的转录调控因子,针对核心启动子区域构建分段缺失双荧光素酶报告载体,检测荧光素酶活性大小,确定转录因子结合位点;构建转录因子结合突变位点的双荧光素酶报告载体和转录因子shRNA载体,探讨转录因子对CYP 3A29核心启动子的调控作用。结果显示,CYP 3A29基因在猪肝脏中表达量最高;CYP 3A29启动子4个不同检测区域(-2026~+62 bp、-1526~+62 bp、-1026~+62 bp和-528~+62 bp)中-528~+62 bp活性最高,为CYP 3A29核心启动子区;CYP 3A29启动子-528~-448 bp区域负向调控核心启动子活性,且含有潜在的转录因子RUNX 1结合位点;突变RUNX 1结合位点可显著降低-528~+62 bp启动子的荧光素酶活性,而干扰RUNX 1基因则显著升高-528~+62 bp野生型启动子的荧光素酶活性,但对-528~+62 bp突变型启动子的荧光素酶活性无显著影响,提示RUNX 1转录因子可负向调控CYP 3A29基因核心启动子活性。本研究结果为进一步解析猪CYP 3A29基因的转录调控机制奠定了基础。 展开更多
关键词 CYP 3A29 核心启动子 RUNX 1 转录调控
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野桑蚕蛹滞育时期的转录组测序分析与蛹滞育关联基因筛选
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作者 孟刚 楚渠 +4 位作者 王瑞娴 刘强 彭云武 陈安利 凌君 《西北农业学报》 北大核心 2025年第3期559-569,共11页
旨在筛选野桑蚕蛹滞育的调控关联基因,为在分子水平揭示该昆虫蛹滞育调控机制提供理论基础。以野桑蚕蛹滞育不同时期的全蛹样本为研究对象,采用高通量测序平台Illumina HiSeq TM 2000进行转录组测序分析;利用KAAS在线pathway比对分析工... 旨在筛选野桑蚕蛹滞育的调控关联基因,为在分子水平揭示该昆虫蛹滞育调控机制提供理论基础。以野桑蚕蛹滞育不同时期的全蛹样本为研究对象,采用高通量测序平台Illumina HiSeq TM 2000进行转录组测序分析;利用KAAS在线pathway比对分析工具对筛选出的满足padj<0.05且fold change≥32或padj<0.05且fold change≤1/32条件的差异表达基因进行KEGG通路富集分析;利用stem软件对差异表达基因进行时间序列分析。选取前滞育期和滞育解除期低表达,滞育时期高表达的基因为蛹滞育关联基因,并进行GO和KEGG富集分析。结果表明,在滞育前期、滞育中期、滞育晚期和滞育解除期分别检测到13764、13765、13765和13764个表达转录本。样本组的两两比较发现差异表达基因4621个。与滞育前期相比,滞育中期、滞育晚期和解除滞育期的上调表达基因分别是1921、451和38个,下调表达的基因分别是1143、171和59个。利用时间序列分析方法在差异表达基因中发现290个蛹滞育关联基因,GO富集分析将202个基因映射到52项二级GO类目,KEGG通路富集分析将67个基因映射到126个三级代谢通路。 展开更多
关键词 野桑蚕 转录 时间序列分析 蛹滞育关联基因
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植物热激转录因子研究进展与展望
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作者 郭秀林 戚润思 +6 位作者 孟祥照 张华宁 马贞玉 段硕楠 李国良 刘子会 尚忠林 《华北农学报》 北大核心 2025年第1期1-13,共13页
作为植物抵御多种逆境胁迫的重要调节因子,植物热激转录因子(Hsf)家族基因数目多,结构、特性和功能复杂多样。植物Hsf不仅通过直接转录调控热激蛋白和相关基因的表达,参与对多种逆境胁迫的响应和适应过程,还介导植物诸多生命活动过程。... 作为植物抵御多种逆境胁迫的重要调节因子,植物热激转录因子(Hsf)家族基因数目多,结构、特性和功能复杂多样。植物Hsf不仅通过直接转录调控热激蛋白和相关基因的表达,参与对多种逆境胁迫的响应和适应过程,还介导植物诸多生命活动过程。自20世纪80年代酵母Hsf被首先克隆以来,多个物种的Hsf家族被识别和研究,模式植物番茄和拟南芥Hsf研究比较早且相对深入,研究主要集中在HsfA族,B族研究较少,C族报道更少。随着全球气候变化,极端高温事件频发,已严重威胁小麦、玉米等粮食作物的产量和品质,深入研究作物耐热性机制从而挖掘功能基因、通过生物技术方法改良作物的耐热性,是抵抗高温逆境的关键。大田作物中Hsf家族数目大小不等,基因组复杂,研究起步晚。为此,植物生理与分子生物学研究室从2009年开始对作物Hsf家族基因进行研究,依据最新的基因组信息,确定了家族基因数目及核酸和蛋白质结构特性、明确了家族基因的时空表达特性及其对多种非生物逆境的响应规律。克隆获得多个基因并借助遗传转化和基因编辑技术创制转基因材料和突变体,对其耐热性以及抗逆性调控功能多层面进行了鉴定,并对下游调控机制进行了深入解析。研究不仅丰富了大田作物耐热性调控理论基础,也为作物耐热性研究和生物育种提供优异新种质。目前,关于Hsf的研究主要集中在功能鉴定和对下游基因的转录调控方面,其上游哪些组分通过何种方式介导Hsf参与耐热性调控方面的研究还缺乏证据,机制尚不清楚。基于本研究室多年来对小麦、玉米Hsf家族的研究结果,结合他人的相关研究报道,详述了近年来植物Hsf在抗逆性响应和适应过程中调控功能、机制及其主要研究进展,以期为深入阐明Hsf家族的作用及其调控网络提供理论依据,为耐热生物育种挖掘强效的基因资源和备选位点。 展开更多
关键词 植物热激转录因子 非生物胁迫 功能与机制 调控网络
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WRKY转录因子在水稻抗逆基因工程中的应用进展
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作者 段俊枝 燕照玲 +5 位作者 齐红志 张会芳 陈海燕 杨翠苹 王楠 卓文飞 《中国稻米》 北大核心 2025年第1期61-67,73,共8页
水稻在其生长过程中经常面临各种非生物胁迫(包括干旱、高盐度、低温及高温等)和生物胁迫(如病虫害),严重影响其正常生长发育。WRKY转录因子家族作为植物界中最为庞大的转录因子家族之一,在调控植物生长发育及应对非生物胁迫和生物胁迫... 水稻在其生长过程中经常面临各种非生物胁迫(包括干旱、高盐度、低温及高温等)和生物胁迫(如病虫害),严重影响其正常生长发育。WRKY转录因子家族作为植物界中最为庞大的转录因子家族之一,在调控植物生长发育及应对非生物胁迫和生物胁迫方面发挥着关键作用。本文综述了WRKY转录因子的结构特点及其在水稻抗非生物胁迫(干旱、高盐、低温、高温等)、生物胁迫(稻瘟病、白叶枯病、纹枯病、稻飞虱等)基因工程中的应用进展,旨在为WRKY转录因子在水稻及其他作物抗逆性遗传改良中的应用提供理论基础和实践指导。 展开更多
关键词 水稻 WRKY转录因子 干旱 高盐度 温度胁迫 稻瘟病 白叶枯病 纹枯病 稻飞虱
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转录因子acj6在昆虫嗅觉中的功能研究进展
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作者 谢桂英 张继康 +2 位作者 陈淑婷 陈文波 赵新成 《河南农业大学学报》 北大核心 2025年第1期1-12,共12页
综述了acj6的发现及突变造成的嗅觉异常行为,介绍了acj6的结构及表达模式,阐述了acj6在昆虫嗅觉中的功能,包括调控Or表达、塑造嗅觉神经元的形态和靶向、维持神经递质乙酰胆碱水平和调控嗅小球形成,指出今后应注重研究acj6对昆虫嗅觉的... 综述了acj6的发现及突变造成的嗅觉异常行为,介绍了acj6的结构及表达模式,阐述了acj6在昆虫嗅觉中的功能,包括调控Or表达、塑造嗅觉神经元的形态和靶向、维持神经递质乙酰胆碱水平和调控嗅小球形成,指出今后应注重研究acj6对昆虫嗅觉的调控机制、与其他转录因子的互作关系,以期为阐明昆虫的嗅觉调控机制并制定基于嗅觉的害虫防治策略提供参考。 展开更多
关键词 acj6 转录因子 嗅觉 嗅觉受体 神经元
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GEO公共数据库中4例多指畸形患者细胞间质和上皮细胞的单细胞转录组分析
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作者 傅东升 艾克热木江•木合热木 《中国组织工程研究》 CAS 北大核心 2025年第20期4379-4388,共10页
背景:多指畸形患者中参与Heghog信号通路的一些转录因子发生异常表达,这些转录因子调控大量靶基因的表达,从而影响细胞的功能。目的:通过单细胞转录组分析多指畸形患者的转录组特征。方法:从GEO公共数据库中下载4例多指畸形患者细胞间... 背景:多指畸形患者中参与Heghog信号通路的一些转录因子发生异常表达,这些转录因子调控大量靶基因的表达,从而影响细胞的功能。目的:通过单细胞转录组分析多指畸形患者的转录组特征。方法:从GEO公共数据库中下载4例多指畸形患者细胞间质和上皮细胞的单细胞转录组数据,将成纤维细胞和角质细胞划分为细胞亚群,并分析不同亚群的转录因子,构建转录因子及其靶基因的调控网络,分析调控因子的功能。结果与结论:对单细胞的转录谱数据进行分析发现,与多指畸形中细胞功能高度相关的调控因子有HOXD13、MSX2、LHX2、EMX2、LEF1、CREB3L2以及LHX2等HOX家族成员和GLI2转录因子。成纤维细胞中的HOXD13、MSX2和LHX2在多指畸形过程中发挥作用,而HES2和GLIS1在角质细胞的形成和发育过程中起重要作用。结果表明:HOXD13、MSX2和LHX2等转录因子的高表达可能与多指畸形的发育密切相关。通过靶向特定的转录因子或调节其活性,可能为纠正或预防多指畸形提供潜在的治疗策略。 展开更多
关键词 多指畸形 转录因子 生物信息学 单细胞转录组分析 微环境 Heghog信号通路 大数据分析
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基于全转录组测序探讨褪黑素抑制神经胶质瘤细胞增殖的机制
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作者 徐丽 陈秀娇 +4 位作者 郑伟男 毛馨琳 林丽彬 谢群 金清东 《中国药理学通报》 CAS 北大核心 2025年第1期163-170,共8页
目的全转录组测序检测神经胶质瘤细胞非编码RNA(ncRNA)表达谱并构建ceRNA网络,揭示ncRNA参与褪黑素抑制神经胶质瘤细胞增殖的分子机制。方法0、2、4、6、8 mmol·L^(-1)褪黑素干预神经胶质瘤细胞24、48、72 h,CCK-8检测褪黑素对细... 目的全转录组测序检测神经胶质瘤细胞非编码RNA(ncRNA)表达谱并构建ceRNA网络,揭示ncRNA参与褪黑素抑制神经胶质瘤细胞增殖的分子机制。方法0、2、4、6、8 mmol·L^(-1)褪黑素干预神经胶质瘤细胞24、48、72 h,CCK-8检测褪黑素对细胞增殖的抑制作用;0、4 mmol·L^(-1)褪黑素干预U251细胞24h后,全转录组测序检测差异表达miRNA(DEmiRNA)、lncRNA(DElncRNA)、mRNA(DEmRNA),对DEmRNA进行GO和KEGG富集分析;构建ceRNA网络,采用qRT-PCR验证ceRNA关键基因表达。结果褪黑素呈时间-剂量依赖性抑制神经胶质瘤细胞增殖;全转录组测序筛选出0 mmol·L^(-1)与4 mmol·L^(-1)褪黑素组DEmRNA 5049个、DElncRNA 635个、DEmiRNA 146个;DEmRNA主要富集在铁死亡、mTOR信号通路、FoxO信号通路、细胞周期等癌症相关信号通路;ceRNA网络包含4个lncRNA、3个miRNA和48个mRNA,qRT-PCR验证U251细胞hsa-miR-129-5p、hsa-miR-362-5p、LINC00707和SLC16A1-AS1表达与测序结果一致,U87细胞的基因表达与测序结果基本一致。结论褪黑素通过ncRNA差异表达,影响癌症相关信号通路,进而抑制神经胶质瘤细胞增殖;LINC00707、SLC16A1-AS1、hsa-miR-129-5p、hsa-miR-362-5p构成的ceRNA网络可能参与褪黑素抑制神经胶质瘤细胞增殖的分子机制。 展开更多
关键词 褪黑素 神经胶质瘤 转录组测序 ceRNA网络 hsa-miR-129-5p hsa-miR-362-5p
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丁香罗勒(Ocimum gratissimum)叶片响应镉胁迫的比较转录组学分析
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作者 王斌 王玉昆 肖艳辉 《生物技术通报》 北大核心 2025年第3期255-270,共16页
【目的】丁香罗勒(Ocimum gratissimum)同时具有修复和安全利用镉(cadmium, Cd)污染土壤的潜力,解析丁香罗勒响应Cd胁迫的分子机制,鉴定与Cd耐受性密切相关的调控因子,为耐受Cd胁迫的丁香罗勒种质资源创新提供候选基因资源。【方法】采... 【目的】丁香罗勒(Ocimum gratissimum)同时具有修复和安全利用镉(cadmium, Cd)污染土壤的潜力,解析丁香罗勒响应Cd胁迫的分子机制,鉴定与Cd耐受性密切相关的调控因子,为耐受Cd胁迫的丁香罗勒种质资源创新提供候选基因资源。【方法】采用比较转录组学的方法,分析Cd处理(35μmol/L) 72 h期间丁香罗勒叶片的转录组学变化。【结果】Cd胁迫显著抑制丁香罗勒生长,叶片、茎和根中均积累了很高含量的Cd,根中的Cd含量最高。Cd胁迫还显著影响精油组分和含量,Cd处理诱导肉桂酸甲酯的合成积累。转录组分析结果显示,在24 h的比较组中,差异表达基因(differentially expressed genes, DEGs)富集在核糖体、植物-病原相互作用和MAPK信号通路等途径中。在72 h的比较组中,DEGs富集在光合作用、光合作用-天线蛋白和卟啉与叶绿素代谢途径中。浅青色1模块内的基因与Cd胁迫表型显著相关,模块内的基因主要富集在植物激素信号转导、植物-病原相互作用和MAPK信号通路途径中。Cd胁迫上调表达的DEGs也显著富集在这3个途径,表明激活这3个途径是丁香罗勒叶片应答Cd胁迫的主要机制。Cd胁迫处理诱导13个转录因子基因表达上调,其中5个是b HLH家族基因,表明bHLH转录因子在丁香罗勒Cd胁迫耐受性调控中具有重要作用。【结论】丁香罗勒应答Cd胁迫的分子机制与其他植物有很大相似之处,bHLH转录因子可能是调控丁香罗勒Cd耐受性的关键转录因子。 展开更多
关键词 丁香罗勒 镉胁迫 RNA-SEQ 光合作用 bHLH转录因子
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基于子宫黏膜转录组研究调控蛋鸡产蛋后期蛋壳质量相关的基因和信号通路
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作者 邵丹 瞿源 +1 位作者 刘良基 童海兵 《动物营养学报》 北大核心 2025年第2期1221-1233,共13页
本研究通过比较高、低质量蛋壳力学特性、超微结构和蛋鸡的子宫组织形态、基因表达差异,挖掘调控产蛋后期蛋壳质量的重要候选基因和信号通路。选用80周龄海兰褐蛋鸡12只,6只产鸡蛋蛋壳质量相对好[蛋壳强度为(3.54±0.11)kg/cm^(2),... 本研究通过比较高、低质量蛋壳力学特性、超微结构和蛋鸡的子宫组织形态、基因表达差异,挖掘调控产蛋后期蛋壳质量的重要候选基因和信号通路。选用80周龄海兰褐蛋鸡12只,6只产鸡蛋蛋壳质量相对好[蛋壳强度为(3.54±0.11)kg/cm^(2),蛋壳厚度为(385.06±12.46)mm]的为高质量组(HQE组),6只产鸡蛋蛋壳质量相对差[蛋壳强度为(2.54±0.07)kg/cm^(2),蛋壳厚度为(256.17±18.36)mm]的为低质量组(LQE组),每组每天收集6枚鸡蛋,累计收集5 d。鸡蛋称重后采用蛋壳强度仪测定蛋壳强度,螺旋测微仪测定蛋壳厚度,计算蛋壳比例;采用扫描电子显微镜观察蛋壳的超微结构,测定蛋壳有效层厚度、乳突层厚度和乳突宽度,计算乳突层厚度比例;运用组织切片技术比较2组蛋鸡子宫组织形态差异;运用转录组测序(RNA-seq)技术,比较2组子宫样本之间的差异表达基因(DEGs),并对其进行GO和KEGG富集分析。结果显示:与LQE相比,HQE组蛋壳强度、蛋壳厚度、蛋壳重和蛋壳比例显著增加(P<0.05),蛋壳有效层厚度、乳突层厚度和乳突层厚度比例显著增加(P<0.05),蛋鸡子宫黏膜组织管状腺细胞排布更紧密,子宫黏膜绒毛高度显著增加(P<0.05)。以LQE组为对照组,在HQE组子宫黏膜中筛选到303个DEGs,其中103个表达上调,200个表达下调;GO功能分析显示DEGs主要富集在DNA复制、免疫应答等生物过程;KEGG分析发现DEGs主要富集在细胞因子-细胞因子受体互作、Th17细胞分化、肿瘤坏死因子(TNF)、Toll样受体等与免疫、炎症反应相关的信号通路,其中信号转导和转录激活因子1(STAT1)、CC趋化因子受体2(CCR2)、CC趋化因子配体4(CCL4)、CC趋化因子配体20(CCL20)、白细胞介素18受体1(IL18R1)等基因在以上通路中反复富集,且在HQE组显著下调。由以上结果可知,产蛋后期蛋壳力学特性和超微结构变差的同时伴随着蛋鸡子宫组织形态变差,功能分析显示子宫黏膜组织上细胞因子-细胞因子受体互作等信号通路可能通过调控子宫免疫应答、炎症反应相关基因的表达在蛋壳矿化过程中发挥重要作用,该结果可为精准改善产蛋后期蛋壳质量提供理论依据。 展开更多
关键词 蛋鸡 产蛋后期 蛋壳 转录组测序 差异表达基因 信号通路
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玛瑙红樱桃不同发育时期胚败育果实转录组分析
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作者 宋莎 江旭升 +2 位作者 金吉林 张绿萍 张敏 《贵州农业科学》 2025年第1期76-82,共7页
【目的】探明玛瑙红樱桃胚败育果实发育过程中相关基因的表达差异,为筛选胚败育相关基因提供理论依据。【方法】采用Illumina高通量测序技术,对不同发育时期(膨大期、转色期、成熟期)的玛瑙红樱桃胚败育果实样品进行转录组测序及相关分... 【目的】探明玛瑙红樱桃胚败育果实发育过程中相关基因的表达差异,为筛选胚败育相关基因提供理论依据。【方法】采用Illumina高通量测序技术,对不同发育时期(膨大期、转色期、成熟期)的玛瑙红樱桃胚败育果实样品进行转录组测序及相关分析。【结果】所有玛瑙红樱桃样品的高质量序列均在98%以上,映射序列均在85%以上,Q30均大于94%;共筛选出差异表达基因6316个,其中,不同比较组共有差异表达基因1207个;注释到GO的差异表达基因参与分子功能、细胞组分、生物过程等,参与生物过程最多;注释到KEGG通路的差异表达基因分别参与环境信息处理、生物体系统、遗传信息处理、细胞过程和新陈代谢5大通路的18个分支,注释到碳水化合物代谢分支的差异表达基因较多;1806个差异表达基因预测为转录因子,共注释到57个转录因子家族,其中,bHLH家族最多。【结论】玛瑙红樱桃胚败育果实膨大期与转色期、成熟期的基因表达差异较大,转色期与成熟期基因表达差异变小,可在果实转色前筛选胚败育相关基因进行功能验证。 展开更多
关键词 玛瑙红樱桃 胚败育 转录组测序 生育期 差异表达基因
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长链非编码RNA转移相关肺腺癌转录本1在糖尿病心肌病大鼠中的表达及意义
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作者 李丽芳 王琴 +5 位作者 孙永福 杨中男 蔡艳 田志州 海瑞 李燕萍 《宁夏医学杂志》 2025年第1期12-15,F0003,共5页
目的探讨3-羟基-3甲基戊二酰辅酶A(HMG-CoA)还原酶抑制剂通过长链非编码RNA转移相关肺腺癌转录本1(LncRNA MALATl)对糖尿病心肌病的作用及机制。方法选取正常SD大鼠30只(雄性,体重220~260 g),将其分为正常组(n=10)和糖尿病模型组(n=20)... 目的探讨3-羟基-3甲基戊二酰辅酶A(HMG-CoA)还原酶抑制剂通过长链非编码RNA转移相关肺腺癌转录本1(LncRNA MALATl)对糖尿病心肌病的作用及机制。方法选取正常SD大鼠30只(雄性,体重220~260 g),将其分为正常组(n=10)和糖尿病模型组(n=20)。糖尿病模型组给予注射链脲佐菌建立糖尿病心肌病模型后,分为糖尿病心肌病组(n=10)、阿托伐他汀组(n=10)。阿托伐他汀组给予阿托伐他汀灌胃干预治疗,正常组、糖尿病心肌病组采用等量生理盐水灌胃,12周后注射25%乌拉坦麻醉后处死大鼠,留取外周血,制备心肌病理标本及心肌匀浆。用TUNEL法检测心肌凋亡细胞,用荧光定量PCR法检测外周血及心肌组织中LncRNA MALATl水平。结果糖尿病心肌病组大鼠心肌组织细胞肥大,多数细胞的胞浆内可见粉染颗粒,间质血管扩张充血,并有少量点灶状出血。与糖尿病心肌病组相比,阿托伐他汀组大鼠心肌组织细胞损伤明显改善;与正常组比较,糖尿病心肌病组大鼠细胞凋亡数增加,阿托伐他汀组能够明显降低大鼠心肌细胞的凋亡数;LncRNA MALATl在糖尿病心肌病组、阿托伐他汀组外周血及心肌组织中表达明显升高,与正常组比较差异有统计学意义(P<0.05),糖尿病心肌病组、阿托伐他汀组组间比较差异无统计学意义(P>0.05)。结论LncRNA MALATl在糖尿病心肌病大鼠中异常表达,HMG-CoA还原酶抑制剂具有抑制糖尿病心肌病大鼠心肌细胞损伤、细胞凋亡的作用,可能不具有抑制LncRNA MALATl的作用。 展开更多
关键词 长链非编码RNA转移相关肺腺癌转录本1 阿托伐他汀 糖尿病心肌病 大鼠
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南平市艾滋病免费抗反转录病毒治疗效果分析
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作者 陈萍 《中国医药指南》 2025年第3期42-45,共4页
目的监测艾滋病患者经免费抗反转录病毒治疗(ART)的结果,并评价治疗方案效果,依据实际情况调整治疗方案,使患者获得更好的疗效。方法选取南平市疾病预防控制中心2021年1月至2021年12月接受免费ART治疗的艾滋病患者1086例,监测其CD4细胞... 目的监测艾滋病患者经免费抗反转录病毒治疗(ART)的结果,并评价治疗方案效果,依据实际情况调整治疗方案,使患者获得更好的疗效。方法选取南平市疾病预防控制中心2021年1月至2021年12月接受免费ART治疗的艾滋病患者1086例,监测其CD4细胞数、病毒载量和耐药情况,分析疾病人口学特征及耐药情况,并比较患者治疗前后的CD细胞数概率分布及病毒载量值。结果艾滋病男性患病率高于女性,年龄<20岁的占比仅有0.74%,在婚/同居发生率高达52.12%,比较差异有统计学意义(P<0.05);治疗后患者CD4细胞数增加,与治疗前比较差异有统计学意义(P<0.05);经治疗病毒载量<400 copy/ml患者共1009例,治疗有效率为92.91%,且治疗后病毒载量值低于治疗前(P<0.05);而经Pearson相关性分析治疗后病毒载量与CD4细胞数呈负相关;耐药性调查表明:患者耐药性率为1.01%。结论经调查,南平市2021年接受免费ART治疗的大部分艾滋病患者获得了显著疗效,仅少部分患者存在耐药情况。 展开更多
关键词 艾滋病 抗反转录病毒治疗 监测效果
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丙泊酚对脂多糖诱导的MHCC97H细胞黏附、迁移、侵袭和炎症因子的影响及与核转录因子-κB信号通路的关系
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作者 齐少霞 杨栋宝 +2 位作者 靳涛 王建华 兰基山 《安徽医药》 2025年第2期263-267,I0002,共6页
目的探究丙泊酚与脂多糖(LPS)刺激下MHCC97H细胞功能、炎症水平及核转录因子-κB(NF-κB)表达的关联。方法该研究起止时间为2021年12月至2022年12月。体外培养人MHCC97H细胞系,分为对照组(等量的溶剂),LPS组(1 mg/L LPS),实验组(LPS+6.2... 目的探究丙泊酚与脂多糖(LPS)刺激下MHCC97H细胞功能、炎症水平及核转录因子-κB(NF-κB)表达的关联。方法该研究起止时间为2021年12月至2022年12月。体外培养人MHCC97H细胞系,分为对照组(等量的溶剂),LPS组(1 mg/L LPS),实验组(LPS+6.25组、LPS+12.5组、LPS+25组,LPS组基础上分别加入6.25、12.5和25μmol/L丙泊酚),用酶联免疫吸附试验、细胞计数试剂盒检测炎症因子白细胞介素6(IL-6)的表达水平和细胞活力筛选出丙泊酚的最适浓度进行后续实验,后将细胞分为对照组、LPS组、LPS+25组和LPS+25+抑制剂组(LPS+25组基础上联合10μmol/L BAY 11-7082),干预24 h。细胞黏附实验测定黏附细胞数;Transwell小室法检测细胞迁移与侵袭水平;蛋白质印迹法测定上皮间质转化(EMT)及NF-κB通路相关蛋白表达水平。结果根据细胞活力和炎症因子IL-6表达选择LPS+25组进行后续实验,与对照组相比,LPS组细胞黏附数、迁移数、侵袭数、N-钙黏蛋白(N-cadherin)、波形蛋白(Vimentin)、纤连蛋白(FN)、IκB激酶α(IKKα)和p-NF-κB p65蛋白水平分别为(152.00±9.01)个、(84.01±10.44)个、(65.67±3.06)个、0.46±0.02、0.47±0.03、0.99±0.02、1.03±0.02、0.95±0.05上调,E-钙黏蛋白(E-cadherin)表达0.42±0.02下调(P<0.05);与LPS组相比,LPS+25组显著扭转了上述指标的变化(P<0.05);与LPS+25组相比,LPS+25+抑制剂组加入NF-κB通路抑制剂后,上述指标变化扭转得更为显著(P<0.05)。结论丙泊酚对LPS刺激下MHCC97H细胞炎症因子表达、黏附、迁移、侵袭能力及EMT进程具有抑制作用,可能与NF-κB通路活性受到抑制有关。 展开更多
关键词 二异丙酚 MHCC97H 转录因子-κB信号通路 黏附 迁移 侵袭
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罗哌卡因调节沉默信息调控基因1/叉头转录因子1信号通路对白细胞介素-1β诱导的软骨细胞损伤的影响实验研究
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作者 王海龙 夏丰娜 +3 位作者 高学锋 王朝阳 唐楠 马洲佩 《陕西医学杂志》 2025年第3期314-318,332,共6页
目的:探究罗哌卡因(ROP)对白细胞介素(IL)-1β诱导的软骨细胞损伤的影响及其作用机制。方法:将原代大鼠软骨细胞分为对照(NC)组、模型组、罗哌卡因低剂量(ROP-L)组、罗哌卡因高剂量(ROP-H)组和ROP-H+EX-527组。除NC组外,其余各组均加入I... 目的:探究罗哌卡因(ROP)对白细胞介素(IL)-1β诱导的软骨细胞损伤的影响及其作用机制。方法:将原代大鼠软骨细胞分为对照(NC)组、模型组、罗哌卡因低剂量(ROP-L)组、罗哌卡因高剂量(ROP-H)组和ROP-H+EX-527组。除NC组外,其余各组均加入IL-1β(10 ng/ml)处理,以构建OA软骨细胞损伤模型。24 h后,ROP-L组和ROP-H组分别加入25、100 mg/L ROP,ROP-H+EX-527组加入100 mg/L ROP和10μmol/L沉默信息调控基因1(SIRT1)抑制剂EX-527培养。实时荧光定量PCR(RT-qPCR)检测软骨细胞中SIRT1、叉头转录因子1(FOXO1)mRNA水平;CCK-8法检测各组软骨细胞增殖情况;TUNEL法检测各组软骨细胞凋亡情况;ELISA检测软骨细胞中IL-8、肿瘤坏死因子-α(TNF-α)、IL-6水平;Western blot检测软骨细胞SIRT1/FOXO1信号通路及基质降解相关蛋白表达水平。结果:与NC组比较,模型组软骨细胞增殖率、SIRT1 mRNA及蛋白水平、FOXO1 mRNA及p-FOXO1/FOXO1水平、Ⅱ型胶原α1(COL2A1)、软骨蛋白聚糖(ACAN)蛋白表达水平降低,细胞凋亡率、IL-8、TNF-α、IL-6、基质金属蛋白酶-13(MMP-13)蛋白表达水平升高(均P<0.05)。与模型组比较,ROP-L和ROP-H组软骨细胞增殖率、SIRT1 mRNA及蛋白水平、FOXO1 mRNA及p-FOXO1/FOXO1水平、COL2A1、ACAN蛋白表达水平升高,细胞凋亡率、IL-8、TNF-α、IL-6水平及MMP-13蛋白表达降低,且作用随着ROP剂量的增加而增强(均P<0.05)。EX-527逆转了ROP对OA软骨细胞的作用。结论:ROP通过激活SIRT1/FOXO1信号通路,增加软骨细胞增殖率,减少细胞凋亡,缓解IL-1β诱导的软骨细胞损伤。 展开更多
关键词 软骨细胞损伤 罗哌卡因 沉默信息调控基因1 叉头转录因子1 白细胞介素-1Β 细胞模型
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高效抗反转录病毒疗法治疗艾滋病的应用效果
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作者 李萱 王野 《中文科技期刊数据库(文摘版)医药卫生》 2025年第1期071-074,共4页
评估艾滋病患者接受治疗时,应用高效抗反转录病毒疗法的效果。方法 在内蒙古自治区疾病预防控制中心(内蒙古自治区预防医学科学院)中,抽取2022年1月至2024年10月确诊的54例艾滋病患者进行研究,依据不同的治疗方法分组,具体为对照组(常... 评估艾滋病患者接受治疗时,应用高效抗反转录病毒疗法的效果。方法 在内蒙古自治区疾病预防控制中心(内蒙古自治区预防医学科学院)中,抽取2022年1月至2024年10月确诊的54例艾滋病患者进行研究,依据不同的治疗方法分组,具体为对照组(常规治疗)、研究组(高效抗反转录病毒疗法),各27例。比较治疗效果。结果 研究组整体治疗的效果较对照组更高,差异有统计学意义(P<0.05)。结论 在对艾滋病患者进行治疗时,采用高效抗反转录病毒疗法,可以改善患者的CD4+T淋巴细胞计数,控制患者的病情,减少不良事件的出现,维护患者的治疗效果,促使患者的生活质量得以提升,适合推广。 展开更多
关键词 艾滋病 高效抗反转录病毒疗法 治疗效果 CD4+T淋巴细胞 生活质量
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中药单体治疗脊髓损伤后神经炎症:核转录因子κB信号通路的作用 被引量:3
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作者 徐振华 李彦杰 +3 位作者 秦合伟 刘昊源 朱博超 王煜普 《中国组织工程研究》 CAS 北大核心 2025年第3期590-598,共9页
背景:基于核转录因子κB通路探究神经炎症的靶向治疗越来越值得探究,中药靶点多、范围广、机制丰富及不良反应少等优点在治疗各类疾病时都具有十分巨大的潜力。目的:基于核转录因子κB信号通路,对近年研究中出现的山奈酚、红花黄、汉黄... 背景:基于核转录因子κB通路探究神经炎症的靶向治疗越来越值得探究,中药靶点多、范围广、机制丰富及不良反应少等优点在治疗各类疾病时都具有十分巨大的潜力。目的:基于核转录因子κB信号通路,对近年研究中出现的山奈酚、红花黄、汉黄芩苷及雷公藤甲素等中药单体治疗脊髓损伤后神经炎症的研究进展进行系统的阐述与归纳。方法:以“脊髓损伤,炎症,抗炎,中药单体,单体化合物,NF-κB信号通路,黄酮,糖苷,酚类,酯类,生物碱”为检索词在中国知网数据库中进行检索;以“Spinal cord injury,inflammation,anti-inflammatory,traditional Chinese medicine monomer,monomeric compound,NF-κB signaling pathway,flavonoids,glycosides,phenols,esters,alkaloids”为检索词在PubMed数据库中进行检索,最终共纳入67篇文献进行综述分析。结果与结论:①核转录因子κB信号通路在神经系统中的作用复杂多样,能够调控中性粒细胞、小胶质细胞、星形胶质细胞和巨噬细胞等,介导损伤后炎症的发生与发展;②中药单体如汉黄芩苷对核转录因子κB抑制蛋白的降解、红花黄素对核转录因子κB信号通路磷酸化过程的抑制、山奈酚对核转录因子κB信号通路p65核易位的抑制等作用可以降低炎症反应对机体造成的影响,从而促进神经功能恢复;③核转录因子κB信号通路在损伤早期能够促进炎症反应和免疫细胞迁移活化,在损伤中后期能够促进损伤部位的修复和纤维化的发生等,适当的激活核转录因子κB信号通路具有促进炎症因子的释放、提高细胞的抗氧化能力及促进免疫细胞的活化等能力,但过度激活的核转录因子κB信号通路则容易导致慢性炎症的发生和持续、细胞凋亡受到抑制等;④未来的研究可以进一步探索如何准确调控核转录因子κB信号通路的活化水平、如何实现对神经系统炎症和损伤的精准干预展开,也可围绕中药单体的制备及中药单体对信号通路的作用机制展开,以期为神经系统疾病的康复和功能恢复提供更有效的治疗策略。 展开更多
关键词 转录因子ΚB 信号通路 脊髓损伤 中药单体 继发性损伤 神经炎症 小胶质细胞 星形胶质细胞 糖苷 机制
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基于转录组分析植物激素对洋葱鳞茎膨大发育的调控机制
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作者 李艳伟 杨妍妍 +3 位作者 孙亚玲 霍雨猛 王振宝 刘冰江 《生物技术通报》 北大核心 2025年第2期187-201,共15页
【目的】通过对洋葱发育不同阶段的鳞茎组织进行转录组比较分析,为研究植物激素在洋葱鳞茎形成过程中的分子调控机制提供依据。【方法】分别取洋葱出苗后33、47、61和75 d的鳞茎部位为试验材料,通过酶联免疫吸附法和气相色谱法检测,了... 【目的】通过对洋葱发育不同阶段的鳞茎组织进行转录组比较分析,为研究植物激素在洋葱鳞茎形成过程中的分子调控机制提供依据。【方法】分别取洋葱出苗后33、47、61和75 d的鳞茎部位为试验材料,通过酶联免疫吸附法和气相色谱法检测,了解生长素、细胞分裂素、赤霉素3、脱落酸以及乙烯(前体ACC)含量在鳞茎膨大过程中的变化趋势;利用高通量测序技术进行转录组测序分析,从分子水平阐述植物激素对鳞茎发育的影响。【结果】从4个发育阶段的鳞茎中共检测到11814个差异表达基因(DEGs),其中共同DEGs有3311个;KEGG富集分析显示,不同发育阶段比较组DEGs均显著富集到“植物激素信号转导”通路,并对该通路上筛选到的36个主要DEGs进行表征;结合WGCNA分析每个模块与性状的r和P值,筛选到2个关键模块,通过转录因子预测,挖掘到3028个转录因子unigenes与13个植物激素信号结构基因unigenes共表达,转录因子unigenes功能注释来自46个基因家族,最多的为锌指蛋白(C_(2)C_(2)、C_(3)H),其次为bHLH、NAC、ERF基因家族。【结论】通过转录组分析揭示了植物激素信号转导途径参与洋葱鳞茎膨大发育的相关基因。 展开更多
关键词 洋葱 鳞茎膨大 转录组分析 植物激素 转录因子
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