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An Empirical Study of Code Clone Clustering Based on Clone Evolution
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作者 Fanlong Zhang Xiaohong Su +1 位作者 Wen Zhao Tiantian Wang 《Journal of Harbin Institute of Technology(New Series)》 EI CAS 2017年第2期10-18,共9页
There are lots of code clones appearing in software,which are similar code fragments with each other. In the past decades,researchers have proposed some state-of-the-art methods to detect clones. The code clones have ... There are lots of code clones appearing in software,which are similar code fragments with each other. In the past decades,researchers have proposed some state-of-the-art methods to detect clones. The code clones have showing some relationship with the evolution of software. In order to explore relationships between clones and their evolution,we propose a framework to cluster clones with a Fuzzy C-means clustering method.Firstly,we detect all the clones using Ni Cad,and build the clone genealogies for multiple versions software.Secondly,we extract some metrics to describe the clones and their evolution. Finally,we cluster all clone's vectors,which are generated with the different metrics for different proposes. Experimental results on six open source software packages have shown the relationships among the clone life,the number of change times,the clone pattern and et al. can help developers to understand clones. 展开更多
关键词 code clones clone clustering clone analysis clone evolution empirical study
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SSA-HIAST: A Novel Framework for Code Clone Detection
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作者 Neha Saini Sukhdip Singh 《Computers, Materials & Continua》 SCIE EI 2022年第5期2999-3017,共19页
In the recent era of software development,reusing software is one of the major activities that is widely used to save time.To reuse software,the copy and paste method is used and this whole process is known as code cl... In the recent era of software development,reusing software is one of the major activities that is widely used to save time.To reuse software,the copy and paste method is used and this whole process is known as code cloning.This activity leads to problems like difficulty in debugging,increase in time to debug and manage software code.In the literature,various algorithms have been developed to find out the clones but it takes too much time as well as more space to figure out the clones.Unfortunately,most of them are not scalable.This problem has been targeted upon in this paper.In the proposed framework,authors have proposed a new method of identifying clones that takes lesser time to find out clones as compared with many popular code clone detection algorithms.The proposed framework has also addressed one of the key issues in code clone detection i.e.,detection of near-miss(Type-3)and semantic clones(Type-4)with significant accuracy of 95.52%and 92.80%respectively.The present study is divided into two phases,the first method converts any code into an intermediate representation form i.e.,Hashinspired abstract syntax trees.In the second phase,these abstract syntax trees are passed to a novel approach“Similarity-based self-adjusting hash inspired abstract syntax tree”algorithm that helps in knowing the similarity level of codes.The proposed method has shown a lot of improvement over the existing code clones identification methods. 展开更多
关键词 code cloning clone detection hash inspired abstract syntax tree ROTATIONS hybrid framework
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Code Clone Detection Method Based on the Combination of Tree-Based and Token-Based Methods
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作者 Ryota Ami Hirohide Haga 《Journal of Software Engineering and Applications》 2017年第13期891-906,共16页
This article proposes the high-speed and high-accuracy code clone detection method based on the combination of tree-based and token-based methods. Existence of duplicated program codes, called code clone, is one of th... This article proposes the high-speed and high-accuracy code clone detection method based on the combination of tree-based and token-based methods. Existence of duplicated program codes, called code clone, is one of the main factors that reduces the quality and maintainability of software. If one code fragment contains faults (bugs) and they are copied and modified to other locations, it is necessary to correct all of them. But it is not easy to find all code clones in large and complex software. Much research efforts have been done for code clone detection. There are mainly two methods for code clone detection. One is token-based and the other is tree-based method. Token-based method is fast and requires less resources. However it cannot detect all kinds of code clones. Tree-based method can detect all kinds of code clones, but it is slow and requires much computing resources. In this paper combination of these two methods was proposed to improve the efficiency and accuracy of detecting code clones. Firstly some candidates of code clones will be extracted by token-based method that is fast and lightweight. Then selected candidates will be checked more precisely by using tree-based method that can find all kinds of code clones. The prototype system was developed. This system accepts source code and tokenizes it in the first step. Then token-based method is applied to this token sequence to find candidates of code clones. After extracting several candidates, selected source codes will be converted into abstract syntax tree (AST) for applying tree-based method. Some sample source codes were used to evaluate the proposed method. This evaluation proved the improvement of efficiency and precision of code clones detecting. 展开更多
关键词 code clone Token-Based DETECTION Tree-Based DETECTION TREE EDIT Distance
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Unleashing the power of pseudo-code for binary code similarity analysis
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作者 Weiwei Zhang Zhengzi Xu +1 位作者 Yang Xiao Yinxing Xue 《Cybersecurity》 EI CSCD 2023年第2期44-61,共18页
Code similarity analysis has become more popular due to its significant applicantions,including vulnerability detection,malware detection,and patch analysis.Since the source code of the software is difficult to obtain... Code similarity analysis has become more popular due to its significant applicantions,including vulnerability detection,malware detection,and patch analysis.Since the source code of the software is difficult to obtain under most circumstances,binary-level code similarity analysis(BCSA)has been paid much attention to.In recent years,many BCSA studies incorporating Al techniques focus on deriving semantic information from binary functions with code representations such as assembly code,intermediate representations,and control flow graphs to measure the similarity.However,due to the impacts of different compilers,architectures,and obfuscations,binaries compiled from the same source code may vary considerably,which becomes the major obstacle for these works to obtain robust features.In this paper,we propose a solution,named UPPC(Unleashing the Power of Pseudo-code),which leverages the pseudo-code of binary function as input,to address the binary code similarity analysis challenge,since pseudocode has higher abstraction and is platform-independent compared to binary instructions.UPPC selectively inlines the functions to capture the full function semantics across different compiler optimization levels and uses a deep pyramidal convolutional neural network to obtain the semantic embedding of the function.We evaluated UPPC on a data set containing vulnerabilities and a data set including different architectures(X86,ARM),different optimization options(O0-O3),different compilers(GCC,Clang),and four obfuscation strategies.The experimental results show that the accuracy of UPPC in function search is 33.2%higher than that of existing methods. 展开更多
关键词 Binary code similarity Machine learning software security PSEUDO-code
原文传递
CloneIRD:面向代码溯源的克隆代码继承关系判定方法
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作者 姜智文 任怡 +3 位作者 杨立明 管剑波 李宝 谭郁松 《郑州大学学报(理学版)》 CAS 北大核心 2024年第2期18-25,共8页
随着开源软件的广泛使用,代码溯源成为管理软件源代码、降低潜在风险的重要技术手段。基于代码克隆检测的大规模代码溯源分析,从其检测结果中鉴别代码克隆对之间的继承关系,对代码来源追踪、组件依赖关系分析、软件脆弱性分析以及代码... 随着开源软件的广泛使用,代码溯源成为管理软件源代码、降低潜在风险的重要技术手段。基于代码克隆检测的大规模代码溯源分析,从其检测结果中鉴别代码克隆对之间的继承关系,对代码来源追踪、组件依赖关系分析、软件脆弱性分析以及代码缺陷修复等具有重要意义。目前,已有方法在原始代码片段存在微小修改的情况下,会产生许多误判,并且检测克隆对的效率也有待提高。针对上述问题,提出了代码溯源中克隆代码继承关系的判定方法CloneIRD,包括一个基于自研快速分布式克隆检测工具FastDCF的代码溯源分析框架,以及该框架的核心算法——基于代码演化信息的克隆代码继承关系判定算法EIHR。为验证框架和算法的有效性,首先设计并实现了CloneIRD方法,并在Linux内核V4.9和V4.12的开源代码上进行了实验。实验结果表明,CloneIRD方法能够有效判定代码溯源结果中克隆对的继承关系,且基于FastDCF的溯源分析框架能够胜任大规模代码的溯源分析任务。 展开更多
关键词 代码溯源 克隆代码 克隆检测 代码继承关系
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A Recommendation Approach Based on Bayesian Networks for Clone Refactor
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作者 Ye Zhai Celimuge Wu +1 位作者 Dongsheng Liu Rongrong She 《Computers, Materials & Continua》 SCIE EI 2020年第9期1999-2012,共14页
Reusing code fragments by copying and pasting them with or without minor adaptation is a common activity in software development.As a result,software systems often contain sections of code that are very similar,called... Reusing code fragments by copying and pasting them with or without minor adaptation is a common activity in software development.As a result,software systems often contain sections of code that are very similar,called code clones.Code clones are beneficial in reducing software development costs and development risks.However,recent studies have indicated some negative impacts as a result.In order to effectively manage and utilize the clones,we design an approach for recommending refactoring clones based on a Bayesian network.Firstly,clone codes are detected from the source code.Secondly,the clones that need to be refactored are identified,and the static and evolutions features are extracted to build the feature database.Finally,the Bayesian network classifier is used for training and evaluating the classification results.Based on more than 640 refactor examples of five open source software developed in C,we observe a considerable enhancement.The results show that the accuracy of the approach is larger than 90%.We believe our approach will provide a more accurate and reasonable code refactoring and maintenance advice for software developers. 展开更多
关键词 clone code clone refactor feature extraction Bayesian network
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CHANN:A Hierarchical Neural Network for Clone Consistency Prediction
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作者 Fan-Long Zhang Yu-Chen Chen +1 位作者 Siau-Cheng Khoo Wen-Chao Jiang 《Journal of Computer Science & Technology》 2025年第1期178-195,共18页
Modifying a code segment may give rise to a consistency issue when the code segment belongs to a clone group comprising closely similar code segments.Recent studies have demonstrated that such consistent changes can i... Modifying a code segment may give rise to a consistency issue when the code segment belongs to a clone group comprising closely similar code segments.Recent studies have demonstrated that such consistent changes can incur extra maintenance costs when clones are checked for consistency and introduce defects if developers forget to change clones consistently when needed.To address this problem,researchers have proposed an approach to predict clone consistency in advance with handcrafted attributes,notably using machine learning methods.Although these attributes can help predict clone consistency to some extent,the capability of such an approach is generally weak and unsatisfactory in practice.Such limitations in capability are especially severe at a project's infancy stage when there is not sufficient within-project data to model clone consistency behavior,and cross-project data have not been helpful in supporting prediction.In this paper,we propose the Clone Hierarchical Attention Neural Network(CHANN)to represent code clones and their evolution by adopting a hierarchical perspective of code,context,and code evolution,and thus enhancing the effectiveness of clone consistency prediction.To assess the effectiveness of CHANN,we conduct experiments on the dataset collected from eight open-source projects.The experimental results show that CHANN is highly effective in predicting clone consistency,and the precision,recall,and F-measure attained in prediction are around 82%.These findings support our hypothesis that the hierarchical neural network can help developers predict clone consistency effectively in the case of cross-project incubation when insufficient data are available at the early stage of software development. 展开更多
关键词 code clone clone consistent change clone consistency prediction software maintenance deep learning
原文传递
基于代码特征的代码克隆搜索方法
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作者 张明睿 陈碧欢 +1 位作者 张跃 赵文耘 《计算机应用与软件》 北大核心 2025年第3期7-14,共8页
当前代码克隆搜索的研究主要集中在了搜索实现方式相同或变化不大的代码克隆上,对于语义代码克隆搜索,当前的方法表现不佳。为了提高语义代码克隆搜索的准确性,提出一个基于代码特征的代码克隆搜索方法,对代码片段建立代码图,并在图中... 当前代码克隆搜索的研究主要集中在了搜索实现方式相同或变化不大的代码克隆上,对于语义代码克隆搜索,当前的方法表现不佳。为了提高语义代码克隆搜索的准确性,提出一个基于代码特征的代码克隆搜索方法,对代码片段建立代码图,并在图中抽取关键节点来构造语义特征表示,使用倒排索引以及基于TF-IDF的评分算法进行搜索。实验结果表明,在语义代码克隆搜索能力上,所提出的方法比现有方法有较大提升。 展开更多
关键词 代码克隆 克隆检测 代码搜索 代码克隆搜索 特征提取
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lncRNA NEAT1降表达人喉鳞状细胞癌细胞增殖凋亡变化及与miR-214靶向关系
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作者 罗德艳 冯俊 +2 位作者 彭涛 唐一萍 杨久梅 《山东医药》 CAS 2024年第18期26-30,共5页
目的观察长链非编码RNA(lncRNA)核富集转录体1(NEAT1)降表达的人喉鳞状细胞癌(LSCC)细胞增殖凋亡变化,探讨其与微小RNA-214(miR-214)的靶向关系。方法采用实时荧光定量PCR(RT-qPCR)法检测人永生化表皮细胞Hacat和人LSCC细胞系(FD-LSC-1... 目的观察长链非编码RNA(lncRNA)核富集转录体1(NEAT1)降表达的人喉鳞状细胞癌(LSCC)细胞增殖凋亡变化,探讨其与微小RNA-214(miR-214)的靶向关系。方法采用实时荧光定量PCR(RT-qPCR)法检测人永生化表皮细胞Hacat和人LSCC细胞系(FD-LSC-1、Hep-2、TU177)中lncRNA NEAT1、miR-214,选择TU177细胞为受试细胞。取对数生长期TU177细胞,分为甲、乙组,分别转染si-lncRNA NEAT1(敲低lncRNA NEAT1表达)、si-NC(乱序无意义序列),培养至24 h时采用CCK8法观察两组细胞增殖情况、采用平板克隆形成实验观察两组细胞克隆形成情况、采用流式细胞术观察两组细胞周期和细胞凋亡情况、采用RT-qPCR法检测两组细胞lncRNA NEAT1及miR-214。另取对数生长期TU177细胞,分为一二三四组,一组顺序转染WT-lncRNA NEAT1、miR-214 mimic,二组顺序转染WT-lncRNA NEAT1、miR-NC,三组顺序转染MUT-lncRNA NEAT1、miR-214 mimics,四组顺序转染MUT-lncRNA NEAT1、miR-NC。采用双荧光素酶报告基因实验验证lncRNA NEAT1及miR-214的靶向关系。结果与乙组相比,培养24、48、72 h时甲组TU177细胞OD值低,培养14 d时甲组TU177细胞克隆形成数少,甲组TU177细胞G0/G1期细胞比例高、S期细胞比例低,细胞凋亡率高(P均<0.05);与乙组相比,转染24 h时甲组TU177细胞lncRNA NEAT1相对表达量低、miR-214相对表达量高(P均<0.05)。培养48 h时一、二、三、四组TU177细胞细胞荧光素酶活性分别为0.63±0.08、0.99±0.01、1.02±0.02、0.98±0.03,与二组相比,一组细胞荧光素酶活性低(P<0.05)。结论敲低lncRNA NEAT1表达可抑制TU177细胞的增殖和克隆,阻滞细胞周期于G0/G1期,并促进细胞的凋亡。TU177细胞中lncRNA NEAT1与miR-214靶向相关。lncRNA NEAT1可能通过与miR-214靶向结合,抑制TU177细胞的增殖克隆,阻滞细胞周期于G0/G1期,促进细胞的凋亡。 展开更多
关键词 长链非编码RNA 长链非编码RNA核富集转录体1 微小RNA-214 喉鳞状细胞癌 细胞增殖 细胞凋亡 细胞克隆 细胞周期
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代码相似性检测技术综述 被引量:1
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作者 孙祥杰 魏强 +1 位作者 王奕森 杜江 《计算机应用》 CSCD 北大核心 2024年第4期1248-1258,共11页
代码复用为软件开发带来便利的同时也引入了安全风险,如加速漏洞传播、代码恶意抄袭等,代码相似性检测技术通过分析代码间词法、语法、语义等信息计算代码相似程度,是判断代码复用最有效的技术之一,也是近年发展较快的程序安全分析技术... 代码复用为软件开发带来便利的同时也引入了安全风险,如加速漏洞传播、代码恶意抄袭等,代码相似性检测技术通过分析代码间词法、语法、语义等信息计算代码相似程度,是判断代码复用最有效的技术之一,也是近年发展较快的程序安全分析技术。首先,系统梳理代码相似性检测的近期技术进展,根据目标代码是否开源,将代码相似性检测技术分为源码相似性检测和二进制代码相似性检测,又根据编程语言、指令集的不同进行二次细分;其次,总结每一种技术的思路和研究成果,分析机器学习技术在代码相似性检测领域成功的案例,并讨论现有技术的优势与不足;最后,给出代码相似性检测技术的发展趋势,为相关研究人员提供参考。 展开更多
关键词 二进制代码相似性 源代码相似性 跨语言代码相似性 深度学习 代码克隆
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基于词汇的源代码克隆检测技术综述
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作者 刘春玲 戚旭衍 +3 位作者 唐永鹤 孙雪凯 李晴浩 张雨 《计算机科学》 CSCD 北大核心 2024年第6期12-22,共11页
代码克隆指在软件开发过程中对源代码复用、修改、重构产生的文本相似或结构相似的代码。代码克隆对提升软件开发效率、节约开发成本有积极作用,但也会引起Bug传播,并对软件的稳定性、可维护性产生负面影响。代码克隆检测在剽窃检测、... 代码克隆指在软件开发过程中对源代码复用、修改、重构产生的文本相似或结构相似的代码。代码克隆对提升软件开发效率、节约开发成本有积极作用,但也会引起Bug传播,并对软件的稳定性、可维护性产生负面影响。代码克隆检测在剽窃检测、漏洞检测、版权侵权等领域具有重要的研究意义和应用价值。基于词汇的克隆检测技术能快速检测1-3型克隆,能扩展到其他编程语言,已被广泛应用于大规模克隆检测任务中。文中对近5年基于词汇的克隆检测技术的研究现状进行了梳理,根据相似性算法中的基本计算粒度将其分为4类,并对10余个技术特征进行了分析和总结,讨论其局限性及面临的挑战,最后结合新技术的发展提出了基于词汇的克隆检测技术未来可能的研究方向。 展开更多
关键词 软件安全 源代码克隆检测 代码表征 深度学习
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lncRNA-MEG3敲低人子宫平滑肌瘤细胞株增殖凋亡、克隆形成、细胞周期变化及与miR-93靶向关系
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作者 马文文 曹晖 +2 位作者 陈茜松 于倩 冬国友 《山东医药》 CAS 2024年第36期1-5,共5页
目的观察敲低长链非编码核糖核酸-MEG3(lncRNA-MEG3)对人子宫平滑肌瘤(UL)细胞株的增殖凋亡、克隆形成、细胞周期的影响,并分析lncRNA-MEG3与微小核糖核酸-93(miR-93)的靶向关系。方法体外培养人UL细胞株SK-UT-1,细胞分为lncRNA-MEG3敲... 目的观察敲低长链非编码核糖核酸-MEG3(lncRNA-MEG3)对人子宫平滑肌瘤(UL)细胞株的增殖凋亡、克隆形成、细胞周期的影响,并分析lncRNA-MEG3与微小核糖核酸-93(miR-93)的靶向关系。方法体外培养人UL细胞株SK-UT-1,细胞分为lncRNA-MEG3敲低组和敲低阴性对照组,分别转染lncRNA-MEG3敲低质粒和敲低阴性对照质粒至两组细胞,采用qRT-PCR法检测细胞中lncRNA-MEG3和miR-93,CCK8法检测细胞增殖活性,平板克隆形成实验检测细胞克隆形成能力,流式细胞术检测细胞周期及凋亡率,Western blotting法检测增殖相关蛋白(Ki67、PCNA蛋白)、凋亡相关蛋白(Bax、Bcl-2蛋白)及Wnt/β-catenin通路相关蛋白(Wnt3a、β-catenin蛋白)。采用双荧光素酶报告基因实验验证lncRNA-MEG3和miR-93的靶向关系。结果与敲低阴性对照组比较,lncRNA-MEG3敲低组细胞lncRNA-MEG3表达降低,miR-93表达升高,48、72、96 h时OD值降低,克隆形成数目减少,G_(0)/G_(1)期占比增加,G2/M期占比下降,凋亡率升高,Wnt3a、β-catenin、Ki67、PCNA、Bcl-2蛋白表达降低,Bax蛋白表达升高(P均<0.05)。lncRNA-MEG3能靶向miR-93从而降低相对荧光素酶活性(P<0.05)。结论敲低lncRNA-MEG3能够抑制SK-UT-1细胞的增殖、克隆形成及Wnt/β-catenin通路,将细胞周期阻滞于G_(0)/G_(1)期,并诱导细胞凋亡,从而抑制细胞生长,lncRNA-MEG3与miR-93存在靶向关系。 展开更多
关键词 子宫平滑肌瘤 微小核糖核酸-93 细胞增殖 细胞凋亡 细胞克隆形成 细胞周期 WNT/Β-CATENIN通路 长链非编码核糖核酸-MEG3
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基于依赖增强的分层抽象语法树的代码克隆检测
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作者 万泽轩 谢春丽 +1 位作者 吕泉润 梁瑶 《计算机应用》 CSCD 北大核心 2024年第4期1259-1268,共10页
在软件工程领域,基于语义相似的代码克隆检测方法可以降低软件维护的成本并预防系统漏洞,抽象语法树(AST)作为典型的代码抽象表征形式,已成功应用于多种程序语言的代码克隆检测任务,然而现有工作主要利用原始AST提取代码的语义,没有深... 在软件工程领域,基于语义相似的代码克隆检测方法可以降低软件维护的成本并预防系统漏洞,抽象语法树(AST)作为典型的代码抽象表征形式,已成功应用于多种程序语言的代码克隆检测任务,然而现有工作主要利用原始AST提取代码的语义,没有深入挖掘AST中的深层语义和结构信息。针对上述问题,提出一种基于依赖增强的分层抽象语法树(DEHAST)的代码克隆检测方法。首先,对AST进行分层处理,将AST划分得到不同的语义层次;其次,为AST的不同层次添加相应的依赖增强边构建DEHAST,将简单的AST变成具有更丰富程序语义的异构图;最后,使用图匹配网络(GMN)模型检测异构图的相似性,实现代码克隆检测。在BigCloneBench和Google Code Jam两个数据集上的实验结果显示,DEHAST能够检测100%的Type-1和Type-2代码克隆、99%的Type-3代码克隆和97%的Type-4代码克隆;与基于树的方法ASTNN(AST-based Neural Network)相比,F1分数均提高了4个百分点,验证了DEHAST可以较好地完成代码语义克隆检测。 展开更多
关键词 代码克隆检测 语义克隆 抽象语法树 深度学习 图匹配网络
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基于对比学习的跨语言代码克隆检测方法
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作者 吕泉润 谢春丽 +1 位作者 万泽轩 魏家劲 《计算机应用研究》 CSCD 北大核心 2024年第7期2147-2152,共6页
代码克隆检测是提高软件开发效率、软件质量和可靠性的重要手段。基于抽象语法树(abstract syntax tree,AST)的单语言克隆检测已经取得了较为显著的效果,但跨语言代码的AST节点存在同义词、近义词且手工标注数据集成本高等问题,限制了... 代码克隆检测是提高软件开发效率、软件质量和可靠性的重要手段。基于抽象语法树(abstract syntax tree,AST)的单语言克隆检测已经取得了较为显著的效果,但跨语言代码的AST节点存在同义词、近义词且手工标注数据集成本高等问题,限制了现有克隆检测方法的有效性和实用性。针对上述问题,提出一种基于对比学习的树卷积神经网络(contrastive tree convolutional neuraln etwork,CTCNN)的跨语言代码克隆检测方法。该方法首先将不同编程语言的代码解析为AST,并对AST的节点类型和节点值作同义词转换处理,以降低不同编程语言AST之间的差异;同时,采用对比学习扩充负样本并对模型进行训练,使得在小样本数据集下能够最小化克隆对之间的距离,最大化非克隆对之间的距离。最后在公开数据集上进行了评测,精确度达到95.26%、召回率为99.98%、F_(1)为97.56%。结果表明,相较于现有的最好的CLCDSA和C4方法,该模型的检测精度分别提高了432%和3.73%,其F_(1)值分别提升了29.84%和6.29%,证明了所提模型是一种有效的跨语言代码克隆检测方法。 展开更多
关键词 跨语言 代码克隆 对比学习 抽象语法树
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雄激素受体调控的lncRNA ARLNC1对前列腺癌细胞增殖、克隆、迁移和细胞周期的影响
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作者 郑江婷 尹冶 +1 位作者 寸淑娥 王玉明 《现代肿瘤医学》 CAS 2024年第2期220-226,共7页
目的:探讨雄激素受体(androgen receptor,AR)调控的长链非编码RNA(long non-coding RNA,lncRNA)ARLNC1对前列腺癌细胞增殖、克隆、迁移和细胞周期的影响。方法:选取正常前列腺上皮细胞株WPMY-1和前列腺癌细胞株PC3、VCaP、22RV1、DU145... 目的:探讨雄激素受体(androgen receptor,AR)调控的长链非编码RNA(long non-coding RNA,lncRNA)ARLNC1对前列腺癌细胞增殖、克隆、迁移和细胞周期的影响。方法:选取正常前列腺上皮细胞株WPMY-1和前列腺癌细胞株PC3、VCaP、22RV1、DU145和LNCaP为研究对象,qRT-PCR分析lncRNA ARLNC1的表达水平;双氢睾酮(DHT)以时间和浓度依赖的方式刺激LNCaP细胞,分析lncRNA ARLNC1的转录水平;采用数据库预测和双荧光素酶报告基因系统分析雄激素受体与lncRNA ARLNC1的关系;将LNCaP细胞分为sh-NC和sh-lncRNA ARLNC1组,采用CCK-8分析细胞增殖,检测细胞克隆和迁移能力;流式细胞仪分析细胞周期变化,Western blot分析细胞周期蛋白CyclinD1、CDK6、p27的表达水平。结果:与正常前列腺上皮细胞相比,lncRNA ARLNC1在雄激素依赖性前列腺癌细胞株(LNCaP、VCaP、22RV1)中的表达水平明显增加,而在雄激素非依赖性前列腺癌细胞株(PC3、DU145)中几乎不表达(P<0.05),其中LNCaP细胞变化最显著,所以下续选用LNCaP细胞作为实验株。100 nmol/L DHT刺激LNCaP细胞0、6、12、18、24 h后,lncRNA ARLNC1的转录水平相对于对照组以时间依赖的方式逐渐升高(P<0.05);不同浓度(0、0.1、1、10、100 nmol/L)DHT刺激LNCaP细胞24 h后,lncRNA ARLNC1转录水平随浓度不断增加(P<0.05);JASPAR数据库预测到lncRNA ARLNC1启动子区域有AR结合的位点,双荧光素酶报告基因系统表明AR能结合在lncRNA ARLNC1启动子区域,并激活其转录(P<0.05);与sh-NC组相比,sh-lncRNA ARLNC1组细胞增殖、迁移和克隆能力减弱,细胞周期阻滞在S、G 2期(P<0.05);sh-NC组相对于sh-lncRNA ARLNC1组,CyclinD1、CDK6蛋白水平增加,而p27蛋白水平降低(P<0.05)。结论:AR调控的lncRNA ARLNC1作为癌基因在雄激素受体阳性的前列腺癌细胞系中高表达,能促进前列腺癌细胞的增殖、克隆、迁移和细胞周期进展。 展开更多
关键词 前列腺癌 长链非编码RNA 雄激素受体 增殖 克隆 迁移 细胞周期
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一种利用抽象语法树的源代码克隆检测模型
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作者 孙雪凯 刘春玲 蒋烈辉 《信息工程大学学报》 2024年第6期667-673,共7页
代码克隆在提高开发效率和降低开发成本的同时,也会给软件维护带来困难,并导致代码中漏洞和错误的传播。针对代码克隆检测问题,借助于抽象语法树(AST),提出一种能够捕捉语义和结构信息的源代码克隆检测模型。首先,该模型利用代码片段的... 代码克隆在提高开发效率和降低开发成本的同时,也会给软件维护带来困难,并导致代码中漏洞和错误的传播。针对代码克隆检测问题,借助于抽象语法树(AST),提出一种能够捕捉语义和结构信息的源代码克隆检测模型。首先,该模型利用代码片段的抽象语法树获得一个路径集合,并生成对应的路径上下文;其次,通过一个全连接神经网络对路径进行编码,将编码后的路径聚合为一个向量来表示代码片段;最后,通过计算两个代码向量之间的距离获得它们的语义相关性,再利用神经网络和一个sigmoid函数获得它们的相似性。实验结果表明,所提出的模型能够有效检测出源代码的功能相似性。 展开更多
关键词 软件开发 代码克隆 软件维护 抽象语法树 神经网络
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LncRNA MEG3调控糖尿病肾病足细胞损伤的机制研究
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作者 马翠 龚蜇强 +1 位作者 高玉章 温秀梅 《浙江医学》 CAS 2024年第16期1719-1724,共6页
目的探讨长链非编码RNA母系表达基因3(LncRNA MEG3)调控糖尿病肾病足细胞损伤的机制。方法采用葡萄糖诱导小鼠肾足细胞(MPC5)构建足细胞损伤模型。将细胞分为高糖组、高糖+短发夹RNA的阴性对照(sh-NC)组、高糖+干扰LncRNA MEG3表达的短... 目的探讨长链非编码RNA母系表达基因3(LncRNA MEG3)调控糖尿病肾病足细胞损伤的机制。方法采用葡萄糖诱导小鼠肾足细胞(MPC5)构建足细胞损伤模型。将细胞分为高糖组、高糖+短发夹RNA的阴性对照(sh-NC)组、高糖+干扰LncRNA MEG3表达的短发夹RNA(sh-LncRNA MEG3)组、高糖+sh-LncRNA MEG3+3-甲基腺嘌呤(3-MA)组、高糖+sh-LncRNA MEG3+干扰结节性硬化症复合体1表达的短发夹RNA(sh-TSC1)组和对照组。采用四甲基偶氮唑盐法检测MPC5活性,采用流式细胞术检测MPC5凋亡率,采用实时荧光定量PCR检测LncRNA MEG3相对表达水平,采用Western blot检测自噬相关蛋白[重组人自噬效应蛋白(Beclin-1)、结节性硬化症复合体1(TSC1)、选择性自噬接头蛋白(p62)和微管相关蛋白轻链3(LC3)]表达,采用荧光原位杂交技术检测LncRNA MEG3的表达定位。结果高糖组MPC5活性低于对照组,高糖+sh-NC组MPC5活性低于高糖+sh-LncRNA MEG3组,高糖+sh-LncRNA MEG3+sh-TSC1组、高糖+sh-LncRNA MEG3+3-MA组MPC5活性低于高糖+sh-LncRNA MEG3组(均P<0.01)。高糖组MPC5凋亡率高于对照组,高糖+sh-NC组MPC5凋亡率高于高糖+sh-LncRNA MEG3组,高糖+sh-LncRNA MEG3+sh-TSC1组、高糖+sh-LncRNA MEG3+3-MA组MPC5凋亡率高于高糖+sh-LncRNA MEG3组(均P<0.01)。高糖组MPC5的LncRNA MEG3相对表达水平高于对照组,高糖+sh-NC组MPC5的LncRNA MEG3相对表达水平高于高糖+sh-LncRNA MEG3组,差异均有统计学意义(均P<0.01)。高糖组LC3、Beclin-1、TSC1蛋白表达低于对照组,p62蛋白表达高于对照组,高糖+sh-LncRNA MEG3组LC3、Beclin-1、TSC1蛋白表达高于高糖+sh-NC组,p62蛋白表达低于高糖+sh-NC组,高糖+sh-LncRNA MEG3+sh-TSC1组TSC1蛋白表达低于高糖+sh-LncRNA MEG3组,高糖+sh-LncRNA MEG3+3-MA组、高糖+sh-LncRNA MEG3+sh-TSC1组的LC3、Beclin-1蛋白表达低于高糖+sh-LncRNA MEG3组,p62蛋白表达高于高糖+sh-LncRNA MEG3组,差异均有统计学意义(均P<0.01)。高糖+sh-LncRNA MEG3组TSC1蛋白表达高于高糖+sh-NC组,差异有统计学意义(P<0.01)。LncRNA MEG3在细胞核和细胞质中均可表达。结论LncRNA MEG3可通过靶向TSC1介导MPC5自噬,进而减轻糖尿病肾病足细胞损伤程度。 展开更多
关键词 糖尿病肾病 小鼠肾足细胞 长链非编码RNA母系表达基因3 结节性硬化症复合体1 自噬
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Lnc RNA SNHG14通过调节miR-206表达来促进卵巢癌的发展
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作者 崔静 贾志燕 +1 位作者 王立君 郭姝媛 《中国现代药物应用》 2024年第13期170-174,共5页
目的探讨长链非编码RNA(Lnc RNA)小核仁RNA宿主基因14(SNHG14)在卵巢癌组织中的表达,以及Lnc RNA SNHG14通过微小RNA(miR)-206影响卵巢癌的增殖、迁移和侵袭能力。方法收集58例行卵巢癌根治手术患者的癌组织及其邻近的癌旁组织(距离癌组... 目的探讨长链非编码RNA(Lnc RNA)小核仁RNA宿主基因14(SNHG14)在卵巢癌组织中的表达,以及Lnc RNA SNHG14通过微小RNA(miR)-206影响卵巢癌的增殖、迁移和侵袭能力。方法收集58例行卵巢癌根治手术患者的癌组织及其邻近的癌旁组织(距离癌组织>3 cm),将其进行细胞培养,待细胞融合度达到70%左右时进行细胞转染,分别转染阴性对照质粒(si-NC组)、SNHG14高表达质粒(si-SNHG14组);采用实时荧光定量聚合酶链式反应(qRT-PCR)检测卵巢癌组织与癌旁组织中SNHG14、miR-206表达量,采用细胞增殖活性检测试剂盒(CCK-8)实验、平板克隆形成实验、Matrigel侵袭实验分别检测SNHG14对卵巢癌细胞的增殖能力、克隆形成数、迁移及侵袭;双荧光素酶报告实验检测Lnc RNA SNHG14与miR-206的靶向关系。结果与癌旁组织的(1.01±0.08)、(1.00±0.07)比较,卵巢癌组织中SNHG14表达量(2.56±0.57)升高、而miR-206表达量(0.36±0.11)降低(P<0.05);通过Pearson法检测卵巢癌组织中SNHG14与miR-206的相关性显示,SNHG14与miR-206呈负相关(r=-0.803,P<0.01)。与si-NC组的(1.01±0.06)、(1.00±0.08)比较,si-SNHG14组的SNHG14表达量(0.27±0.07)降低、miR-206表达量(2.96±0.45)升高(P<0.05);si-SNHG14组的吸光度(OD值)(0.29±0.05)较si-NC组的(0.79±0.06)降低,克隆形成数(52.35±7.37)较si-NC组的(120.51±19.34)减少(P<0.05)。si-SNHG14组的迁移细胞数(43.11±5.87)、侵袭细胞数(49.66±11.01)均较si-NC组的(117.11±10.48)、(122.30±12.97)明显减少(P<0.05)。采用starbase预测与SNHG14可互补结合的miR-206。转染miR-206 mimics可降低含有野生型载体的卵巢癌细胞的荧光素酶活性(P<0.05),而未能抑制含有突变型载体的卵巢癌细胞的荧光素酶活性(P>0.05)。结论卵巢癌组织和卵巢癌细胞中Lnc RNA SNHG14的表达会升高,Lnc RNA SNHG14可靶向miR-206,从而调节卵巢癌细胞的增殖、克隆形成、迁移和侵袭。 展开更多
关键词 长链非编码RNA 小核仁RNA宿主基因14 微小RNA-206 卵巢癌细胞 增殖 克隆形成 迁移 侵袭
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基于软件多版本演化提取克隆谱系 被引量:10
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作者 涂颖 张丽萍 +2 位作者 王春晖 侯敏 刘东升 《计算机应用》 CSCD 北大核心 2015年第4期1169-1173,1178,共6页
针对单个版本克隆检测结果不足以体现克隆特征这一问题,从软件多版本中自动提取克隆谱系,获得克隆在软件演化过程中表现出的模式和特征。首先基于克隆代码Token表示及其所在文件名称、函数名称等位置属性,准确映射软件历时演化版本间的... 针对单个版本克隆检测结果不足以体现克隆特征这一问题,从软件多版本中自动提取克隆谱系,获得克隆在软件演化过程中表现出的模式和特征。首先基于克隆代码Token表示及其所在文件名称、函数名称等位置属性,准确映射软件历时演化版本间的克隆代码,进而识别克隆演化模式;然后匹配克隆类ID号,合并所有相邻版本间的映射结果及演化模式信息,得到克隆谱系。同时开发了相应的克隆谱系自动提取工具FCG对6款开源软件进行了测试,发现当前版本中克隆代码平均生命周期占所研究版本总数的70%以上,且大部分没有发生变化,说明大部分克隆能被较好地维护,但也存在少量不稳定的克隆可能导致软件缺陷,需要修改或重构。实验结果表明FCG可高效提取克隆谱系,有助于更好地理解克隆及有针对性地管理克隆。 展开更多
关键词 克隆代码 克隆谱系 多版本 克隆演化 软件维护
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克隆代码技术研究综述 被引量:13
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作者 史庆庆 孟繁军 +1 位作者 张丽萍 刘东升 《计算机应用研究》 CSCD 北大核心 2013年第6期1617-1623,共7页
软件系统中克隆代码的检测与管理是软件工程中的基本问题之一,在软件的质量、维护、架构、进化、专利和剽窃等众多领域有着广泛的应用需求。综述了克隆检测的过程、技术及其优缺点、克隆进化方向上的相关研究,以及克隆管理的一些技术,... 软件系统中克隆代码的检测与管理是软件工程中的基本问题之一,在软件的质量、维护、架构、进化、专利和剽窃等众多领域有着广泛的应用需求。综述了克隆检测的过程、技术及其优缺点、克隆进化方向上的相关研究,以及克隆管理的一些技术,并特别介绍了克隆重构技术。最后概括了该领域所取得的研究成果,并讨论了目前克隆代码研究中所遇到的挑战性问题。 展开更多
关键词 克隆代码 克隆检测 克隆进化 克隆管理 克隆重构
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