目的:基于网络药理学与GEO数据库探讨心瘅方治疗病毒性心肌炎的microRNA-mRNA调控机制。方法:使用中药系统药理学数据库与分析平台(traditional Chinese medicine systems pharmacology database and analysis platform,TCMSP)筛选心瘅...目的:基于网络药理学与GEO数据库探讨心瘅方治疗病毒性心肌炎的microRNA-mRNA调控机制。方法:使用中药系统药理学数据库与分析平台(traditional Chinese medicine systems pharmacology database and analysis platform,TCMSP)筛选心瘅方中药物活性成分及其靶基因;利用GEO数据库筛选病毒性心肌炎与健康人的差异microRNA;利用FunRich3.1.3对差异microRNA进行mRNA富集,并与药物靶基因取交集基因;通过蛋白-蛋白互作网络(protein-protein interactions,PPI)以及cytoNCA筛选出核心基因;运用R软件对核心基因进行基因本体(gene ontology,GO)和京都基因与基因组百科全书(kyoto encyclopedia of genes and genomes,KEGG)通路富集分析。结果:心瘅方中药物活性成分共199个,潜在作用靶点490个,GEO数据库Series GSE148153符合要求,通过筛选得到差异microRNA 438个,50个microRNA与核心基因有对应关系,上调基因45个,下调基因5个;筛选得到交集基因207个,其中33个为核心基因;GO功能注释主要富集在肌细胞增殖、MAP激酶活性等生物学过程,并且主要富集在PI3K/Akt、人巨细胞病毒感染、白细胞介素17等信号通路。结论:心瘅方调控microRNA-mRNA过程治疗病毒性心肌炎与中药成分干预肌细胞增殖、MAP激酶活性等生物学过程和PI3K/Akt、人巨细胞病毒感染、肿瘤坏死因子信号通路等有关,此过程可能涉及hsa-miR-15b-5p和hsa-miR-21-5p等外泌体的表达。展开更多
基于GEO(gene expression omnibus)数据库结合网络药理学及分子对接,从分子水平逆向挖掘具有抗肝癌活性的中药。通过GEO、GeneCards、OMIM和TTD等疾病靶点数据库获取肝癌的重要靶点。利用STRING平台获取核心靶点,结合TCMIP(integrative ...基于GEO(gene expression omnibus)数据库结合网络药理学及分子对接,从分子水平逆向挖掘具有抗肝癌活性的中药。通过GEO、GeneCards、OMIM和TTD等疾病靶点数据库获取肝癌的重要靶点。利用STRING平台获取核心靶点,结合TCMIP(integrative pharmacology-based research platform of traditonal Chinese medicine)和TCMID(traditional Chinese medicine integraive database)数据库筛选核心成分,采用TCMSP(traditonal Chinese medicine system pharmacology database and analysis platform)数据库筛选核心中药,通过分子对接和细胞实验验证筛选结果。从疾病靶点数据库得到398个肝癌的重要靶点,进一步筛选出8个核心靶点、11个核心成分和1味核心中药葛根;分子对接结果表明葛根的3个核心成分(槲皮素、黄岑素、豆甾醇)可以与部分核心靶点(CDK1、CDC20)自发地结合;细胞实验结果表明葛根提取物可以有效抑制肝癌细胞HepG2的增殖。该结果可以为葛根的研究与开发提供参考,为葛根抗肝癌活性成分的挖掘提供理论依据。展开更多
目的依托Gene Expression Omnibus(GEO)差异基因分析及网络药理学技术方法探讨古方黄芪散治疗糖尿病肾病的相关作用机制。方法在中药系统药理学数据库平台(Traditional Chinese Medicine Database and Analysis Platform,TCMSP)检索黄...目的依托Gene Expression Omnibus(GEO)差异基因分析及网络药理学技术方法探讨古方黄芪散治疗糖尿病肾病的相关作用机制。方法在中药系统药理学数据库平台(Traditional Chinese Medicine Database and Analysis Platform,TCMSP)检索黄芪散活性成分及预测靶点,借助Cytoscape3.7.2软件构建药物与靶点之间的网络图。通过GEO数据库查找糖尿病肾病有关芯片,借助R语言分析差异基因,再结合疾病数据库获得糖尿病肾病所有靶点。利用Venny在线工具构建药物与疾病的关键靶点Venny图,基于STRING数据库构建蛋白-蛋白相互作用(PPI)网络图,而后按连接自由度(Degree)值进一步筛选核心靶点;运用DAVID数据库,实现对于基因本体论(gene ontology,GO)分析及京都基因与基因组大百科全书数据库(Kyoto Encyclopedia of Genes and Genomes,KEGG)通路富集的分析。结果获得黄芪散活性成分15个,预测靶点151个。序列号GSE30529、GSE30528的基因芯片筛选出差异基因分别为393个、317个;疾病数据库检索到疾病靶点1591个,去重整合后获得糖尿病肾病相关基因2082个。映射出关键靶点55个,在PPI网络0.4中置信度下共有309条相互作用关系,Degree≥15筛选到核心靶点16个。GO富集出生物过程69项、分子功能31项、细胞成分10项。KEGG富集出42条通路可能在治疗糖尿病肾病方面发挥重要作用。结论黄芪散通过蛋白激酶B 1(AKT1)、表皮生长因子受体(EGFR)、原癌基因酪氨酸蛋白激酶Src(SRC)、雌激素受体α(ESR1)等核心靶点作用于雌激素通路、Rap1通路、甲状腺激素通路、HIF-1通路等特异性信号通路干预糖尿病肾病发生发展过程,为进一步临床治疗及研究提供了参考。展开更多
目的通过网络药理学方法联合GEO数据库预测黄芪治疗溃疡性结肠炎(ulcerative colitis,UC)的核心活性成分及靶点,并通过分子对接初步验证。方法利用中药系统药理分析平台(TCMSP)提取黄芪的活性成分及对应靶点,借助Uniprot数据库对靶点进...目的通过网络药理学方法联合GEO数据库预测黄芪治疗溃疡性结肠炎(ulcerative colitis,UC)的核心活性成分及靶点,并通过分子对接初步验证。方法利用中药系统药理分析平台(TCMSP)提取黄芪的活性成分及对应靶点,借助Uniprot数据库对靶点进行规范化,通过GEO数据库提取溃疡性结肠炎的差异表达基因,并利用R语言筛选药物与疾病的交集基因,分别通过DAVID数据库、STRING数据库对交集基因进行富集分析和蛋白互作分析;通过Cytoscape软件构建黄芪"活性成分-药物靶点"网络、黄芪治疗溃疡性结肠炎"活性成分-疾病靶点"网络及蛋白互作网络筛选出核心成分及靶点,借助Auto dock Vina软件进行分子对接验证,PyMol软件绘制对接结果图。结果共获得黄芪16个活性成分,对应189个作用靶点;GEO数据库提取获得溃疡性结肠炎差异表达基因1355个;药物与疾病交集基因44个;富集分析显示多与炎症相关;筛选得到核心活性成分异鼠李素(Isorhamnetin)和毛蕊异黄酮(Calycosin),核心靶点前列腺素G/H合成酶2(PTGS2);分子对接结果表明其核心活性成分与核心靶点之间均有较强的结合活性。结论黄芪中的异鼠李素、毛蕊异黄酮等主要活性成分可能通过参与炎症相关信号通路及生物功能作用于PTGS2等疾病靶点,从而发挥治疗溃疡性结肠炎的效用。展开更多
文摘目的:基于网络药理学与GEO数据库探讨心瘅方治疗病毒性心肌炎的microRNA-mRNA调控机制。方法:使用中药系统药理学数据库与分析平台(traditional Chinese medicine systems pharmacology database and analysis platform,TCMSP)筛选心瘅方中药物活性成分及其靶基因;利用GEO数据库筛选病毒性心肌炎与健康人的差异microRNA;利用FunRich3.1.3对差异microRNA进行mRNA富集,并与药物靶基因取交集基因;通过蛋白-蛋白互作网络(protein-protein interactions,PPI)以及cytoNCA筛选出核心基因;运用R软件对核心基因进行基因本体(gene ontology,GO)和京都基因与基因组百科全书(kyoto encyclopedia of genes and genomes,KEGG)通路富集分析。结果:心瘅方中药物活性成分共199个,潜在作用靶点490个,GEO数据库Series GSE148153符合要求,通过筛选得到差异microRNA 438个,50个microRNA与核心基因有对应关系,上调基因45个,下调基因5个;筛选得到交集基因207个,其中33个为核心基因;GO功能注释主要富集在肌细胞增殖、MAP激酶活性等生物学过程,并且主要富集在PI3K/Akt、人巨细胞病毒感染、白细胞介素17等信号通路。结论:心瘅方调控microRNA-mRNA过程治疗病毒性心肌炎与中药成分干预肌细胞增殖、MAP激酶活性等生物学过程和PI3K/Akt、人巨细胞病毒感染、肿瘤坏死因子信号通路等有关,此过程可能涉及hsa-miR-15b-5p和hsa-miR-21-5p等外泌体的表达。
文摘基于GEO(gene expression omnibus)数据库结合网络药理学及分子对接,从分子水平逆向挖掘具有抗肝癌活性的中药。通过GEO、GeneCards、OMIM和TTD等疾病靶点数据库获取肝癌的重要靶点。利用STRING平台获取核心靶点,结合TCMIP(integrative pharmacology-based research platform of traditonal Chinese medicine)和TCMID(traditional Chinese medicine integraive database)数据库筛选核心成分,采用TCMSP(traditonal Chinese medicine system pharmacology database and analysis platform)数据库筛选核心中药,通过分子对接和细胞实验验证筛选结果。从疾病靶点数据库得到398个肝癌的重要靶点,进一步筛选出8个核心靶点、11个核心成分和1味核心中药葛根;分子对接结果表明葛根的3个核心成分(槲皮素、黄岑素、豆甾醇)可以与部分核心靶点(CDK1、CDC20)自发地结合;细胞实验结果表明葛根提取物可以有效抑制肝癌细胞HepG2的增殖。该结果可以为葛根的研究与开发提供参考,为葛根抗肝癌活性成分的挖掘提供理论依据。
文摘目的依托Gene Expression Omnibus(GEO)差异基因分析及网络药理学技术方法探讨古方黄芪散治疗糖尿病肾病的相关作用机制。方法在中药系统药理学数据库平台(Traditional Chinese Medicine Database and Analysis Platform,TCMSP)检索黄芪散活性成分及预测靶点,借助Cytoscape3.7.2软件构建药物与靶点之间的网络图。通过GEO数据库查找糖尿病肾病有关芯片,借助R语言分析差异基因,再结合疾病数据库获得糖尿病肾病所有靶点。利用Venny在线工具构建药物与疾病的关键靶点Venny图,基于STRING数据库构建蛋白-蛋白相互作用(PPI)网络图,而后按连接自由度(Degree)值进一步筛选核心靶点;运用DAVID数据库,实现对于基因本体论(gene ontology,GO)分析及京都基因与基因组大百科全书数据库(Kyoto Encyclopedia of Genes and Genomes,KEGG)通路富集的分析。结果获得黄芪散活性成分15个,预测靶点151个。序列号GSE30529、GSE30528的基因芯片筛选出差异基因分别为393个、317个;疾病数据库检索到疾病靶点1591个,去重整合后获得糖尿病肾病相关基因2082个。映射出关键靶点55个,在PPI网络0.4中置信度下共有309条相互作用关系,Degree≥15筛选到核心靶点16个。GO富集出生物过程69项、分子功能31项、细胞成分10项。KEGG富集出42条通路可能在治疗糖尿病肾病方面发挥重要作用。结论黄芪散通过蛋白激酶B 1(AKT1)、表皮生长因子受体(EGFR)、原癌基因酪氨酸蛋白激酶Src(SRC)、雌激素受体α(ESR1)等核心靶点作用于雌激素通路、Rap1通路、甲状腺激素通路、HIF-1通路等特异性信号通路干预糖尿病肾病发生发展过程,为进一步临床治疗及研究提供了参考。
文摘目的通过网络药理学方法联合GEO数据库预测黄芪治疗溃疡性结肠炎(ulcerative colitis,UC)的核心活性成分及靶点,并通过分子对接初步验证。方法利用中药系统药理分析平台(TCMSP)提取黄芪的活性成分及对应靶点,借助Uniprot数据库对靶点进行规范化,通过GEO数据库提取溃疡性结肠炎的差异表达基因,并利用R语言筛选药物与疾病的交集基因,分别通过DAVID数据库、STRING数据库对交集基因进行富集分析和蛋白互作分析;通过Cytoscape软件构建黄芪"活性成分-药物靶点"网络、黄芪治疗溃疡性结肠炎"活性成分-疾病靶点"网络及蛋白互作网络筛选出核心成分及靶点,借助Auto dock Vina软件进行分子对接验证,PyMol软件绘制对接结果图。结果共获得黄芪16个活性成分,对应189个作用靶点;GEO数据库提取获得溃疡性结肠炎差异表达基因1355个;药物与疾病交集基因44个;富集分析显示多与炎症相关;筛选得到核心活性成分异鼠李素(Isorhamnetin)和毛蕊异黄酮(Calycosin),核心靶点前列腺素G/H合成酶2(PTGS2);分子对接结果表明其核心活性成分与核心靶点之间均有较强的结合活性。结论黄芪中的异鼠李素、毛蕊异黄酮等主要活性成分可能通过参与炎症相关信号通路及生物功能作用于PTGS2等疾病靶点,从而发挥治疗溃疡性结肠炎的效用。
