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求解HP模型蛋白质折叠问题的改进PERM算法 被引量:7
1
作者 陈矛 黄文奇 吕志鹏 《计算机研究与发展》 EI CSCD 北大核心 2007年第9期1456-1461,共6页
pERM是一种用来求解基于HP模型的蛋白质折叠问题的高效算法.在介绍PERM算法核心思想的基础上,对影响算法效率的因素做了改进:重新定义了权重和权重预测公式,并对选择动作时不同情况下的权重计算公式进行了统一,得到了改进的PERM算法.对... pERM是一种用来求解基于HP模型的蛋白质折叠问题的高效算法.在介绍PERM算法核心思想的基础上,对影响算法效率的因素做了改进:重新定义了权重和权重预测公式,并对选择动作时不同情况下的权重计算公式进行了统一,得到了改进的PERM算法.对当前文献中的多个典型算例进行了测试,并与Monte Carlo算法和PERM进行了比较.结果表明,改进后的PERM算法在计算速度上比PERM有明显提高,在速度和优度上远高于Monte Carlo算法.特别是对链长为46的算例,找到了比文献中报道的结果能量更低的构形. 展开更多
关键词 NP难 蛋白质折叠 hp模型 增长型算法 PERM算法
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基于强化学习的HP模型优化方法研究 被引量:1
2
作者 吴宏杰 杨茹 +2 位作者 傅启明 陈建平 陆卫忠 《计算机工程与应用》 CSCD 北大核心 2019年第12期132-139,共8页
蛋白质结构预测问题一直是生物信息学中的重要问题。基于疏水极性模型的蛋白质二维结构预测问题是一个典型的NP难问题。目前疏水极性模型优化的方法有贪心算法、粒子群算法、遗传算法、蚁群算法和蒙特卡罗模拟方法等,但这些方法成功收... 蛋白质结构预测问题一直是生物信息学中的重要问题。基于疏水极性模型的蛋白质二维结构预测问题是一个典型的NP难问题。目前疏水极性模型优化的方法有贪心算法、粒子群算法、遗传算法、蚁群算法和蒙特卡罗模拟方法等,但这些方法成功收敛的鲁棒性不高,容易陷入局部最优。由此提出一种基于强化学习的HP模型优化方法,利用其连续马尔可夫最优决策与最大化全局累计回报的特点,在全状态空间中,构建基于能量函数的奖赏函数,引入刚性重叠检测规则,充分挖掘生物序列中的全局进化关系,从而进行有效与稳定的预测。以3条经典论文序列和5条Uniref50序列为实验对象,与贪心算法和粒子群算法分别进行了鲁棒性、收敛性与运行时间的比较。贪心算法只能在62.5%的序列上进行收敛,该文方法能在5万次训练后稳定的在所有序列上达到了收敛。与粒子群算法相比,两者都能找到最低能量结构,但该文的运行时间较粒子群算法降低了63.9%。 展开更多
关键词 强化学习 hp模型 结构预测
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求解HP模型蛋白质折叠问题的启发式算法 被引量:3
3
作者 陈矛 黄文奇 《计算机科学》 CSCD 北大核心 2006年第11期174-176,共3页
构造了一个新的数学模型,把三维HP模型的蛋白质折叠问题由一个有约束的优化问题转化为无约束的优化问题,通过建立相对坐标和邻域结构,提出了一个局部搜索算法,并对文献中的链长不同的7个算例进行了测试。结果表明,该算法能在较短时间内... 构造了一个新的数学模型,把三维HP模型的蛋白质折叠问题由一个有约束的优化问题转化为无约束的优化问题,通过建立相对坐标和邻域结构,提出了一个局部搜索算法,并对文献中的链长不同的7个算例进行了测试。结果表明,该算法能在较短时间内找到其中5个算例的最优能量构形,对另外2个难例,则可以找到能量仅比最优构形高一个单位的次优构形。 展开更多
关键词 蛋白质折叠 hp模型 启发式算法
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基于HP模型的蛋白质折叠问题的研究 被引量:3
4
作者 史小红 《生物信息学》 2016年第2期112-116,共5页
基于蛋白质二维HP模型提出改进的遗传算法对真实蛋白质进行计算机折叠模拟。结果显示疏水能量函数最小值的蛋白质构象对应含疏水核心的稳定结构,疏水作用在蛋白质折叠中起主要作用。研究表明二维HP模型在蛋白质折叠研究中是可行的和有... 基于蛋白质二维HP模型提出改进的遗传算法对真实蛋白质进行计算机折叠模拟。结果显示疏水能量函数最小值的蛋白质构象对应含疏水核心的稳定结构,疏水作用在蛋白质折叠中起主要作用。研究表明二维HP模型在蛋白质折叠研究中是可行的和有效的并为进一步揭示蛋白质折叠机理提供重要参考信息。 展开更多
关键词 蛋白质折叠模拟 hp模型 遗传算法 蛋白质构象
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改进的牵引移动的蚁群算法在2D HP模型中的应用
5
作者 高翔 杨惠 张成文 《计算机应用与软件》 CSCD 2015年第3期275-278,共4页
蛋白质折叠问题就是从氨基酸序列中预测蛋白质的构象,该问题是生物信息学的一个突出问题。主要研究二维HP格点模型,它是用于模拟蛋白质折叠问题的一个具有代表性的简化模型,并且将蚁群算法用于求解该二维HP蛋白质的折叠问题。此外,在局... 蛋白质折叠问题就是从氨基酸序列中预测蛋白质的构象,该问题是生物信息学的一个突出问题。主要研究二维HP格点模型,它是用于模拟蛋白质折叠问题的一个具有代表性的简化模型,并且将蚁群算法用于求解该二维HP蛋白质的折叠问题。此外,在局部搜索机制中引入一种改进的牵引移动方法,这是一个提高蛋白质构象的有效方法。实验结果表明,针对较长的氨基酸序列,改进的带牵引移动的蚁群算法(ACO+)比ACO能够获得更低能量的构象,证明了所提出的改进蚁群算法是预测蛋白质结构的有效方法。 展开更多
关键词 蛋白质折叠 hp模型 牵引移动 蚁群优化
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混合遗传算法和蚁群算法在HP模型中的应用 被引量:1
6
作者 李晚霞 莫忠息 曾涛 《计算机工程与应用》 CSCD 北大核心 2006年第31期57-59,178,共4页
遗传算法和蚁群算法在HP模型中已经有了大量的研究及成果,蚁群算法具有分布式并行全局搜索能力,通过信息素的积累和更新收敛于最优路径上,但初期信息素匮乏,求解速度慢。提出了一种先用遗传算法生成信息素分布,再利用蚁群算法求优化解... 遗传算法和蚁群算法在HP模型中已经有了大量的研究及成果,蚁群算法具有分布式并行全局搜索能力,通过信息素的积累和更新收敛于最优路径上,但初期信息素匮乏,求解速度慢。提出了一种先用遗传算法生成信息素分布,再利用蚁群算法求优化解的新的混合算法。将该算法用于二维HP模型中,计算结果显示该算法在寻优能力和收敛速度上都比单一的遗传算法和蚁群算法有所提高。 展开更多
关键词 遗传算法 蚁群算法 hp模型
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蛋白质折叠二维HP模型中的关联条件及其应用
7
作者 王玮 唐延林 刘婷婷 《贵州科学》 2009年第3期62-66,共5页
蛋白质折叠是生物信息学中的一个重要问题,因为蛋白质是生物功能的主要承载者,几乎所有的生物功能都与蛋白质有关。在本文中,我们主要讨论了二维HP模型下蛋白质折叠中疏水核的关联关系,并利用关联关系避免了在求解蛋白质链的空间结构时... 蛋白质折叠是生物信息学中的一个重要问题,因为蛋白质是生物功能的主要承载者,几乎所有的生物功能都与蛋白质有关。在本文中,我们主要讨论了二维HP模型下蛋白质折叠中疏水核的关联关系,并利用关联关系避免了在求解蛋白质链的空间结构时陷入能量局部最小值,有效地找出了蛋白质的最低能量,同时,利用关联关系去除了大量的无效构象,进而提高搜索构象的收敛速度。 展开更多
关键词 蛋白质折叠 二维hp模型 疏水核 关联关系
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基于HP模型的大麻素受体CB2折叠研究
8
作者 梁凡 董宇 +2 位作者 李正夫 李姣姣 纪兆辉 《生物信息学》 2018年第4期255-261,共7页
Cannabinoid receptor Type 2(简称CB2)是大麻素受体的一种亚型,因为其无中枢神经副作用,不会产生成瘾性及耐受性,显示出了非常好的开发前景和潜在的应用价值。其作为免疫调节剂、神经保护剂和抗癌药等将具有巨大市场价值。目前,CB2蛋... Cannabinoid receptor Type 2(简称CB2)是大麻素受体的一种亚型,因为其无中枢神经副作用,不会产生成瘾性及耐受性,显示出了非常好的开发前景和潜在的应用价值。其作为免疫调节剂、神经保护剂和抗癌药等将具有巨大市场价值。目前,CB2蛋白的空间结构还未被测定出来,对于CB2的折叠问题研究也开展的较少,为了研究大麻素受体亚型蛋白CB2的折叠问题以及方便更多的研究人员对CB2空间结构和相关药理特性的研究,本文提出了一种基于HP模型的折叠求解方法。通过使用回溯机制和蒙特卡罗方法对此优化问题进行求解,算法可有效的在全局范围内进行寻找最优解,避免了掉入局部最优问题。实验结果表明,本文方法获取的CB2蛋白空间构象具有较低的能量值,折叠情况较好。 展开更多
关键词 蛋白质折叠 hp模型 大麻素受体 蒙特卡罗
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二维HP格点模型中的紧密高分子链构象及其热力学性质的研究 被引量:10
9
作者 章林溪 金进生 +2 位作者 王向红 叶高翔 赵得禄 《高分子学报》 SCIE CAS CSCD 北大核心 2002年第4期515-519,共5页
采用二维HP模型用精确计数法和MonteCarlo方法研究了链长为N(≤ 2 2 )的紧密高分子链的构象和热力学性质 .发现不同HP序列的紧密高分子链的平均自由能和平均配分函数与链长N存在关系 :〈F〉=aN+b , ln〈Z〉=a′N +b′ .同时发现对于可... 采用二维HP模型用精确计数法和MonteCarlo方法研究了链长为N(≤ 2 2 )的紧密高分子链的构象和热力学性质 .发现不同HP序列的紧密高分子链的平均自由能和平均配分函数与链长N存在关系 :〈F〉=aN+b , ln〈Z〉=a′N +b′ .同时发现对于可折叠成基态且简并度为 1的紧密高分子链 ,其平均自由能和平均配分函数与链长N也存在相似的关系 .在HP模型中对于链长为N的紧密高分子链 ,存在着 2 N + 1 个不同的HP序列 .我们发现可以折叠成基态且简并度为 1的蛋白质分子的HP序列数目NS 为NS =a× 2 N+ 1   (a =0 0 2 5 ) ,对应的HP序列中 ,疏水基团 (H)数目的含量为 4 0 %~ 6 0 %的序列出现的几率最大 .同时在这些紧密高分子链中有些具有相同的结构 ,发现结构的‘简并度’为 3 3~ 4 0 (10≤N≤ 16 ) .在紧密高分子链折叠过程中 ,折叠的初期能量下降比较快 ,折叠的中期能量下降比较缓慢 。 展开更多
关键词 二维hp格点模型 构象 热力学性质 紧密高分子链 二维hp模型 精确计数法 MONTE CARLO方法 折叠
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带有停滞检测的蚁群算法在2D HP格点模型中的应用
10
作者 刘羽 熊壬浩 《计算机应用与软件》 CSCD 2016年第2期227-231,共5页
为了提高蛋白质折叠结构预测的求解效率,针对2D HP格点模型,研究蚁群ACO(Ant Colony Optimization)算法在该问题上的应用。采用四元组表示绝对的折叠方向,并建立构象和解的一一对应关系。通过实验对算法各阶段的常用策略、方法进行比较... 为了提高蛋白质折叠结构预测的求解效率,针对2D HP格点模型,研究蚁群ACO(Ant Colony Optimization)算法在该问题上的应用。采用四元组表示绝对的折叠方向,并建立构象和解的一一对应关系。通过实验对算法各阶段的常用策略、方法进行比较分析。为了防止搜索陷入停滞,引入位置信息素停滞比和序列信息素停滞比两个参数,使用一种新的停滞检测机制。实验结果表明,改进的算法在保证预测质量的前提下,显著地提升了收敛速度。 展开更多
关键词 hp模型 蛋白质折叠 蚁群算法 停滞检测 遗传算法
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基于HP滤波模型的农产品价格波动分析——以水果为例 被引量:36
11
作者 胡友 祁春节 《华中农业大学学报(社会科学版)》 CSSCI 2014年第4期57-62,共6页
运用2001-2011年的鲜果零售价格数据,分析了我国水果价格波动主要特征,运用X11季节调整模型实证分析季节性因素对我国水果价格波动的影响;运用HP滤波分解模型将2001—2011年我国水果价格指数序列分解为趋势值序列和波动值序列,据此考察... 运用2001-2011年的鲜果零售价格数据,分析了我国水果价格波动主要特征,运用X11季节调整模型实证分析季节性因素对我国水果价格波动的影响;运用HP滤波分解模型将2001—2011年我国水果价格指数序列分解为趋势值序列和波动值序列,据此考察我国水果价格长期波动的趋势,并对短期波动的周期进行划分。研究发现:我国水果价格具有稳步上涨的长期趋势,但季节性因素、不可观测性因素及国际经济因素会使价格在短期内剧烈波动;此外,研究期内我国水果价格波动可划分为7个周期,各周期持续的时间长度、谷-峰落差都不尽相同,研究末期水果价格波动的幅度和频率都明显提高。提出为了稳定我国水果价格,有必要从生产、消费及进口方面采取针对性措施对水果价格加以调控。 展开更多
关键词 农产品价格 价格波动 长期波动 短期波动 hp滤波模型
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胃乐煎对HP感染模型大鼠胃病理组织的影响 被引量:1
12
作者 戴关海 童晔玲 +3 位作者 张春丽 杨敏 陆拯 杨锋 《中华中医药学刊》 CAS 2012年第3期551-553,I0004,共4页
目的:观察胃乐煎对HP感染模型大鼠胃病理组织的影响。方法:大鼠在去氧胆酸钠法造模基础上,灌胃丽珠维三联,清除大鼠胃內杂菌,再经口灌幽门螺杆菌(HP)复制HP感染模型,模型大鼠随机分组,观察胃乐煎对HP模型大鼠胃组织黏膜炎症指标、胃腺... 目的:观察胃乐煎对HP感染模型大鼠胃病理组织的影响。方法:大鼠在去氧胆酸钠法造模基础上,灌胃丽珠维三联,清除大鼠胃內杂菌,再经口灌幽门螺杆菌(HP)复制HP感染模型,模型大鼠随机分组,观察胃乐煎对HP模型大鼠胃组织黏膜炎症指标、胃腺体厚度、腺体数量、壁细胞及主细胞的情况。结果:胃乐煎对HP模型大鼠体重有明显增加(P<0.05~0.01);对HP模型大鼠胃腺体数目、腺体厚度、主细胞数目均有明显增加(P<0.05~0.001);对HP模型大鼠胃组织炎症指标有显著降低作用(P<0.001)。结论:胃乐煎对HP模型大鼠胃组织有明显的改善作用。 展开更多
关键词 WISTAR大鼠 hp感染模型 胃乐煎 胃病理组织
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中国农村基础设施投资区域不平衡分析——基于人口加权变异系数和HP滤波模型的分解 被引量:9
13
作者 赵伟 肖晓婧 《东南大学学报(哲学社会科学版)》 CSSCI 2019年第2期44-51,146,147,共10页
应用人口加权变异系数分析了1991—2014年中国农村基础设施投资不平衡性的发展变化趋势,运用HP滤波模型总结了中国农村基础设施投资不平衡状况的周期性因素,并通过变异系数分解法,探讨了影响中国农村基础设施投资不平衡的空间因素。研... 应用人口加权变异系数分析了1991—2014年中国农村基础设施投资不平衡性的发展变化趋势,运用HP滤波模型总结了中国农村基础设施投资不平衡状况的周期性因素,并通过变异系数分解法,探讨了影响中国农村基础设施投资不平衡的空间因素。研究发现,20多年间中国农村地区基础设施投资不平衡程度总体上处于周期性下降波动中。东部、中部、西部区域间不平衡是造成中国农村基础设施投资区域不平衡的主要因素,其次是区域内部的不平衡。对农村基础设施区域内不平衡影响最大的是东部地区,其次是中西部地区。 展开更多
关键词 农村基础设施投资 区域不平衡性 变异系数 hp滤波模型
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基于HP滤波模型的山东省苹果价格波动特征及其影响因素分析 被引量:7
14
作者 周霞 郑艺雯 《山东农业大学学报(社会科学版)》 2018年第1期41-46,共6页
本文运用HP滤波模型来测定2000-2015年山东苹果产业各环节的价格波动特征,研究发现山东苹果价格波动经历4个阶段,波动周期平均为4年;苹果零售价格、批发价格和收购价格增长幅度趋缓;零售价格增速最低,收购价格增速较快。运用回归模型分... 本文运用HP滤波模型来测定2000-2015年山东苹果产业各环节的价格波动特征,研究发现山东苹果价格波动经历4个阶段,波动周期平均为4年;苹果零售价格、批发价格和收购价格增长幅度趋缓;零售价格增速最低,收购价格增速较快。运用回归模型分析波动影响因素,结果显示:生产成本和支农政策对苹果收购价格波动影响最大,苹果出口量直接影响着苹果的批发价格和零售价格,同时,居民收入也影响苹果批发价格。 展开更多
关键词 hp滤波模型 苹果价格波动 影响因素
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基于HP滤波模型苜蓿草进口价格波动分析 被引量:4
15
作者 董宁 赵伟 《草业科学》 CAS CSCD 2018年第6期1582-1586,共5页
本研究分析了2008年1月-2017年12月苜蓿草(Medicago sativa)进口价格的波动特征,运用Census X12季节调整模型消除季节性因素及不规则要素,进一步采用HP滤波模型将价格序列分解为趋势值序列和波动值序列,并划分波动周期。本研究揭示的苜... 本研究分析了2008年1月-2017年12月苜蓿草(Medicago sativa)进口价格的波动特征,运用Census X12季节调整模型消除季节性因素及不规则要素,进一步采用HP滤波模型将价格序列分解为趋势值序列和波动值序列,并划分波动周期。本研究揭示的苜蓿草进口价格波动和周期性变化规律对于畜牧企业进口贸易具有重要的意义,可以降低苜蓿干草价格波动带来的负面效应。 展开更多
关键词 苜蓿草 进口价格 价格波动 hp滤波模型
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基于HP(2)-ENN模型的高炉煤气发生量预测 被引量:1
16
作者 王小军 《冶金能源》 2015年第2期25-29,共5页
针对钢铁企业高炉煤气发生量频繁波动,且难以通过建立机理模型进行预测的问题,结合HP滤波、Elman神经网络各自性质,建立了HP(2)-ENN模型对高炉煤气发生量进行预测。根据企业实际数据应用模型,结果表明,所建模型预测效果良好,与其他常用... 针对钢铁企业高炉煤气发生量频繁波动,且难以通过建立机理模型进行预测的问题,结合HP滤波、Elman神经网络各自性质,建立了HP(2)-ENN模型对高炉煤气发生量进行预测。根据企业实际数据应用模型,结果表明,所建模型预测效果良好,与其他常用模型相比,适合高炉煤气发生量的预测,并为合理调度副产煤气提供操作依据。 展开更多
关键词 hp滤波 ELMAN神经网络 hp(2)-ENN模型
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蚂蚁群落优化算法在蛋白质折叠二维亲-疏水格点模型中的应用 被引量:3
17
作者 李冬冬 王正志 +1 位作者 杜耀华 晏春 《生物物理学报》 CAS CSCD 北大核心 2004年第5期371-374,共4页
氨基酸的亲疏水格点模型是研究蛋白质折叠的一种重要的简化模型,其优化问题是一个非确定型的多项式问题。采用蚂蚁群落优化算法对这一问题进行了研究,对测试数据的计算结果表明,在一定规模下,此算法能够有效地获得亲-疏水格点模型的最优... 氨基酸的亲疏水格点模型是研究蛋白质折叠的一种重要的简化模型,其优化问题是一个非确定型的多项式问题。采用蚂蚁群落优化算法对这一问题进行了研究,对测试数据的计算结果表明,在一定规模下,此算法能够有效地获得亲-疏水格点模型的最优解,其效率优于传统的MonteCarlo仿真等方法。 展开更多
关键词 蛋白质折叠 hp模型 蚂蚁群落优化算法 MONTE Carlo仿真
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Caerin的二维HP折叠结构
18
作者 王何健 严少敏 吴光 《计算生物学》 2012年第4期34-41,共8页
采用标准化氨基酸疏水性指数将7种Caerins的氨基酸序列转换为28种疏水性(H)或极性(P)的序列,通过二维疏水性–极性(HP)模型分析其全部可能的折叠结构。结果显示Caerins有许多具有相同最小能量的天然形态,这些形态有各种各样对称的折叠结... 采用标准化氨基酸疏水性指数将7种Caerins的氨基酸序列转换为28种疏水性(H)或极性(P)的序列,通过二维疏水性–极性(HP)模型分析其全部可能的折叠结构。结果显示Caerins有许多具有相同最小能量的天然形态,这些形态有各种各样对称的折叠结构,而且这些天然形态可以根据标准化的氨基酸疏水性指标进一步从数值上加以区分。这项研究从疏水性–极性角度揭示了Caerin折叠结构的多样性,有助于理解蛋白质的折叠过程,并提示通过工程学方法修改抗菌肽的可能途径。 展开更多
关键词 Caerin 折叠结构 hp模型 疏水性指标 最小能量
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二维蛋白质模型分子在折叠过程中的构象研究 被引量:9
19
作者 陈进 董志君 +2 位作者 章林溪 姜舟婷 赵得禄 《高分子学报》 SCIE CAS CSCD 北大核心 2003年第4期577-580,共4页
蛋白质在折叠过程中其构象要发生明显变化 .采用精确计数法 ,计算了在蛋白质折叠的不同阶段其尺寸大小及其分布情况 .发现在折叠的初期 ,分子的尺寸比较大 ,其分布也比较宽 .在折叠的后期 ,分子的尺寸比较小 ,其分布比较窄 .不同的氨基... 蛋白质在折叠过程中其构象要发生明显变化 .采用精确计数法 ,计算了在蛋白质折叠的不同阶段其尺寸大小及其分布情况 .发现在折叠的初期 ,分子的尺寸比较大 ,其分布也比较宽 .在折叠的后期 ,分子的尺寸比较小 ,其分布比较窄 .不同的氨基酸序列 ,其分子尺寸的分布也不同 .对于可折叠的氨基酸序列 ,在平均尺寸大小附近出现的几率特别大 .同时还计算了比值SN DN.这里SN 为可设计序列数目 (Thenumberofdesigningsequences) ,DN 为可设计构象数目 (Thenumberofdesignableconformations) ,并有关系- 1 6 8 4 +0 32 5 5N≤SN DN ≤- 0 86 6 4 +0 312 5N  (N ≥ 13) 展开更多
关键词 二维蛋白质模型分子 折叠过程 构象 hp格点模型 精确计数法 分布函数 氨基酸 均方迴转半径
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求解蛋白质折叠问题的三维模型优化算法
20
作者 董辰 孙应飞 李军 《微计算机信息》 2009年第33期172-173,137,共3页
蛋白质折叠的格点HP模型是Dill等人八十年代末提出的。本文根据链的结点数确定折叠后结构,给出了一种求解蛋白质结构问题的三维HP模型优化算法,该算法在确定最紧密排列原则下,通过一系列简化,方便快捷地求出了蛋白质链长小于27的所有肽... 蛋白质折叠的格点HP模型是Dill等人八十年代末提出的。本文根据链的结点数确定折叠后结构,给出了一种求解蛋白质结构问题的三维HP模型优化算法,该算法在确定最紧密排列原则下,通过一系列简化,方便快捷地求出了蛋白质链长小于27的所有肽链的折叠情况。 展开更多
关键词 蛋白质折叠 hp模型 Miyazawa-Jernigan矩阵 hp难问题
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