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珙桐MADS-box基因家族的鉴定、表达及调控分析
1
作者 刘晋芸 胡小盼 +3 位作者 朱大海 叶天意 李培瑶 魏炜 《四川大学学报(自然科学版)》 北大核心 2025年第1期215-227,共13页
为了对珙桐MADS-box基因家族进行全面系统的研究,了解其对珙桐花器官特性和苞片发育的影响,本研究在珙桐全基因组范围内对MADS-box基因家族进行鉴定和分类,并与近缘物种进行同源性分析.通过物种内共线性基因计算珙桐MADS-box基因家族的... 为了对珙桐MADS-box基因家族进行全面系统的研究,了解其对珙桐花器官特性和苞片发育的影响,本研究在珙桐全基因组范围内对MADS-box基因家族进行鉴定和分类,并与近缘物种进行同源性分析.通过物种内共线性基因计算珙桐MADS-box基因家族的选择压力.成功鉴定了103个珙桐MADS-box基因家族成员,其中MIKCC类基因受到更为强烈的纯化选择.通过与近缘物种的MADS-box基因家族的同源性分析发现珙桐AGL2/SEP亚家族和SQUA亚家族的MADS-box基因数目存在明显的扩张.利用转录组测序技术以及qRTPCR检测了MADS-box基因家族在3个发育阶段的苞片和叶片中的表达模式,并利用转录因子结合位点对部分关键差异表达基因所编码的转录因子进行了靶基因的初步预测,发现珙桐花瓣状苞片的形成可能是花器官特征决定基因AP1-like、AP3-like和SEP-like的同源基因在苞片中的异位表达所导致. 展开更多
关键词 珙桐 mads-box基因家族 花瓣状苞片 基因异位表达
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灰毡毛忍冬MADS-box基因家族鉴定与CMB1基因克隆 被引量：3
2
作者 付学森 刘紫璇 +4 位作者 王玲 龙雨青 曾娟 周日宝 刘湘丹 《湖南中医药大学学报》 CAS 2024年第3期383-394,共12页
目的鉴定灰毡毛忍冬Lonicera macranthoides MADS-box家族基因并进行生物信息学分析与表达模式验证,克隆湘蕾型和野生型灰毡毛忍冬MADS-box家族成员CMB1全长。方法基于转录组数据,利用在线工具对灰毡毛忍冬MADS-box进行生物信息学分析,... 目的鉴定灰毡毛忍冬Lonicera macranthoides MADS-box家族基因并进行生物信息学分析与表达模式验证,克隆湘蕾型和野生型灰毡毛忍冬MADS-box家族成员CMB1全长。方法基于转录组数据,利用在线工具对灰毡毛忍冬MADS-box进行生物信息学分析,并利用qRT-PCR验证MADS-box基因在不同品种中的表达模式,通过RT-PCR、RACE技术克隆湘蕾型和野生型灰毡毛忍冬CMB1基因全长。结果28个灰毡毛忍冬MADS-box蛋白长度为89~359 aa,碱性蛋白占比85.7%,不稳定蛋白占比96.4%,亲水性蛋白占比96.4%,均定位于细胞核,均为无跨膜结构的非分泌蛋白。转录组显示,与野生型比较,湘蕾型中28个MADS-box基因有17.86%表达下调,MIKCC型基因中有18.75%表达下调。克隆得到在两个品种的灰毡毛忍冬花中高度特异性表达的CMB1基因全长,均包含一个738 bp的ORF,编码245个氨基酸。CMB1基因在两个品种的花中表达量存在显著差异(P<0.01),且与茎、叶相比,在花中高度特异性表达(P<0.01)。结论基于灰毡毛忍冬转录组数据,鉴定了28个MADS-box家族基因,克隆得到湘蕾型与野生型灰毡毛忍冬CMB1基因全长,为进一步研究灰毡毛忍冬花发育、优良表型形成的分子机制提供研究基础与理论依据。 展开更多
关键词 灰毡毛忍冬 mads-box基因家族 表达分析 CMB1基因 基因克隆 表型变异
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柳属植物花发育相关的MADS-box基因家族成员鉴定与表达分析 被引量：1
3
作者 王媛 翁慧莹 +3 位作者 曾思文 王苑 李煜 何理 《福建农林大学学报（自然科学版）》 CAS CSCD 北大核心 2024年第3期355-363,共9页
【目的】利用基因组和转录组数据鉴定分析花发育相关的MADS-box基因家族成员的结构特征及表达模式,为柳属花被缺失的分子机制研究提供理论依据。【方法】通过生物信息学方法鉴定柳属的长梗柳(Salix dunnii)、欧蒿柳(S.viminalis)、红皮... 【目的】利用基因组和转录组数据鉴定分析花发育相关的MADS-box基因家族成员的结构特征及表达模式,为柳属花被缺失的分子机制研究提供理论依据。【方法】通过生物信息学方法鉴定柳属的长梗柳(Salix dunnii)、欧蒿柳(S.viminalis)、红皮柳(S.purpurea)的MADS-box基因家族成员,并对3种柳树花发育相关的MADS-box基因系统发育关系、基因复制和丢失、基因结构和理化性质进行分析。根据雌雄花芽的转录组数据分析长梗柳花发育相关基因在花芽不同发育阶段的表达模式。【结果】在长梗柳、欧蒿柳和红皮柳中分别鉴定出82、82和98个MADS-box家族基因。3种柳树的花发育相关基因经历了基因复制和丢失,相同亚类基因结构和保守结构域相似,但部分A、B、C和E亚类基因的K-box结构域缺失。长梗柳花发育相关基因的表达结果显示,在雌花和雄花中具有不同的表达模式。其中,B亚类SdMADS26和SdMADS4基因表达量均偏低。【结论】柳属植物花发育相关基因中部分成员的基因结构和表达模式发生了变化,推测这些变化可能与柳属花被缺失相关。 展开更多
关键词 柳属 花被 mads-box基因家族 基因组 转录组
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朱红大杜鹃MADS-box基因家族的全基因组鉴定与特征分析
4
作者 柳文 马永鹏 +3 位作者 应支萍 杨琳祥 谢孟 马宏 《植物科学学报》 CAS CSCD 北大核心 2024年第5期624-633,共10页
MADS-box是在植物生长发育过程中扮演重要角色的一类转录因子,特别是花器官形成、开花时间控制及果实发育与成熟等过程。本研究基于朱红大杜鹃(Rhododendron griersonianum Balf.f.et Forrest)全基因组测序数据,利用生物信息学方法从中... MADS-box是在植物生长发育过程中扮演重要角色的一类转录因子,特别是花器官形成、开花时间控制及果实发育与成熟等过程。本研究基于朱红大杜鹃(Rhododendron griersonianum Balf.f.et Forrest)全基因组测序数据,利用生物信息学方法从中鉴定出81个MADS-box基因,并进行了分析。根据系统发育关系和蛋白结构将MADS-box分为两类:Type-Ⅰ型包含24个基因,Type-Ⅱ型包含57个基因,这些基因不均匀地分布于12条染色体上;81个MADS-box基因中,存在6对片段复制和1对串联复制基因,且它们经历了纯化选择作用;同时,基因启动子区域含有光响应、植物生长、激素反应和胁迫响应等顺式作用元件。综上,本研究鉴定了朱红大杜鹃的MADS-box家族转录因子,为深入研究其MADS-box蛋白的生物学功能提供了基础。 展开更多
关键词 朱红大杜鹃 mads-box基因家族 生物信息学 基因结构
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玉米MADS-box基因家族的鉴定及表达模式分析
5
作者 刘泓畅 马恩慧 +3 位作者 王翠玲 张严玲 陈钰姝 刘青青 《湖南农业大学学报(自然科学版)》 CSCD 北大核心 2024年第6期10-21,共12页
利用生物信息学方法对玉米(Zea mays)骨干自交系黄早四及玉米自交系B73全基因组中的MADS-box基因家族成员进行鉴定并依据转录组数据分析其表达模式。结果显示:黄早四基因组中有87个MADS-box家族成员,B73基因组中该家族成员有84个;2个自... 利用生物信息学方法对玉米(Zea mays)骨干自交系黄早四及玉米自交系B73全基因组中的MADS-box基因家族成员进行鉴定并依据转录组数据分析其表达模式。结果显示:黄早四基因组中有87个MADS-box家族成员,B73基因组中该家族成员有84个;2个自交系间的MADS-box成员共存在113个共线基因对,表明MADS-box家族在2个自交系间进化较为保守;在花粉粒和双核雄性配子体组织中显著表达的MADS-box家族成员数量最少,穗原基中显著表达的成员数量最多;非生物胁迫下,在冷、热、紫外线逆境胁迫处理下,相比于对照组,MADS-box家族成员中多为下调表达,而在盐、干旱、干旱及盐复合逆境胁迫下多为上调表达,提示MADS-box家族成员通过不同的调节方式和途径参与玉米生长发育和逆境胁迫响应。 展开更多
关键词 玉米 黄早四 mads-box基因家族 全基因组鉴定
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MADS-box基因家族调控毛茛目植物花器官发育的研究进展
6
作者 韩凝 李甜 +2 位作者 李凤娇 唐彩彩 张铮 《陕西师范大学学报（自然科学版）》 CAS CSCD 北大核心 2024年第5期42-54,共13页
毛茛目植物花器官具有复杂多样的特点,是研究花器官形态与遗传进化相关问题的理想植物类群。通过综述毛茛目植物花器官形态的多样性,结合毛茛目基因组、转录组以及芸香唐松草(Thalictrum thalictroides)、蓝花耧斗菜(Aquilegia coulela... 毛茛目植物花器官具有复杂多样的特点,是研究花器官形态与遗传进化相关问题的理想植物类群。通过综述毛茛目植物花器官形态的多样性,结合毛茛目基因组、转录组以及芸香唐松草(Thalictrum thalictroides)、蓝花耧斗菜(Aquilegia coulela)、黑种草(Nigella damascena)、花菱草(Eschscholzia californica)等几个代表物种的花发育研究现状,阐述了当前MADS-box基因家族A、B、C、D、E类基因的功能及其下游靶基因的研究成果,并对未来毛茛目植物花发育的研究切入点和可能面临的挑战进行展望,旨在丰富对基部真双子叶植物花器官发育分子调控途径的理解。 展开更多
关键词 毛茛目 花器官发育 mads-box基因家族 基部真双子叶植物
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辣椒MIKC型MADS-box基因家族鉴定及胁迫响应 被引量：1
7
作者 罗希榕 祝晓云 +4 位作者 杨仕梅 李唐燕 李靖 陀海燕 覃成 《种子》 北大核心 2024年第1期59-67,113,共10页
MADS-box家族在花的诱导和发育中作用广泛,有些基因在明显不相关的发育阶段具有多种功能。本研究通过生物信息学对辣椒MIKC型MADS-box家族系统发育树、保守结构、基因特征、GO和KEGG富集分析、时空表达等进行系统分析。在辣椒中共鉴定... MADS-box家族在花的诱导和发育中作用广泛,有些基因在明显不相关的发育阶段具有多种功能。本研究通过生物信息学对辣椒MIKC型MADS-box家族系统发育树、保守结构、基因特征、GO和KEGG富集分析、时空表达等进行系统分析。在辣椒中共鉴定到25条MIKC_MADS基因,均具有MIKC_MADS的N端SRF-TF和C端K-box保守结构域,氨基酸数为122~278 aa,为两性亲水性蛋白。Motif分析发现,25条CaMADS-box基因均含有Motif1、Motif2、Motif4共3个保守基序。染色体定位发现,25条基因不均匀地分布在12条染色体上,其中染色体Chr02定位基因最多,共计5条基因。共线性分析发现MIKC_MADS在野生种Chiltepin中存在多个共线性区块。GO富集分析发现,MIKC_MADS主要参与植物生长初期发育过程,主要是花器官、胚乳发育过程,KEGG富集到甘氨酸、丝氨酸和苏氨酸代谢(ko00260),乙醛酸盐和二羧酸盐代谢(ko00630),碳代谢(ko01200)。顺式作用元件发现,与光响应元件、水杨酸、胚乳等元件相关。在时空表达过程中,MIKC_MADS在茎、叶、芽和花过程表达呈现上调表达趋势。 展开更多
关键词 辣椒 mads-box基因 基因特征 时空表达特性
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红莲型水稻不育系统花粉发育不同时期MADS-box基因家族的表达分析 被引量：11
8
作者 孙清萍 汪莉 +1 位作者 易平 朱英国 《武汉植物学研究》 CSCD 2002年第5期325-328,共4页
以红莲型水稻不育系、保持系、恢复系和杂种为材料 ,根据 MADS- box的保守序列设计特异引物 ,并分别以 Oligo d T1 2 GC和 Oligo d T1 2 CG为锚定引物对花粉发育单核期和二核期的花药进行了差异展示分析。扩增共得到 382条带 ,其中有组... 以红莲型水稻不育系、保持系、恢复系和杂种为材料 ,根据 MADS- box的保守序列设计特异引物 ,并分别以 Oligo d T1 2 GC和 Oligo d T1 2 CG为锚定引物对花粉发育单核期和二核期的花药进行了差异展示分析。扩增共得到 382条带 ,其中有组成型表达带 2 2× 8=176条。对差异带的统计分析表明 :MADS- box基因家族参与了水稻CMS和育性恢复的核质互作。最后 ,对这些差异带与 CMS和育性恢复之间的关系以及特异引物在研究复杂生物学现象中的应用进行了讨论。 展开更多
关键词 红莲型水稻不育系统 花粉发育 时期 mads-box基因家族 表达分析 细胞质雄性不育 育性恢复 差异展示
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锥栗MADS-box基因家族鉴定及组织特异性表达分析 被引量：4
9
作者 余玉云 沈军 +2 位作者 柳明珠 罗开金 陈世品 《森林与环境学报》 CSCD 北大核心 2023年第1期60-67,共8页
为研究MADS-box基因家族在锥栗花和果实发育过程中的作用,在锥栗全基因组水平上,用生物信息学方法对其MADS-box基因家族进行鉴定、理化性质分析、系统进化分析和染色体定位,分析其基因复制、基因结构、顺式作用元件和表达量。结果表明,... 为研究MADS-box基因家族在锥栗花和果实发育过程中的作用,在锥栗全基因组水平上,用生物信息学方法对其MADS-box基因家族进行鉴定、理化性质分析、系统进化分析和染色体定位,分析其基因复制、基因结构、顺式作用元件和表达量。结果表明,锥栗基因组中存在60个ChM ADS-box基因,不均匀地分布在除了2号染色体(Chr2)外的11条染色体上,其中,存在4对串联重复和8对片段重复。根据系统发育关系,可将锥栗基因组的60个ChM ADS-box基因分为type-Ⅰ型(20个)和type-Ⅱ型(40个)。ChM ADS-box蛋白均含有MADS结构域(Motif1和Motif2),且同亚家族基因显示出相似的基因结构。ChM ADS-box基因的启动子区域含有植物生长、光反应、激素反应和胁迫反应等顺式作用元件。ChM ADS-box基因在叶、雄花、雌花、果实和壳斗5种组织中具有特异性表达模式,表明其在植物生长发育过程中具有不同的功能。在果实和雄花发育的3个过程中,ChM ADS17、ChM ADS22、ChM ADS30、ChM ADS32、ChM ADS36、ChM ADS43、ChM ADS49、ChM ADS53表达较高,表明它们在锥栗花和果实发育过程中起到重要作用。 展开更多
关键词 锥栗 mads-box基因家族 全基因组鉴定 生物信息学 组织特异性 表达分析
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巴西橡胶树MADS-box基因家族6个成员的染色体物理定位
10
作者 陶志强 张宇航 +2 位作者 王英 高和琼 庄南生 《热带作物学报》 CSCD 北大核心 2020年第12期2365-2371,共7页
MADS-box基因家族广泛分布于真核生物中,巴西橡胶树的MADS-box基因家族主要参与花形态建成,对生殖生长起到重要的调节作用。目前,MADS-box基因家族的26个相关基因已被克隆分析,但它们在染色体上的具体位置还未确定。本研究以巴西橡胶树... MADS-box基因家族广泛分布于真核生物中,巴西橡胶树的MADS-box基因家族主要参与花形态建成,对生殖生长起到重要的调节作用。目前,MADS-box基因家族的26个相关基因已被克隆分析,但它们在染色体上的具体位置还未确定。本研究以巴西橡胶树‘热研7-33-97’品种为材料,将MADS-box基因家族的6个成员(HbAGL8、HbAG15、HbAGL30、HbTT16、HbAP1和HbSVP1)定位在细胞核染色体上,通过双探针荧光原位杂交技术(FISH)对巴西橡胶树MADS-box基因家族的这6个成员在细胞核染色体上进行物理定位分析。结果表明:MADS-box基因家族的6个基因分别位于不同的染色体上,其中HbAGL15、HbAG8、HbAG30和HbSVP1基因定位在第4、5、7和8号染色体长臂上,其信号位点到着丝粒的平均百分距离是11.85、39.71、48.94和6.70;HbTT16和HbAP1基因定位在第1和13号染色体短臂上,其信号位点到着丝粒的平均百分距离是22.19和18.01。本研究结果揭示了巴西橡胶树MADS-box基因家族的6个成员在细胞核染色体上的实际位置,展现家族基因之间的分布特点和连锁遗传关系,不仅丰富了橡胶树分子细胞遗传学信息,也为橡胶树的分子辅助育种和比较基因组学研究提供了分子细胞遗传学的科学理论依据。 展开更多
关键词 巴西橡胶树 mads-box基因家族 荧光原位杂交(FISH) 物理定位
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MADS-box基因家族基因重复及其功能的多样性 被引量：22
11
作者 吕山花 孟征 《植物学通报》 CSCD 北大核心 2007年第1期60-70,共11页
基因的重复(duplication)及其功能的多样性(diversification)为生物体新的形态进化提供了原材料。MADS-box基因在植物(特别是被子植物)的进化过程中发生了大规模的基因重复事件而形成一个多基因家族。MADS-box基因家族的不同成员在植物... 基因的重复(duplication)及其功能的多样性(diversification)为生物体新的形态进化提供了原材料。MADS-box基因在植物(特别是被子植物)的进化过程中发生了大规模的基因重复事件而形成一个多基因家族。MADS-box基因家族的不同成员在植物生长发育过程中起着非常重要的作用,在调控开花时间、决定花分生组织和花器官特征以及调控根、叶、胚珠及果实的发育中起着广泛的作用。探讨MADS-box基因家族的进化历史有助于深入了解基因重复及随后其功能分化的过程和机制。本文综述了MADS-box基因家族基因重复及其功能分化式样的研究进展。 展开更多
关键词 mads-box基因 基因重复 功能分化
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甘蓝型油菜MADS-box基因家族APETALA3基因编码区的克隆与序列分析 被引量：3
12
作者 周云涛 王茂林 +1 位作者 胡远辉 赵云 《四川大学学报（自然科学版）》 CAS CSCD 北大核心 2004年第5期1091-1093,共3页
关键词 mads-box基因 拟南芥 基因编码区 双子叶植物 克隆 花发育 序列分析 甘蓝型油菜 金鱼草 花器官
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荷花B类MADS-box基因家族NnDEF基因的克隆及表达分析 被引量：2
13
作者 丁献华 陈伟 张直峰 《上海农业学报》 2020年第1期1-7,共7页
以荷花品种‘重瓣一丈青’(Nelumbo nucifera'chongban yizhangqing')为试材,采用同源克隆方法获得2个AP3/DEF同源基因NnDEF1和NnDEF2。NnDEF1基因CDS序列全长678 bp,编码225个氨基酸;NnDEF2基因CDS序列全长693 bp,编码230个氨... 以荷花品种‘重瓣一丈青’(Nelumbo nucifera'chongban yizhangqing')为试材,采用同源克隆方法获得2个AP3/DEF同源基因NnDEF1和NnDEF2。NnDEF1基因CDS序列全长678 bp,编码225个氨基酸;NnDEF2基因CDS序列全长693 bp,编码230个氨基酸;2个基因的C-末端序列均包含典型的PI衍生基序和PaleoAP3基序。序列比对和系统进化分析表明,NnDEF1和NnDEF2基因属于B功能基因家族AP3/DEF亚家族,2个基因序列比对其同源性远高于其它物种同源基因,表明荷花进化中可能存在基因加倍事件。表达模式分析显示,NnDEF1和NnDEF2基因表达具有品种间相似性和个体内差异性,NnDEF1倾向于在花瓣和雄蕊组织中表达,尤其内侧花瓣表达量最高;而NnDEF2则表达更广泛,在茎、叶、萼片、花瓣组织中均有表达,在外轮花瓣组织中表达量最高。基因表达差异表明,NnDEF1基因可能在荷花瓣化现象中发挥作用。上述研究结果可为探讨荷花花发育及瓣化现象分子机制的研究奠定基础。 展开更多
关键词 荷花 基因 mads-box 表达分析 瓣化
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草莓MADS-box基因家族生物信息学分析 被引量：2
14
作者 马明臻 《江苏农业科学》 北大核心 2015年第11期21-25,共5页
通过生物信息学的方法,利用拟南芥、水稻的MADS-box基因对草莓MADS-box基因家族进行鉴定和分析,共得到83个草莓MADS-box候选基因,且MADS-box结构域高度保守。进化分析表明,Fv MADS1-Fv MADS33可被细分为10个亚组,分别为AG、AGL12、AGL6... 通过生物信息学的方法,利用拟南芥、水稻的MADS-box基因对草莓MADS-box基因家族进行鉴定和分析,共得到83个草莓MADS-box候选基因,且MADS-box结构域高度保守。进化分析表明,Fv MADS1-Fv MADS33可被细分为10个亚组,分别为AG、AGL12、AGL6、AGL2、SE、SVP、FLC、AP3、SOC1、AGL17;Fv MADS34-Fv MADS83可被细分为4个亚组,分别为Mα(22个成员)、Mβ(1个成员)、Mγ(17个成员)、Mδ(10个成员)。 展开更多
关键词 草莓 mads-box转录因子 基因家族 生物信息学
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MADS-box基因家族在蒺藜苜蓿的全基因组分析 被引量：4
15
作者 张军 宋丽莉 +2 位作者 郭东林 郭长虹 束永俊 《草业学报》 CSCD 北大核心 2014年第6期233-241,共9页
MADS-box基因家族是植物体内的重要转录因子,它们广泛地调控着植物生长、发育和生殖等过程。本研究以蒺藜苜蓿基因组数据为材料,采用结构域搜索方法,鉴定了138个MADS-box基因。通过序列比对系统进化分析,将它们分成两大类:Ⅰ型(92个)和... MADS-box基因家族是植物体内的重要转录因子,它们广泛地调控着植物生长、发育和生殖等过程。本研究以蒺藜苜蓿基因组数据为材料,采用结构域搜索方法,鉴定了138个MADS-box基因。通过序列比对系统进化分析,将它们分成两大类:Ⅰ型(92个)和Ⅱ型(46个)。同时,通过染色体定位分析发现,134个MADS-box基因定位在染色体上,还有4个MADS-box基因定位在尚未完成最终拼接的超长片段上。蒺藜苜蓿的MADS-box基因家族成员之间存在大量的基因重复,特别是Ⅰ型MADS-box基因,通过基因复制,MADS-box基因家族在染色体上形成多个密集的MADS-box基因簇。对蒺藜苜蓿的RNA-seq表达谱数据分析,发现MADS-box基因在心皮组织、花器官等组织中表达量较高,这表明蒺藜苜蓿的MADS-box基因家族广泛地参与苜蓿组织分化、发育以及生殖等过程的调控,这将为进一步揭示MADS-box类转录因子在蒺藜苜蓿中作用机制提供了重要的参考。 展开更多
关键词 蒺藜苜蓿 mads-box 系统进化分析 基因复制 表达模式
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MADS-box基因家族调控植物花器官发育研究进展 被引量：24
16
作者 王莹 穆艳霞 王锦 《浙江农业学报》 CSCD 北大核心 2021年第6期1149-1158,共10页
花器官的发生发育与形态构造是一个高度复杂的项目,涉及众多因素及其相互作用,MADS-box基因作为其中的关键转录因子可以改变整个发育过程,因而成为花器官研究最广泛的基因家族。通过梳理目前MADS-box基因对花器官发生、分化和形态建成... 花器官的发生发育与形态构造是一个高度复杂的项目,涉及众多因素及其相互作用,MADS-box基因作为其中的关键转录因子可以改变整个发育过程,因而成为花器官研究最广泛的基因家族。通过梳理目前MADS-box基因对花器官发生、分化和形态建成方面的调控作用,为了解花发育程序和该基因家族的一般转录调控机制提供新见解,也为进一步深入挖掘该家族基因和完善花发育调控理论提供参考。 展开更多
关键词 花发生发育 mads-box基因 调控机制 花发育模型
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辣椒MADS-box基因家族的鉴定及表达分析 被引量：4
17
作者 杨光彬 王瑾 +5 位作者 陈恺琳 单庆云 崔苏菲 熊程 邹学校 刘峰 《湖南农业大学学报（自然科学版）》 CAS CSCD 北大核心 2023年第5期558-566,共9页
利用辣椒的全基因组数据鉴定到104个MADS–box基因,对它们的理化性质、染色体定位、系统进化关系、蛋白保守基序和组织表达水平进行分析。结果表明:辣椒MADS–box基因家族各成员在染色体上的分布不均,理化性质差异较大,104个家族成员编... 利用辣椒的全基因组数据鉴定到104个MADS–box基因,对它们的理化性质、染色体定位、系统进化关系、蛋白保守基序和组织表达水平进行分析。结果表明:辣椒MADS–box基因家族各成员在染色体上的分布不均,理化性质差异较大,104个家族成员编码的氨基酸长度为100~567 aa,蛋白相对分子质量为11203.9~63559.7,蛋白理论等电点(PI)为4.63~10.46,系统进化树分析结果表明,辣椒MADS–box基因家族可分为2大类,与拟南芥和番茄的进化关系类似;组织表达水平分析结果表明,CaMADSs主要在花、果实和种子中表达,在叶片中表达量相对较低,推测MADS–box基因可能参与调控果实的发育和成熟。 展开更多
关键词 辣椒 MADS–box基因家族 基因表达
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三浅裂野牵牛MADS-box基因家族全基因组鉴定与组织特异性表达分析 被引量：1
18
作者 姚旭峰 董静静 +9 位作者 刘世芳 张毅 唐锐敏 王文斌 解红娥 吴宇浩 武宗信 贺立恒 李润植 贾小云 《激光生物学报》 CAS 2021年第3期223-235,共13页
在甘薯近缘种三浅裂野牵牛(Ipomoea trifida)全基因组水平上对MADS-box基因家族进行鉴定和分析,结果表明,在三浅裂野牵牛基因组中,共鉴定到38个MADS-box(ItfMADS)成员。根据理化性质分析,各成员的氨基酸数目差异很大,有26个成员显碱性... 在甘薯近缘种三浅裂野牵牛(Ipomoea trifida)全基因组水平上对MADS-box基因家族进行鉴定和分析,结果表明,在三浅裂野牵牛基因组中,共鉴定到38个MADS-box(ItfMADS)成员。根据理化性质分析,各成员的氨基酸数目差异很大,有26个成员显碱性。亚细胞定位表明,在这些成员中有32个定位于细胞核。系统进化分析发现,ItfMADS家族可分为Ⅰ型和Ⅱ型2类,Ⅰ型包含9个成员,Ⅱ型包含29个成员。染色体定位分析发现,该38个ItfMADS成员不均匀地分布在三浅裂野牵牛基因组的12条染色体上,其中染色体11(Chr11)上的成员数最多(9个),而Chr12和Chr00仅有1个成员。结构域保守基序分析表明:各成员均含有MADS-box结构域,Ⅱ型的各成员还含有K结构域;motif 1和motif 3是ItfMADS蛋白的重要保守基序。基因结构分析表明,各成员中的内含子和外显子数量差异较大。启动子顺式作用元件分析发现,响应光的顺式作用元件最多。表达模式分析发现,ItfMADS基因在不同的组织中表达存在差异,且在不同胁迫下的表达量也不同,说明ItfMADS基因可能参与了胁迫响应。本研究为甘薯MADS-box基因的功能鉴定提供了参考,也为甘薯的分子育种奠定了基础。 展开更多
关键词 三浅裂野牵牛 mads-box 基因组鉴定 组织特异性 表达分析
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米槠MADS-box基因家族鉴定及其在花序、果实发育中的作用探析 被引量：1
19
作者 毕远洋 陈佳婷 +5 位作者 连辉 江淑珍 王茜茜 丁祥青 涂雄德 陈世品 《福建农林大学学报（自然科学版）》 CSCD 北大核心 2023年第4期490-499,共10页
基于米槠全基因组数据,利用生物信息学方法对米槠MADS-box基因家族进行鉴定,并对其系统进化关系、保守结构域、基因结构、基因复制和启动子顺式作用元件进行分析。此外,根据转录组数据构建米槠MADS-box基因在雄花序、雌花序、果实和果... 基于米槠全基因组数据,利用生物信息学方法对米槠MADS-box基因家族进行鉴定,并对其系统进化关系、保守结构域、基因结构、基因复制和启动子顺式作用元件进行分析。此外,根据转录组数据构建米槠MADS-box基因在雄花序、雌花序、果实和果苞的不同发育阶段表达模式。本试验共鉴定出61个米槠MADS-box成员,所有基因均含有1个保守的MADS域,该域有保守的9段肽基序:KRK/R(X)4KK。系统进化和基因结构分析表明,有18个Type-Ⅰ型MADS-box基因,43个Type-Ⅱ型MADS-box基因,相同亚家族的成员有相似的基因结构和保守基序组成。61个成员不均等分布在12条染色体上,存在14对串联重复基因。表达量热图表明,Type-Ⅱ型A、B、C/D、E和AGL20类基因参与了雌花序的发育,B、C/D、E和AGL6类基因参与了雄花序的发育,E类基因可能参与雌花序休眠,而A类基因可能在雌花序解除休眠后发挥重要作用。A、C/D、E和AGL6类基因参与了果苞的发育,果苞可能由雌花的花器官发育而来。Type-Ⅱ型MADS-box基因家族成员在幼果期高表达,表明其参与果实早期发育。米槠FLC亚家族的CcMADS25可能在果实成熟过程中扮演重要角色。 展开更多
关键词 米槠 全基因组 mads-box基因 花序 果实
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火龙果MADS-box基因家族鉴定及表达分析 被引量：1
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作者 魏开发 张薇 《闽南师范大学学报（自然科学版）》 2018年第4期53-60,共8页
目的为了探索火龙果中MADS-box转录因子在成花诱导及花器官形成中的作用机制.方法针对9月份取材的"大红二号"8个不同的组织进行火龙果从头测序,并对MADS-box转录因子全基因家族进行生物信息学的分析.结果在火龙果转录组中一... 目的为了探索火龙果中MADS-box转录因子在成花诱导及花器官形成中的作用机制.方法针对9月份取材的"大红二号"8个不同的组织进行火龙果从头测序,并对MADS-box转录因子全基因家族进行生物信息学的分析.结果在火龙果转录组中一共鉴定出48个具完整结构域HuMADS蛋白,氨基酸长度65～411 aa.依据系统发育分析和结构域的差异,HuMADS基因分布在4个亚家族:Mα(6),Mγ(5),MIKCC(33)和MIKC*(2)以及none组(2),未发现Mβ成员.表达谱分析显示相对于Lineage I而言Lineage II表达水平整体较高,其中Group 1基因主要在花和果实中表达;Group 2基因在枝条、花和果实中均有表达;Group 3基因在Fl510、Fl513和枝条中组织特异性表达.同源分析得到与花器官形成相关的5类功能基因,A类基因AP1(HuMADS18),B类AP3(HuMADS33)和PI(HuMADS38)、C类AG(HuMADS12)、以及D类STK(HuMADS11)和E类SEP1(HuMADS16)、SEP3(HuMADS15和HuMADS17).结论本研究为进一步探索火龙果花发育提供了理论基础. 展开更多
关键词 火龙果 转录组测序 mads-box 基因家族 表达分析 花发育
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