[目的]定位筛选影响日本沼虾体重及出肉率性状的候选基因。[方法]收集成熟期且表现健康的日本沼虾,记录体重、出肉率,提取DNA进行测序并进行基因分型,获得单核苷酸多态性(Single-nucleotide polymorphisms,SNP)标记数据,利用多性状联合...[目的]定位筛选影响日本沼虾体重及出肉率性状的候选基因。[方法]收集成熟期且表现健康的日本沼虾,记录体重、出肉率,提取DNA进行测序并进行基因分型,获得单核苷酸多态性(Single-nucleotide polymorphisms,SNP)标记数据,利用多性状联合的全基因关联分析(Genome-wide association study,GWAS)方法检验与体重、出肉率性状存在显著相关的SNP位点,根据SNP的物理信息实现候选功能基因的筛选和定位。[结果]联合分析共定位到6个SNP位点,检测效率远高于单一分析的1个SNP,根据6个显著位点共定位到5个候选功能基因,除1个功能未知的新基因外,剩余4个基因都与机体代谢、发育相关。[结论]完成了日本沼虾体重、出肉率性状相关基因的定位,可为日本沼虾生长代谢的基因组水平揭示提供理论基础,也可为日本沼虾的其他数量性状研究提供思路。展开更多
文摘为了探究虹鳟传染性胰脏坏死症(Infectious Pancreatic Necrosis,IPN)抗性的遗传基础,本文采用三种二歧性状的分析方法,对来自58个全同胞家族的749尾虹鳟(271尾抗性和478尾易感),注射传染性胰脏坏死病毒后的存活情况进行全基因组关联分析(Genome-Wide Association Study,GWAS)。关联分析结果表明,共鉴定到两个QTN与虹鳟IPN抗性显著关联,位于四号染色体和对应的Scaffold上。以这些检测到的QTNs作为探针,对比虹鳟全基因组信息,筛选得到四个候选基因,它们可能是影响虹鳟IPN抗性的重要功能基因。通过对比三种方法的检测结果,得知GRAMMAR-Lambda法对检测二歧性状QTNs的统计能力略高于SAIGE和GMMAT法,具有更好的统计性能。这些研究结果为虹鳟抗传染性胰脏坏死病毒的遗传选育提供了分子标记,为虹鳟抗传染性胰脏坏死病毒的研究提供了理论基础。
文摘为开发常见鲑鳟养殖物种通用的遗传分析工具,本研究利用Affymetrix虹鳟(Oncorhynchus mykiss) 57K高通量单核苷酸多态性(Single nucleotide polymorphism,SNP)芯片,对国内代表性鲑鳟养殖群体开展了分型检测,包括山女鳟(Oncorhynchus masou masou)、银鲑(Oncorhynchus kisutch)、美洲红点鲑(Salvelinus fontinalis)、白斑红点鲑(Salvelinus leucomaenis) 4个物种,从57,501个SNP标记中筛选出96个共享多态性标记,应用Fluigidm 96.96动态芯片平台,构建了大麻哈鱼属(Oncorhynchus)和红点鲑属(Salvelinus)通用型低通量SNP芯片。该芯片分型结果准确性较高,与Affymetrix高通量芯片分型一致性达到96.55%。使用该芯片对来自6个家系的48尾银鲑个体及其候选亲本进行检测,应用Cervus 3.0.7软件进行亲权鉴定,结果能够准确重现复杂家系的真实系谱。在用于单亲本亲权鉴定时,第一亲本非排除率(Non-exclusion probability for first parent, NE-1P)为4.120×10^(–4);用于双亲本亲权鉴定时,双亲非排除率(Non-exclusion probability for parent pair, NE-PP)低至6.219×10^(–12),表明该芯片在鲑鳟养殖群体系谱鉴定应用中具有较高的准确性。使用该芯片开展4个鲑鳟养殖群体遗传结构分析,样本分群聚类结果与其所属的分类阶元相符,能够准确反映群体遗传组分构成和遗传关系。本研究构建的低通量SNP芯片在常见鲑鳟养殖物种中具有良好的通用性,将其应用于养殖群体遗传分析,能够为鲑鳟制种、育种和引种等科学决策提供基因组信息参考。
文摘[目的]定位筛选影响日本沼虾体重及出肉率性状的候选基因。[方法]收集成熟期且表现健康的日本沼虾,记录体重、出肉率,提取DNA进行测序并进行基因分型,获得单核苷酸多态性(Single-nucleotide polymorphisms,SNP)标记数据,利用多性状联合的全基因关联分析(Genome-wide association study,GWAS)方法检验与体重、出肉率性状存在显著相关的SNP位点,根据SNP的物理信息实现候选功能基因的筛选和定位。[结果]联合分析共定位到6个SNP位点,检测效率远高于单一分析的1个SNP,根据6个显著位点共定位到5个候选功能基因,除1个功能未知的新基因外,剩余4个基因都与机体代谢、发育相关。[结论]完成了日本沼虾体重、出肉率性状相关基因的定位,可为日本沼虾生长代谢的基因组水平揭示提供理论基础,也可为日本沼虾的其他数量性状研究提供思路。
