研究蛋白质寡肽构象在构象空间中的分布情况,对提取寡肽模式并构建短肽库具有重要意义。通过构建一个保距映射,将以主链原子均方根距离(root mean square distance,RMSD)为距离测度的三肽构象空间变换为一维直线上的欧氏距离空间,从而...研究蛋白质寡肽构象在构象空间中的分布情况,对提取寡肽模式并构建短肽库具有重要意义。通过构建一个保距映射,将以主链原子均方根距离(root mean square distance,RMSD)为距离测度的三肽构象空间变换为一维直线上的欧氏距离空间,从而直观地展现三肽构象的聚集情况,表明三肽主链构象可以用单一变量编码。应用该特性对四肽的构象空间加以分析,将四肽构象映射到三维空间中,从而以可视的方式描述四肽构象空间的聚集情况。对短肽构象空间的初步分析表明,短肽的聚集性和二级结构有着密切的联系。在四肽构象空间中存在有自然边界的离散区域(与螺旋等结构相关),也有一些区域(与折叠等结构有关)难以进一步划分。这种方法也为以可视方式分析高维空间中肽段的聚集性给出了一种可能的方案。展开更多
文摘研究蛋白质寡肽构象在构象空间中的分布情况,对提取寡肽模式并构建短肽库具有重要意义。通过构建一个保距映射,将以主链原子均方根距离(root mean square distance,RMSD)为距离测度的三肽构象空间变换为一维直线上的欧氏距离空间,从而直观地展现三肽构象的聚集情况,表明三肽主链构象可以用单一变量编码。应用该特性对四肽的构象空间加以分析,将四肽构象映射到三维空间中,从而以可视的方式描述四肽构象空间的聚集情况。对短肽构象空间的初步分析表明,短肽的聚集性和二级结构有着密切的联系。在四肽构象空间中存在有自然边界的离散区域(与螺旋等结构相关),也有一些区域(与折叠等结构有关)难以进一步划分。这种方法也为以可视方式分析高维空间中肽段的聚集性给出了一种可能的方案。
