KRAB相关蛋白1(KRAB-associated protein 1,KAP1)是最早于1996年通过亲合色谱分离并克隆得到的一种转录辅因子,因能与含KRAB结构域的锌指蛋白家族(zinc family proteins,ZFPs)成员结合而得名。KAP1是一种具有多功能的蛋白质,它参与组蛋...KRAB相关蛋白1(KRAB-associated protein 1,KAP1)是最早于1996年通过亲合色谱分离并克隆得到的一种转录辅因子,因能与含KRAB结构域的锌指蛋白家族(zinc family proteins,ZFPs)成员结合而得名。KAP1是一种具有多功能的蛋白质,它参与组蛋白修饰与染色质重塑、调节DNA甲基化、作为转录共调控因子参与基因调控、参与DNA损伤反应等,并存在磷酸化、乙酰化等多种翻译后修饰。KAP1的表达水平与多种人类恶性肿瘤的发生发展密切相关,并影响肿瘤预后。因此,KAP1有望成为恶性肿瘤的诊断标志物或治疗新靶点。本文主要综述KAP1的结构、功能及其与人类恶性肿瘤发生发展的关系,并进一步探讨KAP1在恶性肿瘤研究中的应用前景,以期为恶性肿瘤的临床诊断和治疗提供参考依据。展开更多
利用生物信息学分析人赖氨酰氧化酶样蛋白4(1ysyl-oxidase like 4,LOXL4)基因在肝细胞癌(hepatocellular carcinoma,HCC)中的表达及临床意义,为HCC的诊治提供新的思路。基于癌症基因图谱(the cancer genome atlas,TCGA)数据库和人类蛋...利用生物信息学分析人赖氨酰氧化酶样蛋白4(1ysyl-oxidase like 4,LOXL4)基因在肝细胞癌(hepatocellular carcinoma,HCC)中的表达及临床意义,为HCC的诊治提供新的思路。基于癌症基因图谱(the cancer genome atlas,TCGA)数据库和人类蛋白表达图谱(thehumanproteinatlas,HPA)数据库分析LOXL4在HCC组织和正常肝组织中的表达差异,分析LOXL4与HCC患者临床病理特征的相关性并进行可视化分析;通过GEPIA数据库及构建Cox回归模型分析LOXL4表达与患者预后关系;分析LOXL4与HCC肿瘤标志物基因的相关性;STRING在线数据库构建LOXL4蛋白质相互作用网络;TIMER数据库分析LOXL4基因与肿瘤免疫浸润的关系。数据库分析结果表明LOXL4在HCC中表达水平显著升高,且LOXL4表达与HCC患者的病理分级呈正相关。生存分析和Cox回归分析显示LOXL4高表达提示HCC患者预后较差。HCC中TRPV4、INHBE、ITGB5和BCL7A与LOXL4的表达呈正相关,SOD1、ADI1、HINT2和HAGH与LOXL4的表达呈负相关。LOXL4与HCC肿瘤标志物GPC3和CK19的表达呈正相关,与ARG1和CD10的表达呈负相关。LOXL4与LOX、BMP1、TLL1等10种蛋白质存在相互作用。LOXL4表达与肿瘤细胞纯度及多种免疫细胞浸润具有显著相关性。本研究揭示了LOXL4在HCC中表达上调且与HCC患者预后不良、免疫浸润及多种HCC诊断标志物密切相关,其有望成为HCC的早期筛查、诊断及预后评估的重要生物靶标。展开更多
利用生物信息学数据库分析泛素样含PHD和环指结构域蛋白1(UHRF1)在恶性胸膜间皮瘤(MPM)中的表达水平及临床意义。基于TCGA数据库和GTEx数据库差异表达分析UHRF1 m RNA在MPM组织和正常肺组织中的表达水平;使用R软件分析UHRF1 mRNA表达量...利用生物信息学数据库分析泛素样含PHD和环指结构域蛋白1(UHRF1)在恶性胸膜间皮瘤(MPM)中的表达水平及临床意义。基于TCGA数据库和GTEx数据库差异表达分析UHRF1 m RNA在MPM组织和正常肺组织中的表达水平;使用R软件分析UHRF1 mRNA表达量与临床病理参数的相关性;构建Kaplan-Meier模型和单因素多因素COX回归模型分析UHRF1基因在MPM中的预后;利用TIMER2.0数据库分析UHRF1基因与免疫细胞浸润的关系;GSEA分析UHRF1基因发挥功能的主要富集通路。选取8例MPM组织及4例非MPM胸膜组织,通过RT-q PCR的方法验证UHRF1在MPM与非MPM胸膜组织的表达情况。数据库分析结果表明,与正常肺组织相比,UHRF1 m RNA在MPM组织中高表达;UHRF1高表达患者提示MPM患者预后不良;UHRF1基因表达量与CD4^(+)辅助型T细胞2、CD4^(+)效应记忆性T细胞、巨噬细胞等多种免疫细胞浸润水平具有显著的相关性(P<0.01),且显著影响MPM患者的预后。功能富集分析显示,UHRF1主要在DNA复制、蛋白酶体、同源重组等通路中起作用。在收集到的病例样本中,与非MPM胸膜组织相比,UHRF1 mRNA在MPM组织中的表达显著增高(P<0.001)。UHRF1在MPM组织中高表达,可能通过调节DNA甲基化和免疫细胞浸润来影响MPM患者预后,有望成为MPM治疗和预后评估的潜在靶点。展开更多
文摘KRAB相关蛋白1(KRAB-associated protein 1,KAP1)是最早于1996年通过亲合色谱分离并克隆得到的一种转录辅因子,因能与含KRAB结构域的锌指蛋白家族(zinc family proteins,ZFPs)成员结合而得名。KAP1是一种具有多功能的蛋白质,它参与组蛋白修饰与染色质重塑、调节DNA甲基化、作为转录共调控因子参与基因调控、参与DNA损伤反应等,并存在磷酸化、乙酰化等多种翻译后修饰。KAP1的表达水平与多种人类恶性肿瘤的发生发展密切相关,并影响肿瘤预后。因此,KAP1有望成为恶性肿瘤的诊断标志物或治疗新靶点。本文主要综述KAP1的结构、功能及其与人类恶性肿瘤发生发展的关系,并进一步探讨KAP1在恶性肿瘤研究中的应用前景,以期为恶性肿瘤的临床诊断和治疗提供参考依据。
文摘利用生物信息学分析人赖氨酰氧化酶样蛋白4(1ysyl-oxidase like 4,LOXL4)基因在肝细胞癌(hepatocellular carcinoma,HCC)中的表达及临床意义,为HCC的诊治提供新的思路。基于癌症基因图谱(the cancer genome atlas,TCGA)数据库和人类蛋白表达图谱(thehumanproteinatlas,HPA)数据库分析LOXL4在HCC组织和正常肝组织中的表达差异,分析LOXL4与HCC患者临床病理特征的相关性并进行可视化分析;通过GEPIA数据库及构建Cox回归模型分析LOXL4表达与患者预后关系;分析LOXL4与HCC肿瘤标志物基因的相关性;STRING在线数据库构建LOXL4蛋白质相互作用网络;TIMER数据库分析LOXL4基因与肿瘤免疫浸润的关系。数据库分析结果表明LOXL4在HCC中表达水平显著升高,且LOXL4表达与HCC患者的病理分级呈正相关。生存分析和Cox回归分析显示LOXL4高表达提示HCC患者预后较差。HCC中TRPV4、INHBE、ITGB5和BCL7A与LOXL4的表达呈正相关,SOD1、ADI1、HINT2和HAGH与LOXL4的表达呈负相关。LOXL4与HCC肿瘤标志物GPC3和CK19的表达呈正相关,与ARG1和CD10的表达呈负相关。LOXL4与LOX、BMP1、TLL1等10种蛋白质存在相互作用。LOXL4表达与肿瘤细胞纯度及多种免疫细胞浸润具有显著相关性。本研究揭示了LOXL4在HCC中表达上调且与HCC患者预后不良、免疫浸润及多种HCC诊断标志物密切相关,其有望成为HCC的早期筛查、诊断及预后评估的重要生物靶标。
文摘利用生物信息学数据库分析泛素样含PHD和环指结构域蛋白1(UHRF1)在恶性胸膜间皮瘤(MPM)中的表达水平及临床意义。基于TCGA数据库和GTEx数据库差异表达分析UHRF1 m RNA在MPM组织和正常肺组织中的表达水平;使用R软件分析UHRF1 mRNA表达量与临床病理参数的相关性;构建Kaplan-Meier模型和单因素多因素COX回归模型分析UHRF1基因在MPM中的预后;利用TIMER2.0数据库分析UHRF1基因与免疫细胞浸润的关系;GSEA分析UHRF1基因发挥功能的主要富集通路。选取8例MPM组织及4例非MPM胸膜组织,通过RT-q PCR的方法验证UHRF1在MPM与非MPM胸膜组织的表达情况。数据库分析结果表明,与正常肺组织相比,UHRF1 m RNA在MPM组织中高表达;UHRF1高表达患者提示MPM患者预后不良;UHRF1基因表达量与CD4^(+)辅助型T细胞2、CD4^(+)效应记忆性T细胞、巨噬细胞等多种免疫细胞浸润水平具有显著的相关性(P<0.01),且显著影响MPM患者的预后。功能富集分析显示,UHRF1主要在DNA复制、蛋白酶体、同源重组等通路中起作用。在收集到的病例样本中,与非MPM胸膜组织相比,UHRF1 mRNA在MPM组织中的表达显著增高(P<0.001)。UHRF1在MPM组织中高表达,可能通过调节DNA甲基化和免疫细胞浸润来影响MPM患者预后,有望成为MPM治疗和预后评估的潜在靶点。
