内蒙古糜黍资源DNA分子身份证的构建

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作者 冯智尊 辛旭霞 +7 位作者 曹越 郭娟 王晓丹 曹晓宁 Santra Dipak K 陈凌 乔治军 王瑞云 《植物遗传资源学报》 北大核心 2025年第1期133-147,共15页

糜黍(Panicum miliaceum L.)是一种品种资源多样的古老作物,采用荧光SSR标记,对糜黍资源进行数字化的管理与分类,可将众多资源合理高效应用。本研究以258份内蒙古糜黍资源为材料,基于本课题组前期开发的85个常规SSR标记,经多次扩增筛选... 糜黍(Panicum miliaceum L.)是一种品种资源多样的古老作物,采用荧光SSR标记,对糜黍资源进行数字化的管理与分类,可将众多资源合理高效应用。本研究以258份内蒙古糜黍资源为材料,基于本课题组前期开发的85个常规SSR标记,经多次扩增筛选、优化、加工(引物5′端添加荧光基团)获得12个荧光SSR核心标记。利用MapChart 2.32绘制标记的染色体定位图,利用ID Analysis 4.0检测标记对材料的区分度,用PowerMarker 3.25和PopGen 1.32进行遗传多样性分析,用MEGA11.0.10和NTSYSpc2.11a分别绘制聚类图和主成分分析图,最终应用草料二维码生成器构建材料的DNA分子身份证。遗传多样性分析发现,利用7个标记扩增258份材料,共有123个等位基因,平均每个标记有17.5714个;有效等位基因数、Shannon多样性指数、观测杂合度、期望观测杂合度、Nei′s基因多样性指数和多态性信息含量均值分别为7.4622、2.2270、0.8021、0.8372、0.8353和0.8994。将毛细管电泳结果以特定方式进行编码处理,最终仅用7个荧光标记(RYW6、RYW8、RYW37、RYW40、RYW67、RYW124和RYW125)组合在一起生成全部材料的字符串和二维码DNA分子身份证,为内蒙古糜黍种质资源的分类管理及快速鉴定提供了分子检测工具和理论依据。 展开更多

关键词 糜黍 内蒙古 荧光SSR标记 毛细管电泳 分子身份证

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糜子PmNAC1的克隆及生物信息学分析 被引量：1

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作者 辛旭霞 郑香然 +4 位作者 王海岗 陈凌 Santra Dipak K 王瑞云 乔治军 《山西农业科学》 2023年第10期1162-1169,共8页

糜子为禾本科草本植物,抗旱、耐盐碱、耐瘠、生育期短。为了给糜子抗逆分子育种提供候选基因,试验在前期转录组测序注释基因的基础上,利用糜子基因组染色体16上注释的NAC蛋白结构域比对得到PmNAC1基因的gDNA序列,通过PCR扩增、基因克隆... 糜子为禾本科草本植物,抗旱、耐盐碱、耐瘠、生育期短。为了给糜子抗逆分子育种提供候选基因,试验在前期转录组测序注释基因的基础上,利用糜子基因组染色体16上注释的NAC蛋白结构域比对得到PmNAC1基因的gDNA序列,通过PCR扩增、基因克隆获得糜子的核苷酸序列,使用在线软件ORF Finder Blast对糜子NAC编码蛋白的理化特性及结构等进行生物信息学分析。结果表明,PmNAC1基因全长1 634 bp,编码423个氨基酸,无信号肽和跨膜结构;二级结构中氨基酸主要由8个α-螺旋和14个β-折叠组成,为亲水性蛋白,保守位点在第73~211位氨基酸,共有59个磷酸化位点;超出水平线0.5的是糖基化位点;构建了糜子转录因子NAC氨基酸序列系统发育进化树,PmNAC1蛋白与柳枝稷CUC2的亲缘关系最近,二者的遗传变异系数为0.06。 展开更多

关键词 糜子 PmNAC1 克隆 生物信息学分析

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基于荧光SSR的宁夏糜子DNA分子身份证的构建 被引量：1

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作者 曹越 张立媛 +8 位作者 辛旭霞 冯智尊 郭娟 王晓丹 曹晓宁 SANTRA Dipak K 陈凌 乔治军 王瑞云 《作物学报》 CAS CSCD 北大核心 2024年第11期2699-2711,共13页

糜子(Panicum miliaceum L.)种质资源丰富,在干旱环境中具生产优势,基于荧光SSR标记构建其DNA分子身份证可为资源的数字化管理提供理论依据和分子检测工具。本文以274份宁夏糜子核心种质为试验材料,对山西农业大学前期开发的糜子特异性... 糜子(Panicum miliaceum L.)种质资源丰富,在干旱环境中具生产优势,基于荧光SSR标记构建其DNA分子身份证可为资源的数字化管理提供理论依据和分子检测工具。本文以274份宁夏糜子核心种质为试验材料,对山西农业大学前期开发的糜子特异性SSR标记进行多次PCR筛选和优化后获取核心引物。基于糜子参考基因组信息,经过BLAST序列比对后将核心标记进行染色体定位。在SSR引物的5′端标注荧光(FAM/HEX),利用毛细管电泳给出材料的基因型,采用“0,1”二进制编码方式记录扩增条带的有无,使用IDAnalysis 4.0检测材料的区分程度。采用十进制(0~9)统计扩增片段大小以获得材料的字符串分子身份证。使用Popgene、Powermarker、MEGA、NTSYS进行遗传多样性、遗传聚类和主成分分析。利用二维码在线软件(https://cli.im/)给出材料的二维码DNA分子身份证。PCR扩增结果发现,10个荧光SSR(RYW6、RYW125、RYW43、RYW3、RYW40、RYW37、RYW42、RYW8、RYW28和RYW124)组合在一起可以将274份材料全部区分开。BLAST结果表明,RYW124分布在12号染色体上,位于7.8 cM处;RYW40分布在4号染色体上,位于42.64 cM处;RYW42分布在13号染色体上,位于34.63 cM处,RYW28分布在16号染色体上,位于2.34 cM处,RYW8分布在3号染色体上,位于9.90 cM处。274份材料在10个位点共检出125个等位变异,平均每个位点为12.5个,变幅为5.0000(RYW3)~25.0000(RYW6);检出的Shannon多样性指数(I)为1.2458(RYW3)~2.6568(RYW6),平均为1.8532;观测杂合度(Ho)为0.5185(RYW40)~0.9964(RYW124),平均为0.8674;期望观测杂合度(He)为0.5724(RYW40)~0.9108(RYW42),平均为0.7784;Nei’s基因多样性指数(Nei)为0.5711(RYW40)~0.9091(RYW42),平均为0.7767;多态性信息含量(PIC)为0.6563(RYW3)~0.9602(RYW42),平均为0.8399。聚类分析和主成分分析均将材料划归4个类群。将电泳条带进行数字编码,利用10个标记组合,构建了全部材料的字符串和二维码DNA分子身份证。 展开更多

关键词 糜子 宁夏 毛细管电泳 荧光SSR DNA分子身份证 染色体定位

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东北春播区糜子核心种质的荧光微卫星标记鉴定 被引量：1

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作者 丁艺冰 辛旭霞 +9 位作者 冯智尊 郭娟 曹越 陈喜明 王晓丹 曹晓宁 SANTRA Dipak K 陈凌 乔治军 王瑞云 《作物学报》 CAS CSCD 北大核心 2024年第7期1728-1739,共12页

优异种质资源是糜子新品种选育和产业发展的基础。本研究以190份东北春播区糜子核心种质为材料,利用前期构建的SSR标记在5'端标注荧光,进行PCR扩增和毛细管电泳。根据毛细管电泳检测的片段有无采用“0/1”表示,利用ID Analysis4.0... 优异种质资源是糜子新品种选育和产业发展的基础。本研究以190份东北春播区糜子核心种质为材料,利用前期构建的SSR标记在5'端标注荧光,进行PCR扩增和毛细管电泳。根据毛细管电泳检测的片段有无采用“0/1”表示,利用ID Analysis4.0进行区分,使用PopGene、PowerMarker、MEGA、Structure、NTSYS进行遗传多样性分析。试验结果表明,3个荧光SSR标记组合(RYW3+RYW6+RYW28)可区分190份材料,共检测出等位变异73个,平均为24.3333;有效等位基因数(Ne)为5.4728(RYW3)~15.8922(RYW6),平均为9.6496;检出Shannon多样性指数(I)为2.0851(RYW3)~2.9457(RYW6),平均为2.4896;观测杂合度(Ho)为0.7529(RYW6)~0.9574(RYW28),平均为0.8876;期望观测杂合度(He)为0.8194(RYW3)~0.9398(RYW6),平均为0.8765;Nei’s基因多样性指数(Nei)为0.8173(RYW3)~0.9371(RYW6),平均为0.8741;多态性信息含量(PIC)为0.8656(RYW3)~0.9722(RYW6),平均为0.9198。基于UPGMA将190份资源划分为3个群组。基于Structure的遗传结构分析(K=3)将糜子核心种质分为3个类群,来源于东北地区的4个基因库(黑龙江、吉林、辽宁和内蒙古的一部分)。基于主成分分析将材料分为4个类群,与地理来源一致。利用在线二维码技术(https://cli.im/)构建了190份东北糜子核心种质的DNA分子身份证。 展开更多

关键词 糜子 东北春播区 荧光微卫星标记 毛细管电泳 DNA分子身份证

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东北春播区糜子核心种质及其DNA分子身份证构建 被引量：1

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作者 丁艺冰 辛旭霞 +5 位作者 冯智尊 曹越 郭娟 Dipak K SANTRA 王瑞云 陈喜明 《作物学报》 CAS CSCD 北大核心 2024年第5期1181-1192,共12页

本研究以500份东北春播区糜子资源为材料,利用169个SSR标记,采用UPGMA聚类分组,进行分层抽样,构建核心种质,同时应用ID Analysis 4.0软件构建分子身份证。利用等位基因数(Na)等遗传多样性衡量指标评估核心种质的遗传差异,并利用PCOA分... 本研究以500份东北春播区糜子资源为材料,利用169个SSR标记,采用UPGMA聚类分组,进行分层抽样,构建核心种质,同时应用ID Analysis 4.0软件构建分子身份证。利用等位基因数(Na)等遗传多样性衡量指标评估核心种质的遗传差异,并利用PCOA分析核心种质。结果表明,对169对SSR引物进行筛选,发现30对多态性好,利用30对SSR引物构建的糜子核心种质包含190份材料,占全部种质的38%,全部种质与核心种质的均检测出91个等位变异,保留了100%等位基因;有效等位基因数为2.2977~2.9975和2.2872~3.0173,平均值分别为2.8198和2.8297;Shannon多样性指数为0.9532~1.0990和0.9535~1.1162,平均值为1.0645和1.0667;观测杂合度为0.3434~0.8037和0.3162~0.7849,平均值为0.5399和0.5359;期望杂合度为0.5654~0.6672和0.5645~0.6707,平均值为0.6448和0.6473;Nei’s基因多样性指数为0.5648~0.6664和0.5628~0.6686,平均值为0.6441和0.6452;多态性信息含量为0.6657~0.8356和0.6493~0.8340,平均值为0.7974和0.7944。全部种质与核心种质的分子标记的相关指标进行t检验,结果无显著性差异,且PCOA分析表明核心种质与全部种质具有相似的遗传多样性和群体结构,同时发现8个SSR标记(RYW5、RYW8、RYW16、RYW28、RYW40、RYW53、RYW62和RYW67)可区分190份核心种质,构建了东北糜子核心种质的分子身份证。 展开更多

关键词 糜子 东北春播区 SSR 核心种质 DNA分子身份证

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基于SSR的陕西糜子种质资源的分子鉴定

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作者 郭娟 辛旭霞 +7 位作者 冯智尊 曹越 王晓丹 曹晓宁 SANTRA Dipak K 陈凌 乔治军 王瑞云 《作物学报》 CAS CSCD 北大核心 2024年第10期2643-2653,共11页

为构建糜子(Panicum miliaceum L.)DNA分子身份证,试验以181份陕西糜子核心种质为材料,对课题组前期开发的糜子特异性SSR标记进行多次PCR筛选和优化后获取核心引物。基于糜子参考基因组信息,经过BLAST序列比对后将核心标记进行染色体定... 为构建糜子(Panicum miliaceum L.)DNA分子身份证,试验以181份陕西糜子核心种质为材料,对课题组前期开发的糜子特异性SSR标记进行多次PCR筛选和优化后获取核心引物。基于糜子参考基因组信息,经过BLAST序列比对后将核心标记进行染色体定位。在SSR引物的5′端标注荧光(FAM/HEX),根据毛细管电泳检测的片段有无采用“0/1”表示,利用ID Analysis4.0进行区分,十进制(0~9)统计扩增片段大小构建材料字符串,用Pop Gene、Power Marker、MEGA、Structure和NTSYS进行遗传多样性分析。试验结果表明,7个荧光SSR(RYW3、RYW6、RYW37、RYW40、RYW43、RYW125和RYW146)组合可区分181份材料,不均匀的分布在5条染色体上,共检测出77个等位变异,平均为11;检出Shannon多样性指数(I)为0.8145(RYW146)~7.8254(RYW125),平均5.9076;观测杂合度(Ho)为0.2627(RYW146)~0.9506(RYW3);期望观测杂合度(He)为0.3329(RYW146)~0.8747(RYW125);Nei’s基因多样性指数(Nei)为0.3315(RYW146)~0.8722(RYW125);多态性信息含量(PIC)为0.5923(RYW146)~0.9445(RYW125),平均为0.8419。基于UPGMA将181份资源划分为3个群组。基于主成分分析将材料分为10个类群,与地理来源一致。利用在线二维码技术(https://cli.im/)构建181份陕西糜子核心种质的DNA分子身份证。 展开更多

关键词 糜子 陕西 荧光SSR 毛细管电泳 DNA分子身份证

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77份山西黍稷DNA二维码身份证的构建

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作者 曹越 曹晓宁 +3 位作者 陈凌 Santra Dipak K 乔治军 王瑞云 《山西农业科学》 2024年第2期8-15,共8页

为了更好地管理黍稷资源,分辨其身份以及追溯来源,创建一个高效可行的种质资源鉴定系统十分必要。以山西省内各地77份黍稷资源为材料,用上海生工生物股份有限公司合成上游5’端加FAM (blue)荧光基团标记对77份黍稷资源进行PCR及毛细管... 为了更好地管理黍稷资源,分辨其身份以及追溯来源,创建一个高效可行的种质资源鉴定系统十分必要。以山西省内各地77份黍稷资源为材料,用上海生工生物股份有限公司合成上游5’端加FAM (blue)荧光基团标记对77份黍稷资源进行PCR及毛细管电泳。结果发现,仅用5个标记组合(RYW3、RYW6、RYW20、RYW37和RYW40)可区分全部材料。其中,组合RYW6+RYW37可区分60份;组合RYW6+RYW20+RYW37可区分69份;组合RYW6+RYW20+RYW37+RYW40可区分73份;组合RYW3+RYW6+RYW20+RYW37+RYW40可区分全部77份。77份材料在8个位点共检出79个等位变异,每个位点检出平均为9.875个,检测到的有效等位变异(Ne)为2.675 9,Shannon多样性指数(I)为0.991 6,Nei’s基因多样性指数(Nei)为0.426 0,多样性信息含量(PIC)为0.553 3。在此基础上,利用ID analysis 4.0在线条形码生成器将对应字符串生成可扫描的条形码DNA分子身份证;利用二维码在线技术将材料基本信息转化成可扫描的二维码DNA分子身份证。 展开更多

关键词 SSR 黍稷 二维码 山西

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5个黍子育成品种耐盐性鉴定

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作者 郭娟 王昕 +4 位作者 曹晓宁 陈凌 Santra Dipak K 王瑞云 乔治军 《山西农业科学》 2024年第2期21-27,共7页

土壤盐渍化会影响农业可持续发展,造成生态失去平衡。培育耐盐植物是经济效益最大化和土壤改良效果最优的重要环节。研究旨在为黍子耐盐新品种选育提供鉴定指标,为盐碱地黍子品种的种植提供材料。以5个黍子育成品种为试验材料,基于不同... 土壤盐渍化会影响农业可持续发展,造成生态失去平衡。培育耐盐植物是经济效益最大化和土壤改良效果最优的重要环节。研究旨在为黍子耐盐新品种选育提供鉴定指标,为盐碱地黍子品种的种植提供材料。以5个黍子育成品种为试验材料,基于不同浓度的中性混合盐(NaCl和Na_(2)SO_(4)),采用培养皿发芽方法,从芽鲜质量(SFW)、芽长(BL)、发芽指数(GI)、发芽势(GP)、根鲜质量(RFW)、发芽率(GR)、根长(RL)、活力指数(VI)等8项农艺性状评估材料的耐盐程度。通过分析不同盐浓度下这5个黍子育成品种发芽势和发芽率的差异,结果发现,160 mmol/L为进行盐处理的最适浓度。在该浓度下,5份材料的8项指标变异丰富,变异系数分别为168.41%、48.12%、23.13%、15.11%、32.94%、18.90%、64.37%和123.53%。对8个指标进行相关性分析、主成分分析及综合评价D值综合评价,结果发现,SFW、BL、GI、GP和RFW等5项指标可作为黍子耐盐性评价的参考指标;5份材料耐盐性从强到弱依次为晋黍7号、龙黍19号、宁糜13号、齐黍1号和龙黍9号。 展开更多

关键词 黍子 育成品种 耐盐性 农艺性状

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基于荧光SSR构建中国糜子核心种质DNA分子身份证 被引量：8

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作者 薛亚鹏 丁艺冰 +6 位作者 王宇卓 王晓丹 曹晓宁 Santra Dipak K 陈凌 乔治军 王瑞云 《中国农业科学》 CAS CSCD 北大核心 2023年第12期2249-2261,I0001-I0016,共29页

【目的】糜子(Panicum miliaceum L.)作为一种古老的粟类作物,种质丰富,基于荧光SSR标记构建其DNA分子身份证可为资源的数字化管理提供理论依据和分子检测工具。【方法】以235份中国糜子核心种质为试验材料,对山西农业大学农学院糜子作... 【目的】糜子(Panicum miliaceum L.)作为一种古老的粟类作物,种质丰富,基于荧光SSR标记构建其DNA分子身份证可为资源的数字化管理提供理论依据和分子检测工具。【方法】以235份中国糜子核心种质为试验材料,对山西农业大学农学院糜子作物分子育种课题组前期开发的糜子特异性SSR标记进行多次PCR筛选和优化后获取核心引物。基于糜子参考基因组信息,经过BLAST序列比对后将核心标记进行染色体定位。在SSR引物的5′端标注荧光(FAM/HEX),利用毛细管电泳给出材料的基因型,采用“0,1”二进制编码方式记录扩增条带的有无,使用ID Analysis 4.0检测材料的区分程度。采用十进制(0—9)统计扩增片段大小以获得材料的字符串分子身份证。使用Popgene、Powermarker、MEGA、NTSYS进行遗传多样性、遗传聚类和主成分分析。利用二维码在线软件(https://cli.im/)给出材料的二维码DNA分子身份证。【结果】PCR扩增结果发现,7个荧光SSR(RYW3、RYW6、RYW11、RYW18、RYW37、RYW43和RYW125)组合在一起可以将235份材料全部区分开。BLAST结果表明,RYW18、RYW37分布在第2染色体,分别位于0.60和0.80 cM处;RYW125位于第4染色体,定位在10.40 cM处;RYW43、RYW6分布在第5染色体,分别位于52.80和53.00 cM处;RYW11和RYW3定位在第6染色体,分别位于2.10和20.70 cM处。遗传多样性分析结果表明,235份材料在7个位点共检出87个等位变异,每个位点检出3(RYW11)—25(RYW6)个,平均为12.4286;检出Shannon多样性指数(I)变幅为0.2055(RYW18)—2.0587(RYW6),平均1.1398;观测杂合度(Ho)为0.0086(RYW11)—0.9455(RYW18);期望观测杂合度(He)为0.0795(RYW18)—0.7452(RYW6);Nei’s基因多样性指数(Nei)为0.0793(RYW18)—0.7452(RYW6);多态性信息含量(PIC)为0.0334(RYW11)—0.8071(RYW6),平均为0.5185。聚类分析和主成分分析均将材料划归8个类群。将电泳条带进行数字编码,利用7个标记组合,构建了全部材料的字符串和二维码DNA分子身份证。【结论】以235份中国糜子核心种质为试验材料,利用PCR扩增和毛细管电泳筛选到7个糜子荧光SSR核心标记。基于糜子参考基因组信息将上述标记定位在4条染色体上。利用上述标记扩增供试材料,给出遗传多样性衡量参数,基于遗传距离将材料聚为8个类群,主成分分析解决了聚类结果中出现的偏差。依照最少引物区分最多种质的原则,利用十进制编码方式给出材料的字符串DNA分子身份证,结合表型数据,利用二维码在线软件构建了全部材料的二维码DNA分子身份证。 展开更多

关键词 糜子 毛细管电泳 荧光SSR DNA分子身份证

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山西糜黍遗传差异评估及分子身份证构建 被引量：3

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作者 冯智尊 杨雅斐 +4 位作者 王海岗 陈凌 Santra Dipak K 王瑞云 乔治军 《山西农业科学》 2023年第10期1178-1188,共11页

应用微卫星标记对糜黍资源进行遗传多样性分析,确定其遗传背景,有利于资源的合理高效利用。以80份山西糜黍核心种质为材料,44个SSR标记为检测工具,利用软件PowerMarker 3.25和PopGen 1.32计算遗传多样性衡量参数,使用MEGA 11.0.10软件... 应用微卫星标记对糜黍资源进行遗传多样性分析,确定其遗传背景,有利于资源的合理高效利用。以80份山西糜黍核心种质为材料,44个SSR标记为检测工具,利用软件PowerMarker 3.25和PopGen 1.32计算遗传多样性衡量参数,使用MEGA 11.0.10软件绘制聚类图,使用NTSYSpc2.11a软件进行主成分分析,应用ID Analysis 4.0软件构建材料的DNA分子身份证。结果表明,80份材料在44个位点共检测出130个等位变异,平均每个位点检出3个;基于UPGMA聚类分析,80份材料划归4个类群(Ⅰ、Ⅱ、Ⅲ、Ⅳ),分别以晋中市、忻州市、朔州市、忻州市材料为主。主成分分析将材料划归10类(G1~G10),其中,G1均来自大同市,G2均来自朔州市,G3均来自忻州市,G4均来自太原市,G5~G10分别来自阳泉市、晋中市、吕梁市、长治市、临汾市和运城市。综合多态性信息含量(PIC)和Shannon多样性指数(I)值得出,高于平均值的SSR引物有21对(RYW3、RYW7、RYW11、RYW14、RYW18、RYW26、RYW28、RYW29、RYW30、RYW31、RYW37、RYW39、RYW40、RYW49、RYW54、RYW56、RYW61、RYW62、RYW65、RYW67和RYW82)。利用ID Analysis 4.0软件分析,发现16个SSR(RYW62、RYW67、RYW56、RYW65、RYW61、RYW40、RYW37、RYW31、RYW82、RYW29、RYW28、RYW49、RYW39、RYW54、RYW18和RYW30)组合在一起可区分全部材料。通过在线二维码生成器,对试验材料的基本信息及字符串信息进行加工处理,可得到二维码DNA分子身份证。 展开更多

关键词 糜黍 SSR 遗传多样性 DNA分子身份证 山西

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黍稷EST-SSR标记的开发 被引量：2

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作者 商春悦 王蓉 +4 位作者 王海岗 陈凌 Santra Dipak K 乔治军 王瑞云 《山西农业科学》 2022年第7期927-937,共11页

黍稷是起源于我国的古老作物之一,抗逆性强且遗传多样性丰富,EST-SSR已成为植物遗传多样性分析以及指纹图谱和遗传图谱构建的重要工具。选取来自黑龙江、陕西、内蒙古、青海、波兰以及印度共6个不同地理区域的黍稷为试验材料,以前期黄黍... 黍稷是起源于我国的古老作物之一,抗逆性强且遗传多样性丰富,EST-SSR已成为植物遗传多样性分析以及指纹图谱和遗传图谱构建的重要工具。选取来自黑龙江、陕西、内蒙古、青海、波兰以及印度共6个不同地理区域的黍稷为试验材料,以前期黄黍稷(00005272)与镇原大黍稷转录测序结果选取114个EST-SSR三碱基重复标记,通过聚丙烯酰胺凝胶电泳筛选具有多态性的引物,利用PowerMarker 3.25和PopGen 1.32计算遗传多样性参数。结果表明,43对引物具有多态性(多态率为37.7%),43个EST-SSR标记的碱基重复类型有24种,GCG三核苷酸重复类型占12%。引物分辨率Rp值平均为2.09,其中,Rp值介于2.0~2.5的标记频次最多(15个),介于0~1.0标记频次最少(2个);Rp值平均为0.74。43个EST-SSR标记共有118个等位基因变异(平均2.744 2个),有效等位变异(Ne)为1.851 9~2.941 2(平均为2.401 1);多样性指数(Ⅰ)为0.562 3~1.098 6(平均为0.916 0);观测杂合度(Ho)为0.166 7~1.000 0(平均为0.549 2);期望观测杂合度(He)为0.428 6~0.750 0(平均为0.632 1);Nei’s期望杂合度(Nei)为0.375 0~0.666 7(平均为0.566 5);多态性信息含量(PIC)为0.239 2~0.810 2(平均为0.625 2),说明43对EST-SSR引物为高度多态性引物,可以用于栽培黍稷的指纹图谱构建和种质遗传多样性分析。 展开更多

关键词 黍稷 EST-SSR 引物分辨率 多态性信息含量 多样性指数

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西北地区糜子资源抗旱性鉴定评价 被引量：1

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作者 兰倩 金拂晓 +4 位作者 陈凌 王海岗 Santra Dipak K 乔治军 王瑞云 《山西农业科学》 2023年第1期28-37,共10页

为了解西北地区糜子资源抗旱性差异,以40份来自该区的糜子资源为试验材料,用PEG6000胁迫模拟干旱条件,测定糜子芽期和苗期的抗旱性指标,并采用隶属函数、聚类分析、相关性分析等方法对各时期抗旱指标分析结果进行综合鉴定。结果表明,干... 为了解西北地区糜子资源抗旱性差异,以40份来自该区的糜子资源为试验材料,用PEG6000胁迫模拟干旱条件,测定糜子芽期和苗期的抗旱性指标,并采用隶属函数、聚类分析、相关性分析等方法对各时期抗旱指标分析结果进行综合鉴定。结果表明,干旱胁迫下糜子的各项测定指标较对照组均呈下降趋势,芽期变异系数较苗期变化大;获得芽期抗旱和较抗旱资源2份,分别为甘肃永登小黑糜(00002741)和新疆黄糜子(00003056),获得苗期抗旱资源6份,分别为宁夏黄糜(00006798)、甘肃张掖老黄糜子(00002684)、新疆黄糜子(00003056)、甘肃鼓鼓头糜(00007332)、青海黄糜子(00005574)和甘肃广河黄糜(00003041)。相关性分析表明,多数测定指标间相关性达极显著水平,其中,芽期的相对发芽率与相对发芽势间相关性较低,苗期的7个指标中除相对叶绿素含量外,相对根长、相对苗长、相对根鲜质量、相对根干质量、相对苗鲜质量、相对苗干质量6个指标间均呈极显著正相关,表明PEG胁迫对各性状指标作用效果明显。综合芽期、苗期抗旱鉴定得出,新疆黄糜子(00003056)是芽期和苗期均抗旱的品种,可用作该地区抗旱育种的优异亲本材料。 展开更多

关键词 糜子 抗旱性 隶属函数法 聚类分析法 相关性分析 芽期 苗期

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用微卫星标记分析北方春糜子区黍稷的遗传差异 被引量：1

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作者 段政勇 邢志 +4 位作者 王海岗 陈凌 Dipak K Santra 王瑞云 乔治军 《山西农业科学》 2022年第4期494-503,共10页

利用80对高基元SSR引物检测北方春糜子区48份黍稷材料的多态性,用PowerMarker 3.25对多态性进行分析,用Structure 2.2对群体遗传结构进行分析,使用MEGA 5.0构建聚类图,通过PopGen 1.32进行等位基因、有效等位基因数和多样性指数的计算,... 利用80对高基元SSR引物检测北方春糜子区48份黍稷材料的多态性,用PowerMarker 3.25对多态性进行分析,用Structure 2.2对群体遗传结构进行分析,使用MEGA 5.0构建聚类图,通过PopGen 1.32进行等位基因、有效等位基因数和多样性指数的计算,用NTSYSpc 2.11软件进行主成分分析。结果表明,80个标记在48份材料中检测到206个等位变异,每个位点检测到2~3个,平均2.575个;其中,产生2个变异的位点有34个,产生3个变异的位点有46个。80个位点多样性指数介于0.6655(RYW95)~1.0786(RYW166),平均为0.8608;80个位点PIC值介于0.1850(RYW151)~0.7062(RYW111),平均为0.4536。不同地区的黍稷种质间的遗传距离为0.0286~0.0456,遗传一致度为0.9555~0.9736。基于UPGMA聚类分析,48份黍稷分为3个类群,类群Ⅰ、Ⅱ和Ⅲ分别以青海、山西和内蒙古材料为主。Structure分析结果将参试材料分为4个群组,分别以青海、内蒙古、甘肃和山西材料为主。PCA主成分分析发现,第1类群试验材料均来自青海,第2类群试验材料均来自甘肃,第3类群试验材料均来自内蒙古,第4类群试验材料均来自山西。通过对北方春糜子区48份样本黍稷的遗传多样性、遗传距离和遗传一致性分析,发现青海省材料具有最丰富的遗传多样性和复杂的遗传背景。 展开更多

关键词 黍稷 高基元SSR 遗传多样性 遗传结构 聚类分析

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糜子芽苗期对干旱胁迫的响应及抗旱种质鉴定 被引量：6

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作者 程冀南 李玉露 +2 位作者 王宇卓 Santra Dipak K 王瑞云 《山西农业科学》 2022年第7期987-995,共9页

为了了解内蒙古现存糜子种质资源的抗旱性,研究糜子在PEG-6000模拟干旱胁迫下的抗旱表现,挖掘优异抗旱种质并筛选抗旱鉴定指标,以33份来源于内蒙古的糜子核心种质资源为试验对象,在PEG-6000模拟干旱胁迫下,利用相关性分析、主成分分析... 为了了解内蒙古现存糜子种质资源的抗旱性,研究糜子在PEG-6000模拟干旱胁迫下的抗旱表现,挖掘优异抗旱种质并筛选抗旱鉴定指标,以33份来源于内蒙古的糜子核心种质资源为试验对象,在PEG-6000模拟干旱胁迫下,利用相关性分析、主成分分析、平均值-标准差逐级分级法和聚类分析等方法评估了材料芽期、苗期的抗旱性。结果表明,干旱胁迫下,芽期和苗期各指标较对照组均有下降趋势,糜子芽期比苗期更易受干旱胁迫,发芽势对干旱胁迫反应最敏感,变异系数为380.4%,苗期各指标变异系数均在13.2%~67.4%。糜子多数抗性指标间呈显著或极显著相关,其中相对苗长与相对苗鲜质量之间的相关性最大,相对根长与相对根干质量的相关性最小。对33份核心种质进行了芽苗期抗旱性鉴定和分类分析,结果鉴定出乌克兰黍(00006438)和伊盟良56-2黍(00000684)芽期抗旱性最强;准旗酱黄黍(00000650)、和林红糜子(00002160)、乌克兰黍(00006438)、8311/4/5(00005884)、伊选大红黍(00002473)和达旗青糜子(00002385)等6份种质苗期抗旱性好,乌克兰黍(00006438)芽期和苗期抗旱性能均突出。 展开更多

关键词 糜子 PEG-6000胁迫 芽苗期 相关性分析 主成分分析 抗旱性

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