本研究针对椰岛黑猪(巴克夏猪×屯昌猪)的培育,基于亲本的遗传变异信息,利用QTL数据库、基因功能研究结果构建了亲缘指数选择法(Kinship Index based Selection,KIS),并采用KIS法计算椰岛黑猪G4、G5世代亲缘指数(Kinship Index,KI)...本研究针对椰岛黑猪(巴克夏猪×屯昌猪)的培育,基于亲本的遗传变异信息,利用QTL数据库、基因功能研究结果构建了亲缘指数选择法(Kinship Index based Selection,KIS),并采用KIS法计算椰岛黑猪G4、G5世代亲缘指数(Kinship Index,KI),指导G4~G5世代选育。为评价KIS法的应用效果,首先采用一步法最佳线性无偏预测分析G0~G5世代总产仔数育种值;第二,采用群体遗传分化指数(F-statistic,Fst)、基因富集分析等方法分析G5世代的育种效果。结果发现,G4~G5世代的繁殖性能IBS和总产仔数育种值趋势相同,都具有选育进展。在G5世代育种效果中,椰岛黑猪遗传巴克夏猪的胴体性状较多,遗传屯昌猪的肉质性状较多,认为椰岛黑猪继承了亲本较多的优良性状。最终研究结果表明KIS法的应用对椰岛黑猪的培育具有一定的积极意义。展开更多
文摘本研究针对椰岛黑猪(巴克夏猪×屯昌猪)的培育,基于亲本的遗传变异信息,利用QTL数据库、基因功能研究结果构建了亲缘指数选择法(Kinship Index based Selection,KIS),并采用KIS法计算椰岛黑猪G4、G5世代亲缘指数(Kinship Index,KI),指导G4~G5世代选育。为评价KIS法的应用效果,首先采用一步法最佳线性无偏预测分析G0~G5世代总产仔数育种值;第二,采用群体遗传分化指数(F-statistic,Fst)、基因富集分析等方法分析G5世代的育种效果。结果发现,G4~G5世代的繁殖性能IBS和总产仔数育种值趋势相同,都具有选育进展。在G5世代育种效果中,椰岛黑猪遗传巴克夏猪的胴体性状较多,遗传屯昌猪的肉质性状较多,认为椰岛黑猪继承了亲本较多的优良性状。最终研究结果表明KIS法的应用对椰岛黑猪的培育具有一定的积极意义。
文摘为了比较分析宁乡猪皮下脂肪(subcutaneous fat,SAF)和肌内脂肪(intramuscular fat,IMF)组织脂肪沉积的分子机制,本文利用RNA-seq技术鉴定和分析宁乡猪SAF和IMF组织中差异基因表达谱。选取6头250日龄健康状况良好、种内个体体重相近(约85 kg)的雄性宁乡猪为实验材料,采集SAF与IMF组织样品。通过对两个脂肪组织转录组测序并进行GO(Gene Ontology)功能注释及KEGG(Kyoto Encyclopedia of Genes and Genomes)信号通路富集分析,得到与脂肪沉积和脂质代谢相关的差异基因。为验证测序数据结果的可靠性,本研究随机选取6个差异基因进行qRT-PCR验证。结果表明,宁乡猪SAF和IMF组织中有2406个基因差异表达,其中1422个基因表达上调,984个基因表达下调。通过GO功能注释分析发现,差异表达基因主要通过参与类固醇生物合成、不饱和脂肪酸的生物合成、甘油磷脂代谢及自噬途径等与脂质代谢相关途径,调控宁乡猪SAF和IMF的沉积。KEGG通路富集结果显示,差异基因主要富集在脂质结合、脂肪酸代谢过程、甘油酯代谢过程、脂类生物合成等与脂质代谢相关的生物学过程。qRT-PCR结果与测序结果一致,表明测序结果可靠。通过对宁乡猪SAF与IMF组织进行转录组测序以及生物信息学分析,筛选到TCAP、NR4A1、ACACA、LPL、ELOVL6、DGAT1、PRKAA1、ATG101、TP53INP2、FDFT1、ACOX1和SCD等基因与脂质代谢相关,这些基因可能在宁乡猪SAF与IMF组织中脂肪沉积和代谢过程发挥重要调控作用,对进一步研究宁乡猪脂肪沉积机制具有重要意义。
