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哈尔滨市新确诊HIV-1 CRF01__AE亚型nef序列分析
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作者 曹立君 李庆海 +5 位作者 杨全 岳超 彭鑫 杨坤 唐煜辉 王福祥 《中国病毒病杂志》 CAS 2016年第1期34-39,共6页
目的分析哈尔滨市新确诊人类免疫缺陷病毒1型(HIV-1)CRF01_AE亚型nef基因及nef蛋白重要功能区氨基酸的变异性。方法从56例2014-2015年新确诊感染者外周血单核细胞(peripheral blood mononuclear cell,PBMC)中提取基因组DNA,扩增全长nef... 目的分析哈尔滨市新确诊人类免疫缺陷病毒1型(HIV-1)CRF01_AE亚型nef基因及nef蛋白重要功能区氨基酸的变异性。方法从56例2014-2015年新确诊感染者外周血单核细胞(peripheral blood mononuclear cell,PBMC)中提取基因组DNA,扩增全长nef基因,并测序。构建nef基因系统发育树,分析基因特点;将nef氨基酸序列与中国和国际CRF01_AE共享序列进行比对,分析nef蛋白重要功能区氨基酸的变异性。结果 56株nef基因序列与不同CRF01_AE亚簇聚集,其中26株与CRF01-4亚簇聚集,24株与CRF01-5亚簇聚集,6株与CRF01-1亚簇聚集。亚簇内基因距离分析发现,CRF01-5亚簇最小,CRF01-4亚簇次之,CRF01-1亚簇最大。nef蛋白多个功能区氨基酸序列高度保守,但长度可变区、凋亡结构域、酸性区和C端PAK结合区变异率较高,其中凋亡区M50I突变和PAK结合区K192R突变多见于CD4数较低的样本(P<0.05)。结论哈尔滨市新确诊CRF01_AE亚型nef基因的组成较为复杂,可能来源于多个地区和多种感染途径;凋亡结构域和PAK结合区氨基酸变异与疾病进展相关。 展开更多
关键词 人类免疫缺陷病毒1型(HIV-1) CRF01__AE nef基因序列 功能区
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