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哈尔滨市男男同性恋HIV-1感染者gag区基因分析 被引量：4
1
作者 孙冬莹 邵冰 +10 位作者 张春蕾 李春兰 杜娟 宋波 林元龙 李庆海 岳超 金刚 刘树林 王滨有 王福祥 《中华实验和临床感染病杂志（电子版）》 CAS 2015年第1期14-17,共4页
目的了解哈尔滨市男男同性恋者(MSM)感染HIV-1流行株的亚型分布状况及基因变异情况。方法采集MSM人群中HIV感染者血液标本,提取病毒RNA并应用巢式聚合酶链反应(nested-PCR)对HIV病毒gag区基因进行扩增,并对扩增产物测序。Mega 5.1软件... 目的了解哈尔滨市男男同性恋者(MSM)感染HIV-1流行株的亚型分布状况及基因变异情况。方法采集MSM人群中HIV感染者血液标本,提取病毒RNA并应用巢式聚合酶链反应(nested-PCR)对HIV病毒gag区基因进行扩增,并对扩增产物测序。Mega 5.1软件进行系统进化树分析及基因离散距离的计算,Bio Edit 7.0.0软件将相应的基因序列翻译成氨基酸并分析其变异情况。结果成功获得61条gag基因序列,亚型分析结果显示,CRF01_AE 49例(80.32%),CRF07-BC 5例(8.19%),B亚型7例(11.47%)。其中B亚型基因离散距离最大(0.078±0.005),CRF01_AE最小(0.051±0.004)。CRF01_AE在MSM人群中形成两个独立的进化簇。各亚型的MHR序列变异对比结果显示,B亚型的中MHR序列中第7位缬氨酸(V)突变为异亮氨酸(I)的比例最大。结论哈尔滨市MSM人群中主要存在CRF01-AE、CRF07-BC和B三种亚型,以CRF01-AE为主要流行亚型;其中B亚型基因变异程度最大。对MSM人群HIV-1流行及变异情况的监测有助于对MSM人群开展及时有效的治疗。 展开更多
关键词 男男同性恋 GAG基因 HIV-1亚型
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分枝杆菌临床分离株菌种的分子鉴定 被引量：4
2
作者 邵永珍 范长龙 +5 位作者 王娟 纪滨英 全保燕 李迪 江洋深 凌虹 《中国地方病学杂志》 CAS CSCD 北大核心 2012年第2期182-186,共5页
目的建立对临床分离分枝杆菌菌种快速、精确鉴定的方法学平台，了解分枝杆菌菌种的分布，为结核分枝杆菌（MTB）和非结核分枝杆菌（NTM）病临床精确诊断和有效治疗提供依据。方法330株分枝杆菌分离株来自于2007年5月至2008年12月在哈尔... 目的建立对临床分离分枝杆菌菌种快速、精确鉴定的方法学平台，了解分枝杆菌菌种的分布，为结核分枝杆菌（MTB）和非结核分枝杆菌（NTM）病临床精确诊断和有效治疗提供依据。方法330株分枝杆菌分离株来自于2007年5月至2008年12月在哈尔滨市胸科医院诊断为结核病的住院患者。菌株灭活后提取基因组DNA．采用PCR方法，结合PCR-限制性片段长度多态性（RFLP）和DNA序列测定方法进行菌种精确鉴定。结果330株临床分离菌株全部精确鉴定，其中328株[占99．4％（328／330）]为结核分枝杆菌复合群（MTBC），2株[占0．6％（2／330）]为NTM。328株MTBC中，MTB326株、非洲分枝杆菌（M.African）1株、田鼠分枝杆菌（舱microti）1株，分别占MTBC的99．4％（326／328）、O．3％（1／328）和0-3％（1／328）。经测序和基因组同源性分析发现，2株NTM为胞内分枝杆菌（MAC），与MAC的同源性分别为99％和93％，2株菌之间的同源性为93％。结论建立了临床分离分枝杆菌菌种快速鉴定的方法学平台，临床诊断为结核病的患者MTB比例占绝对优势。也发现有舱African、舱microti和NTM感染。 展开更多
关键词 分枝杆菌属 菌种鉴定 聚合酶链反应 序列比对
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