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病原靶向高通量测序技术质量评价联合研究
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作者 刘东来 王婧 +4 位作者 关文达 任珊珊 赵兰青 鲁炳怀 许四宏 《中国食品药品监管》 2025年第3期92-103,共12页
目的:开展病原靶向高通量测序(tNGS)技术质量评价联合研究,以期了解我国病原tNGS试剂的性能现状并梳理质量控制要点,为推动该技术的规范发展提供参考。方法:参加单位使用按照体外诊断试剂研发的tNGS试剂,对包含30种病原微生物的参考品... 目的:开展病原靶向高通量测序(tNGS)技术质量评价联合研究,以期了解我国病原tNGS试剂的性能现状并梳理质量控制要点,为推动该技术的规范发展提供参考。方法:参加单位使用按照体外诊断试剂研发的tNGS试剂,对包含30种病原微生物的参考品进行检测并回报结果,用于分析tNGS技术选型的特点及检测性能。结果:共有11款tNGS试剂符合技术资料完整性要求,且完成参考品的检测并回报数据。其中,9款试剂的靶向技术路线为多重扩增法,2款为探针捕获法;测序技术路线包括3种测序平台的5款测序仪;各试剂的检测病原谱范围为30~706个。11款tNGS试剂的总体性能表现为:阳性符合率的中位值为88%(67%~100%),阴性符合率的中位值为91%32(75%~100%),变异系数的中位值为50%(17%~69%),对于1×10 CFU/ml和1×10 CFU/ml 32(或1×10 copies/ml和1×10 copies/ml)浓度水平病原微生物的检出率分别为79%(48%~100%)和62%(21%~96%),线性相关系数为0.44(0.18~0.82)。与17款病原宏基因组高通量测序(mNGS)试剂相比,tNGS试剂的阳性符合率无显著差异,样本交叉污染问题对tNGS试剂阴性符合率的影响较大。结论:本次联合研究表明,现阶段不同tNGS试剂的技术选型和性能差异较大,总体性能表现与2019年mNGS试剂相近。 展开更多
关键词 病原靶向高通量测序 病原宏基因组高通量测序 质量控制与评价
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病原宏基因组高通量测序生物信息学分析质量评价的研究现状与思考
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作者 刘东来 关文达 +3 位作者 吴林寰 王浩 杨子峰 许四宏 《中国食品药品监管》 2024年第5期34-41,共8页
病原宏基因组高通量测序(mNGS)技术已成为感染病原学诊断的新工具,由实验操作(湿实验)和生物信息学分析(干实验)两部分组成。干实验由算法和数据库构成,其功能是对湿实验产生的测序数据进行分析处理后输出检测结果。干实验的性能受到测... 病原宏基因组高通量测序(mNGS)技术已成为感染病原学诊断的新工具,由实验操作(湿实验)和生物信息学分析(干实验)两部分组成。干实验由算法和数据库构成,其功能是对湿实验产生的测序数据进行分析处理后输出检测结果。干实验的性能受到测序数据中复杂多变的干扰因素的影响,包括临床样本中大量的人源核酸、试剂与耗材携带的微生物核酸、采样与湿实验引入的环境微生物核酸、数据库中基因组质量不均一或不同物种基因组之间的相似性过高导致的错误比对与注释,以及算法与参数差异对分类鉴定的影响等。上述干扰因素可能来自mNGS检测各个环节,不仅可能导致干实验输出错误的物种鉴定和微生物检测结果,也给干实验的质量控制与评价带来较大挑战。本文综述了mNGS干实验质量控制的关键问题以及关于质量评价方法的思考。 展开更多
关键词 病原宏基因组高通量测序 生物信息学分析 质量评价 数字参考品
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高质量临床微生物基因组参考数据库构建的思考
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作者 刘东来 吴林寰 +3 位作者 关文达 庞慧芳 胡松年 许四宏 《中国食品药品监管》 2024年第6期32-39,共8页
病原宏基因组高通量测序(mNGS)技术因其检测时间短、分辨率高,能识别罕见、新发病原体引发的感染或者混合感染等优势,已经被广泛地应用于临床疑难感染的辅助诊断。然而,由于目前尚缺乏标准化生物信息学分析流程和高质量临床微生物基因... 病原宏基因组高通量测序(mNGS)技术因其检测时间短、分辨率高,能识别罕见、新发病原体引发的感染或者混合感染等优势,已经被广泛地应用于临床疑难感染的辅助诊断。然而,由于目前尚缺乏标准化生物信息学分析流程和高质量临床微生物基因组参考数据库等问题,一定程度上制约了该技术临床应用的进一步发展。本文介绍了高质量临床微生物基因组参考数据库建设现状,探讨了高质量临床微生物基因组参考数据库构建的技术要求、质量控制过程和实现方式,并提出相关思考和建议。 展开更多
关键词 病原宏基因组高通量测序 生物信息学分析 微生物基因组参考数据库 建设现状 技术要求
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戊型肝炎病毒核酸血液筛查的研究进展
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作者 万文俊 周海卫 +1 位作者 李曼郁 张河战 《中国药事》 CAS 2024年第10期1205-1212,共8页
戊型肝炎是一种戊型肝炎病毒(Hepatitis E Virus,HEV)感染后以肝脏损伤为主的急性传染病,主要经粪-口传播,好发于青壮年及中老年人,在孕妇及免疫抑制人群中危害较大。据世界卫生组织(World Health Organization,WHO)统计,全球每年约有2... 戊型肝炎是一种戊型肝炎病毒(Hepatitis E Virus,HEV)感染后以肝脏损伤为主的急性传染病,主要经粪-口传播,好发于青壮年及中老年人,在孕妇及免疫抑制人群中危害较大。据世界卫生组织(World Health Organization,WHO)统计,全球每年约有2000万人感染HEV,其中约330万患者出现戊型肝炎症状。近期,通过血源传播而感染HEV的病例受到了广泛关注。经研究发现在全世界的无症状献血者中仅有0.013%~0.281%存在HEV病毒血症,但HEV在非常低的病毒血液浓度下同样具有传染性,并且迄今无特异的治疗药物和方法,所以对献血者进行HEV筛查是必要的。目前HEV筛查政策只在少数国家实施,包括普遍筛查和选择性筛查。而对献血者提供的血液,尚没有明确规定检测HEV感染的标志物。本综述主要通过对比国内外HEV的核酸血液筛查情况探讨其研究进展及必要性。 展开更多
关键词 戊型肝炎 核酸血液筛查 血清阳性率 献血员
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乙型肝炎病毒标志物的临床意义及研究进展
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作者 郝晓甜 周海卫 《中国药事》 CAS 2024年第9期1086-1092,共7页
乙型肝炎是由乙型肝炎病毒(Hepatitis B Virus,HBV)感染引起的一种严重危害人类健康的传染病。HBV感染呈世界性流行,造成严重的公共卫生问题。目前,随着疫苗的接种及抗病毒药物的治疗降低了HBV的感染,但HBV的消除仍是一大难题。HBV标志... 乙型肝炎是由乙型肝炎病毒(Hepatitis B Virus,HBV)感染引起的一种严重危害人类健康的传染病。HBV感染呈世界性流行,造成严重的公共卫生问题。目前,随着疫苗的接种及抗病毒药物的治疗降低了HBV的感染,但HBV的消除仍是一大难题。HBV标志物是诊断HBV感染、观察疾病进展以及评估抗病毒治疗效果的最主要检测指标。临床上,HBV标志物主要包括传统血清学标志物和病毒学标志物以及新型标志物。近年来出现的新型标志物能更准确地评估HBV感染的活性和抗病毒治疗效果,对慢性乙型肝炎的治疗监测具有重要价值。本文就HBV标志物尤其是新型标志物的临床意义及研究进展进行综述,旨在为HBV的精准诊断、治疗以及临床预后等提供参考。 展开更多
关键词 乙型肝炎病毒 血清学标志物 病毒学标志物 新型标志物
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人乳头瘤病毒核酸检测能力一致性评价研究
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作者 田亚宾 蒋德云 +3 位作者 任珊珊 刘雅丹 李丽莉 许四宏 《中国药事》 2025年第4期430-438,共9页
目的:开展人乳头瘤病毒(HPV)核酸检测能力一致性评价研究,评价国内不同实验室HPV核酸检测能力,促进国内实验室HPV核酸检测结果互认。方法:制备包含14种不同高危型别(HPV16、18、31、33、35、39、45、51、52、56、58、59、66、68)和2种... 目的:开展人乳头瘤病毒(HPV)核酸检测能力一致性评价研究,评价国内不同实验室HPV核酸检测能力,促进国内实验室HPV核酸检测结果互认。方法:制备包含14种不同高危型别(HPV16、18、31、33、35、39、45、51、52、56、58、59、66、68)和2种低危型别(HPV6、11),既具有型别特异性,又兼具有量值准确性的HPV能力验证样本盘,经均匀性、稳定性验证后,以盲样形式发放至不同实验室进行检测并反馈检验结果。以总积分分级评价方式对能力验证结果进行评价。结果:共有27家实验室参加本次能力验证,其中22家实验室的检测结果为“满意”,5家实验室检测结果为“不满意”,满意率为81.5%。结论:不同实验室HPV核酸检测能力差异较大,部分实验室的检出能力较差。建议分析原因,从人员、设备、试剂盒和质量控制等4个方面加强实验室培训并及时整改,以提升自身实验室检测能力。 展开更多
关键词 人乳头瘤病毒 核酸检测 能力验证
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世界卫生组织体外诊断产品资格预认证项目发展历程及现状
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作者 胡晋君 麻婷婷 +4 位作者 刘东来 宋爱京 许四宏 张河战 张辉 《中国食品药品监管》 2024年第8期12-21,共10页
世界卫生组织资格预认证(WHO PQ)是WHO向联合国儿童基金会提供的一项服务,用于评估候选疫苗的可接受性,为基金会购买符合一定标准的疫苗提供建议。目前已经涵盖4类产品,即疫苗、药品、体外诊断产品及病媒控制产品,其中体外诊断产品资格... 世界卫生组织资格预认证(WHO PQ)是WHO向联合国儿童基金会提供的一项服务,用于评估候选疫苗的可接受性,为基金会购买符合一定标准的疫苗提供建议。目前已经涵盖4类产品,即疫苗、药品、体外诊断产品及病媒控制产品,其中体外诊断产品资格预认证(PQDx)是针对体外诊断产品的审评机制,为采购合适的诊断试剂提供科学依据。本文重点介绍了WHO PQDx的历史与发展现状,并以此探讨我国体外诊断制造商申请WHO PQDx的机遇与挑战。 展开更多
关键词 世界卫生组织 资格预认证 体外诊断产品 历史 发展现状
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高通量测序技术在粪便菌群移植中的应用
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作者 李曼郁 刘东来 周海卫 《中国食品药品监管》 2024年第4期58-65,共8页
粪便菌群移植(FMT)作为目前治疗肠道菌群失调最为有效的手段,在艰难梭菌感染、炎症性肠病、肠易激综合征等疾病治疗方面发挥着重要作用。目前,RBX2660、Vowst等粪便微生物药物已获得美国食品药品监督管理局批准上市。高通量测序技术作... 粪便菌群移植(FMT)作为目前治疗肠道菌群失调最为有效的手段,在艰难梭菌感染、炎症性肠病、肠易激综合征等疾病治疗方面发挥着重要作用。目前,RBX2660、Vowst等粪便微生物药物已获得美国食品药品监督管理局批准上市。高通量测序技术作为一项飞速发展的新技术,可通过扩增肠道菌群可变区的特定区段,分析菌群的组成、丰度等信息,为FMT过程中的供体选择、受体特征分析、效果监测等环节提供强有力的工具。高通量测序技术的应用可有力推动FMT的粪便制备过程质量控制、功能微生物确定、效果监测等方面的发展。本文旨在阐述和总结高通量测序技术在FMT领域的应用前景以及未来的发展趋势。 展开更多
关键词 粪便菌群移植 高通量测序技术 肠道菌群 应用 挑战
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基于探针捕获法的病原靶向高通量测序检测流程的建立和验证研究
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作者 李丽莉 任珊珊 +4 位作者 王嘉平 易玉婷 田超 刘东来 许四宏 《中国药事》 2025年第4期415-429,共15页
目的:研究基于探针捕获法的病原靶向高通量测序(tNGS)检测流程的建立和优化,以及自动化的实现,并对分析性能进行验证研究。方法:分析tNGS的影响因素,包括探针设计、生产质控、数据量和测序读长等,通过采用多种细菌、真菌、病毒和非典型... 目的:研究基于探针捕获法的病原靶向高通量测序(tNGS)检测流程的建立和优化,以及自动化的实现,并对分析性能进行验证研究。方法:分析tNGS的影响因素,包括探针设计、生产质控、数据量和测序读长等,通过采用多种细菌、真菌、病毒和非典型病原体等62种微生物构建的参考盘进行分析性能评价,同时比较手工操作与自动化流程在检出限、精密度和交叉污染等性能指标的差异。结果:62种微生物不同病原浓度的准确性、检出限、精密度、特异性及线性的结果显示随着探针覆盖度的提高,目标病原的检出限性能随之提高,且仍保持较高的特异性;经优化后的tNGS检测流程在准确性、检出限、精密度、特异性、线性等方面均表现出良好的分析性能;自动化流程在检出限性能保持一致的前提下,精密度和抗交叉污染性能均优于手工操作流程。结论:研究建立的探针捕获法tNGS检测流程具有良好的分析性能,为临床病原检测提供了新策略。未来进一步研究应着重于临床样本确认、自动化流程的全面验证,以推动该技术在临床实际工作中更好的应用。 展开更多
关键词 病原靶向高通量测序 探针捕获法 分析性能 自动化
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隐球菌荚膜多糖检测试剂国家参考品的研制
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作者 许庭莹 孙天舒 +5 位作者 张丽 刘玲莉 井然 黄嘉维 张傲 许四宏 《中国生物制品学杂志》 CAS CSCD 2024年第11期1313-1318,1326,共7页
目的研制隐球菌荚膜多糖检测试剂国家参考品,并制定相关检测试剂的质量评价标准。方法收集不同型别隐球菌及相关菌株的临床分离株和标准菌株样本,采用飞行时间质谱法鉴定物种信息,有争议的样本通过宏基因组二代测序方法进行确证;对候选... 目的研制隐球菌荚膜多糖检测试剂国家参考品,并制定相关检测试剂的质量评价标准。方法收集不同型别隐球菌及相关菌株的临床分离株和标准菌株样本,采用飞行时间质谱法鉴定物种信息,有争议的样本通过宏基因组二代测序方法进行确证;对候选隐球菌阳性菌株中的标准菌株进行基因分型(PCR指纹法)及血清型(PCR法)鉴定。用筛选出的样本组成隐球菌荚膜多糖检测试剂国家参考品盘,并进行临床常用抗真菌药敏试验。多个厂家采用胶体金法或化学发光法隐球菌荚膜多糖检测试剂对国家参考品进行协作标定,确定相关检测试剂的质量标准,并检测其稳定性。结果共获得14份阳性参考品(P01~P14),10份阴性参考品(N01~N10),并以隐球菌标准菌株血清A型VNⅠ作为检出限参考品,隐球菌标准菌株血清AD型VNⅢ作为精密性参考品,组成隐球菌荚膜多糖检测试剂国家参考品盘。相关检测试剂的质量标准为:阴性参考品应至少9个样本为阴性,其他不作要求,阴性参考品符合率应不低于9/10;阳性参考品应均为阳性,符合率应为14/14;建议检出限参考品使用试剂盒样本处理液进行1∶200、1∶400、1∶800、1∶1600、1∶3200及1∶6400稀释(分别标记为S01~S06),S01~S03均应为阳性,其他不作要求;建议精密性参考品用试剂盒样本处理液进行1∶10及1∶100稀释,各平行检测10次,均应为阳性且显色度均一或10次检测结果变异系数(CV)≤15.0%。隐球菌荚膜多糖检测试剂国家参考品经25℃放置4 d及反复冻融5次均不影响该国家参考品的性能。结论研制的隐球菌荚膜多糖检测试剂国家参考品及制定的质量标准适用于相关检测试剂的质量评价需求。 展开更多
关键词 隐球菌 荚膜多糖 抗原检测试剂盒 国家参考品
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