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基于RNA结合蛋白转录组数据构建食管鳞癌预后预测模型
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作者 胡力文 郭梓鑫 +4 位作者 宋丛宽 汪育锦 王青雯 李炫飞 胡卫东 《中华实验外科杂志》 CAS 北大核心 2022年第11期2211-2214,共4页
目的基于美国癌症基因组图谱(TCGA)数据库的RNA结合蛋白转录组数据构建食管鳞癌预后预测模型。方法从TCGA数据库下载80例食管鳞癌组织及11例正常组织的转录组数据及临床资料。应用倍数差异法筛选队列中差异表达基因,分析其KEGG通路、GO... 目的基于美国癌症基因组图谱(TCGA)数据库的RNA结合蛋白转录组数据构建食管鳞癌预后预测模型。方法从TCGA数据库下载80例食管鳞癌组织及11例正常组织的转录组数据及临床资料。应用倍数差异法筛选队列中差异表达基因,分析其KEGG通路、GO生物功能。使用survival程序包对食管癌数据RBPs进行单变量Cox分析,进一步筛选出重要的候选基因。利用LASSO-Cox回归分析,筛选出食管癌预后相关标志物,与食管癌预后相关的临床特征相结合,构建多变量Cox回归模型。利用Kaplan-Meier分析、ROC分析验证所构建的模型的预测性能。采用实时荧光定量PCR技术检测10例食管癌组织和10例癌旁组织中特征基因的表达,两组间比较采用t检验。结果在食管鳞癌组织和正常食管组织中进行差异基因分析筛选得到差异表达的38个RBPs,其中16个在肿瘤组织中上调、22个下调。经Cox回归分析后,3个RBPs(TRIT1、PIWIL4、ANG)被纳入模型的构建。根据中位风险评分生存分析,将患者分为低危组和高危组,结果表明,无论是在TCGA训练集还是测试集,高危亚组患者总体生存时间低于低危亚组患者,其结果具有统计学意义(P<0.05)。训练集中模型预测3年生存率的ROC曲线下面积为0.749,在测试集则为0.738,提示模型准确率较高。在独立预后分析中,单因素Cox、多变量Cox结果表明,风险评分与患者的OS相关(P<0.05),说明该预后模型可以作为独立的预后因子预测食管鳞癌患者的生存。最后通过qRT-PCR验证食管鳞癌患者的癌组织和癌旁组织中特征基因的表达,结果显示,食管鳞癌患者肿瘤组织ANG、TRIT1基因表达显著高于癌旁组织(13.661±10.354比2.500±2.333、24.551±22.518比1.752±2.057),差异有统计学意义(t=2.782、2.470,P<0.05),PIWIL4基因表达显著低于癌旁组织(0.229±0.341比1.511±1.180),差异有统计学意义(t=-2.763,P<0.05)。结论本研究构建的基于3个RBPs的食管鳞癌风险预测模型具有较好的预测性能,有助于患者的个体化治疗。 展开更多
关键词 食管癌 RNA结合蛋白 预后风险评分模型 美国癌症基因组图谱
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