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基于加权基因共表达网络分析挖掘子痫前期的诊断标志物
1
作者 姚瑞倩 喻东 薛赓 《海军军医大学学报》 CAS CSCD 北大核心 2024年第12期1529-1539,共11页
目的通过生物信息学分析和机器学习模型挖掘公共数据库中的有效信息,识别子痫前期相关的候选基因,以提高子痫前期早期诊断的准确性并为发病机制和诊疗研究提供靶点。方法从基因表达综合数据库中检索子痫前期患者和正常孕妇胎盘组织样本... 目的通过生物信息学分析和机器学习模型挖掘公共数据库中的有效信息,识别子痫前期相关的候选基因,以提高子痫前期早期诊断的准确性并为发病机制和诊疗研究提供靶点。方法从基因表达综合数据库中检索子痫前期患者和正常孕妇胎盘组织样本的RNA-seq数据集,利用生物信息分析工具完成数据下载、质量控制、比对及定量后获得基因表达矩阵。采用DESeq21.38.3工具筛选差异表达基因,通过基因本体和京都基因与基因组百科全书数据库确定富集通路,利用加权基因共表达网络分析(WGCNA)构建共表达网络,利用随机森林算法建立机器学习预测模型。结果4个数据集156例孕妇(70例子痫前期患者、86例正常孕妇)胎盘组织样本共筛选出49个共有差异表达基因,这些基因显著富集在细胞外区域、卵泡刺激素分泌的正向调节通路、激素活性通路及细胞因子-细胞因子受体相互作用等信号通路。通过WGCNA将49个差异表达基因分为7个共表达模块,鉴定出与子痫前期高度相关的关键模块,并筛选出6个候选关键基因,分别为fms相关受体酪氨酸激酶1(FLT1)、冠毛素2(PAPPA2)、蛋白磷酸酶1调节抑制因子亚基1C(PPP1R1C)、肌球蛋白ⅦB(MYO7B)、长基因间非蛋白编码RNA 2009(LINC02009)和抑制素亚基α(INHA)。基于这6个关键基因构建的随机森林模型对子痫前期有较好的预测价值(AUC=0.978)。结论子痫前期可能与激素分泌、免疫反应、血管生成因子、妊娠相关血浆蛋白、抑制素等有关,相关基因或可成为子痫前期诊断的候选标志物。 展开更多
关键词 子痫前期 生物标志物 加权基因共表达网络分析 随机森林模型
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姜黄素对哮喘小鼠气道平滑肌细胞磷酸二酯酶4D基因表达及甲基化的影响 被引量：2
2
作者 李晓鸾 朱怡卿 +1 位作者 王芳 商艳 《广东医学》 CAS 2019年第20期2843-2847,共5页
目的探讨姜黄素对哮喘小鼠气道平滑肌细胞中磷酸二酯酶4D(phosphodiestarase 4D,PDE4D)基因的表达及其启动子区域甲基化的影响。方法将18只雄性C57BL/6小鼠随机分为3组:对照组、哮喘模型组、姜黄素干预组,每组6只。哮喘模型组和姜黄素... 目的探讨姜黄素对哮喘小鼠气道平滑肌细胞中磷酸二酯酶4D(phosphodiestarase 4D,PDE4D)基因的表达及其启动子区域甲基化的影响。方法将18只雄性C57BL/6小鼠随机分为3组:对照组、哮喘模型组、姜黄素干预组,每组6只。哮喘模型组和姜黄素干预组小鼠分别给予腹腔注射屋尘螨(house dust mite,HDM)溶液以致敏、激发建立哮喘模型。在模型建立过程中,姜黄素干预组小鼠1次/d给予200 mg/kg姜黄素灌胃,共21 d。对照组小鼠给予等剂量的生理盐水腹腔注射及激发。对小鼠进行支气管肺泡灌洗,收集肺泡灌洗液并对肺泡灌洗液中的细胞进行分类和计数;采用苏木精-伊红(hematoxylin-eosin staining,HE)染色观察小鼠肺组织病理结构改变;采用实时定量聚合酶链式反应(real-time polymerase chain reaction,real-time PCR)检测小鼠气道平滑肌细胞中PDE4D mRNA的表达,通过甲基化特异性PCR检测PDE4D基因启动子区域的甲基化水平。结果与对照组相比,哮喘模型组小鼠支气管肺泡灌洗液中总细胞数目和分类细胞数目均升高(P<0.01)。与哮喘模型组相比,姜黄素干预组小鼠的支气管肺泡灌洗液中炎性细胞数目均下降(P<0.05,P<0.01);小鼠的肺组织炎性症状减轻,气道重塑改善;气道平滑肌细胞中PDE4D mRNA表达降低(P<0.05);PDE4D基因启动子区域甲基化水平升高,是哮喘模型组的(2.34±0.42)倍(P<0.01)。结论姜黄素干预能够部分缓解HDM致敏引起的小鼠支气管炎性细胞浸润、气道结构重塑,并能通过调控PDE4D基因的甲基化水平从而抑制PDE4D mRNA表达。 展开更多
关键词 哮喘 姜黄素 气道平滑肌细胞 磷酸二酯酶4D 甲基化
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哮喘小鼠气道平滑肌细胞磷酸二酯酶4D基因启动子甲基化的研究 被引量：2
3
作者 李晓鸾 朱怡卿 +1 位作者 王芳 商艳 《广东医学》 CAS 2019年第5期626-630,共5页
目的观察屋尘螨诱导哮喘模型小鼠气道平滑肌细胞中磷酸二酯酶4D(phosphodiestarase 4D,PDE4D)基因表达水平,及PDE4D基因启动子区域甲基化水平的改变。方法 12只C57BL/6小鼠随机分为对照组和模型组,每组6只。模型组用屋尘螨(house dust m... 目的观察屋尘螨诱导哮喘模型小鼠气道平滑肌细胞中磷酸二酯酶4D(phosphodiestarase 4D,PDE4D)基因表达水平,及PDE4D基因启动子区域甲基化水平的改变。方法 12只C57BL/6小鼠随机分为对照组和模型组,每组6只。模型组用屋尘螨(house dust mite,HDM)致敏建立哮喘模型,对照组用磷酸盐缓冲液代替。检测小鼠肺功能变化,观察小鼠肺组织病理变化,进行肺泡灌洗并对灌洗液中免疫细胞分类、计数。实时定量聚合酶链式反应(real-time polymerase chain reaction,Real-time PCR)检测气道平滑肌细胞中PDE4D基因mRNA的表达量,重硫酸盐测序分析PDE4D基因启动子区域DNA甲基化水平。结果与对照组小鼠相比,模型组小鼠气道平滑肌细胞中PDE4D基因mRNA的表达水平显著升高(P<0.05),PDE4D启动子区域的甲基化位点的整体甲基化程度显著下降(P<0.05)。此外,部分甲基化修饰位点改变。结论哮喘小鼠中PDE4D基因启动子区域的甲基化水平改变,可能通过调控PDE4D基因表达,参与哮喘的发生发展。 展开更多
关键词 哮喘 气道平滑肌 磷酸二酯酶4D 甲基化
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长链非编码RNA-H19特异性吸附微RNA-760调控nanog基因表达促进非小细胞肺癌细胞增殖和迁移 被引量：5
4
作者 李莎 朱怡卿 +5 位作者 石荟 戈霞晖 许靖 商艳 王芳 白冲 《第二军医大学学报》 CAS CSCD 北大核心 2019年第8期854-859,共6页
目的探讨长链非编码RNA(lncRNA)-H19对非小细胞肺癌(NSCLC)细胞增殖、迁移的影响及分子机制。方法收集2015年10月至2016年5月海军军医大学(第二军医大学)长海医院确诊的20例NSCLC患者手术切除的NSCLC组织及相应的癌旁正常组织。通过实... 目的探讨长链非编码RNA(lncRNA)-H19对非小细胞肺癌(NSCLC)细胞增殖、迁移的影响及分子机制。方法收集2015年10月至2016年5月海军军医大学(第二军医大学)长海医院确诊的20例NSCLC患者手术切除的NSCLC组织及相应的癌旁正常组织。通过实时荧光定量PCR(qPCR)检测NSCLC组织及癌旁正常组织,人NSCLC细胞系A549、NCI-H1299和人正常肺上皮细胞系BEAS-2B中lncRNA-H19的表达。在A549细胞中过表达lncRNA-H19后,采用CCK-8法和Transwell实验分别检测细胞的增殖和迁移能力。利用生物信息学分析预测lncRNA-H19与微RNA(miRNA)-760的结合位点,通过双荧光素酶报告基因实验分析lncRNA-H19对miRNA-760的吸附作用,采用qPCR和蛋白质印迹法分别检测lncRNA-H19过表达对miRNA-760及下游靶基因nanog表达的影响。通过对A549细胞转染miRNA-760模拟剂过表达miRNA-760后,检测过表达miRNA-760对lncRNA-H19促进NSCLC细胞增殖和迁移作用的影响。结果LncRNA-H19在NSCLC组织和A549、NCI-H1299细胞中均呈高表达,分别与其在癌旁正常组织和BEAS-2B细胞中的表达水平相比差异均有统计学意义(P均<0.01)。与对照组相比,过表达lncRNA-H19后A549细胞的增殖能力增强(P<0.05)、迁移能力提高(P<0.01)。在线数据库starBase v3.0预测分析结果显示lncRNA-H19能特异性吸附miRNA-760。双荧光素酶报告基因检测结果显示lncRNA-H19与miRNA-760之间存在特异性结合。与对照组相比,过表达lncRNA-H19可抑制A549细胞中miRNA-760的表达(P均<0.05),并促进其下游基因nanog在mRNA和蛋白水平的表达(P均<0.01)。过表达miRNA-760可抑制lncRNA-H19对A549细胞增殖和迁移的促进作用,与lncRNA-H19过表达组相比差异均有统计学意义(P均<0.05)。结论LncRNA-H19可通过特异性吸附miRNA-760调控nanog基因表达,从而促进NSCLC细胞增殖和迁移。 展开更多
关键词 非小细胞肺癌 长链非编码RNA-H19 微RNA-760 NANOG基因
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姜黄素诱导人肝癌细胞系Huh7自噬和凋亡 被引量：12
5
作者 尹煜鹏 孙树汉 《第二军医大学学报》 CAS CSCD 北大核心 2019年第1期38-42,共5页
目的探讨姜黄素诱导人肝癌细胞Huh7自噬和凋亡的作用,以及抑制自噬对姜黄素诱导凋亡的影响。方法将姜黄素(5、10、20、40μmol/L)加入人肝癌细胞系Huh7的培养液中,用CCK-8检测细胞增殖水平变化。Huh7细胞用5～40μmol/L姜黄素培养48 h,... 目的探讨姜黄素诱导人肝癌细胞Huh7自噬和凋亡的作用,以及抑制自噬对姜黄素诱导凋亡的影响。方法将姜黄素(5、10、20、40μmol/L)加入人肝癌细胞系Huh7的培养液中,用CCK-8检测细胞增殖水平变化。Huh7细胞用5～40μmol/L姜黄素培养48 h,通过蛋白质印迹法检测自噬微管相关蛋白1轻链3(LC3)-Ⅱ/LC3-Ⅰ的比值,免疫荧光法检测自噬小体的形成,评估Huh7细胞自噬水平的变化。通过流式细胞术检测Huh7细胞凋亡情况。加入5 mmol/L自噬抑制剂3-甲基嘌呤(3-MA)和20μmol/L姜黄素培养Huh7细胞,检测Huh7细胞凋亡水平和自噬水平的变化。结果 CCK-8检测显示姜黄素能抑制Huh7细胞的增殖(P<0.05,P<0.01),且细胞凋亡率随着姜黄素浓度的升高而上升;蛋白质印迹检测显示加入姜黄素后LC3-Ⅱ/LC3-Ⅰ的比值上升(P<0.05,P<0.01),免疫荧光检测显示加入20μmol/L姜黄素后自噬小体增多。与单独使用20μmol/L姜黄素培养的Huh7细胞相比,姜黄素联用3-MA培养的Huh7细胞LC3-Ⅱ/LC3-Ⅰ的比值下降(P<0.01),自噬小体减少。流式细胞术检测发现5～40μmol/L姜黄素促进了Huh7细胞凋亡(P<0.05,P<0.01),而联用3-MA后与单独使用20μmol/L姜黄素培养相比引起的Huh7细胞凋亡减少(P<0.05)。结论姜黄素能诱导Huh7细胞凋亡、抑制细胞增殖并促进细胞自噬,抑制自噬能减弱姜黄素对Huh7细胞的诱导凋亡效应。 展开更多
关键词 肝细胞癌 姜黄素 自噬 细胞凋亡
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泛素结合酶E2C通过特异性结合β-微管蛋白参与调控肝细胞癌进展 被引量：7
6
作者 刘梦 朱怡卿 +3 位作者 黄金凤 肖邦 陈美婷 王芳 《第二军医大学学报》 CAS CSCD 北大核心 2021年第1期14-20,共7页
目的筛选泛素结合酶E2C(UBE2C)的底物蛋白,并探讨其在肝细胞癌进展中的作用。方法构建带有Halotag标签的UBE2C过表达质粒,将UBE2C与Halotag在人高转移肝癌细胞系HCCLM3中融合表达,通过Halolink树脂沉淀UBE2C结合的底物蛋白,并联合SDS-P... 目的筛选泛素结合酶E2C(UBE2C)的底物蛋白,并探讨其在肝细胞癌进展中的作用。方法构建带有Halotag标签的UBE2C过表达质粒,将UBE2C与Halotag在人高转移肝癌细胞系HCCLM3中融合表达,通过Halolink树脂沉淀UBE2C结合的底物蛋白,并联合SDS-PAGE和质谱对底物蛋白进行鉴定。在人肝癌细胞系Huh-7中过表达UBE2C,通过qRT-PCR、蛋白质印迹分析和细胞免疫荧光实验检测UBE2C过表达对其底物蛋白表达的影响,利用细胞核质分离结合蛋白质印迹分析及TOP flash/FOP flash荧光素酶报告基因实验检测UBE2C过表达对Wnt信号通路的影响,并进一步通过qRT-PCR和蛋白质印迹分析验证UBE2C过表达对Wnt信号通路下游基因表达的影响。结果Halotag共沉淀产物经SDS-PAGE和银染后所获得差异条带的质谱鉴定结果显示,β-微管蛋白是UBE2C结合的底物蛋白。与对照组相比,过表达UBE2C降低了Huh-7细胞中β-微管蛋白在蛋白水平的表达(P<0.01),但对其在mRNA水平的表达没有影响(P>0.05)。同时,过表达UBE2C促进了β-联蛋白入核(P<0.05),提高了TOP flash/FOP flash荧光素酶活性(P<0.01),增强了Wnt信号通路下游基因JNK、细胞周期蛋白D1和基质金属蛋白酶7的表达(P均<0.05)。结论UBE2C通过特异性结合β-微管蛋白降低肝癌细胞中β-微管蛋白水平,从而提高Wnt信号通路活性,促进其下游基因表达,进而参与调控肝细胞癌的进展。 展开更多
关键词 肝细胞癌 泛素结合酶E2C Β-微管蛋白 WNT信号通路
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消除小鼠肝脏冰冻切片自发荧光4种封闭方法的比较 被引量：1
7
作者 刘晓宁 邹嫣琼 +3 位作者 袁继行 李贵苹 杭勤 黄莹 《第二军医大学学报》 CAS CSCD 北大核心 2020年第8期871-875,共5页
目的通过对小鼠肝脏冰冻切片进行不同的封闭处理,探寻消除小鼠肝脏自发荧光的最佳方法,以降低对免疫荧光阳性信号的干扰,提高免疫荧光结果的准确性。方法(1)经脾静脉注射肝脏荷瘤裸小鼠:将Hepa1-6-GFP细胞通过脾脏注射方法使其在雄性无... 目的通过对小鼠肝脏冰冻切片进行不同的封闭处理,探寻消除小鼠肝脏自发荧光的最佳方法,以降低对免疫荧光阳性信号的干扰,提高免疫荧光结果的准确性。方法(1)经脾静脉注射肝脏荷瘤裸小鼠:将Hepa1-6-GFP细胞通过脾脏注射方法使其在雄性无胸腺BALB/c裸小鼠肝脏定植,并将肝脏进行冰冻连续切片,对切片分别进行AB液(内源性生物素封闭液)、blocking、AB液+blocking、丙酮+AB液+blocking封闭处理,然后检测小鼠肝脏冰冻切片自发荧光。(2)C57BL/6小鼠:对C57BL/6小鼠肝脏进行冰冻连续切片,对切片分别进行上述4种封闭处理,用F4/80标记肝巨噬细胞(Kupffer细胞),然后检测小鼠肝脏冰冻切片自发荧光。结果肝脏组织冰冻切片免疫荧光染色时,4种封闭处理都可以减弱肝脏切片的自发荧光,但丙酮+AB液+blocking封闭处理效果最佳。结论丙酮+AB液+blocking联合应用对小鼠肝脏组织冰冻切片自发荧光的消除效果最好。 展开更多
关键词 小鼠 肝 冰冻切片 自发荧光 免疫荧光技术
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围妊娠期高血清叶酸水平雌性小鼠模型的建立及高血清叶酸水平对胚胎心脏发育的影响 被引量：1
8
作者 郭姝怡 高娟 +6 位作者 王瀚宇 董家豪 谢岩 胡斯琦 安心宇 李桐帆 薛赓 《海军军医大学学报》 CAS CSCD 北大核心 2023年第6期666-671,共6页
目的通过高叶酸含量配方饲料结合血清叶酸检测建立围妊娠期高血清叶酸水平的雌性小鼠模型,并研究围妊娠期增补叶酸导致血清叶酸水平升高对后代心脏发育的影响。方法根据文献报道设计了正常叶酸含量(2.0 mg/kg)和高叶酸含量(10.0、20.0、... 目的通过高叶酸含量配方饲料结合血清叶酸检测建立围妊娠期高血清叶酸水平的雌性小鼠模型,并研究围妊娠期增补叶酸导致血清叶酸水平升高对后代心脏发育的影响。方法根据文献报道设计了正常叶酸含量(2.0 mg/kg)和高叶酸含量(10.0、20.0、40.0 mg/kg)的配方饲料。30只6周龄雌性BALB/c小鼠随机分成5组(每组6只),其中1组使用普通饲料喂养,其余4组分别使用上述4种配方饲料喂养。喂养2周后,根据血清叶酸水平对4组配方饲料喂养的雌鼠(24只)重新分组:正常血清叶酸组(血清叶酸水平<2000 pg/mL)、高血清叶酸组(2000 pg/mL≤血清叶酸水平<3000 pg/mL)、超高血清叶酸组(血清叶酸水平≥3000 pg/mL)。分组后继续使用相应的配方饲料饲养,并与普通饲料喂养的雄鼠合笼,以发现阴道栓当天作为孕0.5 d(E0.5)计算孕龄。获取不同孕龄的胎鼠心脏组织样本,通过H-E染色、免疫组织化学染色对孕10.5 d(E10.5)、孕11.5 d(E11.5)和孕13.5 d(E13.5)胎鼠心脏发育相关指标进行检测。结果随着饲料中叶酸含量的增加,雌鼠的平均血清叶酸水平呈现逐渐升高的趋势,但是不同组间血清叶酸水平差异没有统计学意义(P=0.163)。相较于正常血清叶酸组和高血清叶酸组,超高血清叶酸组胎鼠的心脏表现出间叶组织缺乏(E10.5)、心肌细胞减少且增生不活跃(E10.5)、心房与心室壁厚度均减少(E11.5,P均<0.001)、磷酸化组蛋白H3阳性率降低(E11.5,P均<0.001)、背侧间充质突出缺失(E13.5)、右心耳和心室流出道结构异常(E13.5)及原发孔型房间隔缺损等房室间隔缺损表现(E13.5)。结论通过围妊娠期增补叶酸结合血清叶酸检测构建高血清叶酸水平雌性小鼠模型的方法可行、有效。围妊娠期雌性小鼠增补叶酸导致的血清叶酸水平剧烈升高与后代心脏发育异常相关。 展开更多
关键词 围妊娠期 增补叶酸 血清叶酸水平 心脏发育 动物模型
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单细胞测序在干细胞生物学中的应用研究进展
9
作者 肖邦 朱静 +2 位作者 徐莎 陈国栋 黄超 《海军军医大学学报》 CAS CSCD 北大核心 2023年第7期792-799,共8页
细胞间的变异或异质性是干细胞群的基本和内在特征。传统的组学分析在混合细胞群体上进行,导致这些差异被掩盖。近年来,单细胞基因组、表观基因组、转录组测序等技术发展迅速,为全面解析细胞异质性和识别不同表型细胞类型提供了强有力... 细胞间的变异或异质性是干细胞群的基本和内在特征。传统的组学分析在混合细胞群体上进行,导致这些差异被掩盖。近年来,单细胞基因组、表观基因组、转录组测序等技术发展迅速,为全面解析细胞异质性和识别不同表型细胞类型提供了强有力的工具。这些方法应用于不同类型的干细胞,包括多能干细胞和组织特异性干细胞,取得了令人兴奋的新发现。本文综述了单细胞组学测序技术的最新进展,并对单细胞组学测序的方法和应用前景进行了展望。 展开更多
关键词 单细胞组学 RNA测序 表观基因组测序 干细胞 细胞异质性
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肿瘤细胞核旁斑的生物学结构及功能研究进展
10
作者 谭坚 王月帆 +3 位作者 戴智慧 尹昊瓒 王嗣杰 杨富 《海军军医大学学报》 CAS CSCD 北大核心 2023年第10期1205-1211,共7页
核旁斑是细胞核内一类重要的亚核体。核旁斑可通过拘留RNA或蛋白以及与miRNA相互作用等方式调控基因的表达,从而在肿瘤发生、发展过程中发挥重要作用,研究核旁斑在肿瘤细胞中的生物学结构及作用对肿瘤的诊疗具有重要意义。目前关于核旁... 核旁斑是细胞核内一类重要的亚核体。核旁斑可通过拘留RNA或蛋白以及与miRNA相互作用等方式调控基因的表达,从而在肿瘤发生、发展过程中发挥重要作用,研究核旁斑在肿瘤细胞中的生物学结构及作用对肿瘤的诊疗具有重要意义。目前关于核旁斑在肿瘤细胞中的结构、功能及临床意义尚未完全明确。本文综述了肿瘤细胞核旁斑的组成、结构、装配及其在肿瘤发生、发展过程的作用机制和临床意义,旨在为肿瘤的诊断、治疗及预后提供新的研究方向与线索。 展开更多
关键词 核旁斑 肿瘤 核富集常染色体转录本1 结构 功能
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