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基于CiteSpace兰科植物功能基因的研究进展 被引量:13
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作者 欧悦 陈明堃 +7 位作者 柯玉洁 王艺 陈嘉忆 赖慧萍 彭东辉 兰思仁 刘仲健 艾叶 《植物遗传资源学报》 CAS CSCD 北大核心 2022年第3期654-669,共16页
本研究基于Web of Science(WOS)数据库和CNKI(中国知网)数据库收录的兰科植物功能基因相关文献,借助CiteSpace计量工具,采用文献计量方法和知识图谱可视化技术对领域内2002-2020年间的文献进行定量统计和数据分析。在回顾近19年间国内... 本研究基于Web of Science(WOS)数据库和CNKI(中国知网)数据库收录的兰科植物功能基因相关文献,借助CiteSpace计量工具,采用文献计量方法和知识图谱可视化技术对领域内2002-2020年间的文献进行定量统计和数据分析。在回顾近19年间国内外学者对兰科植物功能基因研究的探索历程及应用现状的同时,探究了该研究领域的文献发布时间、作者和国家发文量、期刊共被引分析、知识基础、关键词研究热点及主题演化的网络特征,揭示了不同时段研究热点的变化规律,并对目前该领域需解决的问题以及未来探索方向进行讨论,以期为兰科植物的进一步开发、创新和应用提供理论支撑。结果表明:(1)兰科植物功能基因研究经历了3个阶段(形成期、成长期、稳定发展期),发文量整体呈稳步增长趋势。(2)研究热点聚集于物种形成、转录组学、遗传转化、ISSR和ITS分子标记等方向;功能基因以MADS-box、ACS、MYB等基因为主,其中对参与调控花器官发育的MADS-box基因的研究最为广泛。(3)国内外形成了以Chen HW(陈虹桦)、Tsai WC(蔡文杰)、Tamura K、刘仲健、朱紫乐、崔波、孙崇波和吴建设等为主的核心作者群,但团队之间合作较为疏散。 展开更多
关键词 兰科植物 功能基因 CITESPACE 可视化分析
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独蒜兰属种质资源及杂交育种研究进展 被引量:11
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作者 吴沙沙 陈蕾 +3 位作者 赵亚梅 郑泽新 张衡 翟俊文 《植物遗传资源学报》 CAS CSCD 北大核心 2020年第4期785-793,共9页
独蒜兰属(Pleione D.Don)为兰科(Orchidaceae)极具观赏价值的一个属,有24个原生种,9个自然杂交种,并已在英国皇家园艺协会登录杂交群431个,该属植物深受人们的喜爱,具有巨大的市场开发潜力。我国为该属植物的分布中心和物种多样性中心,... 独蒜兰属(Pleione D.Don)为兰科(Orchidaceae)极具观赏价值的一个属,有24个原生种,9个自然杂交种,并已在英国皇家园艺协会登录杂交群431个,该属植物深受人们的喜爱,具有巨大的市场开发潜力。我国为该属植物的分布中心和物种多样性中心,但我国在该属植物的资源开发和育种方面远落后于欧洲。为加强其资源保育和可持续开发利用,本文从独蒜兰属植物种质资源、杂交育种两个方面进行综述,重点介绍了近50年来育种家在独蒜兰属植物杂交育种过程中针对不同的育种目标所取得的成果,并对其资源、育种和产业面临的问题进行总结和展望,为开展独蒜兰属育种提供了一些思路和方向。 展开更多
关键词 兰科 独蒜兰属 种质资源 杂交育种
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阳桃木质素生物合成相关基因的筛选与分析 被引量:6
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作者 赵亚梅 陈生煜 +4 位作者 游乐 韩茹 翟俊文 任惠 吴沙沙 《植物遗传资源学报》 CAS CSCD 北大核心 2022年第2期527-540,共14页
木质素是植物次生细胞壁的主要成分,不仅可以为植物提供机械支持、促进水分运输,还对植物应对生物和非生物胁迫具有重要的影响。阳桃属于重要的经济与观赏树种,由于不耐强风、不耐寒、不耐旱等抗逆性条件的限制,严重约束了其种植范围,... 木质素是植物次生细胞壁的主要成分,不仅可以为植物提供机械支持、促进水分运输,还对植物应对生物和非生物胁迫具有重要的影响。阳桃属于重要的经济与观赏树种,由于不耐强风、不耐寒、不耐旱等抗逆性条件的限制,严重约束了其种植范围,而木质素对其抗逆性提升具有非常重要的影响。为探究阳桃木质素生物合成过程,首先采用石蜡切片观察了其显微结构,其次测量小枝发育过程中木质素含量及酶活性的变化,最后利用阳桃基因组及转录组数据,对木质素合成相关结构基因及转录因子进行鉴定及生物信息学分析。结果显示,小枝在生长的过程中苯丙氨酸裂解酶(PAL,phenylalanine ammonia-lyase)、肉桂醇脱氢酶(CAD,cinnamyl alcohol dehydrogenase)和过氧化物酶(POD,peroxidase)3种酶活性都呈现上升的趋势,小枝逐渐出现木质部细胞,木质素含量不断增加。在阳桃基因组中共找到与木质素相关的41个结构基因、12个AcaMYBs和11个AcaNACs,表达分析显示同一家族中基因的表达模式存在较大的差异性。qRT-PCR的结果发现AcaPAL1、AcaC3H2、AcaC4H2、AcaF5H1和AcaMYB18基因都表现出明显的组织特异性,表明这些基因是木质素合成相关的特异性基因。结构基因与转录因子共表达网络分析发现AcaNAC29、AcaNAC39和AcaMYB47这3个基因是阳桃木质素合成过程中的关键调控基因。本研究为进一步研究转录因子与结构基因的关系及其对木质素生物合成的影响提供了重要的参考价值。 展开更多
关键词 阳桃 木质素 结构基因 转录因子 表达模式
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阳桃R2R3-MYB家族成员鉴定及其在木质素合成过程中的表达 被引量:5
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作者 赵亚梅 陈蕾 +4 位作者 吴春梅 秦思 翟俊文 任惠 吴沙沙 《植物遗传资源学报》 CAS CSCD 北大核心 2021年第6期1746-1761,共16页
MYB家族已被证实在植物生长发育、类黄酮合成、环境胁迫、木质素生物合成等多个生理方面发挥着重要的作用。为探究阳桃MYB家族在木质素生物合成过程中的作用,本研究基于全基因组数据,对阳桃(Averrhoa carambola L.)R2R3-MYB转录因子进... MYB家族已被证实在植物生长发育、类黄酮合成、环境胁迫、木质素生物合成等多个生理方面发挥着重要的作用。为探究阳桃MYB家族在木质素生物合成过程中的作用,本研究基于全基因组数据,对阳桃(Averrhoa carambola L.)R2R3-MYB转录因子进行了全面的生物信息学分析,并采用RT-qPCR技术,对8个阳桃R2R3-MYB基因在阳桃小枝3个发肓时期(T1、T3、T6)、果和叶的表达情况进行了验证。结果显示,阳桃基因组中共包含57个1R-MYB、100个R2R3-MYB、4个3R-MYB,100个阳桃R2R3-MYB(AcMYBs)基因不均匀地分布在11条染色体上,被分为24个亚组,相同亚组的基因具有相似但不完全相同的基因结构和保守基序。片段重复和串联重复在阳桃MYB家族的扩张中发挥了重要的作用,且重复产生的基因都经历了纯化选择。同时,阳桃R2R3-MYB家族与拟南芥(Arabidopsis thaliana(L.)Heynh.)及毛果杨(Populus trichocarpa Torr.&A.Gray)都具有较强的共线性关系。RT-qPCR结果表明,除AcMYB05外,AcMYB41、AcMYB65、AcMYB84、AcMYB87、AcMYB92、AcMYB97和AcMYB100都在T3和T6时期呈现出较高的表达,在T1和果、叶中几乎不表达。本研究表明,7个AcMYBs的表达具有明显组织特异性,其可能参与了阳桃木质素生物合成,为进一步研究MYB家族对木质素生物合成的影响提供了重要的参考价值。 展开更多
关键词 阳桃 木质素 R2R3-MYB转录因子 全基因组鉴定 表达模式
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杜鹃叶绿体基因组特征及密码子偏好性分析 被引量:2
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作者 万露露 范敦锦 +4 位作者 王中煊 龚娜 丁祥青 陈世品 苏小青 《江苏农业科学》 北大核心 2023年第13期54-59,共6页
为了确定杜鹃(Rhododendron simsii)叶绿体基因组密码子的使用模式,为杜鹃花科叶绿体基因组学研究提供参考依据,绘制了杜鹃叶绿体基因组图谱,对三大功能基因进行分类,统计各蛋白编码基因密码子的3位碱基的GC含量、有效密码子数、同义密... 为了确定杜鹃(Rhododendron simsii)叶绿体基因组密码子的使用模式,为杜鹃花科叶绿体基因组学研究提供参考依据,绘制了杜鹃叶绿体基因组图谱,对三大功能基因进行分类,统计各蛋白编码基因密码子的3位碱基的GC含量、有效密码子数、同义密码子相对使用度,开展中性绘图分析和PR2-plot等分析,并系统分析影响杜鹃密码子偏好性的各种因素,从而筛选出了最优密码子。结果显示,杜鹃叶绿体基因组全长206 912 bp,大单拷贝区为110 234 bp,小单拷贝区为2 606 bp,反向重复区为47 036 bp。蛋白编码序列GC含量为36%,密码子第3位偏好使用A/U,ENC值范围为37.48~57.13,说明其密码子使用偏好性较弱;中性绘图分析显示GC_(12)和GC_(3)的相关系数为0.255,拟合的回归系数为0.345;PR2-plot分析显示G>C,T>A;有30个密码子的RSCU值大于1,以U或A结尾的有29个,影响其密码子使用偏好性的最主要为自然选择压力;最终鉴定出最优密码子8个,分别为GCA、GAU、UUG、CCA、CGU、UCA、GUA、UAU。可见,杜鹃叶绿体基因组具典型的双链环状构造,密码子偏好性较弱,主要受到自然和突变的共同影响。 展开更多
关键词 杜鹃 叶绿体基因组 密码子偏好性 最优密码子
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16个建兰品种叶片解剖结构研究 被引量:4
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作者 徐艳芳 贺雅萍 +4 位作者 王梦瑶 张琪 周杰 兰琳英 艾叶 《热带作物学报》 CSCD 北大核心 2022年第10期2099-2105,共7页
兰属植物是市场上流行的观赏花卉,其中建兰具有极高的观赏价值。目前,因建兰叶片极易染病,导致其观赏价值大幅下降,因此,本研究对16个建兰(Cymbidium ensifolium)品种的叶片气孔和横切结构进行测定,探究叶片微观结构间的差异,以期为建... 兰属植物是市场上流行的观赏花卉,其中建兰具有极高的观赏价值。目前,因建兰叶片极易染病,导致其观赏价值大幅下降,因此,本研究对16个建兰(Cymbidium ensifolium)品种的叶片气孔和横切结构进行测定,探究叶片微观结构间的差异,以期为建兰叶片功能性状研究及病虫害防治提供参考依据。利用NIS-Elements D软件对叶片表皮气孔进行测量,观测指标包括气孔器的长轴、短轴、气孔面积和气孔密度,发现建兰的气孔主要集中在下表皮,16个品种中仅‘大青’‘锦旗’2个品种上表皮有少量的气孔分布;利用NIKON数码荧光显微镜、光学数码成像系统和NIS-Elments D软件在20倍镜下对叶片的中脉长轴、中脉短轴、上表皮厚、下表皮厚、叶片厚和叶肉厚进行观测,采用SPSS软件对实验数据进行方差分析和多重比较分析。结果表明:16个建兰品种的叶片微观结构之间存在显著差异,其中建兰‘大青’的气孔密度、中脉长轴和中脉短轴最大,分别为125.19个/mm^(2)、439.14μm和403.51μm。气孔密度最小的是‘朝阳三星’‘玉女素’和‘八宝奇珍’,分别为52.70、60.48、61.54个/mm^(2)。中脉长轴与中脉短轴最小的品种是‘十三太保’和‘大凤素’,分别为147.63μm和125.93μm。而‘复兴奇蝶’的叶片厚度最大,为528.29μm,叶片厚度最小的品种是‘桃腮素’,为100.32μm。通过对16个建兰品种叶片解剖结果的相关性分析发现,气孔面积与气孔其他参数均呈极显著正相关,叶片厚度与上表皮厚度以及叶肉厚度均呈极显著正相关,而叶肉厚度与气孔面积是研究建兰非生物胁迫的重要指标。本研究可为筛选优异的建兰种质资源、新品种选育及其非生物胁迫研究提供参考。 展开更多
关键词 建兰品种 叶片 微观结构
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中药火麻仁基原植物大麻MIKC型MADS-box基因家族鉴定与表达分析 被引量:8
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作者 万志庭 鲁梦 +2 位作者 吴沙沙 米要磊 翟俊文 《药学学报》 CAS CSCD 北大核心 2021年第11期3173-3183,共11页
MIKC型MADS-box基因家族在植物花发育中发挥重要作用。本研究利用生物信息学方法从基因组数据中对大麻(Cannabis sativa L.) MIKC型基因进行鉴定,并对基因序列特征、染色体定位、基因结构、系统发育树和组织表达模式等进行分析。结果表... MIKC型MADS-box基因家族在植物花发育中发挥重要作用。本研究利用生物信息学方法从基因组数据中对大麻(Cannabis sativa L.) MIKC型基因进行鉴定,并对基因序列特征、染色体定位、基因结构、系统发育树和组织表达模式等进行分析。结果表明,共鉴定出39个CsMADS基因,不均匀分布在9条染色体上,编码的氨基酸数目介于146~503,等电点为5.19~10.12,分子质量为16 739.35~57 070.56 Da;亚细胞定位预测显示CsMADS基因均定位在细胞核里;保守结构域表明CsMADS基因均含有MADS保守结构域;GO功能注释分类共注释到331个GO terms,主要集中在分子功能中,共聚类178个;系统进化树显示CsMADS基因分为14个亚类,按照ABCDE同源异型基因模型分类,能够分别与拟南芥(Arabidopsis thaliana)中SQUA/AP1、AP3、PI、GGM13、AG、SEP/AGL2等类亚家族聚成一类;CsMADS基因上游启动子区具有丰富的顺式作用元件,其中主要为光调控元件;实时荧光定量PCR验证了部分CsMADS在花和苞片中相对表达量较高,具有组织表达特异性。本研究对大麻基因组中的MIKC型MADS-box家族进行鉴定和分析,为进一步探究MIKC型基因在调控药用植物大麻生长发育以及培育优良品种等方面奠定理论基础。 展开更多
关键词 大麻 MIKC型MADS-box 全基因组鉴定 功能分析 生物信息学
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