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杜仲Dirigent蛋白编码基因的克隆及序列分析
被引量：
7
1
作者
王维东
赵德刚
赵懿琛
《基因组学与应用生物学》
CAS
CSCD
北大核心
2018年第3期1293-1301,共9页
分别以杜仲基因组DNA和cDNA为模板克隆D／Rs基因，并分析其序列及其蛋白的遗传特性。以杜仲为研究对象，利用聚合酶链式反应（polymerase chain reaction，PCr）技术获得杜仲DIRs序列，并结合生物信息学方法对杜仲DIRs的序列进行深入分...
分别以杜仲基因组DNA和cDNA为模板克隆D／Rs基因，并分析其序列及其蛋白的遗传特性。以杜仲为研究对象，利用聚合酶链式反应（polymerase chain reaction，PCr）技术获得杜仲DIRs序列，并结合生物信息学方法对杜仲DIRs的序列进行深入分析。从杜仲中克隆D／Rs基因序列，利用生物信息手段分析DIRs基因与其它物种的同源性、结构域、功能域、蛋白质理化特性、蛋白质序列跨膜区、亚细胞定位、磷酸化位点、糖基化位点以及编码蛋白二级结构等进行分析。克隆的杜仲DIRs片段序列有468bp，不含内含子，编码155个氨基酸。推测的编码蛋白的氨基酸序列与芝麻、五味子同源性最高，分别达71％和70％，具有的5个保守基序，第1～148位之间是个高度保守的结构功能域—Dirigent，为亲水性蛋白，相对分子质量为17kD，理论等电点为4．91，不具有跨膜区；亚细胞定位在细胞质中，不属于分泌蛋白；序列预测具有13个磷酸化位点，未预测到糖基化位点，二级结构主要以无规则卷曲结构组成。以上研究为进一步探讨DIRs基因在木脂素生物合成途径中的功能提供了理论依据。
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关键词
杜仲
基因克隆
序列分析
原文传递
利用小RNA深度测序技术检测分析小黄姜病毒
被引量：
2
2
作者
廖震
赵德刚
赵懿琛
《基因组学与应用生物学》
CAS
CSCD
北大核心
2018年第6期2417-2422,共6页
对贵州省六盘水市田间发病小黄姜进行病毒检测,分析小黄姜病毒种类。采用小RNA高通量测序技术结合生物信息学方法对小RNA数据库进行拼接组装,预测小黄姜病毒种类。设计特异性引物,采用反向PCR及分段克隆测序方法验证小黄姜病毒的存在。...
对贵州省六盘水市田间发病小黄姜进行病毒检测,分析小黄姜病毒种类。采用小RNA高通量测序技术结合生物信息学方法对小RNA数据库进行拼接组装,预测小黄姜病毒种类。设计特异性引物,采用反向PCR及分段克隆测序方法验证小黄姜病毒的存在。检测发现有3条拼接序列与DNA杆状病毒属（Badnavirus）中的薯蓣杆状病毒（Dioscorea bacillifrom virus,DBV）相似,氨基酸相似度均高于80%。并在小黄姜样品中扩增得到1 883 bp病毒序列。RT和RNase H基序核苷酸序列与来自古巴的Banana streak virus（Gen Bank登录号：KF386733）相似性最高,为74%。根据目前的国际病毒分类委员会（the international committee on taxonomy of viruses,ICTV）病毒分类方案,Badnavirus病毒中RT和RNase H核苷酸基序相似度低于80%的可划为不同病毒种,该病毒可能是Badnavirus中的一种新病毒,暂命名为小黄姜杆状病毒（Zingiber bacilliform virus）。小黄姜杆状病毒在30个田间小黄姜样品中存在且存在多态性,该病毒可能是一个古老的病毒,在小黄姜进化过程中将病毒基因组整合到小黄姜基因组中来防御杆状病毒属病毒的侵染。
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关键词
小RNA
小黄姜
杆状DNA病毒属
小黄姜杆状病毒
原文传递
题名
杜仲Dirigent蛋白编码基因的克隆及序列分析
被引量：
7
1
作者
王维东
赵德刚
赵懿琛
机构
贵州大学农业生物工程研究院/生命科学学院、山地植物资源保护与种质创新省部共建教育部重点实验室
贵州大学
药
学院
贵州
省
农业
科学
院
出处
《基因组学与应用生物学》
CAS
CSCD
北大核心
2018年第3期1293-1301,共9页
基金
国家863计划子项目“特色林木功能基因组学研究与应用”子课题“杜仲功能基因组研究与应用”(编号:2013AA102605)
国家自然科学基因“杜仲松脂醇双糖苷生物合成关键蛋白DIRIGENT编码基因的克隆与功能分析”(编号:31660076)基金共同资助
文摘
分别以杜仲基因组DNA和cDNA为模板克隆D／Rs基因，并分析其序列及其蛋白的遗传特性。以杜仲为研究对象，利用聚合酶链式反应（polymerase chain reaction，PCr）技术获得杜仲DIRs序列，并结合生物信息学方法对杜仲DIRs的序列进行深入分析。从杜仲中克隆D／Rs基因序列，利用生物信息手段分析DIRs基因与其它物种的同源性、结构域、功能域、蛋白质理化特性、蛋白质序列跨膜区、亚细胞定位、磷酸化位点、糖基化位点以及编码蛋白二级结构等进行分析。克隆的杜仲DIRs片段序列有468bp，不含内含子，编码155个氨基酸。推测的编码蛋白的氨基酸序列与芝麻、五味子同源性最高，分别达71％和70％，具有的5个保守基序，第1～148位之间是个高度保守的结构功能域—Dirigent，为亲水性蛋白，相对分子质量为17kD，理论等电点为4．91，不具有跨膜区；亚细胞定位在细胞质中，不属于分泌蛋白；序列预测具有13个磷酸化位点，未预测到糖基化位点，二级结构主要以无规则卷曲结构组成。以上研究为进一步探讨DIRs基因在木脂素生物合成途径中的功能提供了理论依据。
关键词
杜仲
基因克隆
序列分析
Keywords
Eueommia ulmoides, Gene cloning, Sequence analysis
分类号
Q943.2 [生物学—植物学]
S567.19 [农业科学—中草药栽培]
原文传递
题名
利用小RNA深度测序技术检测分析小黄姜病毒
被引量：
2
2
作者
廖震
赵德刚
赵懿琛
机构
贵州大学农业生物工程研究院/生命科学学院、山地植物资源保护与种质创新省部共建教育部重点实验室
贵州大学
药
学院
贵州
省
农业
科学
院
出处
《基因组学与应用生物学》
CAS
CSCD
北大核心
2018年第6期2417-2422,共6页
基金
贵州省科技计划项目:小黄姜脱菌脱毒种苗快速繁殖技术研究(黔科合LH字(2014)7678)资助
文摘
对贵州省六盘水市田间发病小黄姜进行病毒检测,分析小黄姜病毒种类。采用小RNA高通量测序技术结合生物信息学方法对小RNA数据库进行拼接组装,预测小黄姜病毒种类。设计特异性引物,采用反向PCR及分段克隆测序方法验证小黄姜病毒的存在。检测发现有3条拼接序列与DNA杆状病毒属（Badnavirus）中的薯蓣杆状病毒（Dioscorea bacillifrom virus,DBV）相似,氨基酸相似度均高于80%。并在小黄姜样品中扩增得到1 883 bp病毒序列。RT和RNase H基序核苷酸序列与来自古巴的Banana streak virus（Gen Bank登录号：KF386733）相似性最高,为74%。根据目前的国际病毒分类委员会（the international committee on taxonomy of viruses,ICTV）病毒分类方案,Badnavirus病毒中RT和RNase H核苷酸基序相似度低于80%的可划为不同病毒种,该病毒可能是Badnavirus中的一种新病毒,暂命名为小黄姜杆状病毒（Zingiber bacilliform virus）。小黄姜杆状病毒在30个田间小黄姜样品中存在且存在多态性,该病毒可能是一个古老的病毒,在小黄姜进化过程中将病毒基因组整合到小黄姜基因组中来防御杆状病毒属病毒的侵染。
关键词
小RNA
小黄姜
杆状DNA病毒属
小黄姜杆状病毒
Keywords
sRNA
Zingiber officinale Rosc.
Badnavirus
Zingiber bacilliform virus
分类号
S436.32 [农业科学—农业昆虫与害虫防治]
原文传递
题名
作者
出处
发文年
被引量
操作
1
杜仲Dirigent蛋白编码基因的克隆及序列分析
王维东
赵德刚
赵懿琛
《基因组学与应用生物学》
CAS
CSCD
北大核心
2018
7
原文传递
2
利用小RNA深度测序技术检测分析小黄姜病毒
廖震
赵德刚
赵懿琛
《基因组学与应用生物学》
CAS
CSCD
北大核心
2018
2
原文传递
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